水文明からの使者・キャップと超GRゾーンをめぐり、ジョーの新たな物語が幕を開ける！ 闇文明に浸食される水文明を救うすべを求めるキャップは、ジョーカーズを生み出すジョーに可能性を感じ、水文明を救う手助けを頼むのだった。
ある日、遊園地のような建物を発見したジョーとキャップ。中に入ってみるとそこは、謎の研究に没頭している10人の科学者たちが集う、あやしい研究所だった。
自然文明が突然、水不足におちいった。火文明が原因ではないかと疑われたボルツは、真相を突き止めるため水源を探る事にする。そこで謎の栓を発見したボルツが引き抜いてみると…！？
デュエルウォーリアのルブブがジョーの住む街へ観光に訪れた。自分を人間だと思い込んでいるルブブに対し、ジョーは彼がデュエルウォーリアである事をわからせようとするのだが…。
皆の記憶から消えたはずのももちゃんの事を、なぜか覚えている川守田ハカセ。ジョーとキラは理由を聞くために後を追うが、そこで驚きの研究内容を目にするのだった。
ひょんな事からお見合いパーティーに興味を持ったジョー。しかし、お見合いパーティーがどういうものか分からないため、新たなジョーカーズ「パッパラパーリ騎士」を生み出し、お見合いパーティーを開催しようとする。
ラーメン地獄村にあるという「禁断のラーメン」を求め、ジョーたちは旅立つ。その村はかつての人気ラーメンテーマパーク跡地だった。果たしてジョーは禁断のラーメンを食べることが出来るのか！？
消えたジョーを探すため、金田一ハカセとデュエマで対決するキャップ。果たしてキャップはデュエマに勝利し、ジョーを見つけ出せるのか！？そして「禁断のラーメン」とはいったい何なのか…！？
力子先生の代わりとしてジョーのクラスにやって来たのは、なんとカバまろだった。人間の言葉を喋れないカバまろに反発する生徒たちだったが、ある事をきっかけに生徒が次々とカバ化していき…！？
水文明で遊んでいたジョーとキャップは、傷だらけで倒れている水文明クリーチャーを見つける。それが闇文明の侵略者によるものだと知ったキャップは、水文明中枢部へと向かう。
ギャップの思惑により、ゼーロとの真のデュエルに挑むことになったジョー。闇の強大な力を前に劣勢のジョーだったが、切札のジョラゴンを引き当て反撃の一手を繰り出すのだった！
ある日、ジョーが通う学校の生徒達が行方不明になる事件が発生。それはジョーがうっかり蹴り倒した石碑に封印されていた大妖怪が引き起こしたものだった。
いきなり始まったジョーと神楽坂ハカセのデュエマ。しかし、途中で相手がいなくなったり、カードではなくパンツをドローしたりと、なんだかグダグダな感じで・・・！？
ゼーロを封じこめるバリアの材料となる魚クリーチャーを集めるため、文明対抗の釣り大会が行われる。ジョー、キャップ、ボルツによる激しい釣りバトルの行方は！？
とある地下デュエマ場で、史上最強の「デュエキング」の称号をかけたデュエマグランプリが幕を開ける。歴戦のデュリストらが激闘を繰り広げる中、決勝戦に勝ち進んだのは・・・！？
ボルツが釣り大会の優勝賞品としてゲットした水文明のお城。ボルツに誘われ、ジョーも遊びに行くことに。しかしゲジスキーに城の警備システムを乗っ取られてしまい、警備ロボから攻撃を受けるハメになる。
便秘に悩むデッキーの体内から飛び出してきたおしり警察のボス・オケツ団長。デッキーの体内にいる凶悪な尻テロリスト集団を倒すため、協力要請を受けたジョーは、デッキーの尻の中へ飛びこむのだった。
デュエマの夏はツッパリの夏！ジョー達ツッパリ番長が、ツッパリ激戦区を制する大番長を決める熱き闘いを繰り広げる！友情、裏切り、青春、決闘、すべてが詰まったこの夏一番の大乱闘デュエマが幕を開ける！！
今回は、なんとデュエマ史上初の10本立て！主人公のジョーはもちろん、ジョーカーズ、ガイアハザード、博士たちがハチャメチャなショートストーリーを展開する。
ジョーが生み出したジョーカーズが、じつはあんな所やこんな所で活躍していた！？数々のデュエマシーンの陰で奮闘するジョーカーズに注目し、実はがんばってたジョーカーズ大賞を決めることになる。
キャップの兄・ギャップの狙い…。それはゼーロの力を利用して水文明をリセットし、滅びる事のないデータ世界として復活させる事だった。ギャップの目的を阻止すべく、水文明の未来をかけた激しい兄弟デュエルの幕が開く。
倒したはずのギャップが新たな切札とともに復活を果たした。兄と水文明、大切なものを守るためにキャップは苦悩しながらも、再び兄とのデュエルに挑むのだった。
突じょ発生した全文明を覆いつくすほどの巨大なドラゴン型の星雲・ドラゴンズゼロ。五文明が侵略を受ける中、ゼーロはドラゴンズゼロに降り立つのだった。
ギャップとゼーロに対抗する力を得るため、キャップはジョーが水文明のクリーチャーを作れるようにデッキーをパワーアップさせる。
新たな切札を作り出したジョーの前に、ゼーロの配下である闇執事が姿を現す。ジョーにデュエマの勝負を持ちかける闇執事の目的とは…？
迷子になっていたウラギリハカセを連れて研究所を訪ねたジョー。しかし研究所では伊集院ハカセの極秘データが盗まれる事件が発生し、大騒ぎになっていた。ジョーは新たなジョーカーズを生み出し、犯人捜しを始める。
大人に憧れるジョーは、今すぐ大人にしてくれるジョーカーズを生み出す。いざ変身したその姿は中年のおじさんだったが、大人の生活を体験できる夢の国「オトナーランド」に向けて出発するのだった！
公園で遊んでいたジョーとキラは、偶然ウラギリハカセと出会う。一緒にかくれんぼをすることになるが、ジョーは途中でキラやウラギリハカセとはぐれてしまう。一方、研究所ではジョーに関する研究データが盗まれる事件が発生する。
ゼーロを倒すために強くなりたいジョーは、キラやボルツ達と共に、デュエルマスター候補のためのトレーニングジム「ゴールデンマスターズジム」に向かう。様々な試練を乗り越えた彼らは、最後にデュエマで力試しをする事になる。
ゼーロンを成長させるためにドラゴンを食べさせたいゼーロは、ギャップに命じてジョラゴンを狙う。ギャップはキャップになりすまし、ジョーに近づくのだった。
とらわれたキャップを救うため、ギャップとのデュエルに挑むジョー。闘いが激しさを増す中、キャップとギャップ、そして水文明の過去が明らかになっていく。
ジョーとキャップはお互いの絆を強めるために、数多（あまた）の兄弟が頂点を目指しながらも叶わなかったという伝説の塔『TTタワー』に挑むことにする。
ついにゼーロのドラゴンが誕生しようとしていた。ゼーロがさらに強大な力を得るのを阻止するため、闇文明に向かう決意をするキラ。そんな時、かつて光文明のデュエルマスターであった父もゼーロと戦ったことを知る。
キラとゼーロによるデュエマが幕を開けた。キラの猛攻により次々とシールドを失うゼーロ。ついにあと一歩のところまでゼーロを追いつめたキラだったが…！？
闇文明のゼーロによって汚染される火文明。そんな火文明では今、クリーチャーが次々にゾンビ化する事件が起きていた。果たしてボルツは火文明を守る事ができるのか！？
キラを失ったショックでジョーはデュエマをやめる決意をするが、母・るるに闇文明の魔の手がせまっていた。一方、ジョラゴンはゼーロンに対抗する力をつけるため、水文明のキャップの所にいた。
ジョーのデュエマの相手は、なんと母・るるだった。果たしてジョーは、ゲジスキーの毒で催眠状態となったるるを助ける事ができるのか！？
ゲジスキーとの闘いで突然、暴走してしまったジョラゴン。ゼーロを倒すためにジョラゴンの力が必要なジョーは困惑するが、そんな時、頼れる相棒が帰ってくる。
文明の力を混ぜた禁断の力により生み出された新たなジョニー。パワーアップした切札を手にしたジョーは、ゼーロとの対戦を前に、様々な相手とデュエマしまくるのだった。
新たな切札を手にゼーロの元へ向かおうとするジョー。しかし、ゼーロのいる宇宙まで行く手段が無いことに気付く。悩むジョー達の前に現れたのは…！？
アアルカイトに乗り、宇宙へと旅立ったジョー達。しかし重力装置の故障で機内は無重力状態になってしまう。そしてなぜか一人また一人と仲間の姿が消えていくのだった…
ついにゼーロのいる龍頭星雲にたどり着いたジョーは、ゼーロとの最終決戦にのぞむ。果たしてゼーロを倒し、闇文明の侵攻を防ぐ事ができるのか！？
ついに全貌が明らかになった零龍（ゼーロン）。その恐ろしい能力に、ジョーは相棒のジョニーやジョギラゴンと共に立ち向かう。果たして勝負の行方は…！？
ジョーがゼーロを倒した事により、キラがよみがえった。しかし喜んだのも束の間、なんとキラは記憶を失っていた。キラの記憶を取り戻そうと、ジョーはこれまでのキラとの思い出を一緒に振り返るのだった。
ゼーロが倒れ、クリーチャーワールドの平和は保たれたかに思えたが、水文明の未来は、まだキャップとギャップの間で揺れ動いていた。最後の決着をつけるため、兄弟デュエマの幕が開く。
このところ、ジョラゴンはずっと物思いにふけっていた。心配するジョーに、ジョーカーズはジョラゴンが恋の悩みを抱えているのではないかと言う。そこでジョー達は、ジョラゴンのためにひと肌脱ぐ事にするが…！？
ジョニーとジョラゴンという、かけがえのない2人の相棒を失ったジョーに、自然文明の大長老から手紙が届く。自然文明を訪ねたジョーは、ももちゃんと一緒に大長老の元へと向かうのだった。
自然文明の大長老からレインボーの力を授かったボルツ。しかし、ひょんなことから火文明のクリーチャー「ロック・クロック・六九」の反感を買い、デッキを使えなくされてしまう。
デュエマでジョーに負けてばかりのシャチョー達。シャチョーはジョーに勝つために、父親の財力を注ぎ込んで学校をデュエマ決戦場に造り変える。そしてついに全校生徒対抗のデュエマ超天決戦が始まった！
キラは相変わらずジョーのことだけ思い出せずにいた。さらに、ジョーとの記憶を無くした事で、非情な正義を貫く昔のキラに戻ってしまったのだ。そんなキラとついに衝突したジョーは…!?
記憶を失ったキラを元に戻す為、真のデュエルに挑むジョー。キラの切札であるサッヴァークを使い、ついにキラを追い詰める。果たしてジョーの熱い想いはキラに届くのか…？そして二人の勝負の行方は！？
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