オートボットとディセプティコンは、ある惑星(わくせい)の別々の場所に墜落(ついらく)。それぞれが生命体に出くわし、そのおどろくべき正体を知る。

オールスパークを見つけ出そうとするメガトロンは、有利な情報を入手。マクシマルズは、プレダコンズにつかまった仲間を救出すべく作戦を開始する。

オールスパークは、近づいてきたオートボットとディセプティコンの機能をぼうがい。さらには、オートボットとディセプティコンにまぼろしを見せる。

オールスパークを手に入れるべく進み続けるオプティマス・プライム。その行く手に、ゴールデンディスクを使って未来を知るメガトロンが立ちはだかる。

オートボットたちはアークをサイバトロン星に向けて発進させようとするが、敵から激しいこうげきを受けて大ピンチに。だが、思わぬ救世主が現れる。

サイバトロン星でぶつかり合う過去、現在、そして未来。思いもよらない強敵までもが姿を現し、ついにオールスパークをめぐる最後の戦いが始まる!