空を飛ぶ夢をよく見る古森太郎は、夢の内容を小型カセットレコーダーに記録していた。ある夜、飛んでいる自分と視線を交わした少女の夢を見る。ドキっとなって目を覚ます太郎。「あの子は僕ば見よった…？」。翌日、太郎の通う水天町立中学に、中嶋匡幸が転校してくる。初対面の生徒にもなれなれしい匡幸は、太郎とほとんど登校することのない大神 信との関係に興味を持つ。

中嶋匡幸は、11年前水天町で起きた幼児姉弟誘拐事件のあらましをネットで蒐集した資料によって知る。そして、その事件と時を同じくして信の父、大神拝霊会副代表・大神英夫が自分の目を刃物で刺し、頚部を切って死んだことも。一方、古森太郎は、誘拐された事件の日の夢を見ていた。3年前のあの日、学校からの帰り道、姉・瑞香の後をついて歩いていた。瑞香が駆け出したかと思うと、やがて何者かに持ち上げられ…。太郎は夢で見たことが、現実にあることを確認しはじめる。

中嶋匡幸は、古森太郎と大神 信を誘って、ダム底の廃村に建つ、いまでは廃墟となった亀岩肺病院に向かう。そこは、11年前水天町で発生した幼児姉弟誘拐事件で、遺体で発見された太郎の姉・瑞香が見つかった場所であり、この病院の地下室に入った者は死ぬ噂される場所でもあった。太郎は、この場所が、依然として禍々しい瘴気に覆われていることを感じる。はたして、この場所を目指した3人の行動は、単なる好奇心からなのだろうか？

廃屋となっているダム底の廃村に建つ亀岩肺病院を探索する古森太郎、大神 信、中嶋匡幸ら3人。目指すは11年前、太郎が監禁されていた部屋。いくつかの部屋を巡ったのち、ついに、太郎の姉・瑞香が後ろ手に縛られ横たえられていた寝台の部屋を見つける。何もない寝台の上に、瑞香の姿を見る太郎。あまりの「恐怖」から過呼吸状態に陥り、やがて信、匡幸にも伝播していく。その場から一刻も早く立ち去らなければならない思いにかられた3人は、病院の外に飛び出す。

亀岩肺病院で初めての魂（たま）抜けを体験し、神霊を見た古森太郎、大神 信、中嶋匡幸ら3人。翌日からは、いつもと変わらない学校生活に戻る。魂（たま）抜けし、山の禁忌を犯した者として、亀岩神社の宮司・駒玖珠孝仁に後ろ髪をハサミで切られた経験は、3人の仲をより近いものにしていた。3人はそれぞれ親のことで悩んでいる。太郎は11年前の事件で精神を病んだ母を、信は自殺した父を、匡幸は口論の絶えない両親を。ある日の夜、魂抜けした3人は水天町の上空で出会う。

魂（たま）抜けした3人は、亀岩山の山中で自分たちを目視した猿田という老人と出会う。「あまり魂抜けして長くいると、戻れんようになる」と忠告する猿田。もっと詳しく魂抜けのことや神霊のことを知りたい古森太郎は、魂抜けしていない状態で猿田と出会った場所を訪れる。しかし、そこに猿田の姿はなかった。諦めて家路に着いた太郎は、亀岩神社の石段を下りる。が、バランスを崩し、石段を踏み外してしまう。居合わせた駒玖珠孝仁は、太郎を救急車で久間田総合病院に運ぶ。

久間田総合病院に搬送された古森太郎は、脳のCTとMRI検査を受ける。亀岩神社の石段から落ちたとき、頭を打ったおそれがあったためだ。太郎を見舞いに病院を訪ねた中嶋匡幸は、太郎とともに脳外科医・鳳 麗華から説明を受ける。脳にまつわる麗華の話は、太郎に魂（たま）抜けと脳には何らかの関係があるのでは、と思わせるものだった。一方、その頃、大神 信は、父親の自殺の真相を探ろうと、水天町町長選挙を控えた矢崎 基の選挙事務所を訪ねていた。

冬を迎えた水天町。古森酒蔵では来年の酒の仕込みが始まった。姉・瑞香が連れ去られる夢を見なくなった古森太郎は、久しぶりに瑞香の部屋に入り、そこで体外離脱する。大神 信の姿を亀岩神社裏に見つけた太郎は、信と宮司の駒玖珠孝仁が、信の父をめぐって言い争っているのを目撃する。信は父と縁のある人物に話を聞き、死の真相を探ろうとしていたのだ。太郎は、以前、亀岩山で出会った猿田という老人を探すが、そこに猿田の姿はなく、神霊と出くわすのだった。

県道沿いの潰れたパチンコ店に、不気味な幽霊が出る噂を同じクラスの星野道男から耳にした中嶋匡幸。そこは11年前、幼児誘拐事件の犯人である宿痾（すくあ）八千世が、通りがかったダンプに跳ねられ死んだ場所だった。匡幸と古森太郎は、幽霊が宿痾の怨霊ではないかと考える。11年前の事件と大神 信の父の死が関係ないことを証明し、宿痾の怨霊を封印するため、魂（たま）抜けしてそこに向かうことを提案する太郎。夜、魂抜けした少年たちは潰れたパチンコ店に集合する。

幽世（かくりよ）では、精神の力で容姿を変えたり、想像したものを実体化できることを知った古森太郎、大神 信、中嶋匡幸。魂（たま）抜けした信は、自身を狼へと変貌させ、夜の水天町を駆け抜ける。俄然、幽世に興味が沸いてきた太郎と匡幸は、亀岩神社の宮司、駒玖珠孝仁のもとを訪れ、幽世と顕世（うつしよ）の関係についての話を聞く。環境問題に対する駒玖珠の考えを聞いた3人は、自分たちの生活する水天町について思いを巡らせる。

授業中に魂（たま）抜けした古森太郎は、亀岩ダムに男の死体が浮かんでいるのを見る。ダムに浮かぶ死体に騒然となる水天町。太郎、大神 信、中嶋匡幸、星野道男の4人も、亀岩ダムへと向かう。駆け付けた駒玖珠孝仁は、そこで信の母・田部早苗の姿を見る。信の母と何らかの関係があることを知った4人は、駒玖珠にその真相を問う。観念した駒玖珠は、30年前、亀岩肺病院の呪いの部屋を信の父・大神英夫、現水天町町長・矢崎 基、早苗の4人で訪ねていたことを明かす。

亀岩ダムに浮かぶ死体の身元ははっきりしないまま、数日が経過した水天町。古森酒蔵では仕込みが最終段階を迎え、町は慌しさのなかにも、いつもの日常を取り戻しつつあった。東京から古森太郎のカウンセリングに訪ねていた平田篤司は、相談を受けるうち、幽界（かくりよ）での太郎たちの活動が進化していることを知る。一方、以前、ダム湖の死者に憑依された駒玖珠都は、再び何者かに憑依されるのだった。

眠りについた古森太郎は夢を見ていた。うれしい記憶と悲しい記憶が交錯するなか、11年前の事件の夢を見る。高い塀が折れ曲がる路地を、姉を追いかけて走るうち、黒い巨人と対峙する。巨人に立ち向かうが、黒い広大な膜へと変化してしまう。これまでの記憶が複雑に絡み合うなか、太郎は幽界（かくりよ）が自身の脳内とつながっていることを知る。そして「スナーク」と名乗る人物と出会うのだった。

古森太郎、中嶋匡幸、星野道男は、駒玖珠都が発した「吾は悪事（まがごと）も一言、善事（よごと）も一言、言離（ことさか）の神」の意味を調べていた。そしてそれが『古事記』に登場する一言主神（ひとことぬしのかみ）の言葉であることを知る。太郎のカウンセリングを行っている平田篤司は、駒玖珠孝仁からの依頼で、都が憑依される原因を催眠療法により探ろうとするのだが……。

以前、魂（たま）抜けし、麪室の酵母菌が活性化する様子を見た古森太郎。杜氏である瘧師慧の造る酒が失敗した原因が、自分にあると責任を感じる。また、祖母・大神姫子の死は、一言主神（ひとことぬしのかみ）が憑依した駒玖珠都に姫子の死を願ったことではないか、と自責の念にかられる大神信。二人は久間田行きのバスで出くわす。一方、中嶋匡幸と星野道男は、水天町を訪れている鈴木誠一の本当の目的を掴んでいた。

久間田を訪れた大神 信の目的は、11年前の水天町幼児姉弟誘拐事件と父・英夫の自殺との関係を、母・早苗から聞き出すことだった。早苗が営む居酒で、早苗の庇護者らしい貝原直人と出会う信と古森太郎。二人は貝原の案内で、早苗が身を寄せる家へと向かう。信は何年かぶりに再会した母を詰問し、父の自殺と11年前の事件の真相を訊こうとする。しかし、それでも早苗は頑なに話そうとはしない。隠し持っていたナイフに手をかけた信は……。

駒玖珠孝仁は、娘・都の体の具合を心配していた。一言主神（ひとことぬしのかみ）に憑かれる症状が深まっていると感じていたからだ。一方、都は突然別の人格になることがクラス中に知られるようになり、気味悪がられていた。古森太郎はそんな都に、どうして自分が心惹かれるのか、その理由が分かった気がして、そのことを伝えようとする。しかし、都にとってそれは残酷なものだった。

久間田に留まり、父・英夫の自殺の真相を探ろうとしていた大神 信の元を、貝原からの差し入れと伝言を持って瘧師 慧が訪れる。時を同じくして、水天町ではダムで発見された死体を巡って、大日本バイオインダストリーの鳳 麗華の元を「ふるさとジャーナル」の記者・鈴木誠一が訪ねていた。鈴木は11年前に水天町で起きた幼児姉弟誘拐事件と、その約1年半前、西日本の広範囲で起きていた児童行方不明事件の関係について調べていたのだ。

父・英夫の自殺の真相を知った大神 信は、炎に包まれた貝原邸から自殺を図った母・早苗を救い出す。久間田総合病院で、再び出会う母子。しかし、早苗はこれまでの記憶を失い、信を30年前の高校生だった頃の英夫と勘違いしていた。その様子に慄然となる信。また、病院には亀岩神社の石段で、意識不明の重傷で発見された駒玖珠孝仁も運ばれていた。中嶋匡幸とともに、久間田総合病院を訪ねた古森太郎は駒玖珠 都を見かけ、その顔が別人のようであることにショックを受ける。

駒玖珠 都の様子がおかしいことに、責任を感じる古森太郎。水天町の家々には、大神拝霊会の信者であることを示す御幣が下げられ、かつての勢いを取り戻しつつあった。太郎の母・美樹は、11年前に亡くなった筈の瑞香が庭にいたことを太郎に話す。その言葉に、太郎は母が「壊れて」しまったのではないかと戦慄する。さらに古森酒蔵には、瑞香に会えることをほのめかす、大神拝霊会の信者が訪れていた。

大神拝霊会の勢いが増すにつれ、水天町には数多くの鳥居が構えられるようになった。2つの台風が接近するなか、町は異様な空気に包まれる。駒玖珠 都は、加畑憲子らによって新たな大神様になることを強いられ、奉られていた。そんな中、亀岩神社の境内に集まった古森太郎、大神 信、中嶋匡幸、星野道男、鈴木誠一、平田篤司、鳳 麗華、猿田は、都を助けたい、という太郎の言葉に同意し、この異様な水天町を打開する方策について話し合う。

「龍神が降りてくる」――大神拝霊会の新しい教祖、駒玖珠 都の言葉に呼応するかのように、水天町には日本をはじめ世界各地の修験者やシャーマンが集まっていた。また、小学生が強制的に教祖をさせられている、という鈴木誠一のタレコミにより、数多くのマスコミが水天町を訪れ、一時町は騒然となる。都を救出するため、巫女姿に女装した古森太郎は、鳳 麗華と共に大神拝霊会へと向かう。首尾よく、教祖である都に接触することに成功した太郎だが……。