南極で発見された巨大地下世界・アサイラム。この地下世界を調査するスリーパーに志願した青年・時雨は隊長ヴェーラ率いる小隊に配属される。そこで待っていたのは曲者揃いの仲間、そして死と隣り合わせの任務だった……。

スリーパーのサポート役『サニティ・アンカー』のスミレ。時雨は彼女の指示のもとアサイラムの調査活動を行うが、二人の歯車は噛み合わない。そんな折、時雨はスミレの過去を知ってしまい……。

小隊の休日。時雨は小隊の仲間たちと街へ向かい一時の休養を取ろうとするが、チンピラたちの揉め事に嬉々として首を突っ込むラリーの行動に巻き込まれてしまう。果たしてラリーの目的とは……？

小隊でのレスリーの存在感を目の当たりにした時雨。レスリーとは何者か？小隊の面々とレスリーの過去を調査し始める。当のレスリーは時雨を夜の街へと連れ出す。そこで遭遇したのは彼の過去に関係する人物だった……。

エルシー暗殺の命令を受けた時雨は心ここにあらず、任務でも同じ後衛の小鳩との連携をおろそかにしてしまう。見かねたレスリーが彼に与えたのは『小鳩との連携強化月間』。しかし時雨は小鳩の“事情”を目撃してしまい……。

エルシー暗殺が決行されることとなった。レスリーの導くままアサイラムを進む時雨は難なく目的地に近づくことに違和感を覚えつつも、ついにその瞬間は訪れる。時雨は狙撃の任を担い、暗殺作戦はスタートするが……。

レスリーの死。まだそれを受け入れきれない時雨たち。先行きを案じる彼らをよそにヴェーラは無情にもエルシー暗殺計画の継続と任務の遂行を告げる。そして、レスリーに替わって現場の指揮官となったのは……。

レスリーの残したメモ。それを手掛かりに時雨は彼が伝えようとしていた真意を探ろうとする。一方、エルシー暗殺計画に対する風向きが悪くなり、ヴェーラも本格的に始動。目的地に到着した時雨が驚愕したそのワケは……。

時間を何度も繰り返していたヴェーラ。時雨たち小隊の面々はその彼女の秘密を知る由もなかった。しかしながらレスリーの死を経験した彼らはこれまでのヴェーラの核心を得ようとある策に乗り出す。それは……

除隊。突如ヴェーラより言い渡された時雨はただその通告を受け入れるしかなかった。小隊の仲間たちが開いた送別会、時雨は中座した際に瀕死の男と遭遇する。その男が口にしたのは“ヴェーラに迫る危機”だった。

時雨は死んだ。かに思われた。目覚めるとそれは除隊を言い渡された次の朝。見覚えのある光景。会話。「正夢か？それとも……？」導かれた時雨はついに事件の核心に迫っていく。

幾度も時間を繰り返した時雨。彼はそれまでの展開と結果を受け、１つの答えに至る。ヴェーラを救うためには一人では不可能であるということ。小隊の仲間に今一度協力を求めた時雨は果たしてヴェーラを救えるのか……