侍の国?そう呼ばれていたのは今は昔。かつて侍達が仰ぎ夢をはせた江戸の空には、突如舞い降り台頭した『天人』の船が飛び交い、街には天人達がふんぞり返って歩く。侍は剣も地位も、そして誇りも失った……。 そんな江戸の街で万事屋を営む坂田銀時の元に依頼人・加藤健が現れる。無くした物を取り戻したい。そのためには三千万ほど必要だという。身に続く不幸を語る加藤に、万事屋はやむなく協力することになる。一方そのころ、江戸の片隅では天人カリヤとその一味が、江戸掌握を目論み策謀を交わしていた……。
突然獅子村に襲われる銀時だったが、油断した隙をつき事なきを得る。彼が神楽達に合流したとき、依頼人・加藤は修行に耐えられず、彼らの元を去っていた。銀時はひとり酒をあおる加藤を見つけると、共に酒を飲み、加藤に語りかける。本当に忘れたいことからは逃げても逃げ切れるものではない、と。その銀時の横顔を見つめ、加藤は強くなろうと思ったきっかけを語る。銀時は加藤の大切な物を取り戻すため、力になることを決意。神楽、新八とともに『ドリフト星大使館』へと乗り込む。そこに待ち受けていたのはご馳走の山だった!?
天人が降り立ち、侍たちが剣を捨ててなお、侍の誇りを失わずに剣の道を貫いた新八の父。死ぬ間際、姉弟に託したのは、侍の魂だった。父の遺した道場を守るべく、慣れないバイトに励む新八。しかし、剣の道一筋だった少年に世間は辛く、店長になじられ、天人には嘲笑を浴びせられる。そんな彼の前に一人の男が現れた。天人のちょっかいのせいで台無しになったチョコレートパフェのために店長を殴り倒し、天人たちをなぎ払う姿に、新八はまっすぐな侍を見る。そう、彼こそが万事屋銀ちゃんこと、坂田銀時。天然パーマがチャームポイントの、ラストサムライだった!?
新八が万事屋に身を置いて半月。侍の魂を見たのは幻だったのか、銀時にその輝きを見いだせず、新八は早くも後悔しはじめていた。そんなある日、スクーターに二人乗りをしていた銀時たちの前に少女が飛び出し、勢い余って轢いてしまう。怪我をし、意識を失った少女を連れ、病院へ急ぐ銀時。その彼らの行く手を黒塗りの車が阻み、突然発砲をしてきた。慌てる銀時たちを余所に、意識を取り戻した少女は持っていた傘で銃撃を防ぎ、傘に仕込まれた銃で彼らをなぎ払う。ある理由で少女はヤクザに追われており、彼女を逃がすために新八は行動を開始するが……。
いつもと変わらぬ万事屋の喧噪。そんな中、階下のスナックお登勢に飛脚スクーターが突っ込んだ。息も絶え絶えに、大事な小包を届けてくれるよう万事屋の面々に頼む飛脚。銀時たちは、やむなくそれを届けに宛先である戌威星大使館へと向かう。しかし小包が爆発し、銀時たちはテロリストと間違えられてしまうのだった。とっさに逃げようとするが、今一歩のところで新八が捕らえられ、銀時、神楽を巻き添えにして門番に囲まれてしまう。もうダメか……その時、助けに入ってきたのは銀時の旧友、ヅラこと桂小太郎だった。そして、その様子を密かに見守っていた幕府の警察組織・真選組が動き出す……！
桂の爆弾から結果的には皆を守った銀時たちだったが、その後警察の取り調べを受けていた。銀時たちの仕業だろうと疑い続ける警察に、じっと時計を見つめていた新八がついに切れる。その剣幕に、彼らはようやく釈放されるのだった。警察署の前で恨み言を並べる銀時と神楽をおいて、新八は一人足早に去っていく。そして残された銀時と神楽の前に、脱獄囚が警察に追われやってきた。男は神楽を人質にとり、銀時にパトカーを運転させ逃走を図る。なぜ逃げたのかを問う銀時に男は「今日は特別な日だから……」とだけ答えるのだった。
央国星のハタ皇子の下から、ペットのペスが姿を消した。捜索を命じる天人を苦々しく思いつつ、入国管理局は万事屋に捜索を依頼する。天人絡みの依頼と聞いて一度は断る彼らだったが、積まれた大金にあっけなく尻尾を振ることを決めた。さっそく依頼をこなそうと、行動を開始する銀時たち。港のタコ漁師、タコ焼き屋、スナックと手がかりを求めて彷徨うが、ぺスはなかなか見つからない。途方に暮れる銀時は、最終兵器を持ち出すが……。
真選組が江戸の治安を守るために奮闘しているのを他所に、局長の近藤はスナックで働くお妙相手にくだを巻いていた。自分はダメな奴だと落ち込む近藤に、愛する人なら欠点ごと愛することが出来ると微笑むお妙。その彼女に近藤は一目惚れし、結婚を申し込むがグーで殴られる。しかし近藤は諦めきれず、拒絶するお妙にあの手この手で熱烈なアピールを繰り返す。堪忍袋の緒が切れたお妙は、銀時を巻き込んで一芝居打とうとするが、事態は意外な方向へと発展してしまう……。
局長が女を賭けた決闘で負けた。土方から沖田へ、沖田から真選組内へと噂は瞬く間に広がり、隊内に動揺が走る。おまけに近藤の無様な姿がTVで放映されたとあって、土方はどうにかして真選組の威信を取り戻したいと考えていた。それには、近藤を負かしたという銀髪の侍を消すしかない……。隊士達が銀時を探し回るなか、自らも市中に赴く。一方、自分が真選組の殺意を一手に引き受けているとも知らず、銀時は万事屋に手伝いを依頼に来た大工に、半ば強引に連行されていた。悪態をつきながらも仕事を手伝う銀時に、真選組の刃が迫る……。
ハタ皇子が再び江戸を訪れた。ペスを失ったことに心を痛める皇子は、今度こそ可愛いペットを得ようと、江戸市中の動物園を巡る。一方、酢昆布をむさぼる神楽は、万事屋の前におかれた箱に愛らしい姿を見つけ、満面の笑みを浮かべる。それは、ちょっと……いや、かなり大きい犬のような生き物だった。銀時の反対を押し切り、神楽はその生き物を飼いたいという。定春と名付け、力の限り戯れる神楽とは対照的に、ことあるごとに噛みつかれ満身創痍の銀時と新八。定春に手を焼く二人は……。
交通事故に遭い、入院している新八のお見舞いに行った銀時と神楽。病院でも相変わらず騒々しい万事屋の面々。そんな銀時たちの話が聞こえたのか、向かいのベッドのじじいからある依頼を引き受けることに。それはじじいの甘酸っぱい想い出の女性を探し出すことだった。手がかりは、かつてじじいがどさくさの中で手にしたかんざしと、その持ち主が団子屋の看板娘だったという情報のみ。捜索を始める万事屋だが、今ではその団子屋を知るものもなく、早くも行き詰まる。一か八かでかんざしを定春に嗅がせ、匂いを辿らせようとする神楽。定春が導いた先は驚くべき場所だった……。
銀時たち万事屋の大家・お登勢はある夜、路地裏で腹を空かせ途方に暮れる猫耳の天人・キャサリンと出会い、彼女をスナックお登勢に迎え入れた。熱心に働き、よく気がつく彼女をお登勢はいたく気に入る。万事屋はといえば、神楽の旺盛な食欲に、財政はますます困窮。銀時たちは常に空腹を抱えているのだった。一方、店の売り上げを何者かに奪われる事件が繁華街に頻発するようになる。そんなある日、警察が事件の捜査への協力を求め、スナックお登勢を訪ねてくるのだった。
万事屋に人捜しの依頼が舞い込んだ。幕府に仕える由緒正しい家の娘が、家に帰らず行方不明だという。この件を穏便に解決したい依頼人の頼みを、しぶしぶ引き受け捜索を始めた銀時たちは、娘がよく遊びに来てたというクラブに聞き込みに行く。手がかりを得られず、人捜しに飽きた神楽は、娘に容姿が似ている男を連れて帰ろうとするが、その男の様子が急変する。駆けつけたウェイターの話では、最近この界隈に怪しげな薬が出回っているらしい。一方、ひとり席を外し、二日酔いでトイレに籠もる銀時は、扉の外から声をかけられた……。
・男にはカエルに触れて一人前みたいな訳のわからないルールがある 銀時と桂により、宇宙海賊の船が墜とされた。これを契機に、海賊や天人と癒着し違法薬物で利益を上げる幕府高官を誅しようとする攘夷志士の動きが活発化する。これに応じるべく、真選組にも要人警護の命が下った。幕府に拾われてなければ、真選組の今はない……。愚直なまでに幕府に尽くそうとする近藤に対し、不正をはたらく天人や高官たちへの不満をあらわにする隊士たち。そんな中、警護対象であるカエル天人を庇い、攘夷志士の兇弾が近藤の肩を貫く。隊士たちの不満が爆発しかけたそのとき、土方の声が響いた……。 ・脇だけ洗っときゃいいんだよ脇だけ 神楽はある日、公園でいじめられていた少女を助けた。何かに悩んでいるようなその少女に、万事屋として相談に乗ると申し出る神楽。すると少女は「一日だけ友達になって」と言うのであった。一方そのころ、真選組隊士たちは炎天下の中、極秘の命により人捜しを続けていた。探しているのは彼らが主と仰ぐ将軍の妹、そよ姫。かぶき町に目撃情報ありとの報告に、道を急ぐ近藤たち。そのかぶき町では、神楽と少女が博打をしたり酢昆布を食べたり、楽しく過ごしていた……。
早くも定春の面倒を押しつけられた銀時は、過剰なコミュニケーションの前に息も絶え絶え。そこへ桂が珍妙な生物を連れて現れた。宇宙商人・坂本によって贈られたそれは、エリザベスという名のペットらしい。宇宙生物嫌いの桂がペットを連れていた事に銀時は驚く。そんな中、銀時たちはTV番組で変な動物を募集しているのを知る。優勝者に進呈される豪華賞品に目がくらみ、銀時たちは番組への出演を決めるのだった。
昼間から公園でたそがれる長谷川に神楽が「何故昼間からこんなところにいるのか」と声をかける。一時の勢いでハタ皇子を殴り、入国管理局を首になった長谷川は、まるでダメなオッさん、略してマダオ街道まっしぐらだった。切腹を命じられ、夜逃げしようと家に戻るとマダオにはついて行けないと妻に逃げられる始末。色々なものを失った彼が唯一得た友人が、パチンコ店で仲良くなった銀時だった。
将軍が姿を見せる祭りを前に、お登勢率いるかぶき町町内会一同は江戸一番の発明家、平賀源外の元に詰めかけていた。昼夜問わず騒音を立て、ガラクタばかりを作り続ける源外に、ついに堪忍袋の緒が切れたのだ。お登勢に動員された万事屋一同は、目には目をとばかりに大音量のカラオケで対抗するが、突如として現れたロボット「三郎」に阻止されてしまう。有無を言わさず源外の工房を河川敷に引っ越しさせた万事屋だったが、三郎をはじめ、源外が作り上げたロボットはみなボロボロに。将軍が列席する祭りにカラクリ芸を披露するために作り上げたという源外だったが．．．。一方、なにやら危険な雰囲気の男が江戸に姿を現すのだった。
姉への贈り物にと、胸の部分に『宇宙怪獣ステファン』と書かれた名札が縫いつけられた、どことなくエリザベスに似た人形を手に帰宅する新八。ところが、家に帰った新八を待ち受けていたのは、狂戦士と化したお妙の長刀の斬撃。慌ててよけるものの、ステファンは長刀に貫かれてしまう。ステファンを握りつぶしながらお妙が語る怒りの原因……それは、昨今江戸市中を騒がせる下着泥棒に下着を盗まれたというものだった。姉の怒りをなだめるべく、新八は銀時に相談を持ちかけるが……。
楽して儲けようとパチンコに運命を委ね、そして散った男たちがいた。拾った小銭で買った棒アイスを咥えながら自らの行いを悔いる銀時と長谷川。そんな二人のもとに、うまい儲けが飛び込む。海に出没する宇宙生物に懸賞金が掛けられたというのだ。エイリアンを一本釣りし懸賞金を掴もうという銀時と長谷川の提案で、海へ向う万事屋一行。しかし、海にたどり着いた彼らを待っていたのは、閑散とした浜辺と海の家で焼きそばを焼くオヤジだった。しかし、実はこの懸賞金は……。
蚊の多い夏の夜、真選組の隊士たちは怪談に興じていた。隊士稲山が語るその怪談は、真夜中の寺子屋に赤い着物を着た女の幽霊が現れるというものだったが、その幽霊が真選組屯所にも現れた。隊士の半分以上が倒れ、みな「赤い服を着た女」の事をうわ言の様に口にしていた。隊士たちは本当に幽霊に襲われたのか？見えない影に怯える近藤は、拝み屋を雇ってこの事態を乗り切ろうとする。しかし、やって来た拝み屋は、インチキ臭い集団だった。
・男ならとりあえずカジキ！ 池の畔で釣り糸を垂らす万事屋一行。しかし、釣れるのは怪しげな魚ばかり。そんな時、神楽の竿に大物のアタリが!?だが、釣り糸の先に掛かっていたのは、緑の身体で頭に皿……。誰もがあの妖怪を思い浮かべた刹那、銀時の跳び蹴りが炸裂する。河童などいない、と現実から逃れようとする銀時。たが、眼鏡を割られ怒った河童にあっと言う間に三人とも捕まえられてしまう。三人を正座させ説教する河童は、自らを天人の海老名さんと名乗った。そして彼は今、池を追い出されようとしているらしい。しかし、海老名さんには池を守らなければならない理由があった……。 ・扇風機つけっぱなしで寝ちゃうとお腹こわしちゃうから気を付けて うだる暑さの中、クーラーのない万事屋は蒸し風呂と化していた。そんな中、涼を運ぶ唯一の機械「扇風機」を銀時と神楽が奪い合い、ついには壊してしまう。やむなく代わりの扇風機を手に入れるべく外に出る銀時だったが、その行く手には困難が待ち受けていた。いくつもの電器屋を訪ねて回る銀時に対し、時代遅れの扇風機は見当たらず、エアコンを勧められるも予算がそれを許さない。やがて銀時が行き着いたのはリサイクルショップ「地球防衛基地」という店。扇風機を求めて入った銀時を迎えたのは、その店の女主人が守る「せんぷうき」を巡る戦いだった……!?
ある朝のこと。いつも通り万事屋へと出勤した新八は、銀時を叩き起こそうとして信じられないものを見た。銀時の部屋のふすまを開けると、そこには布団の上で絡み合う銀時とくノ一の格好をした女の姿が……！酒を飲んで昨夜の記憶がない銀時に、さっちゃんと名乗る女は納豆をこねながら、ふたりが夫婦の契りを交わしたと告げる。かくして、さっちゃんは押しかけ女房として万事屋に居座ることとなった。銀時の受難の日々が始まったかと思われたが、さっちゃん宛ての一本の電話が事態を急変させる……。
買い物から帰って来た神楽は随分と横柄な態度。それもそのはず、神楽は町内会の福引で宇宙の旅を引き当てていたのだ。さっそく宇宙港に向かう万事屋一行。ところが、ペットの連れ込みは禁止と言われてしまい、定春を連れて入る事が出来ない。どうしても連れて行きたい神楽は係員と押し問答。そんな中、定春は出発ロビーで寝ていたサングラスの男に噛みついてしまう。が、男は定春に気づかず噛み付かれたまま人混みに消えて行く。万事屋一行を乗せ宇宙へ出発する宇宙船。だが、「萌える闘魂」を名乗る組織が現れ、宇宙船をハイジャックする……。
マドマーゼル西郷——かぶき町四天王の一人で、鬼神と呼ばれるオカマだ。その西郷を化け物呼ばわりしたために、女装させられ、彼（彼女？）の営む『かまっ娘倶楽部』で働かされることになる銀時。店へ連れて行かれるとそこには銀時同様、女装させられた桂の姿が。口では逃げ出すチャンスを伺っていると言う桂だが、どう見てもオカマに囲まれた生活に馴染んでいる。そんな折、ふたりは西郷の息子、てる彦がいじめられているところに遭遇する。なにやら訳ありの様子に、てる彦の身を気遣う桂だったが……。
祝放送半年！ということで、寄せ集めの総集編でお茶を濁そうなどと話をしている万事屋一行。しかし本心はそこには無く、久々に食卓へのぼったすき焼きから注意を逸らし、一切れでも多く肉にありつこうと、お互いが牽制しあっていたのだ。激しい腹の探り合いが繰り広げられる中、銀時と新八が神楽を陥れ鍋へと襲い掛かる。が、勢い余って鍋の中身は四散。騙されたと気づいた神楽は銀時と言い争いを始める。殺伐とした空気が流れる中、先程の悲劇を繰り返さぬために、まずは肉の安全を確保することが先決と思案を巡らせる新八。と、そこへ新たな鍋の参加者が……肉争奪戦はますます混迷の一途を辿る。
長谷川に頼み込まれ、彼が務めるコンビニ『大江戸マート』を一日預かることになった万事屋一行。だが、神楽と銀時の中途半端なやる気が災いして、客に迷惑かけ放題。ただひとり真面目に働く新八は、その様子に呆れ顔。そんな時、万引きをはたらこうとしているヤンキーに新八が気付く。捕らえてみると、それは新八の幼なじみタカチンだった。幼き寺子屋時代、新八がタカチンを見捨てたあの日から、タカチンは苛めにあい続けていた。しかし今は『舞流独愚（ぶるどっぐ）』というチームに入り、怖れられているという。道を踏み外しかけている彼を連れ戻すべく、新八は『舞流独愚』の集会に殴り込んだ。
女子プロレスの会場で、闘うアイドルお通に声援を送る新八と興奮して思わず乱入する神楽。呆れつつ眺める銀時の前に沖田が姿を見せる。暇なら付き合ってくれ、という彼の言葉に導かれ、スラム街の奥で彼らが見たものは『煉獄関』と呼ばれる地下闘技場だった。沖田は、巨大な権力を背景に殺し合いを見せ物にすることに、嫌悪感を示す。そして、そこで鬼の面をつけて闘う煉獄関最強の闘士・鬼道丸を指さし、彼を探れば何か出てくるだろうと告げる。万事屋一行は沖田の話に乗り、鬼道丸の屋敷を見張るが……。
乙女座で、あごひげを蓄えていて、今歯を磨いている人は今日死にます……。歯を磨きながら観ていた占いコーナーで結野アナににこやかに断言され、近藤は乾いた笑いを漏らす。そこに怒鳴りながら現れ、いきなり銃を撃ち放つ松平。真選組が煉獄関に手を出したことがバレ、二人は城に呼びつけられたのだ。土方と沖田の暴走に困惑する近藤だが、城にたどり着くまでに消されるかも知れないと脅されパニック状態に。周り全てが殺し屋にしか見えなくなった松平は、殺し屋対策としてさっちゃんを呼ぶ。かくして、城へと向かう危険なドライブが始まった……。
・慌てるな！クーリングオフというものがある 星をも切り裂く妖刀『星砕』。その伝説の刀を求め、夜な夜な刀狩りを繰り返すひとりの男がいた。男の名は岩慶丸。武者修行の傍ら、彼の強さに見合う最強の武器を求めて地球へと来た天人だ。一方、万事屋では神楽が通販番組で勝手に大量の買い物をしていた事がバレ、銀時と新八に返品するように迫られていた。返品のため購入した商品を取り上げられ不機嫌になる神楽だったが、ふと目に止まった銀時の木刀を見てひとつの計画を思いつく。だが、それが全ての騒動の始まりだった……。 ・テレビとか新聞とかちゃんと見ないとダメだって 神楽の悲鳴ににわかに騒がしくなる万事屋。その元凶はゴキブリ。ゴキブリごときと退治に向う銀時と新八だったが、這う這うの体で退散してくる。なぜならそのゴキブリは巨大ゴキブリだったからだ。同じ頃、テレビでは江戸市中の至る所で巨大ゴキブリが発生している事を伝え、ハタ皇子が宇宙ゴキブリについて解説をしていた。そして、「絶対殺してはいけない」と、殺そうとすると仲間を呼ぶからだ。そんなことは知る由も無い万事屋一行は、巨大ゴキブリを仕留めに掛かる。その時、ゴキブリが悲鳴を上げた……。
新人アイドル寺門通とアイドルグループ「反侍（はんさむ）」リーダーGOEMONの熱愛発覚！このニュースは新八たち親衛隊を失意のどん底へ叩き込んだ。その様子を冷ややかな目で見ていた銀時も憧れのお天気お姉さん・結野アナが結婚していたことが判り茫然。そしてその二人をせせら笑う神楽。そんな万事屋にお通が訪れた。熱愛発覚以来、脅迫の手紙が何通も送られて来るようになり、銀時に助けを求めて来たのだ。だが、犯人の目星がまったく付かない。「ならば張り付いて護るのみ！」新八は全身全霊を賭けてお通を守ることを決意。かくして万事屋一行による、お通の護衛が始まった。
地面に仰向けで倒れている銀時、青空は赤く染まっていく……。銀時はその場で意識を失うと病院へと担ぎ込まれた。ジャンプを買おうとバイクを走らせていた銀時は、携帯電話片手に運転をする車に突っ込まれたのだ。病院に駆けつけた新八たちは意識を取り戻した銀時と対面するが、彼は全ての記憶を失っていた……。それまでとは正反対の誠実な好青年のようになってしまった銀時を、何とか元の死んだ魚のような眼をした銀時に戻そうと、新八と神楽は銀時を連れて万事屋へ戻る。しかし、いっこうに記憶が戻る兆しは見えない。仕方なく、きっかけを求めて江戸市中を彷徨う万事屋一行だが……。
銀時が万事屋の解散を宣言し、江戸の町へ消えてから二週間が経った。宇宙船によって大破し、無残な姿を晒す万事屋で、ひとり籐椅子を揺らしながら酢昆布をむさぼる神楽。迎えに来た新八に対し神楽は、銀時が記憶を取り戻し帰ってくるまで諦めないと告げる。一方その頃、真選組の密偵としてマムシの工場に入り込んだ山崎は、そこで意外な顔を発見した。記憶を失った銀時と近藤だ。生き生きとした表情で勤労に励む銀時は、ジャスタウェイの組み立てスペシャリストとなっていたのだ。しかしジャスタウェイが爆発したことをきっかけに、騒動に巻き込まれてゆく……。
記憶喪失から戻ってきた銀時は、人生のリスタート記念に溜まりに溜まった家賃もリセットしようとお登勢に掛け合うが、無情にも大破した万事屋を１週間以内に修復しないと追い出す、と宣告されてしまう。仕方なく慣れない大工仕事に精を出すが、素人の銀時たちの手に負えるものでもなく、苛立ち暴走した神楽と銀時によって、万事屋は修理どころか更に破壊が進む有様。そんな彼らのもとに坂本からの小包が届けられた。中には手紙とともに、ちっちゃいオッサンが２人詰められていた。彼らは自らをデリバリー大工と名乗り、万事屋の再建を始めるが……。
ネコミミアイドルTAMAの登場により、お通の人気が危ない……電車の中でそんな話題を熱く語る寺門通親衛隊の面々。親衛隊の中にもTAMAに浮気した者がいると知り、鉄拳制裁を加える新八。だが、その一撃は偶然にも、酔った松平に絡まれていた娘を助けることになった。お礼を述べるその娘は、なんとネコミミ。その可愛さに一瞬で虜になる新八だったが、エロメスと名乗るその娘からお礼のデートに誘われてしまう。対策を練るべく、ネットの掲示板で助言を求める新八。だが、これが間違いの始まりだった。そして運命のデートの日を迎える……。
・恋にマニュアルなんていらない（延長戦） エロメスに部屋へと連れ込まれた新八を銀時たちは裏通りから見張っていた。そんな彼らの前を、ネコミミ女が通り過ぎる。一方、痴漢として検挙された松平は、取調室で近藤、土方、沖田にエロメスがキャッツイアーと名乗る怪盗であることを打ち明けていた。居酒屋で飲んでいた所に声を掛けられ意気投合。次の店へ向かう電車の中で何故か騒ぎ出し、痴漢にされてしまったというのだ。しかも、キャッツイアーは警察手帳と財布までも抜き取っていたのだ。「貴方のハートと財布はいただいたわ」と言うカードを残して…。 ・外見だけで人を判断しちゃダメ ヤツがついに動く……。「池田屋」に呼ばれた近藤・土方・沖田に、そう告げる松平。一同に緊張が走る中、松平は再び告げた。「決戦だ」と。「ヤツ」が誰だか判らぬまま、近藤たちは松平への助力を誓う。そして彼らは遊園地にいた。彼らが見守る中、松平の娘、栗子に駆け寄る軽薄そうな七兵衛。そう、松平は娘に言い寄る男の抹殺を企てていたのだ。呆れ果て、踵を返そうとする土方だが、お妙に振られ続けの近藤は俄然乗り気。沖田も悪のりしてしまう。こうして、デートを見張りつつ、隙あらば別れさせようとする、漢たちの哀しくも壮絶な戦いが始まった……。
夜の仕事を終え、朝日の中を家路につくお妙とおりょう。客の愚痴などをさわやかに交わしていると、橋にさしかかったところで新人の花子が身投げしようとしているのを目撃する。あわてて止めに入ったお妙は、落ち込む花子をひとまず家へと連れ帰る。大阪からダンサーになるために出てきたという花子は、夢を叶える力を与えてくれるという怪しげな団体「夢幻教」に誘われ、貯えていたお金を彼らのために使い込んでしまったと言うのだ。 花子の手引きで夢幻教に潜入する万事屋一行だったが……。
・サンタなんていねーんだよって言い張る奴こそホントはいるって信じたいんだよ 雪が降りしきる夜。肉まんを買いに出た帰り道、銀時は道ばたで言い争う赤い服を着たじいさんとトナカイに出会う。ソリが大破し、仕事が出来なくなったと嘆くサンタに、困っているなら力になると告げる銀時。物陰から調達してきたリヤカーに、ソリじゃないとイメージが……と、ごねるサンタ。だが、銀時に説き伏せられ、黒ずくめの衣装を着せられて仕事を始めることになる。こうして、泥棒っぽいサンタとトナカイ、そして銀時の、夢を届ける夜が始まった……。 ・煩悩が鐘で消えるかァァ 己で制御しろ己で 更けてゆく大晦日の夜。銀時はジャンプ合併号を求めてコンビにいた。残っていた最後の一冊に銀時が手を伸ばすと、同時に服部の手がジャンプを掴んだ。お互いもっともらしい理由をつけて譲らせようとするが互いに譲らず、相手の隙を見て会計を済ませてしまおうとする。が、二人ともお金が足りない。仕方なく二人でお金を出しあってジャンプを購入。しかし、どちらが先に読むかで再び揉めてしまう。煩悩を払う除夜の鐘の鳴り響く中、忍者vs侍の、ジャンプをかけた煩悩全開の戦いが始まる……!?
・雪ではしゃぐのは子供だけ 江戸の街は大雪に見舞われ一面の銀世界。そんな中、祭りの始まりを告げるお登勢の声。かぶき町雪祭り、と題されたその祭りは、雪像を作り、グランプリには賞金が出るというものだった。賞金につられて参加する銀時たち万事屋は、ネオアームストロング・サイクロンジェット・アームストロング砲と主張する誰が見ても『ピーー』にしか見えない雪像を作り上げる。新八の冷静なツッコミを他所に、訪れた人々はその完成度に目を見張るばかり。しかし、他の参加者の作品の出来が気になる銀時は、神楽とともに密かに妨害工作を始め、会場に別の意味で祭りの予感が漂い始める……。 ・冬に食べるアイスもなかなかオツなモンだ 花火屋「角屋」の若旦那に呼ばれ、屋敷に出向いた銀時たち万事屋一行。出されたエスカルゴの食べ方が判らず、お手伝いさんに投げつけたり頭に乗せたりとやりたい放題。そんな騒動の輪に何故か馴染んでいる老人がいた。老人を自分の父だと紹介する若旦那。病に伏せた妻の看病をするため、花火職人を引退した父だったが、生き甲斐である仕事から無理に離れたせいか、それ以来、奇行が目立つようになったのだと言う。そこでやむなく万事屋に世話を頼んだのだが……。
桂は真選組の検問を強行突破しようとして、沖田のバズーカ砲を浴び、足を負傷してしまう。屋根伝いに追手から逃れようとするなか、ラーメン屋「北斗心軒」の女主人・幾松に下着泥棒と間違われ撃退される。翌朝、お詫びに出されたラーメンを啜っていると、騒々しく手下を引き連れた幾松の義弟が店に踏み込んでくる。その険悪な雰囲気と、困惑気味な幾松の様子に、桂は一計を案じ義弟たちを追い出す。その会話の中で幾松が未亡人であること、夫の死には攘夷志士が関わっていることを知る桂。心に傷を抱えた男と女の、奇妙な同居生活が始まる……。
江戸の街が映画「えいりあんVSやくざ」の話題で盛り上がっている頃、宇宙から飛来したえいりあんが江戸の街に潜り込んだ。えいりあんばすたーとして名高い星海坊主の助言で、近藤は真選組に非常線を張らせる。その頃、おなじく江戸の街を騒がせている「拙者拙者詐欺」にまんまと引っかかった神楽は、銀時を騙る電話の相手に命じられるまま、銀行へ走る。だが、運悪くそこにはえいりあんが潜伏していたのだ。神楽を心配して駆けつけた銀時、新八をも巻き添えにして、えいりあんに飲み込まれようとしている神楽。その時、一行の前に星海坊主が現れる。神楽はその姿を見て、驚くのだった……。
銀時に別れの言葉を告げられた神楽は、失意のまま、父・星海坊主とともにターミナルの宇宙船乗り場にいた。神楽を解雇したことを銀時から聞きつけた新八は、神楽が万事屋を、そして銀時をどれだけ大事に思っていたか考えろと食って掛かる。そして自分も辞めると言い放ち、万事屋を去るのだった。一方、発進を控えた宇宙船の貨物室では、ハタ皇子のじいが積み荷の整理を指示していた。気味の悪い積み荷に怯える整備員たちの目の前で、じいがひとつの瓶を割ってしまう。それが、江戸を混乱に陥れる事件の始まりだった……。
えいりあんに混乱するターミナルに定春とともに現れた銀時だったが、突入するや否やその触手に飲み込まれてしまう。一方、この騒ぎの原因であるハタ皇子とじいを助けて傷つき倒れていた、神楽を発見した星海坊主は、ハタ皇子たちに掴みかかる。だが、神楽はそれを止め、人を護ることに力を使ったことを誇るのだった。そこへ襲いかかるえいりあん。触手に捕らわれた神楽が飲み込まれようとしたその時、口を突き破って出てきたのは銀時と定春だった。罵りあいながらもえいりあんに立ち向かう銀時と星海坊主。そして上空には、松平率いる幕府の艦隊が姿を現した……！
星海坊主は旅立ち、神楽は江戸に残った。スナックお登勢でしんみりする仲間たちの姿を見て、イタズラ心をおこし、窓の外から店の様子を伺う神楽。しかし神楽がいない寂しさは、いつの間にか別の話題へと移ってしまう。銀時の股間、美人女医、女性陣のキャラ作り……。そして話はいつしか、万事屋の欠員を埋める新たなヒロイン選定へと移っていく。さっちゃん、お妙、そしてキャサリン。3人が壮絶な争いを繰り広げる中、万事屋男性陣が選んだ次なるヒロインとは……!?
極悪奉行・遠山珍太郎に捕まったエリザベスの救出を、食べ物で釣って万事屋に依頼しようとする桂。案の定依頼を受けてしまった万事屋一行と桂は、忍びの助けを得ようと“くの一カフェ”で働くさっちゃんを訪ねる。仕事を盾に助けを拒む彼女だったが、銀時の罠にはまり店をクビになり、協力させられることになってしまう。一行はさっちゃん指南の元、まずは忍者の心得を会得しようと奮闘する。一方、悪代官遠山もエリザベス救出のために桂が動き出したことを掴んでいたのだ。
ある夜のこと。飲み過ぎた銀時が万事屋に帰宅すると、定春が巨大化していた。イチゴ牛乳を飲ませつつ、巨大化した原因を考える銀時達だが何も思い浮かばない。銀時が居酒屋で貰ってきた犬語翻訳機も当てにならず、途方に暮れる3人を尻目に、更に巨大化する定春。そんな定春がTVで中継されると、江戸の街は騒然とし、野次馬が万事屋に押しかける。彼らから投げられる石が、神楽を傷つけるのを見た定春は…。
定春の暴走による賠償金を払うために、貯金どころか神社まで手放した阿音。スナック「すまいる」で働く彼女は、男を手玉に取る看板娘だ。だが、おなじく「すまいる」の看板娘であるお妙とはソリが合わず、なにかにつけて衝突する仲。阿音ご指名のお得意様、菊屋の旦那をお妙がボコボコにしたことで、店長は遂にある決断を下す。明日の売り上げ集計で負けた方をクビにする、と。こうして仁義なき女の戦いが始まるかに見えた！しかしその夜、お妙は阿音に「勝負を降りる」と告げる。だがそれこそが、お妙の先制攻撃だった……！
例年以上にひどい花粉に悩まされる銀時たち。一説にはどこかの星の植物が原因だと言うが、詳しいことは判らずじまい。あのお登勢が店を休むほどの花粉と言うから、ただ事ではない。そんな折、かぶき町に新たな住人がやってきた。屁怒絽と名乗る凶悪な顔をした天人は、万事屋の隣で花屋を営むという。そして、その花屋こそが、この花粉をまき散らす元凶だったのだ。屁怒絽が花粉で人々を弱らせ、その隙に地球征服を企んでいると考え怯える万事屋の面々。しかし、そんな彼が、屁怒絽のもとへ回覧板を届けることに・・・。
・似てる二人は喧嘩する 真選組に仲間を捕らえられ、報復のため土方を狙う八虎留三兄弟。オフの日を狙い、定食屋で飯を食う土方の隣に座る三男だが、「土方スペシャル」ことマヨネーズ丼に怯んでしまう。そこへ時を同じくして運ばれてきたのは宇治銀時丼ことあずき大盛り丼。三男の逆隣りには銀時が座っていたのだ。お互いの趣味悪い食べ物を非難し合う土方と銀時。ついにはどちらがまともな食べ物かを判定させようと三男に無理矢理食べさせ、気絶させてしまう。一旦はその場を退く八虎留三兄弟だったが、土方を諦めたわけではなかった。それが銀時と土方の、壮絶な意地の張り合いに巻き込まれるだけとも知らず……。 ・何であれやるからには負けちゃダメ 近所の子供たちと一緒に缶蹴りで遊ぶ神楽。しかし、ムキになって遊ぶ神楽に子供たちはついて行けず、遊ぶのを止めてしまう。一人残され「ムキになって遊ぶから楽しいのに」と呟く神楽。そこに、見知らぬジジイが現れ缶蹴りで遊ぼうと持ちかける。丁度、お登勢のおごりで焼き肉を食べに行く途中だった銀時たちも現れ、皆で缶蹴りをすることに。その頃、服部全蔵の家では、葬式が営まれていた。御庭番衆最強の忍者とし多くの忍者を育て、無類の缶蹴り好きで、子供たちにも慕われていた全蔵の父が死んだのだ。
働かずして大金を手にしようと、カジノへと繰り出す銀時と長谷川。丁半博打で威勢良く張る二人だが、負けが混み、身ぐるみはがされ気付けばふんどし一丁になってしまう。勝てないのを悪霊にとりつかれているせいにして嘆く二人だったが、そこに現れた男が着物を取り返してくれる。男の名はツキヨミの勘兵衛。宇宙に名をとどろかせた名ギャンブラーだった。彼のダンディーさにヒントを得た銀時たちは、今度はブラックジャックに挑むが再び身ぐるみはがされる始末。だが、再度救いの手を差し伸べてくれた勘兵衛との会話の後、二人は彼の強さの源を知ってしまう……。
アニメ銀魂も遂に放送二年目に突入！というかなんとなくうまいことなだれ込んだというか、なにはともあれ二年目なのだが、これで『とりあえず一年は安泰』とは思えない銀時たち万事屋の面々。思い起こせば色々あったこの一年。高視聴率を期待されつつ始まった放送であったはずが、フタを開けてみれば苦難の連続。二年目に突入するこの節目に際し、銀時はやっておく必要がある『やるべきこと』を提案する。
『アナタの子供です』そんな書き置きと共に、万事屋の前に赤ん坊が捨て置かれていた。天然パーマの銀髪に死んだ魚のような目……銀時そっくりの容貌に、銀時以外の誰もが銀時の隠し子だと信じて疑わない。勘七郎の愛嬌にすっかりメロメロな新八、神楽、そしてお登勢たち。本当に自分の子供にされてしまいそうな銀時は、勘七郎を連れて万事屋を飛び出す。誰にも話を聞いて貰えない銀時は、途方に暮れるのだった。その頃、大財閥の当主、橋田賀兵衛が万事屋を訪れていた。孫・勘七郎をさらったお房という女の捜索を依頼する賀兵衛に、お登勢はキナ臭さを感じるが……。
捕らえたお房に対し、赤ん坊・勘七郎の行方を問い詰める賀兵衛。そこに、似蔵に追われた新八と神楽がなだれ込んだ。彼らの姿を見ても尚、お房への追及の手をゆるめない賀兵衛に、神楽が煙幕を張り、その隙にお房を助けて身を潜める新八たち。しかし、盲目の似蔵の前には煙幕も役に立たず、あっさりと追い詰められてしまう。一方銀時は、勘七郎を連れ、橋田屋敷へと乗り込むが、アポがないために社長＝賀兵衛に取り次いで貰えないでいた。エレベーターホールに追い詰められた新八たちに似蔵の刃が迫る中、どうにか受付を突破した銀時と勘七郎もエレベーターに乗り込む......。
かぶき町で連続放火事件が発生した。ゴミに火を付ける手口に警戒してゴミの分別が厳しくなるが、銀時はこっそりと燃えるゴミの日に雑誌を出そうとする。お登勢に見つかり、説教をくらう銀時。お登勢の捨てた煙草の火が起こした小火を消そうとしているところを、火消しのめ組の若い娘、辰巳に見つかり放火魔と間違えられてしまう。め組の詰め所で尋問されている最中に別の場所で放火事件が起こったため、銀時への疑いが晴れるものの、江戸を火から護りたいという辰巳の熱意は空回り気味。ついには父親替わりのめ組の頭に、女には火消しは無理だ、と突き放されてしまう。それでもなお江戸一の火消しになりたいと、放火魔を捕まえようとする辰巳だったが・・・・・・。
突然万事屋に乗り込んできた「おかん」。上京したまま消息を絶った息子・八郎を捜すため、万事屋に勝手に転がり込んでしまったのだ。あれこれ世話を焼いてくれるおかんに戸惑いつつ、写真を手がかりに八郎の捜索を始める銀時たち。何度か整形していることを突き止め、写真にマジックで髪と髭を面白半分に描き足す彼らの前を、その落書きされた写真にそっくりな八郎という名の男が通り過ぎた。その男こそが八郎に間違いないと確信する銀時たちは、おかんと八郎を引きあわせようとするが……。
八郎の気を失わせ、狂志郎に無理難題を押しつける黒駒の勝男に、ホストに成り済まして対抗する銀時たち。要求を頑なに拒む狂志郎に対し、勝男は見せしめに八郎にドスを向けるが、銀時がそれを阻む。そうこうしているうちに、愛犬の子供が生まれたことで引き上げて行く勝男たちだったが、お産と聞いたおかんは彼らについて行ってしまうのだった。
連続婦女子誘拐事件が江戸の街を騒がせる頃、行き過ぎた取り締まりをする真選組のイメージは急落していた。近藤は江戸市民への防犯の呼びかけとイメージアップを図り、アイドル・お通を一日局長として迎える。招かれたからにはきちんと責務を果たしたいと意気込むお通は、局中法度を手始めに真選組のイメージアップに取り掛かる。銀時たちもイメージキャラクター・誠ちゃんの着ぐるみをかぶり協力するものの、テンションが上がらない。やがて彼らが起こした騒動の最中に、お通が何者かに攫われてしまう……。
大切な荷物の運搬を請け負った快援隊。それを受け取り先の青木商会に引き渡そうとした快援隊の陸奥だが、取引場所に現れた黒ずくめの一団に、あろうことか荷物と金を奪われてしまった。困り果てた陸奥が、奪われた荷物と金の回収を依頼したのは！そして、快援隊のリーダー坂本の姿が見えないのであった。
エリザベスが万事屋にやって来た。しかし、いつも一緒にいるはずの桂はいない。何も話さないうえ、元々つかみ所が無いエイリザベスの応対に困り果てる銀時たち。とりあえずお茶を出す新八だったがエリザベスは無反応。続けて今度はコーヒーを差し出してみるが様子は全然変わらない。最後の手段として、神楽はついにある飲み物を出すことに決める。差し出されたその飲み物を見てエリザベスは黙って涙を流し始めるのであった・・・！
江戸を騒がせていた辻斬り騒動の裏には、銀時や桂とともに攘夷戦争を戦った高杉晋助の存在があった。彼は攘夷浪士の集団である“鬼兵隊”を組織し、幕府の転覆を企てていたのだ。行方不明の桂を探す神楽は、単身、高杉たちの船に乗り込んだ。迎え撃つ来島また子、武市変平太と浪士たち。必死に抵抗しつつ船の内部へと進む神楽。工場部へ神楽がたどり着いたとき、一発の銃声が鳴り響いた。
桂一派は、人斬り似蔵に襲われた桂の仇を討つため、高杉たちに戦艦で空中戦をしかけた。似蔵は自分の腕と一体になった刀型の兵器・紅桜で応戦する。 一方、武市変平太と来島また子に捕らわれている神楽を救うため、高杉たちの船に潜入していた新八は、砲撃の混乱に乗じて神楽を救出することに成功する。 一方銀時は、紅桜の製作者である鉄也の妹・鉄子とともに、高杉のもとへ向かっていた。
高杉の船の甲板で死闘を繰り広げる銀時と似蔵。対艦兵器・紅桜に意識までも侵食され、暴走を始める似蔵に、鉄子が打った刀で応戦する銀時。圧倒的な力で攻め立てる似蔵だったが、その劣勢を徐々に銀時が挽回し始める。その頃、船内では、紅桜を使って倒幕を企てる高杉とその紅桜の刀匠・鉄也に、妹の鉄子と桂が対峙していた。
桂一派と高杉一派の抗争の報告を、真選組の監察・山崎から受けた土方。その騒動の中に、万事屋らしい人物の目撃情報もあった。以前より、銀時と攘夷派との関わりを疑っていた彼は、山崎に銀時の身辺を調査するように命令する。山崎は、銀時の友人たちに話を聞いて回るのだが、彼らの話ではさっぱり要領を得ない。困り果てた山崎は、直接万事屋を訪ねることに。万事屋は留守だったが、銀時が新八の家で療養しているとの情報をつかむのだった。
忍者、服部全蔵は夜の町を駆け抜ける。時間も正確に依頼主の要望を完璧にこなす彼の職業は宅配ピザ屋。ある夜、着地しようとした彼（の尻）に銀時のバイクが突っ込む。痛む痔を顧みず、全蔵はピザ箱を拾い上げて依頼主の元へと向かうが、彼が拾ったのはピザ箱ではなく、銀時のジャンプだった。ピザの依頼人、阿国はジャンプを受け取り、尻に災厄の相が出ているから気をつけろと告げる。公園の厠の個室で一人、銀時に悪態をつく全蔵。そこへ才蔵が現れ、阿国を攫う計画を持ちかける。聞けば阿国は、「天眼通の阿国」と呼ばれる先見の術師だというのだ。
攘夷志士の頭・桂は、江戸の人々に過激派だと誤解されていることを憂慮し、好感度アップを狙ってテレビ番組の取材を受けることになった。しかし、穏健派とはいえ攘夷志士の桂は常に真選組に追われる身。インタビュアーの結野アナに取材を受けているところへ、真選組隊士の襲撃を受けてしまう。その場を、隠し持っていた煙幕にもなる「ん●い棒」で切り抜けた桂は、銀時にある依頼をするために万事屋を訪れるのだった。
子供たちの間でカブトムシ同士を戦わせる遊びが流行っていた。定春28号と共に参戦しようとする神楽だが、フンコロガシでは相手にされない。そこへ沖田がサド丸21号とともに乱入し、他の子供たちのカブトムシを奪ってしまう。定春28号の墓の前で項垂れる神楽。復讐に燃える神楽は、カブトムシが金になることを知り目の色を変えた銀時たちとともに、カブト狩りへと繰り出す。しかしそこには先客がいた。珍妙な格好でカブトを狩ろうとする真選組の面々。こうして万事屋と真選組の、カブトを巡る仁義なき戦いの幕が切って落とされた……。
寂れた団子屋「魂平糖(こんぺいとう)」で団子を頬張る銀時。向かいに出来た甘味処「餡泥牝堕(あんどろめだ)」に客を取られ、それでもなお団子一筋にのれんを守り抜こうとする主人と意気投合する銀時だが、餡泥牝堕の主人・酔唾(すいーつ)が魂平糖の土地を狙い、退店を迫っていることを知る。なかなか首を縦に振らない魂平糖の主人に、酔唾は勝負を持ちかける。
・走り続けてこそ人生 銀時は、壊れてしまった自分のバイクをからくり技師の平賀源外に直してもらった。ところが、その修理代を払わずに銀時が店から立ち去ろうとしたところ、源外が修理のついでに改造していた仕掛けを作動させる。コントロール不能になった銀時は、飛脚の天人・魔破のり子が乗るバイクと衝突してしまう。ケガをしてバイクに乗れなくなったのり子だが、彼女は特異体質の持ち主だった。 ・理想の彼女はやっぱり南ちゃん さっちゃんに新たな暗殺依頼が舞い込んだ。臓器売買に手を染めた医師・黒田平八郎が今回の獲物だ。外道にしか始末できない外道もある、と依頼を引き受けるさっちゃんに、最近いい人が出来たのか？と仲間が問いかける。銀時を思い浮かべ動揺するさっちゃん。だが、「一時の情にほだされて足をすくわれないようにしろ」と仲間に忠告されてしまうのだった。病院に看護婦として潜り込んださっちゃんは、そこに銀時（と服部全蔵）が入院しており、黒田のターゲットになっていることを知る。
お祭りの日。賑やかな縁日に背を向け、お寺の境内へ向かう銀時たち。自分も祭を楽しみたいとごねる神楽に、持ち回りの役目だからと諭す銀時。彼らが向かう先に現れたのは、頭に矢が刺さった落ち武者に扮する落さん。彼はこの祭りの肝試しの幹事で、銀時たちはこれを手伝いに来たのだ。やる気が出ず、グダグダな演技を繰り広げる銀時たち。しかし周りから評価されずにリストラされ、妻とも別れ、自分の生き甲斐は肝試しを立派に行うことだけだと語る落さんを見かねて、銀時たちは手を貸そうとする。
燃えないゴミの日に雑誌を捨てた銀時は、ホラー仕立てのテレビCMに脅されて雑誌を回収しに行くが、ゴミ置き場で女の生首を見て気を失ってしまう。翌朝、自室で目覚めた銀時は、夢かと胸をなで下ろすが、神楽の手元にはその生首が。慌てる銀時に、新八は今人気のからくり家政婦、悦子ちゃんの頭部だと教える。ボディを調達する金もない銀時たちは頭部だけの悦子ちゃんをもてあますが、そこにニュースが飛び込んできた。悦子ちゃんを作った林博士が殺され、その犯人として試作型のからくり家政婦、芙蓉が指名手配された、と。そしてその特徴は、銀時たちの元にある頭部と一致していた……。
突如としてメイドたちに襲われた銀時たちは二手に分かれた。銀時と神楽が囮となって敵のメイドたちを引きつけ、新八がタマを源外の所へ連れて行く。新八に抱えられたタマは新八の生存確率を5％と判断し、自分を放棄して逃げるように勧める。しかし、護ると決めたものは必ず護るのが侍だと宣言する新八に、タマはプログラムにはない不思議な感覚を抱くのだった。
カラクリによる江戸の支配を目論む伍丸弐號の下へ急ぐ銀時たちは、源外の戦車でターミナルを目指していた。巨大メイドの襲撃で源外と戦車を失い、神楽と定春と別れた銀時は芙蓉を伴ってさらに奥へと進む。遂に対峙する銀時と芙蓉、そして伍丸弐號。彼は芙蓉を自らの娘の生まれ変わりとして迎えようとするが、芙蓉はそれを拒否。そして「娘に笑顔を」という かつての林博士の言葉に従って、暴走した伍丸弐號を破壊しようと挑みかかった！
・犬の肉球はこうばしい匂いがする 定春の様子がおかしい。普段はペットフードを７袋もたいらげるのに５袋しか食べなかったり、ファッション誌を読んだり、マッチョな雑誌を読んだりして、神楽は気が気でない。その特集記事から、定春が恋の相手を求めているとふんだ銀時は、神楽によってメイクアップされた定春を連れてドッグランに出掛ける。定春のお目当てはなんと、黒駒の勝男の飼い犬、メルちゃんだった！ ・かもしれない運転でいけ 志士たちの集うサロンで、最近の幕府の動向を報告する桂。しかし志士たちは今流行りのドラマの話題に夢中で桂の話など聞きもしない。桂は怒ってサロンを去り……そのままレンタルビデオ屋に赴いた。ビデオを借りようとした桂に、店員は身分証明書として運転免許の提示を求めるが、お尋ね者である桂は免許を持っていない。一方、銀時は免停講習で教習所を訪れる。注意力を養うために、他の生徒との合同教習として助手席に乗り込むことになるが、運転席にはなんと桂の姿が！
山に松茸狩りに来た万事屋一同。浮かれまくる銀時の前に、摩理之介というハンターが現れ、この山は危険だから早々に去れと警告する......が、聞かずにひたすら松茸を求める銀時たち。そんな彼らの前に、宇宙キノコに操られた大熊・正宗が現れた！ 摩理之介のおかげで難を逃れた銀時たちは、報酬目当てに正宗と戦おうと意気込む。しかし銀時の頭には、正宗を操っているのと同じキノコが生えてしまっていた！！
ある日、キャサリンの眉毛がつながりかけていることに気付いた神楽たち。眉毛剃りから戻ってきた彼女の眉毛は、離れるどころかガッチリＭ字につながっていた！ しかも、なぜか凶暴化してお登勢に襲いかかり、収まったときにはお登勢の眉毛までつながってしまっていた！ 見れば、街の至る所で眉毛のつながった人々が暴れている。突如始まったマユゲ・ハザード的事態、銀時の運命やいかに！？
打ち切りの危機にさらされながらも、２年目も折り返しにたどり着いた銀魂。「テコ入れ」のおかげで乗り切れたんだと主張する銀時だが、危うく逆に打ち切りになりかけたと新八が暴露。ぐだぐだな万事屋一行だったが、さらにぐだぐだなことが発覚する。なんと、半年分の制作費を前回までで使い切ってしまったというのだ！ とりあえず今回はこれまでの75話分を振り返ってみることになったのだが……。
ある夜、スナックスマイルに土方が訪れた。騒ぐ女の子たちをよそにお妙を指名し、とある相談を持ちかける——近藤の女房のふりをして彼の縁談をぶちこわしてくれ、と。相手は猩猩星の第三王女、容姿はゴリラそのものだ。真選組隊士も現れて必死に頭を下げるが、懇願むなしくお妙にボコボコにされてしまう。そんな折、お妙を訪ねて一人の侍が颯爽と現れた。彼の名は柳生九兵衛、なんとお妙の幼なじみだという。
お妙を自分の妻として迎える、と宣言した九兵衛。その突然の振る舞いに困惑する新八だったが、別れ際にお妙が見せた涙を思い出し、近藤とともに柳生屋敷へと乗り込んだ！ 加勢する銀時、神楽、そして土方と沖田。彼らは柳生四天王と九兵衛を相手にサバイバルゲームに挑むことに。柳生屋敷全域を舞台に、身体に装着した皿を割られた者から脱落。総大将の皿が割られても負けだ。
神楽が沖田と西野、特に沖田をボロボロに撃破した（してしまった）一方で、食卓ではマヨラー土方とケチャラー北大路の壮絶なバトルが繰り広げられていた。食物への冒涜としか思えないその戦いは両者の胃を満足させただけで終わり、いよいよ剣を交える二人。土方はその鋭すぎる戦いの勘があだになって、フェイントを駆使する北大路に追い詰められてゆく。
沖田に叩きのめされた南戸の失態を見て、四天王筆頭・東城がついに動く！ 彼の出陣に伴い、九兵衛も戦場に赴くことに。戦闘が激化する気配が漂う中、近藤と銀時は早くも（トイレで）絶体絶命の危機に陥っていた。用は済んだが、拭く紙がない！ さらに個室の前には東城が現れ、まさに袋のネズミ状態。紙に見放された彼らの運命やいかに！！
近藤と東城の壮絶な一騎打ちの後も、銀時と敏木斎の駆け引きは続いていた。銀時は財布から、最後の千円札をつまみ上げ、敏木斎は柳生の秘伝書を眺め、どうしたものか考え込んでしまう。お互いが紙を持っている、と直感で確信した二人は意を決して尻を拭き、遂に剣を交える！ 戦いの場はやがて、トイレ裏の竹林へ。小さい身体を活かして竹藪の中を猿の様に素早く動き回る敏木斎に、銀時は苦戦する。
九兵衛の壮絶な過去が明らかになり、ようやく銀時たちに本心を打ち明けたお妙。柳生四天王を打ち破り続々と集結する恒道館一同。そしてついに、銀時・新八と九兵衛・敏木斎の最終対決が始まる。一時はメガネを取り戻した新八が勢いで九兵衛を圧倒するも、敏木斎の機転で銀時がピンチに！お互いに一歩も譲らぬ激戦の末、柳生一門と恒道館一同の戦いに決着の時が訪れる！
・ラーメンのために並ぶんじゃない。自己満足のために並ぶんだ トーストをおかずに白米を食べる、今日も金欠の万事屋一同。テレビのニュース曰く、過疎化に悩む山奥の村に謎の怪獣オロチンが現れ、それに伴い数々のモンスターが発生して人々を悩ませているという。村は報奨金をかけ、オロチン退治の勇者を募集している…ということで村を訪れた銀時たちだったが、なぜか村長の言っていることはテレビと違い、村から追い返されてしまう。 ・カワイイを連発する自分自身をカワイイと思ってんだろ お前ら 幕府に仕える由緒正しい家の娘・ハム子が再び仕事の依頼で銀時たちを訪ねてきた。春雨の一件で転生郷からはすっかり足を洗ったというハム子だが、今度は彼氏の太助がヤバイ事になっているらしい。転生郷の売人をしている太助は、ハム子と一緒に真面目に生きようと組織を辞める決意をしていた。しかし転生郷の秘密を知る太助は、辞めるどころか組織の天人たちに狙われてしまい…。
スナックすまいるに風邪が大流行し、ほとんどのホステスが病欠してしまう。大事な接客を明日に控えているというのに、店で元気なのはお妙ただ一人という事態に。どうにかしてホステスの人数を集めなければ…。困り果てた店長は銀時たちに「可愛い子を紹介してほしい」と相談するが、神楽以外は乗り気でない様子。しかしその時、九兵衛がお妙への差し入れを持って店にやって来る。
ハードボイルドを好む刑事・小銭形平次。彼の日常には、次々とハードボイルドな出来事が起こっていく…。ある夜、彼は宿命の敵にして10年間追い続けている大犯罪人・狐火の長五郎を追っていた。しかし追跡の最中、万事屋一同に絡まれて犯人を取り逃してしまう。狐を逃し続けた責任を問われ、ついに謹慎を言い渡された小銭形に対して銀時たちは…。
狐火の長五郎から犯行予告状が届いた！狙いは大江戸美術館に展示されている金の油揚げ像。お奉行の威信にかけて、今度こそ犯行を阻止せんと意気込む同心たち。「ただの凶賊になり下がった狐の野郎は、俺自身の手で捕まえる…」狐を10年間追い続けている小銭形は、謹慎中にもかかわらず万事屋一行と共に現場に駆けつける。厳重警備体制の中、美術館に強行侵入を試みる銀時たち。しかしその時、狐が現場に現れ大混乱に…。
沖田の姉、ミツバが真選組屯所にやってきた。近々結婚するのでその報告らしい。近藤は沖田に１日休暇を与えて、姉に江戸の街を案内するよう告げる。姉の前では普段のＳっぷりはすっかり影を潜め、素直な弟になってしまう沖田。ミツバは弟が毎日きちんと生活して、仲間と仲良くやっているのか気になるらしい。「悩みの相談ができる親友はいるの？」 と尋ねられ黙り込む沖田は、そこに通りかかった銀時を横に座らせられて、あろうことか大親友と紹介する。すかさず沖田がを注文したチョコパフェ3人分に釣られ銀時は沖田の親友を演じ始めるのだった。
発作を起こし入院したミツバを見舞いにやってきた銀時。ミツバはこんな体だけれど幸せになって弟を安心させてあげたいと語る。そんな中、ミツバの容態が急変し、集中治療室へと搬送される。駆けつけた沖田は、医者に「相応の覚悟」をしておくように伝えられ、呆然と立ちつくすのだった。
九兵衛の部屋から『天人の最新技術でロリータな女の子もナイスガイに変身！』などと書かれた整形外科のチラシを見つけた東城。本来女の子である若が男になろうとしているかもしれないと心配し、その企みを阻止すべく銀時らに相談を持ちかけた。若に女であることを自覚させるためには男に惚れさせればいい—ということで一同は無駄に意気込み、合コン開催する。
真っ黒な暗闇の世界で銀時、神楽、新八の3人は眠っている。どこだココと気になりながらも、「目覚めよ」という声に構わず眠っている。声の主は銀時の木刀・洞爺湖の仙人だった。銀時に必殺技を伝授しようとあちらの世界からやってきたらしいが、向上心のかけらもない銀時たちはまるで習う気にならない。その気になるまで元の世界に戻さないと怒る洞爺湖だが、それどころか銀時たちは黒世界でくつろぎ始めてしまうのだった。
“マダオ”（＝まるでダメな男）こと長谷川の今度の災難は、かぶき町路上で遭った交通事故だった。同じ場所で同じように看板もちバイトをしていたエリザベスと共に、車に撥ねられてしまったのだ。入院先で相変わらずのドン底人生をハードボイルドに独白する長谷川—そんな彼も白衣の天使、内野さんの存在には夢うつつの状態だった。その夢を破るべくやって来たのは銀時たち一行。ある日長谷川は、「彼女の様子がおかしい」と銀時に相談する。どうやら内野さんは恋の病にかかっているようなのだが…。
ここ最近の堕落生活が原因で、でっぷりと太ってしまった神楽。ダイエットのアドバイスを受けにお妙のもとを訪ねるが、彼女もまた高級アイスの食べすぎで激太りしていた。すっかりデブになってしまった２人を嘲笑うさっちゃん。しかし、そんな彼女もまた…。「このままではいけない」と奮起した３人は、巷で有名な断食道場に入門する。そこにはお登勢とキャサリン、さらには九兵衛の姿までも……。
絶対に油断や過信をせず、あらゆる作戦を練りに練り、己の安全を万全に期したのち、確実にターゲットをしとめる…。自らを臆病者と称する暗殺者、人呼んで殺し屋“亀”が、ある仕事の依頼を受けた。ターゲットは、幕府の警察庁長官・松平片栗虎。半年間もの間彼を見張り続け、ついに計画実行の日を迎える。丹念に手入れした愛銃の引き金に指をかけ、標的を待つ“亀”。しかしそこに現れた人物は、松平ではなく銀時だった。
今年もバレンタインデーがやってきた。江戸の町中で乙女たちがチョコレートを買いまくっている。万事屋には、「バレンタインなんて興味ない」と言いつつも、気合満々のファッションを決めた銀時と新八の姿が。そんな時、突然空から巨大なチョコレートが降ってくる。そのチョコは、宇宙を守る正義のヒーロー・スペースウーマンが落としたものだった。「ヒーローがバレンタイン！？」と不思議がる一同だが、どうやら彼女はある悩みを抱えているようで…。
“マダオ”（まるでダメなオッサン）こと長谷川は、ようやく決めた再就職をきっかけに別居中の妻・ハツと関係を戻そうと考える。ただ、彼にはひとつだけ気がかりなことがあった。ハツとの電話中に、知らない男の声が聞こえてきたのだ。銀時に浮気調査を依頼した長谷川だが、その帰り道に不運が重なり痴漢容疑で誤認逮捕されてしまう。留置所に拘留された長谷川を訪ねた銀時は、調査の結果を報告するが…。
痴漢で誤認逮捕された長谷川の前に現れたのは、ハツの恋人を名乗る男・破牙だった。しかも彼はやり手の検事であり、今回の痴漢事件の裁判で被害者の弁護をするという。その立場を利用し、「おとなしくハツとの離婚届に判を押せば無罪、逆らえば有罪」と持ちかける破牙。すっかり人生に絶望し、打ちひしがれる長谷川だったが、銀時の励ましで最後まで破牙と戦う決意を固める。
広い宇宙にあるひとつの惑星が、壊滅の危機に瀕していた。突如現れた黒い球体に地上は占拠され、国家も軍も壊滅。生き残った人々は地下に逃げ延び、黒い球体に脅えながら暮らしていた。そんな中、最後の希望を見出し地上に立つふたり、カイとイワノフ。迫り来る球体と必死に戦うも力及ばず、絶体絶命のその時、ついにその男は現れた。宇宙を駆ける伝説の掃除屋・星海坊主！しかし彼は、誰がどう見ても明らかにバレバレのカツラをかぶっていた……！
・昔の武勇伝は三割増で話せ 盛り上ればいいんだよ盛り上れば さんざん家賃を滞納したせいで、スナックお登勢でタダ働きさせられる銀時たち。昔は盗賊として慣らし、かつて店の売り上げを盗もうとしたキャサリンも、すっかり店の一員として居座り、お登勢とともに万事屋一同に檄をとばしていた。そんなとき、スナックお登勢に怪しげな男・クリカン（声：山野井 仁）が現れる。彼は盗賊時代のキャサリンの仲間で、彼女を連れ戻しに来たのだった。頑として断るキャサリンだったが、クリカンは執拗に仲間に戻ることを強要しようとする。 ・花屋とかケーキ屋の娘に男は弱い 風邪で寝込んでしまった銀時に代わり、今日は神楽が依頼人の話を聞くことに。浮気調査の依頼だが、神楽は連れてきた子供らの目の前で亭主の悪態をつくみち子に、説教じみた一言を投げかける…なんだかやたら銀さんっぽい神楽、いやグラさん。とはいえ、変わらぬ愛の証拠を見つけにいく、ということで仕事を引き受ける。すっかりグラさんのカッコよさに心酔してしまった新八とグラさんはべスパに二人乗りしていい気分。ところが目的地である“くノ一カフェ”に突っ込んで大騒ぎになってしまう。
最新ゲーム機の発売が間近に迫っている！ マニアの聖地・秋葉原にゲーム機を目当てに多くの猛者たちが大集結、中には万事屋一同も。仕事の依頼でゲーム機を５台も入手しなければならないのだった。様々な手段で強引に行列の前に進む銀時たちだが、列を進んでいくと昨日の朝から並んでいたという桂に遭遇。さらにその先には、真選組の面々までもが並んでいる。情報によると、店のゲーム機の在庫は100台のみ。この熾烈な争いを勝ち抜いて最新ゲーム機を手に入れるのは、果たして誰なのか！？
最新ゲーム機を手に入れるべく秋葉原に集結した万事屋、桂、真選組の面々。各々の暴走で行列もメチャクチャになり、結局、万事屋チームと真選組チームのゲーム対決で入手権を争うことに。第一戦目の種目は、先にヒロインと恋に落ちた方が勝利というギャルゲー対決。古今東西あらゆるギャルゲーをやりつくした達人・近藤と桂のバトルが始まった！ 並行して行われる第ニ戦目は新八VS山崎という地味キャラ同士のパズルゲーム対決。両陣営ともに一進一退の白熱した攻防が続き、勝負は最終局面へ！
電車の中で漫画雑誌を読みふけっていた銀時は、連載中の漫画「ギンタマン」を酷評。するとそのそばには「ギンタマン」の担当・小西の姿が。銀時のあまりの暴言に憤慨した小西は、担当編集者としての怒りと仕事の愚痴を爆発させる。それを聞いた銀時は「ギンタマン」を面白い漫画にするため、自ら担当編集者となって漫画家に会いに行くことに…。
ぼろぼろになった愛刀を預けに鍛冶屋を訪ねた土方は、店長の忠告を無視して妖刀と呼ばれる刀を持ち帰ってしまう。その後、真選組屯所へ向かう道中に浪士の集団にからまれ、早速新しい刀の試し斬りをしようとする土方。しかし刀を手にした途端、妖刀の呪いでなぜか恐ろしいほどに軟弱化してしまう！絶体絶命のピンチに陥った土方を救ったのは、１年ぶりに江戸に戻ってきた真選組参謀・伊東鴨太郎だった。
テレビでオタク100人を集めた討論番組が放送される。出演者の中には、アイドル・寺門通の親衛隊隊長を務める新八の姿も。各々の持論でスタジオ内が白熱する中、1人の男が新八と激しい議論を戦わせる。その男は、妖刀の呪いでオタクと化し、真選組を追われた土方だった。変わり果てた土方と対面した銀時たちは、妖刀に秘められた恐ろしい過去を知る。一方、真選組内では伊東の権力が急激に拡大し、隊士たちに不穏な空気が流れ始めていた。
真選組の乗っ取りを目論む伊東により、隊士たちは完全に分裂。近藤は味方が沖田1人という状況に追い込まれてしまう。計画の最後の仕上げとして、近藤暗殺を実行に移そうとする伊東。敵に囲まれた列車内で、沖田は近藤を守るためにある決断をする。そこに銀時たちが助太刀にやってくるが、土方はいまだに呪われたままだった！
銀時たちの呼びかけで、ようやく妖刀の呪いを打ち破った土方。近藤暗殺に邪魔が入ろうと、なおも牙を剥く伊東。彼らの最終決戦が幕を開ける一方で、銀時は鬼兵隊の河上万斉と対峙していた。激しく刀を交えながら、今回の騒動は真選組を壊滅させるために仕組まれたものだったと話す万斉。裏で糸を引いているのはやはり……！？
真選組の乗っ取りを画策した伊東、それによって大きく揺らぐ真選組。そして、今回の騒動をすべて裏から糸を引いていた人物が明らかに！自分は踊らされていただけという真実、そして土方や近藤の思いを知って、瀕死の重傷を負いながらもようやく自分を見つめ直す伊東。なおも襲い掛かる浪士たちと真選組隊士の激しい戦いが続く中、銀時と河上万斉の死闘も決着を迎えようとしていた！
サッカーチーム・ＦＣ大江戸のエースストライカー、甘羅尾の引退試合が、今まさに行われようとしていた。ひとりモチベーションを高め、チームメイトの待つ控え室へ向かう甘羅尾。しかしドアを開けると、そこにはぐったりと倒れたチームメイトたちの姿が。スタジアムで売り子のアルバイトを始めた万事屋が、スポーツドリンクと間違えて危険なドリンクを飲ませてしまったのだった。責任を取り、急遽チームのメンバーを集めることになった銀時は、桂や長谷川などいつものメンツを連れて試合に出場することに！
暴力団・魔死呂威組組長の下愚蔵から仕事の依頼を受けた万事屋の面々。依頼内容とは、５年間も倉に引きこもっている息子の鬱蔵をどうにかして外に連れ出すことだった。あの手この手で説得を試みる銀時たちだったが、筋金入りの引きこもりである鬱蔵には全く効果がない。打つ手がなくなり、組員たちからのプレッシャーで絶体絶命の銀時たちの前に、鬱蔵が幼い頃から慕っていたという組の若頭・中村京次郎が現れる。中村の口から鬱蔵の過去を聞いた銀時は……
魔死呂威組組長・下愚蔵の息子の引きこもりには、衝撃の事実が隠されていた！ 事の顛末を知った銀時は中村に刃を向けるが、組員たちの襲撃を受け行方をくらませてしまう。下愚蔵も病に倒れ、ついに魔死呂威組の襲名披露が行われようとしていた。組の幹部たちが集まり、跡目として中村が正式に認められようとする中、銀時が会場に突然乱入し…。
密偵の命を受け、攘夷志士たちのアジトに潜入を試みる山崎。彼に与えられた任務は志士たちの動向を探り、"狂乱の貴公子"桂小太郎ごと幹部を一網打尽に捕らえることだった。山崎は圧倒的な地味さを生かし、全く怪しまれることなく見事に潜入を果たす。しかし、攘夷志士になるためには桂直々の面接や、さらには筆記の採用試験をクリアしなければならないのだった。
ついに役人に捕らえられてしまった桂。彼を乗せた船は、悪党が最後に流れ着く難攻不落の監獄・獄門島へと向かう。そのころ島の牢屋内では、脱走を企て15年間穴を掘り続けた男・末吉（声：小西克幸）の脱出口が、今まさに完成したところだった！ あとは脱走の決行日を決めるのみ。長年の観察で看守の行動パターンを熟知している末吉は、確実に慎重にその機会を伺っていた。しかし、向かいの牢屋に桂が投獄されたことで彼の計画は狂い始め……。
・NH物は絶対彼女に見つかるな！ 滞納しているアパートの家賃を払うため、西郷のオカマバーを手伝うことになった銀時たちは、仕事の帰りに店の古参・アゴ美から悩みを打ち明けられる。なんと、彼女（？）は恋の悩みを抱えていたのだった。ひと目惚れの相手はかぶき町の有名クラブで働く新人ホストだという。アゴ美の熱意に負け、銀時たちは仕方なく２人の恋が成就するよう協力するハメに……。 ・ほぼ１００％の確率でビニール傘を置き忘れてくる自分が嫌い梅雨のせいなのか、万事屋に仕事がこない日が続いていた。ジメジメした気候もあって、３人のイライラもつのるばかり。気分転換をしようと考えた新八は、銀時と神楽を誘って雨中の江戸の町へ散歩に出かけるが、女の子らしい花柄模様の傘をさした３人の少女とすれ違った神楽がなぜか機嫌を悪くしてしまう。自分のビニール傘を閉じ、雨に濡れながら歩き出す神楽だが...。
スナックお登勢で働くようになったからくり家政婦のたまは、店の手伝いに銀時たちの家賃回収にと大活躍。休みなく日々まじめに仕事をこなす彼女を労い、お登勢は３日間の休暇を与えることに。しかし家政婦として人のために働くことしか知らないたまは、どうやって休めばいいのか分からなかった。その姿を見かねた銀時は、たまを連れて２人で遊びに出かけるが......。
真選組屯所の掃除当番で、１週間便所を掃除することになった沖田ら一番隊。ぶつぶつと文句を言いながら仕方なく便器を磨く隊士たちの中に、ひとり不満を漏らさず嬉々として働く男、真選組内でもキレイ好きで有名な隈無清蔵の姿があった。彼が隊士たちに便所掃除の大切さを呼びかけるも、一番隊の面々は全く掃除のやる気を起こさない。あまりの便所の汚さに業を煮やした清蔵は、土方に厠の改善を進言する。
娘・栗子がアルバイトの同僚に言い寄られていることを知り、大激怒の松平。娘から彼らを引き離そうと過激な作戦を実行に移そうとする。近藤や沖田もそれに同調し、過激さは増していくばかり、まったく収拾がつかない。見かねた土方は、同僚に栗子を諦めさせる役を買って出るが...。
監視員の仕事で、海水浴客で賑わう浜辺にやってきた万事屋。仕事そっちのけで水着の女の子ばかり眺めている銀時と新八。神楽はというと、さっそく亀の格好をした怪しい人物・亀梨を発見しボコボコにしていた。水着の女の子を盗撮していたことがバレて必死に言い訳する亀梨だが、銀時たちは聞く耳を持たない。すると、亀梨は盗撮を見逃してもらうかわりに３人を竜宮城に招待すると言い出す。
竜宮城に行く途中に海に投げ出され、見知らぬ無人島に漂着してしまった銀時たち。遭難したものとばかり思っていた一同は生き残るために島を探索するが、その最中に亀梨と再会する。なんとこの島こそが竜宮城だったのだ。一方その頃、江戸の街には巨大な亀のロボットが出現。ＴＶのニュースでそれを知った銀時たちだが、亀梨によるとそれは竜宮城の主、乙姫がある計画を実行に移したためだという。
竜宮城に秘められた過去と、乙姫の恐ろしい計画を知った一行。その野望を阻止できるのは、もはや彼らしかいない。亀梨の提案で、一行は複数チームに分かれて乙姫のもとを目指すことにする。しかしチーム分けの途中で見張りに気づかれてしまい、いきなり窮地に立たされてしまうのだった。その頃、乙姫によって捕らわれていたお妙にも危機が迫っていた･･････！
大江戸中を巻き込んだ乙姫の恐るべき計画も、ついに最終段階へ突入する。彼女の野望を阻止するため、奔走する銀時、桂、新八、神楽ほか･･･。彼らの戦いの行方は？ そして、地球の運命やいかに！？
沖田の提案で、真選組屯所が全面禁煙化することが決定。ヘビースモーカーの土方は必死に抵抗するが、隊士たちの意見に押されてしぶしぶ了解することに。せめて街中で一服しようと外回りの最中にタバコに火をつけるが、近ごろはどこもかしこも禁煙、禁煙、禁煙・・・。世の中の風潮か、喫煙者への風当たりは強くなる一方だった。さらに、松平の提案で江戸全域に渡って禁煙令が施工され、いよいよ追い詰められた土方の取った行動とは！？
・海外の日本料理店の味はだいたい学食レベル 天人VIPが豪遊し、地球人差別の発信元になっているという天人専門の料理屋がオープン。攘夷過激派が標的にしているという噂がある中、桂は天人店員ジョーイ・カツーラになりすまし、店を無血で営業停止に追い込もうと画策する。店の先輩・ハタ公は本来皇子だったのだが、自室で寝ていたところをじいにゴミといっしょに間違えて（？）捨てられてしまい、この店に流れ着いて働いているというのだ。 ・一度取った皿は戻さない 寿司屋で厳しい修行を重ね、ついに店を任されたという長谷川に招待された銀時たち。食べ放題と聞いてうかれる一同だが、実は長谷川の力量には重大な問題が！ 困り果てる彼を見かねて、仕方なく一同は店を手伝うことに。全くの素人の銀時たちは、各々の技術を駆使してなんとか寿司を握ろうと奮闘するが・・・。
ある日の万事屋、いつも通りダラダラと過ごしていた銀時たち。しかし、ふと気がつくと新八の指がプラスドライバーに改造されていた！ どうやら天人の仕業らしいが、突然の理不尽な出来事に怒りが収まらない新八。さらに、何と神楽と銀時までもが改造されていた事が判明。一同はどうにかして犯人の天人を捕まえようとするが、手がかりは「奴らは今人気のネットゲームにハマっているらしい」ということだけ。天人を見つけ出して元の体に戻してもらうため、３人はさっそくゲームをプレイするが……。
謎の天人によってドライバーに改造された体を元に戻すため、奴らが潜んでいると思われるネットゲームをプレイする銀時たち。開始早々ゲーム内の秩序を乱したあげく強敵に襲われた３人は、大ピンチの所をあるハンターに救われる。歴戦の勇者のような風情をかもし出すそのプレイヤーの正体は、なんと銀時たちと同じくゲーマー星人に改造された、ある人物だった！ さらにその後ドライバー化した知り合いに次々と出会った一行は、天人の情報を得るべくゲーム内を奔走するが･･･。
モンキーハンター内でゲーマー星人の手がかりを失ってしまった銀時たちは、焼肉屋でオフ会を開いていた。今後の対策を練ろうとする一行だが、まともな意見がさっぱり出てこない。その中、桂が皆を諭す。「今の我々に必要なことは、ドライバーとして生きていく覚悟なのだ」と･･････。果たして銀時たちは元の姿に戻ることができるのか！？
過去のスキャンダルを払拭し、今や江戸のトップアイドルにまで上り詰めたお通の新曲リリースがついに決定！その報を知った新八をはじめとするファンたちは待っていましたとばかりに狂気乱舞するが、発売を間近に控えて思わぬトラブルが発生する。お通の音楽プロデューサー・つんぽの事情で楽曲の製作が遅れ、発売が大幅延期になってしまうというのだ。ファンを裏切ることにどうしても納得ができないお通は、ひとりで行動を起こすのだが･･･。
いよいよアニメ銀魂は放送3年目の折り返し点に到達。ここらで自分たちの活躍を振り返りながら気合を入れ直そうと、お馴染みの万事屋ＢＧオンリーで新八が今日の趣旨を説明。「最終章」は「最終回」ではなくて放送はあと半年続くというのを聞き、今日が最後と勘違いして気合を入れてきた銀時と神楽はすっかりやる気をなくしてしまう。そしていきなりエンディングと次回予告を流してしまい、まさか放送開始6分後で本当におしまい！？
江戸のトップアイドル・寺門通の親衛隊一同は、来るべきコンサートに向けて海辺で振り付けの特訓をしていた。しかし、タカチンは近ごろ隊員たちの熱意が散漫になっていることに気がつく。なんと隊の幹部の一人が、ブログなどを通じて知り合った女の子たちとメール交換をし始めていたのだ。「隊員はみだりに婦女子と密通することなかれ」という隊の規則が乱れていることに怒り、隊長として全員に喝を入れる新八だったが……。
海に漂っていた手紙を拾い、相手の女の子と文通することになった新八。どんな手紙を書こうかアレコレ悩んだ末に、銀時の助言で結局は沖田の写真を同封して返事を出す。その後、相手の子から無事に返事が届き、ひとまず安心する一同。さらに話を膨らませ、親密な関係になるべく文面を考えていると、そこに突然近藤が乱入。“恋愛のエキスパート”を自称する近藤が、新八のためにひねり出したアドバイスとは！？
沖田の写真を使って文通をしていたことが、うららの姉にバレてしまった新八。必死に謝る新八であったが、逆に姉から、うららを口説く事を手伝いたいと言われてしまう。その後、沖田に連れられたうららと合流する銀時たち。なんとかうららの気を引こうとするが、彼女の興味は沖田にいってばかり。そんな状況に追い詰められた姉は、申し訳なさのあまり逃げ出してしまう。心配した新八はその後を追いかけるが・・・。
近ごろめっきり食欲がない定春を心配し、動物病院に連れて行く神楽。すると偶然、桂がそこに居合わせる。最近エリザベスの調子が悪く、手術をするために入院することになったのだという。幸い定春は重大な病気ではなかったものの、大事をとって１日だけ病院に泊まって行くことに。同じころ、その病院に入院中の老犬が今まさに息を引き取ろうとしていた。どうやら飼い主も危篤状態らしく、お互いに死を待つのみの状況だという。その姿を見た神楽は、老犬を飼い主のもとへ連れて行こうと決意する。
死の際の老犬・金太郎を飼い主の老人に一目会わせようと病院を抜け出した神楽と桂は、どういう訳か"星喰（犬）"と"星吐（猫）"による地球の存亡を賭けた争いに巻き込まれてしまう。金太郎を狙う星吐の猛追から必死に逃れながら、老人が入院している病院へと向かうふたり。一方その病院からは、危篤状態であるはずの老人が行方不明になっていた。息子たちからの依頼を受けて、銀時も病院に駆けつけるが･･･。
お登勢のはからいで、冬休みを山奥の温泉宿で過ごすことになった銀時たち。秘湯を楽しみに山道を進む一行だが、たどり着いたのは全く人の気配がしないボロ旅館だった。江戸に戻ろうにも帰りのバスもなく、しかたなくその旅館に泊まることになる。その後、旅館の女将・お岩が出迎えに来てくれるも、彼女の背中にはうっすら半透明の何者かの姿が！この異常な現象に気づいた銀時と新八は･･･。
銀時たちが泊まった旅館は、この世に未練を残したため成仏できないスタンド（=霊）が集まる幽霊宿だった！新八、神楽、お妙がスタンドに取り付かれ、ひとり残されてしまった銀時。女将のお岩は宿の手伝いをさせるため、骨のある人間を探していたのだという。強制的に従業員見習いをさせられることになった銀時は、同僚のレイと一緒に、次々と訪れるスタンド客をもてなすことに･･･。
お岩の横暴に嫌気が差し、レイと組んで旅館を潰そうと考えた銀時。信長、秀吉、光秀（のスタンド）のブリーフトリオを利用して宿の評判を落とそうと画策するも、女将であるお岩に邪魔されてしまう。お岩の操る最強のスタンド・タゴサクのパワーに圧倒される銀時だが、生きながらにしてスタンドとなった新八らの助けも借り、宿の客を次々と成仏させていく。そして自身と宿の運命を賭け、ついにお岩との一騎打ちに突入するが･･･。
タゴサクを自らの肉体に憑依させて閣下と化したお岩。彼女は怒りと悲しみに満ちた怒涛の攻撃で銀時を追い込んでいく。しかし間一髪、銀時もスタンドを憑依させて自らも閣下化することに成功。荒廃した幽霊宿を潰すため、全身全霊を賭してお岩に立ち向かう！
かつて、銀時の適当なアドバイスによってジャンプで絶大な人気を獲得し、アニメ化までされたマンガ「ギンタマン」。ジャンプ編集部の大藤は、そんな人気作の担当を小西から引き継いだ･･･のだが、今やその人気は衰退する一方だった！ 絶望的ともいえるそんな状況にテコ入れを試みるべく、再び銀時が力を貸すことに！ 大藤と小西、原作者というメンバーに特別ゲストを加えて繰り広げられる、激しいダメ出しと熱い議論。彼らがたどり着いた打開策とはいったい何なのか！？
相変わらずダメな生活を送っているマダオ（まるでダメなオッサン）こと長谷川。別居中の妻･ハツとの電話中、会話の流れで彼女を家に招くことになってしまう。しかし諸々の不幸が重なり、堕ちに堕ちた長谷川の住処は、今や公園のダンボールハウスだった！！ ハツに見栄を張って「結構いい部屋に住んでいる」ということになっている長谷川は、銀時の助けを借りて急遽いい物件を捜すことに･･･。
・告白に自信のある男なんて99%いない 銀時への熱い想いが全く実らず、長らく放置されていたさっちゃんがついに攻勢に出る。糖分大好きな銀時の気を引こうと、ケーキを利用したアタックを試みるが、当然の如く失敗。そんな彼女の前に偶然近藤が通りかかる。彼もまた、お妙への恋心がいっこうに成就せず、いいようにあしらわれる（どころか使い走りをさせられている）人物だった。お互い「自分の方が相手に想われている！」と罵りあう２人。両者一歩も引かぬ口論の末、どういう訳か、互いに互いの恋のキューピッド役をすることになり･･･。 ・サンタはいないって奴こそ本当は信じたいのねこの天邪鬼さん 雪が舞い、12月らしく華やかに賑わうかぶき町を歩く銀時。偶然に見かけたチンピラから借金の取立てにあっているおじいさんが、久しぶりに登場の「元・サンタ」だと気づく。そこへ通りがかった高級リムジンの中から高そうなスーツに身を包んだ男が現れ、分厚い札束を取り出して借金の肩代わりを。それはサンタの元相棒・トナカイのベンだった。運命の再会を果たしたサンタとトナカイ、銀時の三人は旧交を温め、話を弾ませるのだが…。
いつもの万事屋。新八と神楽が大掃除をしている最中、部屋に飾ってある額の裏から一枚の写真が落ちてくる。その写真には、何と銀時と謎の美女のツーショットが写っていた！「昔の女か･･･？」と勘ぐる２人。そこに買い出しから帰ってきた銀時が意外な真実を告げる。一緒に写っている女性は、かつての万事屋の準レギュラー的なポジションだったと言うのだ。新八と神楽がやって来る以前、銀時がまだ万事屋を始めたばかりの頃の昔話が初めて明かされる･･･。
スリなどで生計を立てる少年・晴太は、道ですれちがった銀時から財布をスる。しかし、中身はほとんどすっからかんだった上に、自分の財布をスり返されてしまう。結局あっさり銀時に捕まり、スリの現行犯をゆすられてパフェをおごらされるハメに･･･。その後、スナックお登勢に連行され事情を問い詰められた晴太は「遊女に会うために金が必要だった」と明かし一同を仰天させる。
法の通じぬ地下遊郭都市・吉原桃源郷で最高の地位にいる遊女・日輪に会うためにスリを働いていた晴太。しかしそれは、幼い頃に生き別れた母親に会いたい一心での行為だった。晴太を日輪に会わせるべく吉原桃源郷に乗り込んだ銀時たちは、吉原自警団・百華の頭領である月詠に手荒い歓迎を受ける。
吉原にやって来た神楽の兄、神威。宇宙海賊・春雨の第七師団団長である彼は、元団長であった"夜王"鳳仙と会談を始める。円満に話が進んでいるかに見えたが、次第に不穏な空気が流れ始め･･････。一方、神威とその部下による襲撃から逃れていた銀時たちは、月詠のアジトに身を寄せていた。
鳳仙の元へ向かう途中、神威の部下・阿伏兎と遭遇した銀時たちは、凄まじい戦闘力を持つ夜兎族の力に圧倒される。新八と神楽に促され、ひとり鳳仙のもとへ向かう銀時。残った２人は必死に阿伏兎と戦うも、圧倒的な力の差に追い詰められるばかりだった。激闘の最中、兄・神威への思いと自分が戦う理由をあらためて見据える神楽だったが、新八のピンチを前に、彼女の様子が一変し･･････。
激闘の最中に夜兎の本能が目覚め、阿伏兎を退けた神楽。新八の必死の呼びかけで何とか自我を取り戻し、鳳仙の元へと向かう。一方、神威は晴太を連れて日輪が監禁されている部屋に来ていた。ようやく愛しい母の所に辿りついた晴太は声を張り上げて叫ぶ。「母ちゃん、一緒に帰ろう！」しかし日輪の口からは思いもよらぬ言葉が･･････。
間一髪のタイミングでようやく鳳仙の元に駆けつけた銀時。常夜の街に引き裂かれた母子の絆をつなぐために決死で刃を振るうが、"夜王"の圧倒的な力の前に為すすべなく崩れ去ってしまう。「母ちゃんと一緒に地上に帰れ･･･」銀時の残した頼みを聞き、日輪を連れ吉原からの脱出を図る晴太だったが･･･。
鳳仙を倒せる唯一の方法、それは常夜に閉ざされた吉原桃源郷に太陽を取り戻すことだった。街を覆う鉄の天井をこじ開けるため、晴太は管理室へと向かう。一方、銀時と月詠率いる百華一団は鳳仙の攻撃に必死で耐えていた。全身全霊を賭して挑んでも全く揺るがぬ"夜王"の猛攻に、銀時たちは——。
常夜の街・吉原桃源郷についに太陽が昇った。激闘の末、最期に日輪への想いを吐き出しながら朽ち果てる鳳仙。そして、戦いの一部始終を傍観していた神威の前に神楽と新八が駆けつける。再会した兄に怒りをぶつける神楽だが、神威は銀時に"宣戦布告"して去っていく。
吉原桃源郷の激闘の少し後･･････かつてない強敵と対峙し、自分の力不足を痛感した新八と神楽は修行に励んでいた。「もっと強くなりたい！」その心を銀時に打ち明ける２人。しかし銀時は「修行なんてめんどくさい」と却下。そんな面々に、お妙や長谷川が修行の極意を進言するが･･････。
夜間巡業中に何者かに襲われ、拉致されてしまった土方と沖田。目を覚ますと、お互いが鎖でつながれた状態で殺風景な廃墟の一室に捕らえられていた。最悪な状況を理解した２人に、モニター越しで不気味な男が語りかけてくる。地愚蔵と名乗るその男は、真選組の屯所に爆弾を仕掛けたこと、そして鎖を解いて脱出するには、２人のうちどちらか１人が死ぬしかないことを告げる。
屯所爆破のタイムリミットが迫る中、土方と沖田は一向に脱出の糸口をつかめずにいた。互いを結ぶ鎖を解く鍵はひとつ……その鍵を使えば、もう片方は仕掛けられた爆弾によって吹き飛ぶ。悪魔のルールに翻弄され、互いに疑心暗鬼に陥る２人。なかなか裏切りに走らない彼らを賞賛しながらも、最後の決断を迫るべく地愚蔵はある道具を提示する。
万事屋の三人がいつものようにしょーもない事をダラダラとダベっていると、ナゾの眼帯の男が現れて「ある事」を命令する。男は強力な「力」を持っており、万事屋はその命令に従わざるを得なかった……。
昔気質で閑古鳥が鳴く「髪結床」の留守番をすることになった万事屋一行。向かいに新しくオープンしたカリスマ美容院の様子をのぞいてみると、人だかりの中に入店拒否されている近藤の姿が！ 彼は落ち込んでこちらの髪結床に向かってくるが、銀時たちは散髪できないし何より気まずい。カツラをかぶって他人のフリをした上で、近藤を帰らせようとするが、あまりに憔悴した彼をかわいそうに思った新八と神楽が店へ招きいれてしまう。近藤のリクエストは大幅なイメージチェンジ。カッコいい周囲の中で自分だけ人気がないのがどうにもつらくなってきたらしいのだが･･････
松平が連れてきた若侍は将軍様だった！ 彼は庶民の暮らしを知るためにここでの散髪を所望。緊張のあまり新八と神楽は思わず嘔吐、すると将軍様の額に未消化のナルトが貼り付いてしまい、どうにも取れない･･････ 仕方なくカミソリを当てて外そうとするが、手元が狂って髷を切り落としてしまう！ これは打首獄門どころではすまないと青ざめる一行。なんとかごまかそうとする銀時は、落ちた髷を店の外に投げ捨てて証拠隠滅を図るのだが･･････
昼間にダラダラしていたためか、どうにも眠れず困り果てる神楽。銀時と布団を交換してみたり、眠る時の眼球の置き所や呼吸の仕方などを考察してみたりするが、本人はおろか、彼女に付き合わされる銀時までも目がバッチリ冴えてきてしまう。運動＆満腹が安眠を導くという銀時に従って、夜中のジョギング町内50周、そして一升飯とトライする神楽。しかしいずれも、余計に目がさえるだけ。果たして彼女に安眠は訪れるのか！？
九兵衛の誕生パーティーの招待を受けたお妙と新八は、プレゼントの特注ケーキを手に柳生家の屋敷に向かう。しかし会場に入ってみると、芸能界、政界、あらゆる分野の著名人が！ 自分たちは場違いなのではと心配になってくる二人。見ると、向こうのテーブルで銀時、桂、長谷川、亀梨（ただし甲羅のみ）がパーティーそっちのけで大騒ぎ！ このメンバーが揃って会が無事に進行するわけもなく、いつものようにハプニングが起こり始め･･････。
負の人生スパイラルから抜け出そうと一大決心したマダオこと長谷川。彼が銀時とやって来たのは…場外馬券売場。徹夜で対策を練ってきた長谷川と、考えるのが面倒でテキトーに張る銀時。過程こそ違えど結果はどちらも惨敗で、帰りの電車賃さえ無くしてしまう。しかし、長谷川にはどうしても手ぶらで帰るわけにはいかない理由があった！ 二人は着物を質に入れ、最後の300円を握りしめて起死回生の勝負に挑む！
屋台『ぐちり屋』のルールは、一人で来店して好きなだけグチる、知り合いにあっても知らぬふりをする、ここでの話は他言しない。今宵の客は甘党で気だるそうな侍、次にマヨ侍、最後にゴリさん（仮名）･･････グチろうにも、3人ともどうにも気まずくて仕方ない。しかし店の親父が彼らのいつものグチを代弁してしまい、一同は慌てふためく。そこにもう一人、見知った女性がやってきて、次々に先客達を言葉（と凶器）で攻撃し始める！
今日も大盛況の寺門通ライブ。しかし親衛隊長・新八は怒りに打ち震えていた。親衛隊員がたったの4人しかコンサートに集まっていなかったのだ。しかも大多数の隊員が無断で脱退していたという事実を知り、激昂する新八。脱退理由は新興のファンクラブ「通選隊」への鞍替えだというのだが、何とそのリーダーは妖刀の呪いでカリスマオタクとなった土方（トッシー）だった！ トッシーの猛攻に、新八は唯一？の取り柄を守りきれるのか！？
寺門通公式ファンクラブの座を巡る熾烈な戦いが幕を開けた。妖刀により出現した土方のヘタレオタク人格・トッシーは、いったんは強固な意志によってねじ伏せられたかに見えたが、実は消滅せずに彼の中に生き続けていたのだ。土方は自らオタクの頂点に上り詰め、覇王として君臨することでトッシーの消滅、すなわち成仏を図る。覇道を極めようとするトッシー、お通ちゃんへの愛が原動力の新八･･････勝利は果たしてどちらの手に!?
お通ちゃん公式ファンクラブの座を目指す予選ロードレース。タカチンは重症だし、先頭を走っていたはずの神楽はルートを間違えるしと、新八チームは勝利から遠ざかっていく。一計を案じた銀時がタカチンを病院に担ぎ込み、瞬時に回復＆パワーアップ？させて戦線に復帰させる！ レースはさながら騙し合いの体をなして来たが、それでも必死にゴール目指してひた走る新八。果たして知将・トッシーに勝利できるのか!?
参加者を全て丸め込んで親衛隊チームを妨害し、予選レースを１位でゴールした通選組のトッシー。ところが知謀を巡らせて蹴落としたはずの親衛隊チームがまさかの２位でゴール！ 当然、替玉疑惑にツッコむ土方だが、身内にタクシーでの不正疑惑があったりでお互い目をつぶる事に。そこへコースを間違えた近藤と神楽がパトカーに乗せられてゴール。一方、未だレース中の新八は･･････？ それはそれとして、戦いの舞台はいよいよ本戦へ！
寺門通公式ファンクラブ決定戦。本戦２戦目は、チームごとにバーチャルなシチュエーションを設定し、お通を口説き落とせれば勝利となる "魅力対決"。先攻の通選組は夜景の美しいバーを舞台にするも、ナレーションの沖田、アシスト役の近藤＆モヒカン山崎の暴走によりせっかくのムードはブチ壊し。ひとり焦る土方であったが、近藤たちの巧妙な演出によってお通をオトすことに成功する。追い詰められた親衛隊・新八だったが･･････。
公式ファンクラブをめぐる戦いも、ついに最後の決着をつける時が来た。リングに上がった新八と土方が対戦するのは、お通チップスのおまけカードによるカードバトル。新八側はカードの存在すら知らず、慌てて売店に走る。一方、準備万端の土方はいきなり超強力カード『開幕五分前の憂鬱』を繰り出す！土方の猛攻撃に対して防戦一方の新八。はたして反撃の糸口をつかむことができるのか!?
激闘の末、リングに倒れ込む新八と土方。ライフポイントは共にゼロ。ところが、ボロボロになりながらも立ち上がり、再び戦い始める二人。命を削るかのような殴り合いに、悲痛な叫び声をあげて制止しようとするお通。しかし、もう誰も彼らを止めることはできない。二人は既に、公式ファンクラブの座の為だけに戦っているのではないのだった——。
[松茸のお吸い物ってアレ ホンモノよりうまいよね] 万事屋のニセモノが巷で人気を博しているという噂を耳にした銀時たち。調べてみると、万事屋の名を騙りあやしい商売でボロ儲けしていることが発覚。正体を暴こうと乗り込んだ一行が見たものは!? [人は死んだら生き返らない] 新八の前に、青い全身タイツを着たオッさんが突然現れた。戸惑う新八をよそに、自分のペースで話を進めていく『青い人』。なんと彼は、自分が未来からやって来たというのだが……。
冬のとある日。世間ではインフルエンザが大流行し、お妙も寝込んでしまっていた。久しぶりに二人っきりになれたこともあり、かいがいしく看病する新八。そんな中、銀時、神楽が訪ねてくる。なんと彼らも風邪をひいてしまい、面倒を見て欲しいというのだ。いきなり押しかけた上に、わがままばかりの銀時たち。新八のイライラが募る中、今度は別の病人が次々と現れて･･････
早朝アパートのゴミ捨て場付近で張り込みをしている土方。そこへ寝ぼけている銀時がごみを捨てに来た。しつこく絡む銀時を邪魔に思った土方は（公務執行妨害ならびに警官侮辱罪で）現行犯逮捕するが、もみ合ううちに自分にも手錠がかかってしまう。土方は別の場所で張り込んでいた沖田を呼びつけ自分にかかった手錠を外し、銀時を署まで連行するよう命じるが、沖田は自分の手錠を銀時と土方にかけてしまう。二つの手錠でつながれた銀時と土方。そんな中、ターゲットの過激派攘夷浪人が動き始めた。
早朝から良く働くたま。お登勢が休むように話をしている間も、たまは手を休めない。みんなと一緒にいられるだけで幸せだと言うたまだったが、なぜかその姿は一昔前のゲームのようなカクカクしたポリゴンになってしまっていた！ 働きすぎで疲れているのだと銀時とお登勢が話をしていると、買い物から帰ってきたたまの姿はポリゴンどころかドット絵まで退化していた！！ なぜこんな姿になってしまったのか、そして元の姿に戻ることが出来るのか！？
源外のからくり堂で、たまが電脳ウイルスに感染していると判り、「一寸法師計画」によりウイルス駆除に向かう銀時たち。たまの体内で倒れている白タイツの男から王への伝言を頼まれる。たどり着いた白血球国には武器屋や宿屋、カジノなどＲＰＧな店がいっぱいで、銀時たちはとりあえず軍資金稼ぎにカジノに入り教会でセーブを･･･とＲＰＧな世界を満喫することに。たまの分身もサポートに加わり、まずは白血球王に会いに行くことにした一行。いよいよ電脳ウイルス駆除のための冒険が始まる！
たまのメインシステムに到着した銀時一行。大魔王の前に勢ぞろいした黒タイツたちを前に、どう戦うか策を練る･･････が、意見が合わずなかなか突入できないでいると、埒が明かないと判断した神楽は一人黒タイツの群れに突入する。その間に城を目指そうと動きだすが、銀時と白血球王がケンカを始め、あっという間に黒タイツに囲まれてしまう。ところが互いの力比べをするドサクサで黒タイツたちは次々と消滅していく。そしてついに大魔王が姿を現した！
ついに獏大魔王と対峙する銀時たち。たまの姿をしている獏大魔王に対して白血球王が手出しできない一方、銀時はまったくお構いナシに攻撃を加えていく。銀時の軽率な行動に腹を立てた白血球王は、彼と内輪もめを始めてしまう。そんな2人を前に、獏大魔王は白血球王の父へとその姿を変える。すると今度は、新八と神楽も獏大魔王に攻撃を始め、ついには玉座から叩き落とすことに成功する。絶好の勝機を前に銀時たちは･･････。
・真似ばかりしていると訴えられる 万事屋の建物の上で、見たことがあるような男二人がなにやらたくらんでいる様子。さまざまな来訪者に身を潜めていたが、騒ぎが一番大きくなりそうな男・桂に姿を見られてしまう！ ・なくなって初めてわかるいとおしさ 目覚まし時計でおきた銀時は、酔い覚ましに一風呂浴びることに。シャワーを浴びる中、とある異変が銀時を襲う！ 神楽も新八も被害に巻き込まれたようで、なぜこんなことになったのか……主役3人に、かつてない危機がおとずれた！
土方たちの下に、人斬り古兵衛と呼ばれる人物が厳重な警備と共に護送されてきた。彼は過激攘夷派・暁党の幹部であり、幕府の役人35人を手にかけた凶悪な殺人鬼でもあるらしい。近藤曰く、古兵衛はどんな拷問にも耐え、楽しそうに笑っているという。真選組に与えられた任務は、そんな彼から暁党が計画しているという大規模なテロの詳しい情報を聞き出すというもの。まずは一番手、山崎が古兵衛のいる取調室へ！果たして無事に供述を引き出すことができるのか！？
・大事なのは見た目ではなく中身 定春の散歩をしている銀時。道で桂に出会うが、横にいるのはエリザベスとは似てもにつかぬ何かの物体。新八と神楽もエリザベスが変わってしまったというか全くの別物になっていることに気付き、桂の目を覚まそうと行動を開始する。 ・見た目より中身といっても限度がある 朝、なぜか押入れで目覚めた銀時。違和感を覚えながらトイレに行き寝室に戻ると、なぜか自分が布団に寝ているではないか。またしても重大な異変に襲われたことに気がついて、試行錯誤を繰り返す。
・海に向かってバカヤローとか言う人ってまだいるのだろうか 借金返済のため、マグロ漁船に駆り出される万事屋一行。そこには、どこかで見たことのあるダメなオッサンと、どこかで見たことのある黒光りが眩しいオッサンが！果たしてきちんと儲けることはできるのか？！ ・人は閉じ込められると自分の中の扉が開く 仕事を終えて、夜の高層ビルでエレベーターを待つ万事屋一行。今回の依頼主は大企業の社長で、めずらしく報酬もガッポリ。久々に大金を手に入れた銀時たちは、奮発して焼肉を食べに行こうと浮かれていた。どの店にしようかなどと、待っている間も期待は膨らむばかり。そうしている内にエレベーターが到着し、さあ帰ろうと乗り込んだところ･･････
右頬をぷっくり腫らしたマヌケ面の銀時。歯医者の待合室で虫歯の治療を待ちながら、プレッシャーに耐え切れずに「早く俺を殺してくれェェェ！！」と叫んだりするほどに緊張している様子。看護師のオバハンに注意されながら順番を待つ銀時だったが、さらにもうひとり頬を腫らした男がやってきて、事態はさらにややこしいことに！
四年目もいよいよ折り返し地点!! 万事屋の三人がいつものようにしょーもないことをダラダラとダベるかと思いきや、重大な発表がなされる。
日輪からの呼び出しで久々に吉原にやってきた銀時たち。鳳仙がいなくなり、吉原は自由になった一方で、今まで鳳仙の力を恐れ吉原に近づいてこなかった者たちが吉原に集まりつつあるという。さまざまな犯罪が増え、とりわけ吉原で今一番問題視されているのが、非合法薬物の売買。その取引一切を仕切っている男を捕まえて欲しいというのが今回の依頼。名前も肩書きも顔もいくつも持っているというその男は、首にある蜘蛛の刺青が唯一の手がかりだという。
首に蜘蛛の刺青が入った男の手がかりを得ようと、銀時と月詠は紅蜘蛛党に潜入する。だが敵に気づかれ、あっという間に取り囲まれてしまう。何とか応戦する二人だったが、いつの間にか現れた「蜘蛛の刺青」の男が銀時の背後に迫る！ 月詠を知っているかのような口ぶりのその男は、いったい誰なのか！？
月詠はかつての師匠、地雷亜の手にかかり囚われの身となってしまう。一方、かろうじて全蔵に助け出された銀時は、かつての地雷亜についての話を聞く。彼は前将軍に忠誠を近い、20年前の天人襲来の際、派閥争いを始めたお庭番たちを次々に手にかけていったらしい。やがて彼の方が消される立場となるのだが、しかし瀕死の重傷を負いながらも逃げ延びていたのだった。今、地雷亜の「忠誠」は自らが育て上げた月詠に向いている。そして、彼女が依って立つものすべてを無くそうと——すなわち、吉原を炎に包み、燃やし尽くそうとしていた！！
地雷亜に一撃を与えた銀時は、地雷亜の拘束から月詠を解き放つことに成功。一人で何でも背負い込もうとする月詠を、銀時はたしなめる——自分を捨てて綺麗に死んでいくことより、小汚くても自分らしく生きていくことのほうが上等だ、と。そして、師と名乗っておきながら、弟子を裏切った地雷亜に対して怒りをあらわにするのだった。
吉原の町はだいぶ復興してきたというのに、傷はいえたはずの月詠は部屋でふさぎこんでいるという。そんな彼女をリフレッシュさせてほしいと日輪が銀時に頼んできた。だが彼女は部屋で寝ているという芝居を打っていただけで、実は外へ抜け出してパトロールを行っていたのだという。働きながらでもいいからリフレッシュさせようということで、一同は作戦を考えるのだが･･････
銀魂放送182回を記念して、キャラクター人気投票大発表！前回と全く変わらず8位だった新八は、喫茶店でひとり落ち込んでいた。そこに9位の山崎も現れる。彼は語る。「地味キャラは踏み台No.1になればいい。8位、9位は自分たちにとって、1位と同様ではないだろうか」と。しかし実際は、山崎も諦めきれずにいた。涙を流して走り去る山崎。それを見送るしかない新八。しかしその直後、山崎の悲鳴が響き渡った！
久々に行われた人気投票の結果に不満を抱くキャラたちは、次々に上位キャラたちを襲い始める。下位キャラたちに囲まれた新八は、何とか逃げようと屋根の上を走っていくが、足元が崩れて落下してしまう。逃げ切れない！と思った矢先、何者かに手を取って引っ張り上げられ、キャサリンたち下位キャラの襲撃から逃げ延びた新八。向かうところ敵だらけのこの状況下、救いの手を差し伸べたのはいったい誰なのか！？
避難している新八たちだが、この内部でも争いが勃発する。互いのズボンを、順位もろとも引き摺り下ろそうと画策するが、そんなことでは各自の順位は揺るがない。その矢先、銀時たち男性陣がお妙・九兵衛・月詠･さっちゃんによって襲撃されてしまう！お妙側が有利と見るや、神楽はあっという間に万事屋からお妙たちの陣営に寝返ってしまう。争いは順位をめぐるものではなく、男性キャラVS女性キャラに変化していく！
・故郷とおっぱいは遠くにありて思うもの マヨネーズに入っているチケットを手に入れれば、マヨネーズ工場へ招待してくれると知った土方は……。 ・蜂に刺されたら小便かけろってアレは迷信です バイ菌が入るから気をつけようね！！ 「スズメバチが境内に巣を作ってしまったので撤去してほしい」と依頼を受けた万事屋。防護服を着込み、完全武装した一行を待っていたのは、見たこともないほど巨大な蜂の巣だった！話が違うことを理由に銀時が帰ろうとする一方で、神楽が勝手に巣を破壊してしまう。怒って出てきたスズメバチに襲われないように、死んだフリでやり過ごそうとする銀時たちだったが･･････。
ケーキ屋で商品を物色する沖田。店の外に出たところで、一人の少女に正面から刺されてしまう！！ 沖田を父の仇と呼び、そのような凶行に及んだ理由は、「六角事件」という事件に関係しているらしい。事件と沖田、そして彼女の父親との関係は？ そして何より、冒頭からいきなり刺されてしまった沖田の運命は！？
「六角事件」を改めて調べ始めた銀時たち。沖田の部下・神山から事件の真相を聞いた銀時たちは、沖田たちを助けるべく天堂の元へと向かう。その頃沖田は、霧江を利用した手口によって、天堂蒼達に捕らえられてしまっていた。創界党を壊滅させた沖田に復讐するためによみがえったのだと饒舌に話す天堂は、霧江の父親についても語り始める。
子供たちが夏休みの自由研究を発表しあっている、ある日の寺子屋。子供らしく、よく書けた日記の発表の後、最後に順番が回ってきたのは大五郎という子。夏休み初日、寝坊してラジオ体操に遅れてしまった彼は、そこでマダオに出会い、マダオの観察日記をつけることにしたという。
・今年できる事は今年中にやっちゃった方が区切りがいいんだけど つい来年から仕切り直しゃいーやって思って後回しにしてしまうのが年末のお約束 片田舎のあばらやで、大江戸新聞の記者を名乗る男が一人の老人に取材していた。その内容は「攘夷戦争」。20年以上前、突如襲来した天人に対抗すべく、攘夷志士たちが立ち上がった。その中で一部の若者たちが頭角を現し始める。桂小太郎、高杉晋助、坂本辰馬…そして、白装束を身にまとい戦場を駆ける姿から、白い悪魔と恐れられた存在がいたという。 ・ラジオ体操は少年少女の社交場 早朝のかぶき町。外からラジオ体操の始まりを告げるアナウンスが聞こえるやいなや、猛スピードで家を飛び出す神楽。いつもぎりぎりに駆け込んでハンコをもらう神楽だが、この夏は今まで皆勤なのだという。同じく、皆勤の少年がもう一人いた。次第に仲良くなる2人だったが、少年にはとある事情があったのだった。
かぶき町のとある神社。そこは猫の溜まり場だ。野良猫たちがえさを食べている様子を草むらから見ている銀時たち。すると、境内の猫たちがクモの子を散らすように逃げていき、鳥居の方向から一匹の猫がやってきた。ちぎれた両耳、樽のような巨体･･･かぶき町のボス猫、ホウイチである。銀時たちはこのホウイチを捕まえるよう町内会から依頼されていたのだ。新八と神楽が網を持って飛び出すが、一瞬のうちに二人の手を逃れ、悠々とその場を立ち去ろうとしている。神楽と新八は銀時に助けを求めるが、なぜか銀時の姿がこつぜんと消えてしまっていた！
猫になってしまった銀時たちは、ホウイチに連れられてやってきたスナックお登勢の中で、出されたエサを貪る様に食べていた。野良猫狩りの連中に捕まると、この町には二度と戻って来られないと忠告するお登勢。どうやら町の人々をけしかけて野良猫狩りをさせている人物がいるようなのだ。
大量の野良猫が捕えられている木天蓼（またたび）星大使館。猫たちの檻を眺める溝鼠組の前に、木天蓼（またたび）星の国王が姿を現す。しかし、それほどの大人物が江戸を訪問しているという情報は一切出ていない。どうやら国王はお忍びで来ているらしいのだ。彼は野良猫たちを捕まえた真意を語り始めるが、それがとんでもない理由で･･････ 国王の陰謀によりピンチに陥る野良猫たち。そこに助けに駆けつけたのは、何と傷だらけのホウイチだった！
万事屋の居間で食事をしている銀時たち。卵かけご飯を猛然と食べているのは神楽一人だけ･･････というのも、神楽が食事当番になってからずっと卵かけご飯が続いているのだ。銀時から文句を言われた神楽が新八の家で毒づいていると、お妙から一緒に料理教室へ行ってみないかと誘われる。やってきた料理教室では女子たちがエプロンをつけ集合しているのだが、中にはチラホラと妙なメンバーが！
深々と雪が降り続くかぶき町。『浪士たちがターミナル武装占拠を決行せんと画策し、旅籠池酢屋に集結、談合を行っている』という情報を受け、一網打尽にしようと真選組が現場に向かっていた。土方に背中を預けたと語る近藤だが、その鼻からひょろりとそよぐものが･･･。呼吸に合わせ小刻みに揺れ、おまけに鼻が笛のように鳴っている。他の隊士に気づかれては士気に影響するのではないかと心配する土方は、何とか周囲に気づかれないうちに処理しようと、様々な手段に挑戦する！
雨のかぶき町。天気予報に反して降り出した雨に悪態をつく銀時に、一人の女性が傘を差し出してきた。悪いから･･･と断る銀時に傘を置いて立ち去ろうとするその女性は、なんと最近天気予報を外しまくっている結野アナ本人！視聴者からの苦情が殺到した結果、おめざめテレビを降板中の結野アナ。彼女はデータ等を参考にせず、占いで天気を予測していたというのだが･･･。
天気予報を外しまくっている結野アナ。実は彼女は古くから伝わる陰陽師一族の一人で、占いなどという甘っちょろいものではなく、陰陽師の力を利用して天気予報をしていたというのだ。陰陽師でありながらお天気お姉さんをやっている彼女が気に入らず、天気予報の邪魔をしている者がいるらしい。陰陽師たちの屋敷に到着した銀時たちは結野アナの兄と対面するのだが･･･。
結野アナのピンチを救うべく、道満から提案された式神タッグ呪法デスマッチを受ける清明。会場に着くなり道満に捕らえられてしまった清明の前に銀時たちが現れ、清明に加勢すると告げる。一回戦、結野衆・巳厘野衆共に失格、引き分けとなる。その戦いぶりを見て、銀時たちの力量を認めた清明は、銀時とともに次の勝負に挑む。
清明は、江戸守護の任を解かれるリスクを負いながら、江戸じゅうに配した式神の呪を解き、それに使っていた力をすべて自分に集結して道満に立ち向かう。すさまじい呪詛のぶつかり合い。清明の圧倒的な術を前に、防御姿勢の道満。勝負あったかに見えたその時、道満は父親から繰り返し聞かされていた結野家との因縁を思い出す。そしてその身には呪印が広がっていく！
負の情念に取り付かれた道満は、巨大な鬼になってしまった。一千年前に結野衆と巳厘野衆が決死の思いで封じた闇天丸をその身に宿したというのだ。もはや清明の声も届かなくなってしまった闇天丸の前に、オーラに包まれた木刀を持った銀時が立ちはだかる！ 一千年の時を越えて蘇った大鬼に対し、銀時はどう戦うのか！？
世間はもうすぐクリスマス。プレゼントをもらうための用意周到な準備をしていた神楽だが、銀時にははぐらかされてばかり。自分のところには一度もサンタが来たことがないと嘆く神楽を元気付けようと、新八やお妙はクリスマスパーティーを催すのだが、忘年会を兼ねた鍋パーティーに小さなケーキが用意されている程度……ちっとも楽しくない神楽の前に、二人のサンタが現れた！
神楽の前に次々と現れた複数のサンタ。いったい誰が本物なのか、サンタクロース決定戦を実施することになる。それぞれのサンタの思いが込められた検定が行われていくが、神楽に夢を与えているのか怪しいものだ。果たして誰が本物のサンタと認定されるのか？
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