アトラスの準備が整い、発進する前に地球で最後の夜を過ごす騎士達。アルーラに聞きたいことがあるランスは、勇気を出して大きな質問を投げかける。

オナーヴァが思い返す、ロトーとザルコンへの思いと複雑な親子の過去。これまで語られることのなかった、オナーヴァの行動の真実が明かされてゆく。

ある星でガルラの基地を制圧すると、行方不明になっていたガルラ船団からのSOSをキャッチ。発信源に向かった騎士達は、おそろしいものを発見する。

広い宇宙でロビーストをさがす騎士達は、手がかりを求めてオルカリオンへ行くことに。ところが、そこへ向かっていたのは、騎士達だけではなかった。

騎士達はアトラスと合流しようとしたものの、とつぜん現れた敵にこうげきされてライオンも動けなくなってしまう。これは一体、だれの仕業なのか?

オナーヴァはワームホールを使い、大量の第五元素を吸い上げようとしている。このおそろしい計画を止めるため、ヴォルトロンはオリアンデへと急ぐ。

MFEのパイロット、キンケイド達が、アトラスでの日常の様子をカメラでさつえい。平和でにぎやかな場面もあれば、きんちょう感あふれる非常事態も。

クルー達はドラザン星に向かい、みんなで晴天の日のお祭りを楽しむことに。そのころ、船に残って休んでいたアルーラは、悪夢におそわれてしまう。

アルーラの意識を利用し、精神世界へと入る騎士達。どこまでも続く空間を進むと、行く手におそろしいぼうれいやじゃ悪なたましいが立ちはだかる。

騎士達はオナーヴァの意識の中を進み、きおくの深部へ足をふみ入れる。そこで待っていたのは、時空を危険にさらしかねないショッキングな事実だった。

オナーヴァは計画を着実に進め、このままでは時空がほうかいしてしまう。今すぐオナーヴァの居場所を特定し、悪の野望を止める方法を見つけなくては。

かつてないほど強大な悪の力の前に、追いつめられる騎士達。再び立ち上がる力をあたえてくれたのはバルメラ人達、そして仲間との強いきずなだった。

宇宙に存在する全ての時空の源で、激しくぶつかり合うヴォルトロンとオナーヴァ。全宇宙の未来をかけた正義と悪の最終決戦、その果てに待つものとは!?