OSSが閉じられ、グレゴリオは子ども達をスパイにするためアカデミーを開校する。スパイ候補生たちは共にゴールデンブレインに立ち向かうことに。

スパイアカデミーでのきびしい毎日に気後れするカルメンとジュニ。ジュニはひょんなことから、大きな試練を受けることに。失敗したら追放!?

スワンプの計画を台無しにされたゴールデンブレインは、DJオットーチューンに目をつける。スパイキッズは音楽の力で学校の外におびき出され...。

スワンプのしかけたワナに気づいたジュニとエース。ふだんはライバルの2人も、今回はミッション・クリティカルのみんなを救うため力を合わせる。

アカデミーで1番強いチームだと自負しているミッション・クリティカルのメンバーたち。ところがトップの座をねらう別のグループに苦戦を強いられる。

かつてのスパイ候補生が悪の道に落ち、スワンプの仲間になっていた。スパイキッズは"七変化(しちへんげ)"と呼ばれる元生徒を連れもどそうとする。

人気番組の司会者フェーガン・フループがスパイ・アカデミーの先生に! むすめのスコーピオンははずかしくなり、アカデミーをやめると言いだす。

PSIが尊敬しているアーティスト、ミントコンディション。展示会で目をかけられ、うれしくなったPSIは言われるがままに彼のデザインを手伝う。

中間テスト期間中、リーダーのカルメンとジュニには、みんなとは別の難しいテストが課せられることに。またしても失敗したら追放が待っている!?

チームらしくなってきたミッション・クリティカルはついにゴールデンブレインのアジトをつきとめる。指令センターをつぶそうとする一同だが...。