8月某日午前11時50分。東京・銀座に、突如として石造りの『門（ゲート）』が出現。門からはオークやトロール、ゴブリン、ワイバーンなど、異世界のモンスターの軍勢が続々とわき出し、見境無く通行人に襲い掛かった。この事態を収拾させた自衛隊は、ゲートの向こう側「特地」へ現地調査のために赴くことになる。銀座で多くの人を救い昇進したオタク自衛官の伊丹二等陸尉も、先陣を切って乗り込むことになった。戦闘車両で門に飛び込む自衛官たち。門の向こうで彼らを待ち受けていたのは──。

特地を調査するため門をくぐり抜けた自衛隊。その目前には「特地」の大軍勢が集結していた。猛攻撃をかける「特地」の軍勢を撃退した自衛隊は、異世界の住民と友好的な関係を結ぶため、深部情報偵察隊を編制。第三偵察隊を指揮することになった伊丹は、偵察中に集落を襲う炎龍を目撃するも、炎が収まったときには村は全滅していた。廃墟を調査していた伊丹たちが見つけたものは──。

炎龍に襲われた集落の調査中、井戸の中から金髪の美少女エルフを発見した伊丹たち第三偵察隊。次に到着した村で村長に炎龍のことを伝えると、彼らは襲われることを恐れ、村を捨てて避難することになった。第三偵察隊は避難民を先導し、安全な場所まで送り届ける。その中で、エルフの少女「テュカ」、コダ村の魔導師「レレイ」、暗黒の神エムロイの使徒「ロゥリィ」など、異世界の住民との関わりを深めていく。

伊丹たち第三偵察隊がアルヌスに連れ帰った避難民は、自衛隊の基地付近に作られた避難民キャンプで生活を始める。彼らは初めて触れる日本の文化に驚きを隠せないが、食事や入浴でひとときの安らぎを得る。テュカとレレイ、ロゥリィの3人も浴場で出会い、お互いの境遇を知り仲を深めていった。そんな中、第三偵察隊は調査も兼ねて3人と共にイタリカの街へ行くことに。一方、「帝国」の皇女ピニャは自衛隊の情報を集めながら、自らの騎士団を率いてアルヌスを目指していた──。

イタリカの街を目指すテュカ、レレイ、ロゥリィの3人と伊丹たち第三偵察隊。街を目前にした彼らが見たのは、空に立ちのぼる黒煙だった。そこでは「帝国」の皇女ピニャが住民を指揮し、アルヌスから潰走し盗賊と化した諸王国軍の残党と戦っていた。到着した第三偵察隊や、テュカ、レレイ、ロゥリィの姿を確認したピニャは、思い悩んだ末に、伊丹たちが敵なのか味方なのかを見極めるため城壁内に招き入れることにするが──。

イタリカの街で盗賊との戦闘に参加することになった第三偵察隊。だが盗賊が攻め込んできたのは伊丹達が守る南門ではなく東門だった。門を突破され、出せる兵も尽き、茫然自失となるピニャ。市内の蹂躙も時間の問題と思われたが、自衛隊の戦闘団が空からやってきた。到着するやいなや対戦車ミサイルにロケット弾、20ミリ砲という圧倒的な火力で地上を制圧。ハルバートを振り回すロゥリィも加わり形勢は一気に逆転した。あっという間に全滅する盗賊を見たピニャは、あまりに強大な自衛隊の力に戦慄する──。

イタリカからアルヌスの丘へと戻る途中、帝国の薔薇騎士団に捕まってしまった伊丹。往来の無事を約束した協定に違反する形となり、それを口実に戦争を仕掛けられる心配をするピニャだったが、当の伊丹はウサ耳や猫耳のメイドに囲まれまんざらでもない様子。助けに来た第三偵察隊の面々も丁重に扱われ、和気あいあいと談笑、メイド達と「異文化交流」を楽しむのだった。そんな中、伊丹が国会から参考人招致がかかっていると知ったピニャは、彼の報告一つで自衛隊が動くことを懸念し、協定違反を指揮官に謝罪するためアルヌスに同道したいと願い出る。

国会の参考人招致に応じるため、テュカ、レレイ、ロゥリィの3人を連れ、富田、栗林と共にクリスマス間近の日本へと戻って来た伊丹。そこには「ニホン」という交渉相手を深く知るために付いて来たピニャの姿もあった。買い物や食事の後、伊丹と3人娘は国会へ向かい、ピニャや富田らは秘密裏に用意された講和の事前交渉へと赴く。国会では、自衛隊が特地の民間人を盾にして自分たちの安全を確保したのではないかと追及されるものの、その物言いに呆れ果てたロゥリィが真っ向から否定。伊丹達を弁護するのだった。

姿を見せない“敵”からテュカとレレイ、ロゥリィ達を守るため、伊丹が訪れた先は元嫁である梨紗のアパートだった。翌日、梨紗はレレイ達を引き連れ買い物を楽しみ、ピニャとボーゼスは富田と共に図書館へと向かう。ひとり別行動を取った伊丹は嘉納防衛・特地問題対策大臣に会い、当初の予定通り箱根の温泉宿・山海楼閣に行くよう命令を受けた。自衛隊の特殊作戦群が密かに警護する温泉宿に到着する一行。早速温泉で羽を伸ばす女性陣だったが、特戦群は宿に迫る“敵”の動きを捉えていた──。

政治的判断により伊丹達の警護を中止せざるを得なくなった自衛隊特殊作戦群。姿を現した“敵”は大国3カ国の工作員だった。その前に立ちはだかるのはハルバートを構えたロゥリィ。 人ならざる戦闘力を誇るロゥリィは、三陣営を相手に大立ち回りを見せる。各陣営もお互いに撃ち合う乱戦となり、結果は全滅。このまま留まるわけにもいかず、伊丹達一行は慌てて身支度を済ませ、使えそうな武器を集めて現場を離脱した。帝国との講和を進めたい日本と、特地の権益を狙う諸外国とのせめぎ合いが始まっていた──。

日本と帝国が開戦して5カ月。アルヌスではゲートを介して人的、物的交流が盛んになり、基地の周囲には現地人の街が形成されつつあった。一方、日本との圧倒的な国力の差を知り講和への強い決意をもった帝国皇女ピニャは、帝国内で発言力を持つ人物達と水面下の交渉を進める。そんなある日、部下の黒川から酒場に呼び出された伊丹は、テュカが現実を受け入れられず、異常な行動をとっていると聞かされる。自分たちにはどうすることもできないと言う伊丹に対し、黒川は憤慨して席を立つ。そこに現われた謎のダークエルフ。彼女が探していたものとは──。

故郷の村を襲った炎龍を退治してもらおうと、噂に聞いた【緑の人】を頼ってアルヌスにやってきたダークエルフのヤオ。ヤオはアルヌスの空を飛ぶ2機のファントムを見て【緑の人】──自衛隊の力を確信するが、街で見かける自衛官は言葉が通じず、依頼ができずにいた。しかも街で財布を脅し取ったと誤解され、警務官に連行されてしまう。通訳として現れたレレイに、必死で自衛隊への取り次ぎを懇願するヤオ。アルヌスを騒がす新たな展開に、はたして自衛隊は、伊丹は、どのように対処するのだろうか。