シルヴァーストームとの激戦から数日後― 「ミステル」と名乗るメイガスに変貌をとげてしまったノワールは、いまだ戻っていなかった。手がかりのないなか、ノワールが目を覚ますきっかけになるかもしれないと、カナタはミステルをつれてノワールとの思い出の場所を巡るのだった。

イストワールは実在するというミステル。 ミステルはかつてマスターと旅をしていたときに、偶然イストワールのネットワークシステムと接触したことがあった。自己修復が完了すると、かつて接触した場所の正確な位置が分かるというミステルは、イストワールを目指すべくカナタを鍛えることにするのであった。

イストワールの手がかりを求め、かつて宇宙港があったというカルタゴの近傍へとやってきたカナタたち。アクセスを試みたそのとき、何者かから攻撃を受けてしまう。攻撃のあった方向へと向かうカナタを待ち受けていたのは、本来の装備を備えた純白のコフィン「ギルボウ」と、カナタが黒仮面と呼ぶ謎の人物であった。

ミステルの自己修復が完了すると人格が消えてしまうかもしれないことを告げられるノワール。しかし、カナタのためには自分ではなくミステルが寄り添うことが正しいと、ノワールはそれを受け入れる。カナタの知らないところですれ違う思い―そんなノワールは最後にカナタのために料理をすることを思いつく。

ノワールの暴走により、ミステルとしても機能を停止してしまった。目を覚まさない2人を助けるべく、アルバに助けを求めるカナタ。アルバから2人を救うにはもう1体のゼロ型メイガスの素体が必要であることを告げられたカナタは、シエルと共にゼロ型メイガスがある可能性を求めてアメイジアの跡地へと向かう。

シエルの裏切りによって囚われの身となってしまったカナタ。イデアールには仮面をかぶったトキオとムートンの姿もあった。さらに追い打ちをかけるように、シエルはヴァイスハイトからカナタの始末を命じられてしまう。そして明らかになるシエルの衝撃の過去とはー

カナタを心配して後を追っていたエリーが見つけたのは、動かなくなったシエルを抱えた放心状態のカナタだった。自分のせいだと己を責めるカナタ。ノワールとミステル分離のタイムリミットが迫るなか、様々な葛藤を抱えたカナタに決断が迫られるー

遺されたパスカルのメッセ―ジから語られるミステルとノワールの過去。それはかつてパスカルが地上を冒険した途上で、偶然イストワールに接触したことから始まっていた。 一方、マハトはシュネーと契約を交わした頃のことを思い出していた。明かされる彼らの過去とイデアール創設の秘密。マハトとカナタの対決の時が迫っていた。

イデアールとの決戦に備え、カナタはデイジーオーガアルターのさらなる強化を試みる。 一方、ノワールはシエルの献身により救われたことをいまだ受け止めきれずにいた。シエルとの想い出を辿りながらあてもなくロックタウンを彷徨うノワールは、シエルのファンだという一人の少女と出会う。

マリアのロケットが完成し、カナタたちはいよいよイストワールへ旅立とうとしていた。 しかしそれを阻止しようと、ヴァイスハイトによりミステルの奪取を命じられたイデアールが総力戦を仕掛けてくる。 ロックタウンのドリフターたちとイデアールとの全面対決の幕がきっておとされた。

ヴァイスハイトの奇襲によりミステルを奪われてしまったカナタは、ミステルを取り戻すべく、トキオとマハトと共に残されたもう1機のロケットでヴァイスハイトの後を追う。ついに辿り着いた伝説の地「イストワール」。そこで待ち受けるヴァイスハイトの真の狙いとは―。

ヴァイスハイトの策略により、全てのメイガスが活動を停止してしまった。ムートンやシュネーも例外ではないなか、唯一動けるノワールと共に、ついにカナタはヴァイスハイトとの最終決戦に挑む。