空に浮かぶ平和な国スカイランドで、プリンセス・エルが誘拐されます。異変に気づいたソラ・ハレワタールは、犯人のカバトンを追いかけますが、カバトンは自らが開いた不思議なトンネルに逃げ込みます。ソラはトンネルの中でエルを取り返したものの、その出口は別の世界につながっていました。 はるか上空からソラシド市に降り立ったソラは、そこに住む少女・虹ヶ丘ましろと出会います。さらにカバトンが姿をあらわし、ショベルカー型の怪物・ランボーグを呼び出しました。 ランボールの攻撃を受けながらも、なおもエルを助けようと立ち上がるソラ。その心に反応するかのように、ソラの胸の奥から閃光が放たれます。エルのかけ声とともソラはキュアスカイへと変身し、あっというまにランボーグをたおしてしまいました。 カバトンが逃げ出したあと、目の前で起きたことにとまどうましろとソラをよそに、エルだけがうれしそうに笑っていました。

ましろは、ソラとエルを自分の家に連れ帰ります。出迎えたましろのおばあちゃんのヨヨは、ソラの説明をおどろくこともなく受け入れ、スカイランドに戻る方法がわかるまで家に住まわせてくれることになりました。 翌日、ソラはましろと服を買いに出かけます。ソラシド市の光景におどろいてばかりのソラでしたが、ましろに「どうしてヒーローになりたいの？」と聞かれると、小さな頃にヒーローに助けられた思い出を打ち明けます。そんなふたりの前に、カバトンがあらわれました。 あばれまわるランボーグを前に、再び勇気をふりしぼったソラは、キュアスカイへと変身します。そして圧倒的な力でランボーグをたおすと、今度はすぐにましろとその場を立ち去りました。 変身が解けたソラを連れてプリティホリックにやってきたましろは、ソラに新商品の手帳をプレゼントします。新しいヒーロー手帳を手に入れたソラは、ましろと仲良く並んで家に帰るのでした。

スカイランドに帰る方法がわかるまで、ソラとエルはましろの家に住ませてもらうことになりました。ところが、パパとママに会えないさみしさでエルがぐずってしまいます。その様子を見たヨヨから、「ミラーパッド」を使えばスカイランドと交信ができることを教わるソラたち。ヨヨの正体は、かつてソラシド市にやってきたスカイランド人でした。 ソラたちはミラーパッドを動かすために必要な「スカイジュエル」を探しに裏山へ向かいます。やっとの思いでスカイジュエルを見つけることができましたが、そこには偶然、カバトンもやってきていました。 ましろがエルを守りながら、スカイがランボーグを退治し、3人はスカイジュエルを持ち帰ります。起動したミラーパッドには、エルの両親の姿が映し出されました。エルがスカイランドのプリンセスだったことにおどろくソラとましろでしたが、「エルのことを頼みます」という王と王妃の言葉に、力強くうなづくのでした。

ある日の朝、さわがしい声とともに誰かが虹ヶ丘家にやってきます。声の主は、ましろの幼なじみの聖あげはでした。あげはは保育士の学校に行くため、一度離れたソラシド市に戻ってきたのでした。 あげはと保育士学校にやってきたソラたちですが、そこでましろは、自分にはあげはやソラのようになりたいものがないことに気づきます。そんな中、カバトンの罠によって、ソラのミラージュペンが盗まれてしまいました。 エルを守るため、必死に逃げるましろとあげは。しかし、変身できずにピンチのソラの姿を見たましろは、ソラのもとへと向かおうとします。すると、輝きとともに新たなミラージュペンがあらわれました。あげはに背中を押され、キュアプリズムへと変身したましろは、ミラージュペンを取り戻したスカイとともにランボーグを退治します。 あげはとエルが駆け寄る中、変身が解けたソラとましろは、お互いが大切な友達であることを確認してほほえみ合うのでした。

ソラは、プリズムがランボーグによってたおされてしまう夢を見るようになりました。そんなある日、ヨヨからプリキュアの伝説を聞いても、スカイランドに帰るトンネルを早く開いてほしい、と詰め寄るソラ。ましろに「なにかあった？」と聞かれても、「もう変身しないでほしい」と答え、夢の内容を打ち明けます。 そんな中、街に電車型のランボーグとともにカバトンがあらわれました。ひとりで変身し、飛び出していくスカイ。プリズムが助けにきても「友達が傷つくところを見たくない」とひとりで立ち向かおうとしますが、やがて「友達だから助けたい」というプリズムの言葉を受け入れます。すると、エルの新たな力が発動し、その力を受けたふたりが放った「プリキュア・アップドラフト・シャイニング」によってランボーグは退治されます。 次の朝、ましろと仲直りしたソラが書き込んでいたヒーロー手帳には「ふたりはプリキュア」という文字がありました。

新学期がはじまり、登校するましろについていくソラ。ところが、ソラは部外者のため、学校に入ることができません。 ヨヨに頼まれたお使いの途中、あげはとプリティホリックにやってきたソラは、ましろがいなくてさみしい気持ちを言い当てられます。あげははその思いを伝えに行くようにすすめ、ソラをメイクコーナーに連れ出し、メイクをほどこしてましろのもとへ送り出します。 荷物を持ったおばあちゃんを助けたり、不良のけんかを止めたり、不自然な工事に足止めされそうになるも学校にたどりついたソラ。ましろに気持ちを伝えようとしたところにカバトンがあらわれますが、変身してふたりであっという間に追い払います。 学校からの帰り道、ソラがましろに気持ちを打ち明けると、ましろも同じような気持ちでいたことがわかりました。家に帰ると、ヨヨの手続きのおかげでソラも学校に通えるようになり、ソラはうれしさでいっぱいになるのでした。

ましろといっしょに学校に通えることになったソラ。うっかりスカイランドから来たことを明かさないように気をつけていましたが、体育で持ち前の運動神経を発揮してしまい、スポーツテストですべての種目の記録を更新します。しかし、ソラの心配をよそに、クラスメイトたちはみんな感心しながら声をかけてくれました。 昼休み、ましろに連れられて屋上にやってきたソラは、ましろも最初はクラスメイトとうまく話せず、中庭の桜に元気をもらっていたと打ち明けられます。その話を聞き、「もう一度転校のあいさつをしたい」とクラスメイトたちに呼びかけるソラでしたが、そこにカバトンがあらわれ、ましろの思い出の桜をランボーグに変えてしまいます。 スカイとプリズムが協力してカバトンを追いはらい、桜ももとどおりになった放課後。「いっしょに帰ろう」とさそわれたソラとましろは、にっこりと顔を見合わせ、クラスメイトたちのもとへと駆け寄るのでした。

ある日、エルの様子を見にきたソラは、部屋に誰かがいた気配を感じます。夜になり、再びソラが部屋に入ると、エルに話しかける見知らぬ少年の姿がありました。 裏庭で少年をつかまえたソラでしたが、そこにいたのは一羽の鳥で、その正体はスカイランドの飛べない鳥・プニバード族のツバサでした。 ツバサは一年ほど前からヨヨの家に住んでいました。なぜスカイランドに帰らなかったのかと詰め寄るソラでしたが、ツバサは明かそうとしません。次の日、ツバサの部屋に呼ばれたソラは、ツバサが「空を飛ぶ」という夢をかなえるためにソラシド市にとどまっていることを打ち明けられます。それを聞いたソラは「かっこいい！」と感激し、ツバサと打ち解けました。 そんな中、街に円盤型のランボーグがあらわれます。ソラとましろは変身し、駆け出して行きますが、エルも後を追って飛んでいってしまいます。残されたツバサは、意を決して空中に飛び出しますが――。

カバトンが操縦する円盤型のランボーグに立ち向かうスカイとプリズムは、空中へ大ジャンプを試みますが、相手の高さには届きません。 そんな中、ふたりを心配したエルがやってきます。さらにエルを守ろうとツバサも追いかけてきましたが、逃げ回ることしかできず、エルとともにランボーグにつかまってしまいました。 カバトンのスキをついて、円盤から脱出するツバサでしたが、エルとふたり乗りのスリングではスピードが出ず、再びつかまりそうになります。それでもあきらめないエルの奮闘と、その気持ちにこたえようとするツバサに反応するように、ミラージュペンがあらわれ、ツバサは新たなプリキュア・キュアウィングへと変身しました。 ウィングがスカイ、プリズムと協力してランボーグを退治して数日が経ったある日、ツバサは自分の夢を認めてくれたソラにあらためてお礼を言います。その言葉を聞いたソラは、笑顔でツバサの感謝を受け止めるのでした。

ツバサの歓迎パーティーの準備中、ましろに「何か食べたいものはある？」と聞かれたツバサは、「ヤーキターイ」を食べたい、と言います。それは魚の形をした、たい焼きによく似たスカイランドの料理でした。そこでたい焼きを作ってみるソラたちでしたが、どの味もおいしくできあがったものの、なかなか「ヤーキターイ」と似た味は作れません。 夕方になり、ソラたちは買い物に出かけます。その途中、ツバサは「小さい頃に両親といっしょにおにぎりを作り、それが料理を始めるきっかけだった」とましろから聞き、何かに思い当たりますが、そこにカバトンがあらわれました。 3人で力を合わせてランボーグを退治したあと、ツバサは、「ヤーキターイ」ではなく、両親といっしょだった頃の食事の気分を味わいたかったのだと話します。家に戻り、パーティーでみんなと作ったたい焼きをおいしそうに食べるツバサの姿を見て、ましろもうれしそうにほほえむのでした。

あげはの誘いで、ソラたちは山に出かけることになりました。あげはの運転する車でたどり着いた「らそ山」では、謎解きゲームが開催されており、みんなで参加することにします。 ソラとましろ、ツバサとあげはとエルのチームに分かれてコースを進むことになりましたが、あげはに振り回され、「謎解きよりもロープウェイに乗りたい」と言われたツバサは、とうとうひとりで山道を進み始めます。しかし、その途中で再会したソラとましろから「あげははツバサのことを信頼しているはず」と聞かされ、あげはを追いかけます。山頂にたどりついたツバサは、あげははなぞ解きの答えが山頂にあると伝えたかったのだと気がつきます。 そこにランボーグがあらわれ、一度はつかまってしまうあげはとエル。ツバサの活躍でふたりを救い出し、ランボーグを退治したソラたちは、山頂からの眺めに目をうばわれます。その帰り道、車の中で眠そうにするツバサに、あげはは感謝の言葉を伝えるのでした。

失敗続きで追い込まれたカバトンから、1対1の勝負を申し込まれたソラ。ソラが勝てばエルにはもう手を出さない、と聞き、ソラは勝負を受けることにしました。みんなといっしょにキャンプ場に向かったソラは、ツバサが探してきてくれた「山のヌシ」のもとで修行にはげみます。 3日後、ソラが勝負の場所である河川敷にたどり着くと、カバトンは自分にアンダーグエナジーを使って挑んできました。しかし、スカイは修行の成果を活かして相手を追い詰めます。約束をやぶり、エルをさらおうとするカバトンでしたが、スカイはプリズム、ウィングと力を合わせてエルを守り抜きました。 勝負に負け、アンダーグ帝国からあらわれた雷雲に攻撃されるカバトンでしたが、スカイに助けられました。カバトンはその姿に心を打たれ、ソラシド市で再出発しようと決心します。一方ソラたちは、アンダーグ帝国への不安を感じつつも、これからもいっしょにエルを守ろうと青空を見上げるのでした。

よちよち歩きを始めたエルに「ファーストシューズ」を買ってあげようと、靴屋さんにやってきたソラたち。エルの目に留まったのは、ひとりのおばさんが買おうとしていた靴でした。おばさんは笑顔で靴をゆずってくれましたが、少しさみしそうな様子で去っていきます。ヨヨが作っていたトンネルが完成し、スカイランドへの帰りも目前でしたが、ソラはましろと話し合い、靴を返そうと決意しました。 翌日、ソラとましろはおばさんを探し出します。おばさんがゆずってくれたのは孫への「ファーストシューズ」でしたが、もうすぐ息子夫婦と海外へ引っ越してしまうといいます。それを聞いたふたりは変身し、おばさんを抱えながらビルを飛び越え、空港へと急ぎます。 なんとか出発に間に合い、おばさんは、孫に靴をプレゼントすることができました。その光景を見てましろと涙を流したソラは、ソラシド市でのできごとを振り返りながら、スカイランドへと向かうのでした。

スカイランドでは、大勢の人々がエルの帰りをよろこんでくれました。お城でソラたちがソラシド市でのできごとを伝えていると、王国を守る「青の護衛隊」の隊長・シャララがやってきます。シャララは、ソラがヒーローを目指すきっかけになった人物でした。 護衛隊の見習い隊員になったソラでしたが、隊員のひとり、ベリィベリーはソラを認めようとしません。シャララは、力だめしのためにふたりを訓練場に連れ出します。勝負は、一瞬のスキをついたソラが勝利しました。その後、シャララからベリィベリーが「強さ」にこだわる理由を聞かされるソラでしたが、そのとき、アンダーグ帝国のバッタモンダーがベリィベリーのもとにあらわれます。 変身し、プリズム、ウィングと協力してランボーグを退治したソラは、助け出したベリィベリーからお礼とともに「ごめんね」という言葉をかけられます。シャララが見守る中、ふたりはようやくお互いを認めることができました。

ソラは辺境の地での任務の中、シャララ隊長と初めて会った日のことを話します。お城の周辺にはバッタモンダーがあらわれ、今までに倒されてきたランボーグのアンダーグエナジーを合体させます。そして、できあがった巨大ランボーグの爆発を止めたければエルを渡せ、とおどしをかけてきました。 任務から帰ってきたソラは、偵察にでていたウィングは傷つけられたことを知ります。ましろと変身し浄化しようとしますが、巨大ランボーグから無数の腕が伸び、なかなか浄化できません。シャララが飛び出し、相手の腕を切り払いますが、シャララはエナジーに飲み込まれてしまいます。なんとか巨大ランボーグを浄化し、バッタモンダーを追い払ったスカイたちでしたが、王様と王妃様は呪いをかけられ、シャララも行方不明になります。 その夜、シャララが残した手紙を見つけたソラは、ヒーローとしての思いを新たにし、呪いを解く方法をヨヨに調べてもらうため、ソラシド市に戻ることを決めるのでした。

ソラたちは、王様と王妃様の呪いを解く手がかりを求めてソラシド市に戻ってきました。ヨヨによれば、ランボーグを浄化したときにあらわれるキラキラエナジーを集めれば、薬が作れるといいます。 そんな中、両親に会えずさみしがるエルの姿を見たあげはは、人形劇を見せてあげようと思いつきます。みんなで『桃太郎』を元にして人形をつくりましたが、あげはのアイデアで『えるたろう』のお話がはじまります。 さらわれたあげは姫を助けるべく、鬼ヶ島に向かうえるたろう一座……鬼が敵と重なって思わず元気がなくなるソラたちを、エルが逆にはげまします。 そこに街にあるソラシドパークにバッタモンダーがあらわれました。ツバサの鳥友達から聞きつけたソラたちはパークに駆けつけ、協力してランボーグを退治します。 その帰り道、エルはあげはの抱っこから下りて、ひとりで歩き始めます。ソラたちもあとに続きますが、その姿は人形劇の中のえるたろう一座そのものでした。

体育祭の準備が始まり、ソラはリレーのクラス代表に選ばれました。さらに、リレーはバトンパスが大切だと言うソラの希望でましろも出場することになります。ソラやツバサの指導による特訓の日々が過ぎ、迎えた体育祭当日。いよいよリレーが始まりました。バトンを受け取り、アンカーのソラを目指すましろでしたが、カーブで転んでしまいます。それでもすぐに立ち上がり、バトンを渡すと、ソラは次々に他の選手たちを抜き去り、一着でゴールしました。転んでしまったくやしさを感じ、涙をこぼすましろでしたが、ましろはあきらめずに前だけを見て走りきって最高のバトンを渡してくれた、というソラの言葉を聞いて、笑顔を取り戻します。そこにバッタモンダーがあらわれますが、特訓の成果を生かしたチームワークでランボーグを退治することができました。体育祭のあと、走ることが好きな自分に気づいたましろは、ソラとこれからもランニングを続けようと約束するのでした。

あげはが実習に向かった保育園には、スカイたちがたたかう姿を見たことのあるたけるという男の子がいました。さらにあげはがプリキュアの仲間だと知った園児たちはスカイたちに手紙を書きます。受け取ったソラたちも喜んで返事を書きました。 ある日、たけるとあげはで「さいきょーのプリキュア」をめぐって仲違いするなか、保育園にバッタモンダーがやってきます。あげはの様子を見にきていたソラたちが変身してたたかいますが、ランボーグによって動きを封じられてしまいます。「最強の保育士もヒーローも目指すところは一緒、大切な人たちを守ること！」と、バッタモンダーに立ち向かうあげはの意思に反応してミラージュペンがあらわれ、あげははキュアバタフライへと変身します。バタフライはあっという間にランボーグを退治したのでした。 後日、ましろの家にたくさんの荷物を持ったあげはがやってきます。「私もプリキュアになったことだし」と、一緒に暮らそうというあげはを、ソラたちは大喜びで迎えるのでした。

ソラとましろにお弁当を作ったり、エルを遊びに連れ出したりと、みんなのために動きまわるあげは。ところが、ダイニングで朝まで眠り込んでしまい、ツバサに「がんばりすぎ」と指摘されます。あげはは「明日予定を空けておいてほしい」とツバサに頼みました。 次の日、公園にやってきたツバサとエルの前には、保育園のみんなが描いた壁画アートがありました。あげはは、残された一部分をいっしょに描いてほしい、とツバサにお願いします。 しかし、壁画が完成したところにバッタモンダーがあらわれました。バタフライとウィングと一緒に壁画を守りたいと願ったエルちゃんの力によって現れたのは「ミックスパレット」。バタフライとウィングの新たな技「プリキュア・タイタニックレインボー」でランボーグを退治します。 あげはは少し張り切りすぎていたとみんなに伝え、ソラたちはこれからは協力しあって自分たちの暮らしをアゲアゲにしていこう、と約束しあうのでした。

エルのために何冊も絵本を読んであげたましろ。午後、みんなとあげはがアルバイトをしているプリティホリックを訪れます。すると、アルバイトをしている美大生の菜摘から、「みんなの絵本コンテスト」への応募をすすめられます。 なかなかアイデアが浮かばないましろでしたが、公園で遊んでいたエルと男の子のやりとりを見てひらめくと、夢中で作業にとりかかり、数日後、ついに絵本が完成します。 提出起期限が迫る中、みんなと応募先の市役所に急ぐましろでしたが、その途中、バッタモンダーがあらわれます。スカイたちがランボーグを食い止めてくれる間にプリズムはエルと市役所に向かい、なんとか応募に間に合わせることができました。 コンテストの結果が発表され、大賞は菜摘の作品が受賞しました。落選になったものの、ましろはソラやエルが自分の作品によろこんでくれているのを見て、これからも絵本を描き続けようと決心するのでした。

プリキュアになってから、空を飛ぶ研究のための本を読んでいなかったことに気づいたツバサ。将来、自分は何をしているのだろう、と不安を感じます。ヨヨに相談するとみんなで高原に出かけよう、と提案してくれました。 高原には、ヨヨが育てる野菜畑が広がっていました。収穫や種まきの最中、ツバサはヨヨが野菜の知識にも詳しいことにおどろきます。 午後みんなで雨宿りをしていると、バッタモンダーがあらわれました。鳥の模型が変化したランボーグのスピードに苦戦するスカイたちでしたが、ウィングが今まで学んできた知識を活かし、上昇気流を利用した活躍で無事に浄化することができました。 家に帰り、学んできたことはつながってひろがっていくものだと気づいたツバサは、ヨヨからたくさんの本を借り、さらにミラーパッドをさずけられます。おどろきながらも受け取ったツバサは、もっといろんなことを勉強してみようと気持ちを新たにするのでした。

べリィベリーから、行方不明になっているシャララを見かけた人たちがいる、という情報を聞いたソラたち。その日の夕方、ソラはみんなとの買い物の途中に青いマントの女性を見かけます。シャララの無事を信じているソラは思わず追いかけます。ところがソラが見ていたシャララはバッタモンダーが生み出した幻だったのです。シャララの幻は消え、代わりにあらわれたランボーグに変身して立ち向かうスカイ。しかし戦いの最中、バッタモンダーからそのランボーグの正体こそシャララだと知らされます。攻撃をためらうスカイのもとにプリズムたちが助けに来てくれますが、もともと重傷をおっていたシャララはアンダーグエナジーによって生かされているため、浄化することもできません。高笑いとともにバッタモンダーが去ったあと、ましろたちはソラをはげまそうとしますがが、ソラの「もう戦いたくない」という言葉とともに、ミラージュペンが消えてしまうのでした。

シャララがランボーグ化したことにショックを受けたソラは、ヒーロー手帳に書き置きを残し、スカイランドの家族のもとに帰っていました。そして父のシドと出かけた湖で、ヒーローになりたい気持ちを再確認した日のことを思い出します。一方、シャララボーグが街にあらわれたことを知ったましろは、ヨヨにソラ宛ての手紙をたくし、ツバサ、あげはとともに市街地に向かいます。ヨヨに手渡された手紙を読み、自分を待つ友達のため、ソラは再びミラージュペンを出すことができました。追い込まれていたプリズムたちでしたが、上空から降り立ったスカイがチャンスを作ると、そのままシャララボーグの浄化に成功し、さらにバタフライがシャララに回復技を放ちます。シャララはやがてスカイの手を取り、ついに目を覚ましました。その夜、ましろから再びヒーロー手帳を手渡されるソラ。笑顔で受け取ったソラは、ぜったいにヒーローになる、と大声でちかうのでした。

これまでに集めてきたキラキラエナジーを使い、ついにキラキラポーションが完成しました。さっそくスカイランドに向かったソラたちは、王様と王妃様の呪いを解き、シャララを救ったヒーローとして迎えられます。 ソラたちがパレードの練習を行う中、お城で過ごしていたエルの胸から、紫色の不思議な光が出現します。それは、王様と王妃様がスカイランドを救う「運命の子」としてエルを預かったときに、エルを包んでいた光でした。新たな旅立ちの日が来たことを知った王様と王妃様は、ソラたちに再びソラシド市にエルを連れて戻り、そこでエルを守ってほしいと頼みます。 王様と王妃様の願いを聞き入れ、パレードにのぞむソラたちでしたが、急に雲が太陽をさえぎります。それを見たソラたちは変身し、技で雲を取り払い、空にエルちゃんの顔と花火を描きます。大よろこびで拍手をするエルとともに、プリキュアたちは晴れやかな表情で空を見上げるのでした。

王様と王妃様からエルをたくされ、ソラシド市に戻ってきたソラたちは、たくさんの動物がいるソラシド自然公園にやってきました。園内でエルが動物と話せるらしいと気づいたソラたちは、特別な力を持つエルのため、ご飯や習い事にもっと気をつかったほうがいいかも、と悩んでしまいます。 その後、ソラたちがふれあいコーナーで過ごしていると、突然まわりの動物たちがおびえ始めました。異変を感じて広場に向かったソラたちの前に、アンダーグ帝国からの新たな刺客、ミノトンがあらわれます。 恐竜型のランボーグがあばれる中、子ウサギを守ろうとするエルをあえてかばい、正々堂々とプリキュアと戦おうとするミノトン。苦戦するスカイたちでしたが、しっぽへの攻撃が成功し、なんとかランボーグを退治することができました。 戦いを終え、エルが優しく育ってくれていると理解したソラたちは、今のままエルを見守っていこうと笑顔を交わし合うのでした。

久しぶりに帰国するましろの両親を迎えに、ももぞら空港を訪れるソラたち。初めて間近で飛行機を目にしたツバサは、よろこびを隠しきれません。 展望台に来たソラたちは、そこで飛行機のしくみを説明してくれた女の子・翔子となかよくなります。翔子は母親が操縦する飛行機に乗るため、空港に来ていました。父親とはぐれていることに気づいた翔子を無事に再会させたソラたちですが、そこにミノトンがプリキュアを探すアナウンスが流れます。 ソラたちを待ち受けていたミノトンは、携帯扇風機をランボーグ化し、強風で飛行機の運行を妨害します。風をあやつるランボーグに苦戦するスカイたちでしたが、翔子との会話からヒントを得たウィングが突破口を開き、ランボーグを退治することができました。 翔子の乗る飛行機を見送ったあと、両親を迎えたましろは、短い期間ではあったものの、わが家でソラたちといっしょに再会の時間を楽しむのでした。

街で花火大会が開催されるある日、エルがミラーパッドで遊んでいると、不思議な渦が飛び出し、ソラたちがミラーパッドの中に引きずり込まれてしまいました。 ミラーパッドの中の世界にいたピンクットンの案内で、ソラたちは「特別なトレーニング」をこなすことになります。ところが、ピンクットンがうっかりカードを取り違え、挑むトレーニングがシャッフルされてしまいました。 得意分野とは違うトレーニングに苦戦するソラたちですが、普段の仲間の姿を思い出し、見事全員がクリアします。しかし、拍手でソラたちを送り出そうとしたピンクットンは、再びうっかりでモンスターのカードを出してしまいました。それでもスカイたちは、トレーニングできたえた勢いそのままに、すぐにモンスターを退治します。 無事にミラーパッドの世界から戻ってきたソラたちは、エルがヨヨを手伝いながら作ってくれたフルーツポンチを食べながら、花火大会を楽しむのでした。

エルの新しい洋服を探していたソラたちは、街の広場で人気モデルの早乙女まりあ、かぐや姉妹と出会います。ふたりはあげはの姉で、別々に暮らしていたものの、仲良し姉妹でした。ふたりのマネージャーの加古は、エルに目を留め、「明日開催されるファッションショーに出演しない？」と誘います。かぐやのデザインした服に興味を持ったエルは「出る！」と答え、出演が決まりました。 翌日、ショーのステージに繰り出すエルでしたが、人々の歓声におどろき、立ち止まってしまいます。しかし、あげはが飛び入りゲストとしていっしょにステージに立ち、ショーは大盛り上がりになりました。途中、ミノトンがあらわれますが、すぐにソラたちも駆け出し、まりあとかぐや、加古を守りながら、ランボーグを退治します。 ショーが終わったあと、あげははまりあ、かぐやとお互いをねぎらい、保育士とモデル、それぞれの道を応援しながら、笑顔でハイタッチを交わすのでした。

ある日ソラは街はずれの洋館で雨宿りの最中にぬいぐるみに話しかけられ、驚いて逃げ帰ります。ソラはシェアハウスにまでついてきたぬいぐるみを「お化けかもしれない」と怖がりますが、何か事情があることを知り、みんなでぬいぐるみの力になることにしました。 次の日の夜、ソラの夢の中にぬいぐるみがあらわれ、ぬいぐるみの持ち主は以前洋館に住んでいた親子でしたが、引っ越しのときに置き忘れられてしまったと明かします。翌朝、ぬいぐるみがいなくなったことに気づいたソラは、みんなと洋館に向かいますが、ミノトンがあらわれ洋館ごとランボーグにしてスカイたちを中に閉じ込めてしまいました。 スカイたちがぬいぐるみと協力し、ランボーグ化した洋館をもとどおりにすると、ひと組の親子があらわれます。それは、忘れ物だったぬいぐるみを取りに来た持ち主のりほと、その母親でした。ソラたちは、無事に持ち主と再会したぬいぐるみを笑顔で見送りました。

みんなと海にやってきたものの、泳ぎ方を知らないソラは、浅瀬でおぼれそうになってしまいます。ツバサ、あげはに泳ぎ方を教わってもうまくいかず、ましろに水に浮くところから教わりますが、ツバサの言葉を聞いて、まずは海を楽しもうと考え直しました。 シュノーケリングをしたり、砂浜でお城を作ったりして海を楽しむソラたちでしたが、そこに、砂浜で修行をしていたミノトンがあらわれます。ミノトンが繰り出した浮き輪型のランボーグにしがみつき、空気を抜いてしまうスカイでしたが、相手と一緒に海に沈んでしまい、一転してピンチに追い込まれます。しかし、ましろに教わったことを思い出し、泳ぎ方をつかむと、つかまっていたプリズムたちをパンチで解放し、ランボーグを退治することができました。 夕方、夕陽に照らされた海を眺めるソラ、ツバサ、あげは、エルちゃん。その姿を見ながら、両親への手紙を書いていたましろは、手を振るソラに笑顔で手を振り返すのでした。

いたずらをたしなめられ、すねてしまったエルの機嫌を直そうと、みんなでソラシド写真館に向かいます。写真館にプリキュアの衣装があることにおどろくソラたちでしたが、エルは4人分のプリキュアの衣装と、プリンセスの衣装でみんなと写真を撮り、すっかり楽しんで帰路につきます。 ところがその途中、いきなり道路の真ん中に黒いフードの男があらわれました。男は山奥のさびれた駐車場に車ごとソラたちを送り込み、さらにエルをアンダーグ帝国にとらえてしまいます。 変身して立ち向かうスカイたちでしたが、スキアヘッドと名乗る男の前に歯が立ちません。しかし、スカイたちを見守っていたエルが祈りを込めると、まばゆい光とともに、新たなプリキュア・キュアマジェスティが降り立ちました。マジェスティはスキアヘッドを追い払うと姿を消しますが、直後に物陰から手を振るエルを見つけたソラたちは、胸をなでおろしながらエルを抱きしめるのでした。

自分がマジェスティだと主張するエルにおどろきつつも、ありうる話だと考えたソラたちは、エルに「変身できる？」と聞いてみますが、なぜか変身することができません。 どうすれば変身できるのか、あげはと考え始めたエルは、「先輩プリキュア」のソラたちを観察し、何度もトライしますがうまくいきません。そんな中、ツバサのもとに鳥たちが異変を伝えにやってきました。 ソラたちが街に駆けつけると、スキアヘッドに心を邪悪にされたミノトンがあばれまわっていました。強化されたミノトンに追い込まれるスカイたちを見て、エルは大事で大好きなみんなを守ろうと飛び出します。すると、その意思にこたえるようにミラージュペンがあらわれ、エルはキュアマジェスティへと変身しました。 ミノトンをあっという間に追い払ったあと、眠りこんでいるエルを囲みながら、これからは5人で戦っていこうと話し合うソラたち。しかし、ましろだけはどこか不安な表情を見せるのでした。

突然、スカイランドの湖に遺跡が浮上してきました。遺跡には「究極のちから」が封じられており、中に入るための鍵はエルだと判明します。ましろはエルを危ない目に合わせたくないと主張しますが、エルの気持ちに押されて全員で遺跡の中に入ります。 遺跡の奥で「究極のちから」を秘めた一冊の本、「マジェスティクルニクルン」を見つけたソラたち。そこに遺跡の壁を破り、ミノトンがあらわれました。 ミノトンはアンダーグエナジーでパワーアップを繰り返し、スカイたちを圧倒します。戦いの中で、プリズムはマジェスティが以前のプリズムと同じように、仲間が心配で助けたいということを理解します。やがて心をひとつにした5人の力で「マジェスティックハレーション」が発動し、ミノトンからアンダーグエナジーをはらうことができました。 遺跡から脱出したスカイたちとミノトン。マジェスティはクルニクルンを手に、ずっと心配してくれていたプリズムとほほえみあうのでした。

ソラたちにこらしめられた後、バッタモンダーは「紋田」と名乗ってソラシド市で暮らしていました。 ある日、ましろは図書館で子どもたちに自作の絵本の読み聞かせをします。ところが、ひと組の兄弟だけは「つまらない」と外に出ていってしまいました。読み聞かせの後落ち込んでいたましろに、美大生になりすました紋田が声をかけます。復讐のため相談に乗るフリをしながら、絵をあきらめさせようする紋田でしたが、その最中にスキアヘッドがあらわれました。 ランボーグよりも強力なキョーボーグを前に、スカイたちは大事な人を守るための覚悟ができているという言葉を口にします。それを聞いたプリズムも気持ちを引き締め、力を合わせてキョーボーグを退治します。 数日後偶然紋田に会ったましろは、絵本作家を目指すことを打ち明けます。復讐するはずが逆に励ましてしまったことに戸惑う紋田を後に、ましろはこれからもたくさん絵本を描いていこう、と心にちかうのでした。

ソラのもとに女子野球部のコーチの依頼が舞い込みます。肘を痛めたエース投手の四宮たまきが休む間、連続優勝がかかった大会に向けソラを相手に練習したい、というお願いでした。 ソラが部員たちと汗を流す一方、病院で肘を手術する必要があると聞かされるたまき。無理を押してでも大会で投げたい、というたまきでしたが、捕手の扇かなめは手術を受けるように説得します。 たまきの手術と重なった大会初日、たまきが病院を抜け出してしまったという知らせが届きました。学園のグラウンドでたまきを探し出したソラでしたが、そこにスキアヘッドがあらわれ、ソラはたまきの目の前で変身します。スカイは野球のエースもヒーローも一人ではないとたまきに伝え、駆けつけてくれた仲間とともにキョーボーグを退治しました。 ソラに勇気をもらったたまきは手術を受け、大会を見届けます。かなめの活躍もあり、チームは見事に優勝を果たし、ソラも部員たちとともに記念写真に収まるのでした。

あげはが実習先でよく遊んでいたたけるが引っ越しすることになりました。寂しそうなたけるに、どうしてあげたらいいのかわからないあげはは、ソラたちに悩みを話しつつ「最強の保育士」を目指すようになったきっかけを打ち明けます。 たけるが登園する最後の日。たけるは雨の降り出した砂場でトンネルを掘り続けます。あげはが思い出を語りながら手伝い、やがて完成したトンネルを前に、たけるも正直にあげはにお礼を伝えることができました。しかしそこにスキアヘッドがあらわれます。あげはは見守っていたツバサとともに変身して立ち向かいます。やがてスカイたちも駆けつけ、バタフライの機転でキョーボーグを退治することができました。 お迎えで、あげはの前にたけるの祖母がやってきます。それは、かつてあげはが保育士を目指すきっかけになった先生でした。そしてたけると「最強になる」とちかいあったあげはは、笑顔でたけるを見送るのでした。

幼い頃出会ったときの写真を見つけたましろとあげはですが、どのように仲よくなったのかが思い出せません。そこで、写真を撮った場所にみんなで出かけることにします。 当時お世話になったせつこの家を訪れたソラたちは、木を探して歩きまわりますが、見つからないまま夕方になってしまいます。帰ろうとしたそのとき、エルの帽子が風に飛ばされ、ソラとツバサが追いかけていくのを見て、ましろとあげはも幼い頃に帽子を追いかけたことを思い出します。夜それを聞いたせつこも木のことを思い出しますが、その木は昨年、台風で倒れて切り株だけしか残っていませんでした。 それでもあげはとの出会いをなつかしみ、切り株にお礼を伝えるましろ。そこにスキアヘッドがあらわれますが、みんなで協力して思い出の場所を守り抜きます。 自宅に戻り、新しい思い出ができたとみんなと切り株の前で撮った写真を見ていたましろは、切り株から新しい芽が出ていることに気づくのでした。

スカイランドの空の道しるべであるハレバレジュエルの光が消えてしまい、ヨヨの推薦で、ツバサが原因究明にあたることになりました。ツバサは遊覧鳥を説得し、みんなと背中に乗って分厚い雲と乱気流をかいくぐり、浮島にたどりつきます。 浮島に上陸したソラたちは、大昔にスカイランドに住んでいたという竜族に出会います。彼らは長年、岩山の塔にあるジュエルを磨き続けていましたが、ある日足場が崩れてしまい、元に戻せなくなったといいます。さらに、そこにスキアヘッドがあらわれました。飛ぶ力を失っていたはずの竜族でしたが、宙に投げ出されたひとりがウィングの言葉を聞いて勇気をだし、風に乗って飛び始めたのをきっかけにチャンスが生まれ、スカイたちはキョーボーグを退治することができました。 見事にジュエルの光を取り戻したソラたちは、竜族とともに王様たちの前に降り立ちます。ヨヨにねぎらいの言葉をかけられたツバサは、笑顔で胸を張るのでした。

園児たちがヨヨのことを「丘の上に住む魔女」とうわさしている、とあげはから聞いたソラたちは、ハロウィンに向けて本格的に家の飾りや衣装を準備しようと思い立ちます。 当日、怪しげな雰囲気になった家にやってくる園児たち。楽しそうな園児たちの姿を見て、ソラたちも笑顔になります。一方、街で開催されていたハロウィンフェスタでは、プリキュアの仲間を名乗る「キュアパンプキン」があらわれ、お菓子をうばい取っていました。 ソラたちは街のみんなに笑顔になってもらおうとお菓子を配りながら、お祭りを盛り上げます。その最中、キョーボーグが出現しますが、スカイたちによって退治され、キュアパンプキンの正体だったバッタモンダーも街の人々によって追い払われました。 翌日、プリキュアと一緒にいるヨヨを見たと話す園児たち。園児たちにすっかり魔女だと思われているヨヨはくしゃみをし、「誰かうわさしてるみたいね」とエルと笑いあうのでした。

テレビで結婚式の様子を目にしたエルは「ツバサと結婚する！」と言い出します。戸惑うツバサでしたが、エルが結婚式のドレスやケーキにあこがれているだけだと考え、「結婚式ごっこ」をすることにします。ところが、エルは終わったあともツバサの手を離そうとしませんでした。 翌朝、ツバサは大切な本がなくなっていることに気づきます。本はエルが隠し持っていましたが、ツバサが最近勉強に夢中で、エルはさみしかったのかも、とあげはから聞かされたツバサは、エルにあやまりに行きます。しかし、そこに鳩が異変を知らせにやってきました。 結婚式場に現れたキョ―ボーグに立ち向かうスカイたち。途中、マジェスティがとらわれてしまいますが、ウィングが助けだし、みんなで力をあわせて退治することができました。 夕方、式場の前でツバサは「これからもいっしょにたくさん遊ぶこと」をエルに約束します。エルはみんなとダンスをしながら、笑顔で約束を受け止めるのでした。

ましろが次の絵本コンテストに応募するための新作の内容に悩んでいると、みんながソラシドパークに連れ出してくれました。パークでスケッチブックを開き、アイデアを練っていると、キッチンカーでアルバイトをしていた紋田が声をかけてきます。落ち葉を自分の姿に重ねながら後ろ向きな言葉を口にする紋田でしたが、そんな紋田を気づかいつつ、自分は落ち葉が好きだ、とましろが答えると、紋田は逃げるように走り去ってしまいます。 林の中で、スキアヘッドを前に立ちすくむ紋田を見つけたましろは、紋田を逃し、ソラたちと合流してキョーボーグを退治します。さらにスカイはスキアヘッドになぜこんなことをするのかと問いかけますが、「愛するお方のため」という意外な言葉に戸惑い、逃してしまいます。 夕方、葉の散った公園を歩きながら、ましろは新作のテーマを苦しんでいる人を元気できるようなものにしようと決め、気持ちを新たにしたのでした。

キラキラエナジーを作り出すツバサの研究の成果を持ち帰るため、シャララがソラシド市にやってきます。ツバサを待つ間街を案内するソラでしたが、シャララにはいつもと様子が違うことを見抜かれていました。ソラは、スキアヘッドとの戦いで心に迷いが生まれたことを打ち明け、今回はひとりで考えひとりで答えを見つけたい、と伝えます。 シャララがスカイランドに戻ったあと、街にスキアヘッドがあらわれました。スカイはスキアヘッドと話をしようと試みます。迷うのは未熟なこと、というスキアヘッドに対し、答えを探して仲間と進むのが自分の目指すヒーローだと、スカイはスキアヘッドの繰り出した技を消し飛ばしました。スカイの気迫に押されたスキアヘッドはその場を去り、キョーボーグも退治されました。 戦いのあと、スキアヘッドたちのことをもっと知れば相手が戦う理由がわかるはず、というソラ。ましろたちみんなもその言葉にうなずき、決意を新たにするのでした。

新しい絵本を作っていたましろは、ソラシドパークで再び紋田と出会います。ましろに頼まれ制作途中の絵本を読む紋田でしたが、自分の姿が重なる「おちば」をハッピーエンドにしようとしているとわかると怒り出し、自分がバッタモンダーだと明かすと、ミラージュペンをうばい去っていきました。 それでもバッタモンダーと話したいと思ったましろは、パークでソラたちと一緒にバッタモンダーと再会しますが、バッタモンダーはアンダーグエナジーを取り込んでしまいました。しかし、ましろの言葉を聞いて、自我を失う直前にミラージュペンをましろに返します。パワーアップしたバッタモンダーに追い込まれるスカイたちでしたが、プリズムが放ったプリズムシャインがバッタモンダーの心を照らし出し、浄化することができました。 助けられたバッタモンダーは、ましろに謝って去っていきます。後日、絵本コンテストの展示会には、ましろが描いた『おちばくん』が大賞作として展示されていました。

スカイランドの草原に謎のトンネルが出現しました。調査に向かった青の護衛隊を追いかけてきたソラたちの前に、アンダーグ帝国の支配者を名乗るカイゼリンが姿をあらわしました。カイゼリンに圧倒され、追い込まれるスカイたちでしたが、そのとき、マジェスティクルニクルンの光があたりを包みます。 次の瞬間、ソラとましろ、エルは300年前のスカイランドにいました。そこで3人は当時のプリンセス、エルレインと出会います。ソラたちは未来のスカイランドの伝説からこれから起きる危険をエルレインに伝えますが、証拠に変身することもできず、すぐには信じてもらえません。 夜になると、伝説のようにランボーグの大群が攻め入ってきます。ソラたちはなんとか街の人々と避難しますが、街はあちこち破壊されてしまいました。悲しむ人々の姿を見て、エルレインは夜明けの空に祈りを捧げます。すると紫の光とともに、エルレインはキュアノーブルへと姿を変えるのでした。

復旧が進むスカイランドの街。父カイザーのやり方に疑問を持っていたカイゼリンは、エルレインと話し合い、カイザーを説得すると約束します。 夜、草原でカイゼリンとカイザーを迎えるエルレインでしたが、カイザーが娘をもだましてスカイランドを襲っていることを知ると、怒りに燃えて変身し、激しい戦いが始まります。しかし、ふたりを止めようとしたカイゼリンが重傷を負ってしまいました。カイゼリンの行動に目を覚ましたエルレインの提案で、カイザーはアンダーグエナジーを使ってカイゼリンの傷をふさぐことができました。そして「戦いが生むのは涙だけ」だとついに二つの国の和平が結ばれることになりました。 そこでふたたびクルニクルンが開き、ソラたちは現在に戻ってきました。ソラたちの話で300年前のできごとを思い出し、怒りをむき出しにして攻撃を放つカイゼリン。しかし、やがて回復しきっていなかった傷が痛み出し、助けにあらわれたスキアヘッドとともに去っていくのでした。

ツバサの研究によって完成した「ミラーパッドバリア」が無事に起動し、スカイランドの街を守る準備が整いますが、まだ人々は不安を抱いていました。 ましろとあげはは、一度戻っていたソラシド市はクリスマスでにぎやかだったと話すと、スカイランドにも「スリクマス」があるとわかります。人々の気分を盛り上げようと、ソラたちは街をあげてのパーティーを開催しようと思い立ちます。 パーティーの準備が進む中、ソラたちはシャララから「極秘の任務」を言い渡され、森にやってきます。そこにいたのは、いじわるトルネードのおかげでソリが動かせなくなってしまったスカイランドのサンタ、ターサンでした。 助け出したターサンとともに子どもたちへのプレゼントを配るスカイたち。配り終えたソラとましろは、お互いにプレゼントを交換します。中身は二つとも以前ましろがソラに贈った手帳と同じものでした。ふたりはほほえみながら、「一緒にこの世界を守ろう」と約束を交わすのでした。

みんなが寝静まったスカイランドの夜。再び一番星がエルに語りかけてきました。一番星はエルレインに姿を変えると、紫色の不思議な輝きをエルに贈ります。異変を感じたソラたちが駆けつけると、エルは成長した姿になっていました。 エルレインは一番星となってソラたちに力を貸していたことを明かし、さらに先ほどエルに与えたものが最後の力だと告げると、ソラたちにあとを託して消えていきます。 次の日、スカイランドにスキアヘッドがあらわれました。スカイたちにランボーグたちをけしかけ、自身は街を守るバリアを破壊しようとしますが、ランボーグを打ち破ったスカイたちの前に追い込まれ、スカイとマジェスティを道連れにしようとします。 エルレインからさずかった力のおかげでスカイたちは無事でしたが、今度はそこにカイゼリンがあらわれます。カイゼリンは、300年前の和平のあと、父カイザーがキュアノーブルの手にかけられたのだと明かしますが――

ソラたちの前にあらわれたカイゼリンは、怒りにとらわれありったけのアンダーグエナジーを取り込みます。プリズムシャインでカイゼリンを照らそうとするスカイたちでしたが、モンスターカイゼリンには光が届きません。 カイゼリンの激しい攻撃によって、バリアが破壊された部分から街にアンダーグエナジーが入り込み始めました。ウィングとバタフライが街を守りに戻り、スカイとマジェスティがカイゼリンを押さえる間、プリズムはより強力なプリズムシャインを放つために力を込めます。 カバトンたちの協力や、バタフライの必死の活躍もあり、ウィングがバリアの修復に成功すると、プリズムはカイゼリンの動きが止まった一瞬をついて、再びプリズムシャインを放ちます。今度は見事に光がカイゼリンをとらえ、元の姿に戻すことができました。 しかしスカイたちが歩み寄ろうとした瞬間、槍がカイゼリンの胸を貫きます。槍を放ったのは、倒れたはずのスキアヘッドでした。

カイザーを手にかけ、カイゼリンに嘘の記憶を刻みつけた真犯人であるスキアヘッドは、アンダーグエナジーの化身・ダークヘッドとしての正体を明かし、傷ついたカイゼリンとともに去っていきました。スカイたちはふたりを追ってアンダーグ帝国に乗り込みます。 待ちかまえていた無数のランボーグをウィングとバタフライが引き受け、その先にあらわれた巨大ランボーグを食い止めるためにマジェスティが残り、最深部にたどり着いたのは、スカイとプリズムでした。 アンダーグエナジーの「容れ物」としてスカイを狙ったダークヘッドは、エナジーをとりこませ、スカイをあやつろうとします。しかし自分を信じてくれたプリズムのおかげで、スカイは正気をとりもどすことができました。スカイはカイゼリンに「友達になりませんか」と手を差し伸べ、カイゼリンもそれを受け入れることができました。 ダークヘッドは大蛇に姿を変え再び現れますが、合流し、5人そろったスカイたちは、おそれることなく立ち向かいます。