『宇宙世紀憲章』を巡る争乱『ラプラス事変』の決戦で、人知を超えた力を示したユニコーンガンダムの２機は極秘裏に封印され、その脅威ごと人々から忘れ去られるはずだった。しかし、消息不明となっていたユニコーンガンダム３号機 フェネクスが地球圏に現れる。ルオ商会のミシェルは、地球連邦軍の機密任務“不死鳥狩り”作戦にナラティブガンダムとパイロットのヨナを増援として送り込む。ニュータイプ神話の行き着く先とは――？

学園都市コロニー・メーティスでフェネクス捕獲作戦を展開するヨナとシェザール隊。シナンジュ・スタインを駆るゾルタンはフェネクス強奪を目論み、強襲をかけてきた。苛烈な攻撃でコロニー住民達にも被害が及ぶ。憤るイアゴ達。その時、金色の光を纏いフェネクスが降臨。ゾルタンは切り札Ⅱネオ・ジオングをコロニー内に呼び込むが、何故かナラティブガンダムが取り込まれ、意識を失ったヨナに遠い日の記憶がよみがえる。

意識を失ったヨナに遠い日の記憶がよみがえる。コロニー落としを予言し、奇蹟の子供達としてニュータイプ研究所で実験体として扱われた過酷な日々。ミシェルは助かるため嘘をつきリタを犠牲にした。悔いと怒りで目覚め暴走しかけるヨナを、フェネクスに棲むリタの意識が止める。果たしてニュータイプは生死を超越した存在なのか？　一方、全てを隠蔽すべく出撃した地球連邦軍艦隊を、ゾルタンのⅡネオ・ジオングが殲滅してしまう。

ヘリウム3備蓄基地臨界爆発でコロニーを崩壊させて地球に落とし未曾有の惨事を引き起こそうとするゾルタンのⅡネオ・ジオング。阻止しようとしたヨナはナラティブガンダムで出撃するが、眼前でミシェルらを乗せたベース・ジャバーが撃墜されてしまう。絶望に押しつぶされるヨナだが、ミシェルの思いとリタの意志がその心を動かす。バラバラに破壊されたナラティブガンダムから脱出したヨナは、金色の不死鳥フェネクスに乗り込む。