今日も元気に脱獄に励むジューゴ。そんなジューゴを探し回る双六一たち。ウノ、ニコ、ロックは13房で楽しく過ごしている。いつも通りの生活を営む各舎の囚人と看守達。色々なことがあったけど、南波刑務所での生活は何も変わっていない様に見えた。しかし油断するな！南波刑務所に立ち込めている不穏な空気を感じた一声三鶴は、絶対何か起こるはず！と各舎房の偵察を始めた。

13舎に新しい看守がやって来た。なんと、双六一の弟(？)の双六仁志だ。仁志のことを何も知らされていなかったハジメは、今すぐ帰れと説教するが、就職してしまったものは仕方がない。一方ウノとロックは、女性用の看守服を着こなす見目麗しい仁志を前に、彼が本当にゴリラ……もとい双六一の弟であるのか疑いはじめる。真相を明らかにするため、2人は13房恒例鬼ごっこの開催を宣言する。

大和の引率で、5舎に鍛錬に来たロックとツクモ。ロックは猿門に勝負を挑むが、指一本で軽くあしらわれてしまう。その後、出張を前に看守長の元に集められる各舎の代表看守達。猿門は、かつて5舎で起こったある事件が、南波刑務所のイメージを悪くしているのだと、2舎副看守の二舞下に責められる。たまらず部屋を飛び出す猿門。実はこの事件には猿門の大切な人が関係していた。

5舎から13舎へ戻ってきたロックと大和が突然凶暴になり、ジューゴや星太郎に襲い掛かる。傷だらけになりながらも、ウノやニコを護るために必死になってロックを止めようとするジューゴ。そこへ、ロック達と同様に5舎の鍛錬から帰ってきたツクモが姿を現す。一方、ハジメに本気で殴られ動きを止めた大和。彼のうなじには、見覚えのある黄色い札がついていた。

ロックと大和の件で5舎を訪れたハジメとジューゴ、ウノ、ニコ。トラップにかかったジューゴ達が落ちた先は地下1階の牢獄だった。そこには囚われの身となったウパとリャンがいた。一方、猪里に捕えられ地下牢獄に連行されるハジメ。そこには満身創痍で拘束された猿門がいた。猿門の口から語られる今回の事件の首謀者。それはかつて南波刑務所を大混乱に陥れた罪人、元5舎主任看守の悟空猿鬼。猿門の兄だった。

捕えられたハジメ達看守を探す為に、5舎地下牢獄の地下を進むジューゴ、ウノ、ニコ、リャン、ウパ、ハニー、トロワ。監視の目から逃げ隠れた地下1階の資料室で、ジューゴは自分について記された書類を見つけ、ショッキングな内容に混乱するジューゴ。その後一同は、何者かに操られた5舎看守の六力に道を阻まれる。リャンとウパは、この場を自分たちに任せ先に進むようジューゴに告げる。

リャンとウパの前に立ちはだかる、脱獄囚・八萬。しかも、ウパの役に立とうとニコがその場に残っていた。かつて裏の世界でリャン達の雇い主だった八萬は、巨大な武器と毒薬を使ってウパ達を攻撃する。その毒薬は、5舎を裏切り八萬の側についた5舎の囚人チィーの処方したものだった。一方、ウノとジューゴは、常備薬をなくしたまま行方知れずのニコの容体を心配していた。どうやら薬が切れるとニコに大変なことが起こるようで……。

薬が切れてしまったニコは、自分が制御できなくなり、苦しみ、ついに暴走する。凶暴になったニコは、薬を欲して八萬に襲い掛かる。ニコの異様な姿に、ウパもリャンも驚愕する。そこに裏切ったと思われたチィーがあらわれる。薬は使い方を間違えば毒にしかならないということを良く知っているチィーは、かつてウパとリャンと共に、八萬の元で道具のように扱われていた日々を思い出す。

八萬を撃破し、ニコ、リャン、ウパはチィーの案内で先へ進んでいく。ウパは、今回の事件について猿鬼以外の別の誰かが関与している可能性を感じていた。一方、地下3階にたどり着いたジューゴ、ウノ、ハニー、トロワ。そこへ、元5舎看守の脱獄囚・悟浄流河が現れる。流河は操られた5舎看守の八力と九力をジューゴ達にけしかける。流河から逃げる一同だが、要領の悪いジューゴにハニーは苛立ちを募らせていく。

流河の攻撃から必死で逃げるジューゴ達。しかしハニーは、足手纏いにしかならないジューゴに着いてくるなと言い放つ。ハニーの叱責を受けて自分自身と向き合うきっかけを得たジューゴは、ウノに今まで隠していた自分自身のことを全て打ち明ける。しかし、流河の魔の手はすぐそこまで迫っていた。流河達の攻撃を受けるジューゴとウノを救ったのは、意外な人物だった。

流河の芭蕉千による凄まじい攻撃を受ける、ジューゴ、ウノ、ハニー、トロワ。ハニーが必死に食い止めるが、このままでは４人共やられてしまう。この場は自分たちに任せて先に進めと、ジューゴとウノに告げるトロワ。ウノはジューゴの手を取り、さらに地下に向かう階段へと向かって走り出す。しかしジューゴは、自分達の為に戦い続けるハニーとトロワの様子が気になって……

双六一の捕えられた牢獄を目指して地下を一人突き進むジューゴ。地下2階では、ウノとトロワ、ハニーが流河達から逃げ回りながら、“匂い”を頼りにある看守を探していた。また、猿鬼もジューゴ達囚人が逃げたことに気付いてしまう。一方、満身創痍で地下5階にたどり着いたジューゴは、遂にハジメを発見する。しかしその時ハジメの口から出た言葉は非情なものだった。

初めての赴任高校に向かう新米教師の七夕星太郎は理想に燃えていた。しかし、赴任した先は、近隣でも音に聞こえた不良生徒の巣窟「南波１３舎高校」。生徒は問題児ばかり、教師は変わり者だらけ。就任早々星太郎は、担任を受け持つ３年１３組の４人の生徒にいじめられていた。そこへ史上最強最悪の問題児双六一が、停学を終えて戻って来る。はたして星太郎は理想の教師になれるのだろうか。