超大型兵器『オブジェクト』による『クリーンな戦争』によって、支配権の奪い合いが行われている世界。4つの世界的勢力のひとつ、『正統王国』のアラスカ前線基地では、ふたりの青年が黙々と雪かきをこなしていた。派遣留学生のクウェンサーと、レーダー分析官のヘイヴィアは、任務をさぼって食料調達に勤しんだり、上官のフローレイティアに大目玉をくらったりと、緊張感に欠けた軍隊生活を送っていた。しかし、その平穏は 轟音と共に破られる。オブジェクトの出現により、戦争の脇役となったはずの彼らが投げ出された、思いもかけない戦場とは--。

『正統王国』アラスカ前線基地に迫る『信心組織』のオブジェクト。氷雪地帯での戦闘に特化した『ウォーターストライダー』と呼ばれるそれは、『ベイビーマグナム』を大破させ、さらに移動基地に狙いを定める。その時、脱出したミリンダから、救難信号が発信される。オブジェクトの蹂躙から味方を守るため、自分を犠牲にしたその行為に、愕然とするクウェンサー。機密の一端である『エリート』が捕虜となった場合、待ち受けているのは悲劇だけ。オブジェクトを相手に、いつも自分たちを守ってくれていた『お姫様』を救うため、クウェンサーとヘイヴィアは彼女の元へ向かう--。

捕えられたミリンダの救出に成功したクウェンサーとヘイヴィア。今度は逃走中の『正統王国』軍を救うべく、3人は敵オブジェクトを『どうにかする』決意を固める。オブジェクトの設計を学ぶ学生と、攻略の起点を探す分析官、操縦するエリート。それぞれの立場から意見を出し合い、導き出した作戦を実行するべく、『信心組織』のベースゾーンに潜入したクウェンサーとヘイヴィアだったが、有効な打撃を与えられないうちに『ウォーターストライダー』は基地に帰投。さらに、またしてもミリンダが捕えられてしまい--。

生身でオブジェクトを破壊するという、人類初の偉業を成し遂げたクウェンサーとヘイヴィア。その才能と功績は高く評価され、次なる配属先、西アフリカはジブラルタル海峡へと送り出されてしまう。気楽な勝ち組人生を期待していたため、不満タラタラで着任したふたりを待ち受けていたのは、『情報同盟』のオブジェクト『トライコア』。採掘機能を有し、石油をテロ組織に配ろうとしているこのオブジェクトを阻止するため、海峡封鎖作戦が実行される。クウェンサーたちの任務は、海上のベースゾーンから『ベイビーマグナム』を支援するだけで、楽に片が付くはずだったが--。

海上のベースゾーンは破壊され、敵オブジェクトには有効な打撃を与えられなかったものの、なんとか無事にヘリに回収されたクウェンサーたち。決着はオブジェクト同士の戦いに委ねられるが、『トライコア』の兵装を狙った攻撃に『ベイビーマグナム』は徐々に追い詰められていく。『トライコア』の弱点を見つけられず、歯噛みしていたクウェンサーは、海上では無敵を誇るはずの『トライコア』の奇妙な挙動に気付く。その原因を突き止めるため、クウェンサーは再び海に身を投じる--。

緑化政策をめぐる対立が激化するオセアニア軍事国。独裁政権による反対派住民への弾圧が行われるに至り、『正統王国』をはじめとする四大世界勢力による多国籍軍が展開していた。20機を超えるオブジェクトをもって、オセアニアの有するただ1機のオブジェクトをあぶりだす大規模作戦。そのうちの一部隊に配属されたクウェンサーたちは、楽勝な作戦を前にゆるみきっていたが、周辺には不安要素も隠れていた。選挙目当ての評議員、『情報同盟』のオブジェクトとの共同作戦、各国から集まったジャーナリストたち--。いくつもの火種を抱えて、作戦は開始される。

目の前で起こされた、オセアニア軍事国による反対派住民への大虐殺の引き金となりかねない事件。その火種をもたらしたのは、両勢力とは関係のない、違う目的を持つ者だった。身勝手な行動によって引き起こされた、オセアニア軍事国の目論見通りの状況に、激しい憤りを覚えるクウェンサーたち。その一方で、最悪の状況が訪れるまでの時間は、刻一刻と迫る。オセアニア軍事国のオブジェクトを一刻も早く発見し、止めなくてはならないこの状況で、彼らの目の前には『命令』という厚い壁が立ちふさがっていた。そして司令部からの情報をもとに、部隊は動き出す--。

オセアニア軍事国家の0.5世代オブジェクトの居場所を突き止めたクウェンサーたち。多国籍軍にその場所を伝え、救援を要請するが、その通信は何者かによって妨害されてしまう。オブジェクトによって作り出された『戦争の決まりごと』がクェンサーたちの起こした『奇跡』によって乱され、無用の混乱と被害が広がっている--。自分たちを弾劾するその妨害者に対して、戦いを挑むふたり。目の前の0.5世代オブジェクトを倒せれば、自分たちの勝利。多国籍軍はおろか、お姫さまの救援も望めない絶望的な状況の中、ふたりはオブジェクトに立ち向かう--!

南極で正統王国の調査機が正体不明の敵に攻撃を受ける事件が発生。早速、クウェンサーとヘイヴィアが調査に派遣されることに。運用にはリスクが高すぎる地域ゆえに、オブジェクトと交戦する危険はないものの、マイナス50度以下の極寒の雪原に、放り出されることになったふたり。毎度のように盛大に愚痴を叩きながらも任務に就き、ペンギンの赤ちゃんとの心温まる交流や、正体不明のテロリストとの交戦を経て、目的地にたどり着く。攻撃の起点となったと目されるその無人観測所でクウェンサーたちを待ち受けていたのは、予想外の『大物』で--。

一方的に“資本企業”からの脱退を宣言し、大移動を始めた“マスドライバー財閥”。宇宙開発分野で高水準の技術を持ち、それに応じた財力と戦力を保有する彼らの行動は、政治的軍事的に大きな影響を及ぼす可能性があった。南極基地での衛星乗っ取り事件に続き、“正統王国”にも飛び火しかねない状況に、第37機動整備大隊に南米イグアス方面での作戦命令が下る。そんな危機的状況の中、クウェンサーたちは任地に向かう強襲揚陸空母の上で、パーティーのおこぼれ--ひさびさの人間らしい食事に預かるべく、し烈な争いを繰り広げていた。

チャフミサイルの影響で衛星による索敵がおぼつかない中、『マスドライバー財閥』の強襲で沈黙する第52機動整備大隊の最新鋭オブジェクト『ブライトホッパー』。マッハ25で飛来する砲弾は、まったく予想外の方法でその狙いを定めていた。見事に裏をかかれた形で先手を取られ、続く攻撃によってベイビーマグナムとベースゾーンは大きな被害を受けてしまう。分断され、交戦能力を失ったクウェンサーたち第37整備大隊に残された道は、可能な限り早く撤退すること。そんな折、残存する第52機動整備大隊から提案されたのは、最悪に近い選択肢で--。

圧倒的に救われない状況を覆すべく、無謀な作戦を開始するクウェンサーたち。ベイビーマグナムをクウェンサーのもとに送り出し、友軍のダム爆破阻止に向かったヘイヴィア。多くの無関係な人々を巻き込む愚行を訴えても止む様子を見せない攻撃に、ただひとりで抵抗を続けていた。一方、負傷をおして『ブレイクキャリアー』阻止に動き出すクウェンサーとフローレイティア。その進路を突き止め、ベイビーマグナムによる奇襲を成功させるため、探索を開始する。通信すらままならないギリギリの状況で手に入れた情報を伝えるべく、クウェンサーの取った方法は--。

北上したマスドライバー財閥の残存勢力は、世界最大規模のゴーストタウン、アマゾンシティに拠点を築く。それを追って上陸したクウェンサーたちだったが、ベイビーマグナムは資材不足で修理すらできていなかった。相手の戦力が読めない上に、南極大陸制圧戦から続く正体不明のオブジェクトの存在に悩まされるフローレイティア。そして、オブジェクトが万全の状態で出撃できない以上、そのしわ寄せは一般の兵士たちに及ぶ。アマゾンの密林地帯を進むクウェンサーたちは、マスドライバー財閥を率いる、とある技術者を抑えることを命じられ--

情報同盟の介入が危ぶまれる状況に、アマゾンシティへの突入を余儀なくされるベイビーマグナム。配置されたオブジェクト予備武装からの攻撃を受け、足を止められるも、味方の戦闘機の神業に救われる。しかし、本当の危機はその先に待っており--。明かされた情報同盟の本当の狙い。そして、ギリギリの機転でお姫様を救ったクウェンサーの前には、白衣をまとった男--スラッダー＝ハニーサックルが姿を現す。世界有数の投資家にして軍事相談員、そして財閥専属のオブジェクト設計士。マスドライバー財閥の残存勢力を率いる騒動の首謀者は、その目的を語りだす--。

再びアラスカへと派遣されるクウェンサーとヘイヴィア。命じられたのは、かつて彼らが破壊した信心組織のオブジェクト『ウォーターストライダー』の後始末だった。情報部による調査が進む一方、その『お宝』の山を狙って、情報同盟も動き出しており、派遣されたオブジェクトは、オーストラリアで轡を並べたおほほが駆る『ラッシュ』だという。奇妙な縁にため息をつきながらも、お姫様が有利に戦えるように地道な妨害工作を進めるふたり。その頃、主役である2機のオブジェクトは再びの邂逅を果たし、アツい『宣戦布告』が交わされていた--。

クウェンサーたちを巻き込んで始まった、ベイビーマグナムとラッシュの砲撃戦。必要以上に熱のこもった戦いは、互いに主砲に大きなダメージを負う痛み分けに。『ピットイン』からの復帰の速さが勝負を分ける状況で、クウェンサーは単身、ラッシュのコクピットへの侵入を試みる。エリートをおさえ、お姫様の復帰を待ってチェックメイトというクウェンサーの計画は、おほほの意外な行動によって形成逆転してしまう。オブジェクトの激しい動きに翻弄され、コクピットの中でもだえ苦しむクウェンサー。そしてラッシュは、ベイビーマグナムと再び対峙する--。

カムチャッカ半島にある『信心組織』の軍用炭鉱襲撃任務に就く第37機動整備大隊。炭鉱を叩くことでオブジェクトの燃料である石炭の採掘を妨害し、間接的に『信心組織』に打撃を与えるこの作戦は、第24機動整備大隊と第二世代オブジェクト『インディゴプラズマ』を囮として、第37機動整備大隊による奇襲が行われることになっていた。そんな緊迫感にあふれる部隊には、二組の『お客様』が訪れていた。兵士を監督する督戦官と、安全国から広報番組撮影のために送り込まれたTVクルーたち。彼らが見守る中、クウェンサーたちは敵オブジェクトの戦力を削ぐため、夜間の妨害工作作戦に出撃する。

ナッツレイの裏切りによって、作戦遂行が不可能となってしまったクウェンサー。無人UAVの追跡を免れるため、督戦のシャルロットと共に炭鉱へと逃げ込む。そこで見たものは、見張りの兵士たちのいる軍用炭鉱ではなく、『正統王国』の文字が書かれた文書と、民間人の姿だった。一方、ヘイヴィアたちの前には『信心組織』のオブジェクト、ウイングバランサーが姿を現したことで、彼らも散り散りになりながら炭鉱へと逃げ込む。対峙すべく出撃するベイビーマグナムだったが、環境に適応した第二世代オブジェクトの動きに翻弄され、その実力を出し切れないままで--。

雪上での戦いを有利に進めるウイングバランサーに、徐々に追い込まれていくベイビーマグナム。海上で囮として待機しているはずの第24機動整備大隊との連絡はつかず、インディゴプラズマの救援は望めないまま、戦局は厳しさを増していく。一方、炭鉱内のクウェンサーたちは、今回の作戦の裏側にある目論見に気付き、行動を開始しようとする。そこに襲い掛かったのは、スパイとしてもぐりこんでいたナッツレイのパワードスーツ。逃げながら反撃のすきをうかがっていたクウェンサーは、ついに炭鉱の奥に目的のものを探し当て、鋼の巨人に立ち向かう--！

カムチャッカ半島夜間電撃奇襲作戦において露見した、第24機動整備大隊の裏切り。『インディゴ・プラズマ』を擁する彼らを3機のオブジェクトで殲滅することになったクウェンサーたちは、ヴィクトリア島の海岸線で彼らを迎え撃つべく準備を開始する。オブジェクトと歩兵部隊の連携が重視される作戦内容に、当然のように前線に送られるクウェンサーとヘイヴィア。相も変わらずふたりが扱いの悪さを嘆いている頃、整備主任のアヤミは常にない、不安げな表情を浮かべていた。戦場となるヴィクトリア島のすぐそばには、移住してきたアヤミの家族が住んでいたのだ--。

味方の被害すら問題にしない非道な手段と、6機ものオブジェクトを率いる『インディゴ・プラズマ』の圧倒的な戦力。クウェンサーらの迎撃もむなしく、第24機動整備大隊はヴィクトリア島に上陸を果たす。勝ち誇るようなスリッカーの宣言は、移民居住区への攻撃を示唆していた。その蛮行を止めるべく、慌ただしく迎撃準備を整える整備チームの中には、主任であるアヤミの姿がなかった。ためらう時間すらない状況で、敵戦力の欺瞞を疑い、仮説を立てたクウェンサーは、確証のないまま移民居住都市へと走りだす。そのふたりの前に、姿を現したのは場違いな格好の女性たちで--。

ヴィクトリア島移民居住都市への無差別攻撃という、第24機動整備大隊の暴挙を止めるべく、行動を開始するクウェンサーたち。雇い入れた『資本企業』のPMC『戦場お掃除サービス』と共に、『インディゴ・プラズマ』と6機のオブジェクトの進軍を止め、注意をそらす作戦を決行する。ベイビーマグナムの修理時間を稼ぎ、お姫様の救援を待つ彼らに、容赦なく浴びせられる激しい砲火。そんな中、ダミーオブジェクトの装甲板を手に入れ、その不自然な軽さに違和感を覚えたクウェンサーは、攻略の突破口を見つけるべく、最も頼りになる『専門家』に協力を仰ぐ--。

『情報同盟』との人質交換会にかり出されたクウェンサーたち。国際的に大きな影響力を持つ宗教家・クロンダイク導師の絡む案件ということで、四大勢力のオブジェクトがそろい踏みとなったその地では、またも再会を果たしてしまったお姫様とおほほの、『殿方』をめぐるいつものやり取りが繰り広げられていた。そこで突然、途切れてしまうお姫様からの通信。何者かが、ベイビーマグナムのデータリンクに干渉していることが判明し、クウェンサーたちはその発信源へと急行することに。そんな彼らのもとに、督戦から意外な人物がこの事件に関与しているとの情報がもたらされる--。

ベイビーマグナムへの干渉は、失脚したフライド元議員によるものだった。『真実の鏡』によって『介入』されたお姫様は暴走を始め、人質交換の場は一転、戦場へと変わってしまう。その場に残されたクロンダイク導師が死ぬようなことになれば、四大勢力の激突は避けられない。ベイビーマグナムの砲撃によってクウェンサーたちは重傷を負い、お姫様への介入を解除する『鍵』も施設の破壊と共に失われた。残された手段は、ベイビーマグナムの破壊だけ--。絶望的な決断が下されたその時、ひとりぼっちのお姫様を助けるため、クウェンサーと仲間たちが立ち上がる!