神奈川県警捜査一課の武蔵三郎（櫻井翔）は、１年前の『ガソリンスタンド立てこもり事件』で人質を守るために犯人の命を奪ってしまった。自分を責める武蔵はそれ以来休職し、妻・裕子（比嘉愛未）、娘・えみり（吉田帆乃華）とも別居。現在も心の傷が癒えないまま、裕子が勤める大病院『界星堂病院』で治療を受け続けている。今日はその診察日だ――。 界星堂病院にやってきた武蔵は、心療内科で診察を受ける。ちょうどその頃、一般病棟には院内を視察する知事・長門道江（筒井真理子）の姿があった。心臓外科手術室では裕子がオペの真っ最中。地下駐車場では、人気動画チャンネルを持つ因幡由衣（明日海りお）が何やらスクープを狙っていて――。 診察を終えた武蔵は裕子のスマホにメッセージを残そうとするが、なぜか『圏外』。不思議に思いながらトイレに入ると、奥の個室から、かすかな不審な音が聞こえ……気になって扉を開ける…… 突然の爆発音に院内は騒然！直後、１階の救急入口から鬼の面をかぶった武装集団が次々と院内に侵入！銃で威嚇射撃を繰り返し、院内は大パニックに！鬼たちは全ての出入り口を閉鎖すると――「たった今、我々はこの病院を占拠しました」――。混乱の中、武蔵は身を隠しながら必死に裕子を探すが――！ 事件発生後、神奈川県警は緊急捜査指揮本部を立ち上げる。県警本部長・備前武(渡部篤郎)の命を受け、管理官の和泉さくら(ソニン)を指揮官として、優秀な捜査官たちが集められた。 突如として占拠された大病院！鬼の目的は！？正体は！？武蔵は人質となった妻を守れるのか――！？１秒も油断できないタイムリミット・バトル・サスペンスが幕を開ける――！！

武蔵（櫻井翔）は自爆型ドローンの追撃を振り切り、病院のエアダクトに逃げ込む。現場指揮本部のさくら（ソニン）から、エアダクトがICUにつながっていることを無線で伝え聞いた武蔵は、そこに人質がいないか確認するためエアダクトの中を進んでいく…。 一方の鬼たちは、動画配信チャンネル『百鬼夜行ちゃんねる』を開設。「チャンネル登録者数が10万人を超えたら病院内のライブ配信を行います」と告知すると、登録者数は瞬く間に増えていき――。 武蔵はICUに閉じ込められている裕子（比嘉愛未）を含めた人質全員の無事を確認するが、再びドローンの追撃を受ける！白鬼との手に汗握る攻防が続く中、青鬼が裕子をおとりに武蔵を呼び出す。張りつめた緊張感の中、ついに武蔵と鬼との直接対決―。そんな中、ついに全国民に向けて『百鬼夜行ちゃんねる』のライブ配信が始まる――！！ 武蔵の運命は！？ 鬼たちの暴走が加速する怒濤の第２話――！！

青鬼の次なる標的はタレント医師・土佐大輔（笠原秀幸）。鬼が示した土佐の殺害時間・午後8時20分までに土佐の罪を明らかにしなければ、土佐の命はない…。残された時間はわずか。武蔵（櫻井翔）は青鬼のヒントをもとに『クラブ･タンゴ』へ急ぐ――。 『百鬼夜行ちゃんねる』はバズり始め、登録者数は約30万人に到達。県警のSNSには国民からの応援メッセージや土佐に関するタレコミ情報が次々と届き始める。 一方、ICUに閉じ込められたままの裕子（比嘉愛未）は、看護師のしおり（呉城久美）が重い病を患っていることを知り、彼女を解放してほしいと橙鬼に訴えるが…。 そんな中、県警宛てに多数のタレコミ情報が届く。その中に、去年のハロウィンの映像が。去年のハロウィンの日に『クラブ・タンゴ』で何が行われていたのか。そして同じ日、界星堂病院ではある人物が死亡していた――！ 果たして土佐の罪は！？ 武蔵と青鬼の息をのむ交渉バトル！ そして早くもあの鬼の素顔が明らかに――！！

武蔵（櫻井翔）は廃ビルでの爆発から危機一髪のところで逃れ、急いで現場指揮本部に引き返すが、青鬼との交渉再開時刻にわずかに遅れてしまう。怒った青鬼は裕子（比嘉愛未）の頭に銃を突きつけ、武蔵に「あること」を問う――国民の視線が集まる中、武蔵の答えは――。 さらに青鬼は、次の標的として人質の中から知事・長門（筒井真理子）を選び、「午後11時5分までに、ある人物の死の真相を突き止めてください。できなければ知事を殺します」―― ある人物とは、４か月前に死亡した界星堂病院の医師で、死因は急性心筋梗塞とされていた。武蔵が調べを進めると、その死の裏に院長・播磨（津田寛治）の名が浮上する…。 そんな中、人質のひとり、佐渡（阪田マサノブ）が不穏な動きを――。やがて武蔵はある駆け引きを鬼に提案し、再び青鬼と相まみえることになる。しかし、実はそこには鬼の大きな狙いが潜んでいて…。 そして――新たに明らかになる鬼たちの正体！ 息つく間もない衝撃の第４話！！

武蔵（櫻井翔）の娘・えみり（吉田帆乃華）が鬼に拉致され、県警に衝撃が走る。モニターに映し出されたえみりはどこかの冷凍庫に閉じ込められて意識がなく、１時間以内に救い出さないと命が危ない。武蔵はえみりが拉致された現場に駆け付け、防犯カメラに映っていたワンボックスカーを追う――。 その頃、界星堂病院では、青鬼の身代わりとなって撃たれた佐渡（阪田マサノブ）が出血性ショックを起こし意識不明。一刻も早いオペが必要となり、裕子（比嘉愛未）はオペ経験のある看護師を病院に派遣してほしいと県警に要請する。 武蔵は埠頭でワンボックスカーを発見。付近の冷凍庫を捜索しようとするが、意外な監禁場所が判明して――武蔵の必死の追跡が始まる！ そんな中、病院に身を潜める因幡（明日海りお）が、ついにイナバウアーチャンネルで鬼の映像を公開！！ 果たしてえみりの命は！？因幡の狙いは！？ そして遂に青鬼が面をとる――！ 鬼全員の正体が明らかになる驚愕の第5話――！！

武蔵（櫻井翔）は界星堂病院の院長･播磨（津田寛治）が犯した罪を暴くため、相模（白洲迅）と共にホテルオシマに潜入する。青鬼が指定した時刻まであと３時間…それまでに播磨の罪を明らかにしなければ、播磨の命はない…。武蔵は真相解明を急ぐ。 一方、界星堂病院では、灰鬼と桃鬼が裕子（比嘉愛未）の前で面を外して素顔を見せる。「常陸先生！？」――驚愕する裕子。常陸（水橋研二）と亜理紗（浅川梨奈）は鬼となった理由を明かすと、裕子に「ある作戦」の協力を求め…。更に鬼達の仲間割れが勃発・・！？そんな中、『イナバウアーチャンネル』と『百鬼夜行ちゃんねる』のコラボ配信が始まり、因幡（明日海りお）が青鬼に決死のインタビューを敢行する…！ ホテルオシマの地下駐車場の防犯カメラには、１年前、播磨がホテルから頻繁に何かを持ち出す様子が映っていたが、肝心のホテル内の映像は全て消去されていた…。播磨は何を持ち出したのか！？武蔵は播磨の罪を隠蔽しようとした人物にたどり着くが――真相を追う武蔵に、青鬼のさらなる罠が待ち受ける――！！ そして、警察内部に新たな「鬼」がいる！？ 真実が徐々に明らかに… 「鬼退治篇」開幕！

武蔵（櫻井翔）は爆弾が仕掛けられた横浜北署の取調室で、界星堂病院の院長･播磨（津田寛治）を取り調べる。１時間以内に全てを自供しなければ木っ端みじんになってしまうが、播磨はすっかり恐怖に震え、まともに話ができる状態ではない。ホテルオシマで死亡していた３人の死因を、播磨はなぜ隠蔽したのか…！？ 病院では、院内にSISが侵入したことを知った鬼たちが総力を挙げてSISの排除に動き出す！一方、シェルター内の裕子（比嘉愛未）たちは、外部との通信を断たれ不安に襲われる中、モニターに「ある表記」を見つける。 播磨が報復を恐れて一向に口を割らないため、このままではらちが明かないと焦る武蔵は爆弾解除の方法を考え始めるが、一体どうすれば…。そんな中、県警本部長の備前（渡部篤郎）が記者会見に向けて動き出す。 そして、籠城を続ける鬼たちを深い悲しみが襲う――！！ 更に、人質内にも「鬼」がいる！？

横浜北署の取調室で院長･播磨（津田寛治）が銃殺され、遺体の第一発見者になってしまった武蔵（櫻井翔）は播磨殺害の疑いをかけられてしまう。ハメたのは一体誰だ…？考えを巡らす武蔵のスマホに、青鬼･耕一（菊池風磨）から着信がある。真相を知る耕一は、播磨を殺したのは警察内部の人間だと言い、午前8時の配信までに真犯人を暴いてみせろと武蔵に迫る。配信開始まで時間がない…武蔵は隙を見て横浜北署から逃走する。 その頃、界星堂病院では、裕子（比嘉愛未）と因幡（明日海りお）が、人質の中に紛れ込んでいる鬼の正体を突き止めようとしていた。 県警本部の備前（渡部篤郎）は、武蔵を鬼の協力者と断定、さくら（ソニン）に武蔵の確保を命じる。だが、武蔵には動機がない…さくらは迷いながらも、組織の一員として苦渋の決断を下す…「横浜北、特捜から各局…マル容は武蔵三郎！」――号令と同時に管内の警察官が一斉に武蔵の確保に乗り出す！逃げる武蔵！追う県警！決死の大逃走劇の末、武蔵が掴んだ真実とは――！！ 播磨殺しの真犯人は！？その目的は…。 あの「人質」が鬼のスパイだった…警察に潜む鬼の正体も明らかに。 怒涛の展開が止まらない驚愕の第8話！！

紫鬼の正体は相模（白洲迅）だった…。武蔵（櫻井翔）が相模と対峙する中、青鬼・耕一（菊池風磨）は県警に最後の要求をする。「界星堂病院にまつわる全ての罪を明らかにしなければ、知事を殺します」。銃を突き付けられた知事・長門（筒井真理子）は覚悟を決め、自分のことは構わず鬼たちの要求に応じないよう県警に訴えるが…。 一方、武蔵は相模に向かって銃を構える。「おまえ、何者なんだ…」。だが、銃を握るその手がかすかに震えてしまう…。その後、武蔵はある作戦を立てることに。 さくら（ソニン）は長門の意をくみ、これ以上テロリストの要求には応じないと決断。現場の指揮を丹波（平山浩行）に任せ、部下の相模を自ら取り調べようとする。そんな中、長門と共に病院地下４階で拘束されたままの裕子（比嘉愛未）は、ここが何かの研究施設であることに気付く…。 最終回直前！ 明らかになる相模の悲しい動機！暴かれる地下４階の秘密！そしてついにたどり着くP2計画の全貌とは――！？真の黒幕、迫る！ 鬼達の本当の狙いが明らかになる！

病院に潜入した武蔵（櫻井翔）が人質救出に向かう中、青鬼・耕一（菊池風磨）は、愛する人の命を優先する自分の正義と1億2000万人の命を優先する長門（筒井真理子）の正義、どちらが正しいと思うか国民に投票を呼びかけた。国民が耕一の正義を選べば、長門は助からない。果たして国民が下す審判は…？ 一方、県警はついに耕一の素性を突き止め、鬼たちの過去を知る。耕一と赤鬼･美作（忍成修吾）、黒鬼･みさき（ベッキー）、P2計画の犠牲になった琴音（上西星来）との間には、幼い頃からの特別な絆があったのだ。さらに耕一にはもう一人、かけがえのない大切な人がいた…。 その頃、捜査の指揮を外れていたさくら（ソニン）は何かを決心する。そして武蔵は、いよいよ鬼たちとの最後の戦いへ！「もうあいつらの好きにはさせない」――鬼退治に挑む武蔵の運命は――！？ ついに最終決戦！ 青鬼・耕一の過去……全ての登場人物の葛藤……最期に暴かれる衝撃の真実とは！？ 真の黒幕とは？ すべてが明らかになる、愛と悲しみの最終話！！