前年の衝撃的な事件から月日が経ち、元FBI捜査官ライアン・ハーディは心身ともに回復し、平穏な生活を取り戻したかのように暮らしている。ところが連続殺人犯ジョー・キャロルの死から1年を迎えた日にニューヨークの地下鉄車内でキャロルのマスクをかぶった男たちによる無差別殺傷事件が起こり、再びライアンの心におぞましい恐怖がよみがえる。

FBIと距離をおき独自の捜査を進めるライアンは、地下鉄の殺傷事件を受け、キャロルのフォロワーの残党の行方を全力で追跡する。ライアンは事件の唯一の生存者リリーに話を聞くが、キャロルやフォロワーに通じる情報は得られない。そんな中、ライアンに謎めいた一本の電話がかかってくる。逆探知で発信場所に駆けつけたライアンは、そこで恐るべき敵と対面する。

地下鉄の事件とキャロルのフォロワーの残党との関連を調べていたライアンは、独自に捜査をしていたことがFBIにばれてしまい、リリーと事件の捜査に関わることを一切禁止される。だが、事件解決への執念を捨てきれないライアンは、地下鉄の隠しカメラの映像から、事件の根底を覆す真実を見抜く。

独自の捜査が明るみに出たためFBIから行動を監視され、常に尾行されているライアン。だがそんな中、ニューヨーク市警の警察官でライアンの姪マックスが協力を申し出ると、２人はFBIの捜査に先手を打って事件の真相を解明しようと奮闘する。一方ヘイヴンポートの残党エマは、双子の殺人鬼マークとルークに接触し、彼らの仲間に加わる。

ライアンとマックスは、口封じのために画廊の共同経営者デヴィッドを殺害したリリーの仲間を捕らえる。ライアンは尋問で得た情報をもとにリリーたちの行方を追うが、状況が二転三転する危険な追跡劇へと発展する。

ライアンとマックスは、リリーたちの隠れ家に当たりをつけFBIに応援を要請する。だが、FBI内部にスパイがいることを確信したウェストンが1人で現場に現れ、３人は双子の殺人鬼の1人ルークを人質として捕らえる。

ライアンとFBIが逃亡したリリーの行方を追跡するが、その頃マックスには新たな魔の手が忍び寄る。

痛ましい事件が相次ぐ中、ライアンはFBI長官から正式に捜査権を与えられる。そして、1枚の写真を手掛かりにある男に会いに行くが、彼こそがキャロルを殺人鬼へと導いた人物だった。

ライアンたちは、FBI内部のスパイに関する有力な手掛かりを得て、疑わしい人物を洗い出す。一方キャロルは、思惑どおりに事を進めるため、コーバンの指導者マイカの心を操ろうとしていた。

教団コーバンを乗っ取ったキャロルは、聖書の教えを巧みに利用し、殺人教団を作り上げるという恐ろしい計画を実行しようとする。

キャロルは、教団コーバンの信者を洗脳し“殺人”を教えこむ。だが、キャロルに献身的に尽くしているエマにも、彼の本当の“計画”は分からない。

キャロルは、自分とフォロワーをTVで激しく糾弾した人物に報復するため、その人物の息子を標的にする。ライアンは死んだはずのクレアが生きていることを知り、衝撃を受ける。

単独で教団コーバンの信者を尾行していたライアンは、教団の敷地内に侵入しキャロルを逮捕しようとするが、多くの障害に阻まれ難航する。クレアは、キャロルをおびき出すため、キャリーの協力を得て彼へメッセージを送ろうとする。

キャロルは、大勢の命を脅かす、ゆがんだ最終計画を公言する。ライアンとウェストンは罪のない犠牲者が出るのを食い止めるため、キャロルの追跡に全力を注ぐのだった。

フォロワーとともに教会に立てこもり、ライアンにクレア誘拐をにおわせるキャロル。クレアの身を案じたライアンは彼女の携帯を鳴らすが、応答したのは思いがけない人物、双子の殺人鬼ルークだった。