突如飛来した隕石により、ネオワールドのキャプテンシティは大きな混乱に陥る。サージェントヴェルデバスターガンダムとその部隊は事態を収拾すべく出動するが、そこに待ち受けていたものは．．．。 この騒動はやがて、世界に混乱を招く引き金となるのであった。

ラクヨウにある過去の遺産「転移門」が起動し、「三蔵」と名乗る謎の人物と通信が繋がった劉備達。そこで三蔵から聞かされたのは、世界の危機に関する重大な事実であった。その危機を乗り越える為には、世界中に散らばっている５つのハロが必要だと聞いた劉備達は、旧知の仲である孫堅ガンダムアストレイ達に協力を要請し、世界各地に旅立つのであった。

劉備の要請を引き受けた孫堅ガンダムアストレイ親子は早速パイレーツワールドに向かったが、突如現れた謎の海賊団に襲われてピンチに陥ってしまう。だが、駆け付けた旧知の海賊ベンジャミンV2ガンダムとエドワードセカンドVによって、難を乗り切るのであった。孫堅から世界の危機とハロの話を聞いたベンジャミン。彼の心当たりを頼りに、一向は早速動きだすのであった。 一方、劉備達はナイトワールドへ向かう途中の街で．．．。

嵐の中を進むベンジャミンの海賊船。向かうはハロの在りかと思われる海底宮殿。そこには伝説の女海賊が眠っていて、侵入者は生きて返さないと言い伝えられているが、果たして孫堅達は無事にハロを手に入れられるのか？！ 時を同じくしてムシャワールドでは、信長ガンダムエピオンが「天下布武」を胸に、新たな野望を打ち立てるのであった。

無事に海底宮殿へ辿り着いた孫堅一行は、早速内部へと足を踏み入れる。行く手を阻む数々のトラップに苦戦しながらも、知恵と連携プレーで乗り越え、ハロの眠るお宝部屋へと辿り着いた。だがそこで待ち受けていたのは、伝説の女海賊の亡霊であった。孫堅達は亡霊を退け、ハロを手にすることが出来るのか。一方、趙雲ダブルオーガンダムはハロの情報を求めて再びネオワールドへと訪れていた。キャプテンシティの警察や不良たちと一悶着起こしてしまうが、その甲斐あって、とある男の情報を手に入れるのであった。

ムシャワールドを旅していた曹操ウイングガンダムは、空腹のため街中で倒れてしまう。親切な男に食事をご馳走され回復した曹操だが、なんとその男とは信長であった。信長は曹操を戦場に連れ出し、自分の軍の強さ、そして自身の圧倒的な力を見せつけ、部下に引き入れようとする。しかし曹操は、信長の誘いを断り、彼との再戦を予見するのであった。一方、劉備たちはナイトワールドにたどり着き、街に一泊するのであったが…。

ムシャワールド統一を目指し、西へ進軍していた信長とその軍は、前祝いとしてホンノウジで英気を養う事にする。しかし突如、部下であるはずの光秀が謎の仮面の軍勢を率いて謀反を起こし、ホンノウジに火を放った。少しずつ追い詰められ、敗北を悟った信長は、辞世の句を歌って舞っていたが、歌が終わると同時に謎の男が姿を現す。そして、その手には謎の軍勢と同じ仮面が．．．。

キャメロット城周辺の偵察をしていたロビンフッドガンダムAGE-2は、劉備達を察知する。報告を受けたナイトワールドの王、アーサーガンダムMk-Ⅲはロビンフッドに様子見を命じ、ロビンフッドは早速劉備達のもとへ向かう。劉備達を足止めするためにロビンフッドは悟空と諸葛亮を拘束する。悟空は諸葛亮に、暴力は駄目だと諭されていたが、劉備が攻撃を受けるのを目にして暴走！その時、再び悟空の身に！？

ネオワールドのキャプテンシティに到着した劉備達。早速街に入ると不良達に囲まれてしまった。以前、ここで暴れた悟空は警察に指名手配されている。その賞金目当ての街のならず者達が襲ってきたのだ。しかし劉備達が彼らを返り討ちにするのだった。ところが騒ぎに駆け付けた警察隊によって劉備達は捕まってしまう。警察署で劉備と諸葛亮が取り調べを受ける中、悟空は特殊な牢に収容されてしまった。果たして劉備達は、悟空を救出することが出来るのか。そして裏では怪しい組織が動き出し、彼らも悟空を追うのであった。

アルセーヌガンダムXの助けによって難を逃れた劉備達。アルセーヌに惚れ込んで弟子入りしていた趙雲とも合流し、劉備達はアルセーヌのアジトへと招待される。そこには数々のお宝が並べられているのだが、いったい彼は何者なのか．．．。ハロの所在を知るアルセーヌに協力してもらい一行は、ハロが保管されているという博物館に潜入する。その頃ムシャワールドのとある村で曹操と佐助は、信長を止める決意を新たに固めていた。

博物館でハロを手に入れた劉備達であったが、道中でなんとハロを壊してしまう。修復の方法も判らず劉備と趙雲が試行錯誤している中、諸葛亮は古い文献からネオワールドのハロの情報を探す。一方でサージェントヴェルデバスター部隊はハロ窃盗犯としてアルセーヌの追跡を続け、ついに居場所を突き止めるのだった。ネオワールドのハロをめぐる冒険はいよいよクライマックスを迎える！！

ネオワールドのハロを手に入れた劉備達は、次のハロを求めてナイトワールドへ向かう雪原を進んでいた。だが視界の悪い吹雪の中で悟空は孤独感に襲われ、過去の記憶がフラッシュバックし、我を忘れて暴走してしまう。悟空を止めるために奮闘する劉備だが、悟空はさらなる変身を遂げて尚も暴れ回る。苦戦する劉備。そんなピンチの中突如現れたのは、劉備が憧れるあの男であった。

曹操によって語られる、かつて司馬懿が引き起こしたキングダムワールドの危機。ラクヨウ・エリアの領主董卓プロヴィデンスガンダムは司馬懿に操られ、バグを使い、エネルギー源であるトリニティを独占していた。曹操は国を救う為に董卓を討つと決断し孫堅と同盟を結ぶ。時を同じくして、董卓の悪行を止めるためにラクヨウを目指していた劉備・張飛・関羽・諸葛亮は、道中の研究所でバグに囲まれてピンチに陥るが、運良く曹操と孫堅に助けられる。そこで彼らの目的を聞いた劉備達は、同行を志願し董卓の元へ向かうのであった。

董卓の居城ビクトリータワーに突入した劉備、曹操、孫堅達による三国連合。敵の数にも負けず順調に進軍していた劉備と曹操。そんな彼らの前に立ちはだかったのは、キングダムワールド最強と呼ばれる呂布シナンジュだった。果たして、劉備と曹操は呂布を乗り越えることは出来るのか。一方、張飛と関羽は地下の隠し通路から脱出を試みる董卓を追い詰めるのだが．．．劉備、曹操、孫堅による董卓討伐戦はクライマックスを迎える！！

董卓を討ち、これでキングダムワールドに平和が戻ると喜ぶ劉備達。だが曹操はひとり、ビクトリータワーの頂上で厳しい現実を目の当たりにしていた。絶望に打ちひしがれている曹操に司馬懿が忍び寄り、ささやいた。「あなたが世界を救うのです。」そして曹操は、民を救う為に残酷な決断を下すのであった。

曹操の説得を試みる劉備であったが言葉は通じず、互いに命を懸けた戦いへと発展する。必死に戦う劉備であったが、パワーアップした曹操を前に手も足も出ない。今まさにトドメが刺されようとしたその時、ハロの力によって劉備の真の力が目覚める。遂に、司馬懿によって引き起こされたキングダムワールドの混乱は終幕を迎えるのであった。 過去を語り終えた曹操。司馬懿を止めるため、悟空、劉備たちと決意を固めるのであった。

曹操・佐助と道を分かれ、再びナイトワールドへ足を踏み入れた劉備達は司馬懿が率いるダークマスクの軍勢に襲われた。だが、難なく敵を退けアーサー王のいるキャメロット城へと歩を進める。なんとか城に入りたい劉備達であったが、ロビンフッドに招かれ、アーサー王に会うことが叶う。アーサー王もまた、劉備達に興味を持っていたのだった。劉備は世界の危機を救う為にハロを自分達に預けて欲しいと頼むが、アーサー王は悩んでいた。そこで側近のマーリンの提案により、劉備の実力をデュエルで試す事となる。

アーサー王との激闘の末、遂にハロを託されることになった劉備達は次なるハロを手に入れるため、レジーナワールドに向かった。一方、劉備達と分かれた曹操と佐助は、信長に対抗する武器を手に入れる為、伝説の刀鍛冶が住んでいる炎獄島へと向かっていた。さっそく島内の村に入るのだが、どうも様子がおかしい．．．何か手掛かりはないかと探す二人はとある工房で地下への隠し通路を見つける。二人は希望を胸に、地下通路を奥へと進むがそこで待ち受けていたのは．．．

悟空にとって大切な存在である三蔵の声により、記憶がフラッシュバックする悟空。それは、三蔵や他の仲間と旅をしていた頃の楽しい思い出と、忘れてしまっていた、悲しく辛い記憶であった。すべてを思い出し、記憶の呪縛に囚われてしまった悟空は強くなるために、大切な友達となった劉備と諸葛亮に襲い掛かる！！

海底宮殿でハロを手に入れた孫堅達は、劉備達と合流する為にレジーナワールドへ向けて、宴会をしながら航海していた。だがそこへ、ハロを奪わんとする敵の影が歩み寄る．．．一方炎獄島では伝説の刀匠であるマゴハチによって、信長に対抗する為の武器が完成した。新たなる力を手にした曹操達は信長を追いかけ、レジーナワールドへ向かう。そしてそのレジーナワールドでは、世界へ混乱を招く人物達が顔を揃えていた。英雄達の激闘は、ますます加速する！！

死闘を制し、信長をダークマスクの呪縛から解放した曹操と佐助。そこへ、落ち着く間も無く現れたのは、曹操の古くからの因縁の相手である呂布シナンジュであった。果たして満身創痍の曹操は、この最強最悪な強敵を乗り越える事は出来るのか。一方で、各地の英雄達もそれぞれの思いを胸に、レジーナワールドへの出立を決断するのであった。

とうとう５つのハロが一か所に集まり、ピラミッドが起動する。果たしてこれが世界の危機、漆黒の星を止める鍵となるのか。ハロを追いかけピラミッドの前に集まる劉備達、彼らの前に現れたのは今回の世界の危機を招いた邪悪な人物。クレオパトラキュベレイは彼に５つのハロの意味を語るが、逆に彼はハロの裏に隠れた悪しき一面を語る。５つのハロが邪悪な心で染まりし時、とうとう漆黒の星が姿を現す！！

世界を危機に陥れようとする窮奇ストライクフリーダムガンダムによって、再び暴走してしまった悟空。強力な攻撃の前に劉備達はピンチを迎えるが、そこへ駆けつけた三蔵ストライクフリーダムガンダムによって危機を脱する。そして三蔵は語った。窮奇の過去と悟空の過去を。悟空の真実を知った劉備達は、彼を救うと再び決意を固める。そして彼らの前に各地の英雄達も駆けつけた。悟空を救う為、そして世界を救う為の最終決戦が始まる！！

ダークマスクの軍勢に手を焼く英雄達。圧倒的な力を誇る悟空に苦戦する劉備。激しい攻防を繰り広げる三蔵と窮奇。そして、因縁が続いてきた司馬懿と相対する諸葛亮。それぞれが激しい戦闘を繰り広げる間にもこの星へ落下を続ける漆黒の星。果たして英雄達は、この世界を救うことが出来るのか？！ そしてこの英雄譚は、クライマックスを迎える。