警視庁特捜科の刑事、神崎ケンは、大企業・財前コンツェルンのパーティー護衛に当たっていた。だが、そこに財前親子の暗殺を狙うロボットが現れる。ケンは財前会長の一人息子である純を救うが重体に陥る。だが、その勇敢な行動を見出され、サイボーグ捜査官・メタルジャックとして復帰する。

神崎ケンと共にメタルジャックとなったレーサーのアグリ亮、プロレスラーの豪田剛だったが、警察への協力には否定的だった。その不満の矛先はケンに向けられる。だが、2人を信じるケンはジャックブレスを渡す。そんななか、東京では国際平和サミットが行われようとしていた。

ケンの妹・神崎さゆりが東京にやってきた。危険な刑事を辞めて一緒に帰ろうと言う。そんな2人がいる新宿駅地下街で異変が起きた。停電とガス漏れによる爆発。地上に避難しようとするが、ケンとさゆりは閉じ込められてしまった。妹がいる前ではスーツアップできないケンは……。

明け方の超高層ビルで火災が起きた。だが、これはテロ組織による示威行為であり正午までに現金200億円を用意しなければ、既に東京都内の「とある超高層ビル」にセットしてある同型の爆弾を起動させるという。ケンは捜索に当たり、爆弾を見つける。だが、それは囮の爆弾だった。

AI研究センターにあるプログラムが、イドに狙われた。出動したメタルジャックだが、取り逃がしてしまう。醍醐司令は3人がメタルアーマーの性能を充分に引き出していないと指摘。それを聞き、訓練に励むケンと亮だったが、剛だけは素直にその言葉を聞けなかった。

財前純の手術を控え、輸送中の血液が事故で喪失された。純の血液は1万人に1人という珍しいタイプ。偶然にもケンは同じ血液型のため、献血を名乗り出る。醍醐司令はサイボーグの身体であるケンにとっては献血が命にかかわると警告。だが、ケンは純のため献血に踏み切る。

久しぶりの非番の日、ケンはさゆりとの約束を破り、密かに父の墓参りに来ていた。そこで10年前の事件を思い出すケン。逮捕した犯人の逆恨みによって凶弾に倒れた父。それはケンにとっては警察官である原点ともいえる出来事だった。だが、その犯人が脱獄したと知る！

剛の試合を観戦に来ていたケンと亮は、そこで剛に親しく話しかける女性を見かける。彼女は剛の幼馴染である桜井典子であり、結婚式を前に訪ねてきたのだという。だが、それを素直に喜べない剛。サイボーグの身体になったことで、彼は引け目を感じていたのだった。

F1レースに参戦中の亮は、強引なレース運びをするバロックスチームのレーサーを苦々しく思っていた。そんな彼にバロックスチームのオーナーから連絡が入る。「永遠に最高の状態でレースはしたくないか？」 そんなきな臭い提案を受けた亮は、ケンに調査を依頼する。

謎のロボットがさゆりたちの前に現れた。圧倒的な戦闘力を持つロボットを前に醍醐司令は破壊ではなく捕獲を命ずる。さゆりに危害が及んだことで、破壊にこだわるケンは任務から外されてしまう。だが、シルバー＆ブルーの通信を傍受したケンは、ロボットがいる富士の樹海に向かう。

謎のロボットはレッドたちと同じメタルアーマーだった。その事実を知り、シルバーとブルーは醍醐司令に詰め寄る。どうやら軍用に開発されたメタルアーマーの生き残りらしい。一方、ケンは謎の男と岩盤の裂け目にいた。彼に助けられたレッドだが、銃口を向け逮捕しようとする。

純の見舞いに訪れたケンとさゆり。だが、目の前で世界的誘拐犯・ラインメタル兄弟によって純を誘拐されてしまった。これを嗅ぎつけたイドは逃亡の手助けを提案。だが、それは偽りで純を亡き者にしようとする作戦だった。何も知らないラインメタル兄弟はそれを受け入れてしまう。

最愛の弟オットーを失ったライメンタル・ハーマンはイドに対して復讐の炎を燃やす。イドに対抗するべく武器を強奪。純をエサにして、メタルジャックとイドを戦わせようと画策する。一方、ケンたちは依然、誘拐されたままの純を心配しつつも、イドの存在に危機感を募らせていた。

ケンの相棒である警察犬ロボ・ランダーがイドに狙われた。特殊ウイルスに感染したため、警察や一般人を次々と襲うランダー。被害の拡大に憂慮した醍醐司令はランダーの破壊指令を下す。ケンにとっては受け入れがたい命令だったが、えり子や課長を襲う姿を見て、銃口を向ける。

アイドルの氷室明日香がイドに襲われた。事情調書は管轄であるケンがいる署で行われる。アイドルが来るということで浮き足立つケンたち男性職員。そんな光景を見て、えり子は呆れて些細なミスを犯してしまう。給湯室で沈みがちなえり子。そこに氷室明日香が逃げこんできた。

さゆりは、河川敷の公園で助けた男を家に連れて帰り看病していた。実はこの人物こそ、4人目のジャックスーツを持つ男・シャドウだった。シャドウはさゆりがケンの妹であることを知り緊張を走らせるが、同時に、とある少女の面影を見出す。そこに仕事を終えたケンが帰ってくる。

3人で同時攻撃の練習に励むケンたち。だが、ケンは2人の未熟さに呆れ、パトロールに出るが、事故に遭い気を失ってしまう。気がつくと、1年の時間が流れ、日本はイドが支配する世界になっていた。にわかに信じられないケンはメタルジャックの基地に向かうのだが……。

珍しくオフが重なった、ケン、亮、剛の3人はえり子、さゆり、純を誘い海水浴に行くことにした。思い思いに楽しむなか、1人憂鬱な剛。そんな剛は他人の苦手なものが何なのか？ と、こだわりはじめる。えり子は西瓜、自転車に乗れない亮。そんな3人を笑うケンだが実は……。

度重なるメタルジャックの妨害に業を煮やしたメガデスは、イドの最高幹部を招集。メタルジャックを抹殺するべく3人並びにB9のデータ検証を行わせる。一方、醍醐司令は特殊凶悪犯罪の減少が見られることを受け、3人に48時間の休暇を与える。3人は本来の職場に戻るのだが…。

メタルジャックの開発に携わった科学者が次々と誘拐されるという事件が起きていた。イドの手によるものだと推測した醍醐司令は、最後に残った科学者・藩銀蓮教授の護衛を命ずる。だが、藩教授はその申し出を拒否。憤りを感じる3人だったが、藩教授にはある狙いがあった。

イドはジャック・モビルを開発。ギルリアはメタルジャックをおびき寄せるべく、B9を囮に使うことにする。一方、ケンは藩教授救出の際に腕を負傷。療養を命じられる。この機会にさゆりの誕生日パーティーをしようとするケン、だが、B9が街で暴れているという連絡を受ける。

シャドウをかばったことによってレッドは殉職してしまった。だが、5時間以内に新たなボディに移植すれば助かるという。ケンのボディを回収し撤退するシルバーとブルー。しかし、移植手術をできる唯一の人物である藩教授の意識は依然として、戻っていなかった。

純の退院が決まった。これによって彼は財前コンツェルンの総帥となり、今までのようにケンやさゆりたちに会えなくなる。それを知り、悲しみを募らせるさゆり。一方、イドは純の退院の日を狙って、暗殺計画を着実に進めていた。だが、ギルリアだけはその行動に消極的だった。

イドでは、最強メカ、デスメガデスの建造が着々と進んでいた。一方、えり子は財前コンツェルンの社長秘書である霧谷から特殊集積回路を渡される。これで警視庁のレーダーの性能が飛躍的に向上するというのだ。早速、搭載したところ旧夢の島にイドの本拠地を発見する。

メタルジャックを倒し勝利宣言するメガデスは日本政府に向けて、降伏勧告を告げる。事態を憂慮した醍醐司令はメタルジャック最強の必殺技、ジャックストームの使用許可を下す。だが、これは下手をすればケンたちの命を奪いかねない、危険な攻撃方法だった。

イドが壊滅して平和が戻り、警視庁は忙しさから解放された。それに伴い、機甲警察も次の事態が起きるまで解散が決定される。剛はメキシコに遠征、亮はモナコでレースの調整をするという。一方、正式に財前コンツェルンの会長となった純は会長席でとあるファイルを発見する。

自らが人に造られし者であることに絶望し、人類に憎悪を募らせていたトロイダルは巨大メカを使い、都市を破壊する。出動するメタルジャック。一方、財前コンツェルンの総帥となった純は会長席でプロジェクト・ジャガーノートというファイルから驚くべき真実を知り、愕然とする。

自分の正体を知った純に霧谷はネオ・イドの創立を持ちかける。だが、純は財前邸を出て、ケンと会う。自分の正体を明かした純に対し、ケンも機甲警察であること明かす。そして、「本当の兄弟になればいい」と約束する。その頃、トロイダルは警視庁に現れ、破壊の限りを尽くしていた。

ネオ・イドの総帥となった純はトロイダルにクローラという部下を与え、関東一円の国防軍基地壊滅を命ずる。アクセスロイドであるクローラはメタルジャックの性能を大きく凌駕した恐るべき存在だった。その頃、ケンは音信不通となった純を訪ねるべく、財前邸に来ていた。

城ヶ崎課長は18年前の機甲ロボット密輸事件を未だ追っていた。だが、時効は今日で成立してしまう。それを知ったケンは協力を申し出るが、拒絶されてしまう。普段から事件の際に姿を消すケンの手助けは無用という。だが、真相は自分ひとりの手で解決させたいという思いがあった。

世界的強盗団デネッガー4兄弟が日本で暴れまわっていた。現場に急行したメタルジャックだが、4人はサイボーグ手術を受けており、加速装置を使った攻撃に翻弄されてしまう。それはスピードを誇るシルバーとて例外ではなかった。ショックの亮はチューンアップを申し出るが……。

マスコミ嫌いの亮が密着取材を受けることになった。担当である村上京子の対応に好感を覚える亮。だが、彼女がメタルジャックの正体を追っていることを知る。一方、ケンは地下鉄内にできた穴の調査に向かっていた。穴の奥から不気味に蠢く影。それはイドのメカ・ジオロイドだった。

剛とえり子が結婚するという。それを祝い、パーティーを開くケンたち。だが、ネオ・イドの襲撃通報が入る。現場に向かうメタルジャック。そこではトロイダルとクローラが通信設備を破壊しようとしていた。シャドウの加勢でトロイダルを追い詰めていくが、クローラが信じられない行動をとる。

原因不明の苦痛に襲われたケンはメタルジャック基地内の集中治療室に収監された。一方、傷ついたクローラは修理を終え、ミレニアム・シティプロジェクトの中枢装置として作動を始める。人質にとられた格好になったトロイダルは、忸怩たる思いで出撃する。

ミレニアム・シティプロジェクトによって、東京シティは日本列島と切り離され、宙に浮き始めていた。その頃、さゆりの案内で財前邸に来ていたシャドウはついにギルリアと出会う。激しい戦闘の最中、ついにシャドウの記憶が蘇る。そしてBプロジェクトの全貌とギルリアとの関係が明かされる。

人工衛星で南極の氷を溶かし、津波を引き起こして人類を淘汰する。それがミレニアム・シティプロジェクトの全貌だった。それを阻止するべく、純の分身ともいえるケンは生身の身体で説得に当たろうとする。だが、純の心に変化は見られない。純に銃口を向けるケン。その時、さゆりが！

ネオ・イドの企みは未然に防がれ、純たちは指名手配を受ける。ギルリアは純を逃がすべく、さゆりを使う。いけないことだと分かりつつも、純に会いに行くさゆり。純は遅れて現れたケンに自首の意志を伝える。そんな3人の前に復讐にとりつかれたトロイダルが現れる。