2019年。地域課の制服警官だった瓜原潤史（赤楚衛二）は、ある事件の犯人を逮捕し、署長賞を受賞する。県警本部捜査一課・調整官の眞堂丈史（小林薫）は、瓜原に捜査一課への配置換えを命じ、風間からの連絡を待つよう告げた。 風間は、県警本部捜査一課の刑事指導官。キャリアの浅い新人刑事とバディを組み、実際の事件捜査を通じて刑事として必要なスキルを学ばせる任務に当たっている。刑事仲間はそれを「風間道場」と呼んでおり、瓜原は「風間道場」で実際の事件を通して刑事の基礎を叩き込まれることになったのだ。 そんな折、タクシーの乗客が刺殺される事件が発生する。殺されたのはホストクラブのオーナー・芦沢健太郎（久保田悠来）。芦沢は、女性と一緒にタクシーに乗車した。だが先に降りたその女性から、酔って寝てしまった芹沢を指定した場所まで送り届けるよう指示されたらしい。死んでいるのに気づいたのは、指示された場所で芦沢を下ろそうとしたときだという。瓜原は、風間からタクシー運転手の話を聞くよう命じられる。運転手は、芦沢が「旅の記録だ」といって女性にタブレットの画像を見せていたと証言していた。風間の助言もあり、瓜原がタクシー会社を調べると日中弓（内田理央）という女性が容疑者として浮かび上がる。

県警本部捜査一課の刑事指導官・風間公親（木村拓哉）とバディを組み、実際の事件捜査を通じて刑事として必要なスキルを学ぶことになった新人刑事の瓜原潤史（赤楚衛二）は、何があっても逃げずに風間に食らいつこうと決意する。風間の指導官室でデスクをしている伊上幸葉（堀田真由）は、そんな瓜原に「犯人が出した謎じゃなく、風間さんが出した謎を解くの」と助言する。 そんな折、ある小学校の校庭で3年1組担任の教師・諸田伸枝（山田キヌヲ）が遺体となって発見される。遺体の後頭部には血痕があり、校庭に設置されているブロンズ像にも血液が付着していた。風間から、「目を閉じて現場の様子を私に伝えてみろ」と命じられた瓜原は、自分が目にした状況を伝えると、何者かが被害者を突き飛ばし、ブロンズ像が手にしている本の角に後頭部をぶつけて死亡したのではないか、と推察するが……。 あくる日、瓜原と風間は、諸田のクラスの保護者を訪ね、話を聞いて回る。そのひとり、佐柄美幸（宮澤エマ）から話を聞くため、彼女が働いている建設会社を訪れる瓜原たち。美幸の息子・研人（川原瑛都）はいじめが原因で不登校になっており、事件があった日、美幸は小学校を訪れて諸田と会っていた。しかし美幸には、諸田の死亡推定時刻に、ゴルフ練習場にいたというアリバイがあった。

県警本部捜査一課の刑事指導官・風間公親（木村拓哉）のもとに、新たにバディを組むことになった新人刑事の隼田聖子（新垣結衣）がやってくる。隼田は、訳あって小学校4年生の娘・ゆかり（諏訪結衣）と二人で暮らしているシングルマザー。「出来ることは一人で。出来ないことは二人で」を合い言葉に、娘と助け合って仲良く暮らしていた隼田だったが、真面目な性格ゆえ、刑事の仕事と娘との生活の両立に悩んでいた。 ある日、住宅で変死体が発見される。死亡したのは大学の法医学教室で助教授を務める宇部祥宏（浅利陽介）。宇部は一人暮らしで、自宅の外で倒れているところを近所に住む主婦が発見していた。外傷がないことから、毒物による中毒死の可能性が高かった。 隼田とともに現場に向かった風間は、宇部宅のテーブルの上にあった「先にテンゴクへ行ってます」というメモを発見する。風間から、「他殺か自殺か？」と問われた隼田は、天国という文字がカタカナであること、遺書のようにも見えるそのメッセージが、便せんなどではなくメモ用紙であることへの違和感を口にする。 その日の午後、風間と隼田は、宇部の司法解剖に立ち会う。解剖を行ったのは、宇部の上司で、次期医学科長に内定している椎垣久仁臣教授（佐々木蔵之介）だった。椎垣は、死因は青酸塩を服毒したことによる中毒死で、他殺と思える所見はなかったとの見解を示すが……。

県警本部捜査一課の刑事指導官・風間公親（木村拓哉）が以前逮捕した殺人犯が、出所後、事務員の伊上幸葉（堀田真由）に接触。彼女のカバンに、犯人が当時凶器として使っていた千枚通しを入れた。風間から指導を受けている新人刑事の隼田聖子（新垣結衣）は、幸葉が怖がっていることを風間に伝える。風間は、自宅周辺を警備させていること、そして念のためほかの部署に移ってもらうことを幸葉に告げる。 ある日、人気工芸家の浦真幹夫（淵上泰史）が、自宅のリビングで死体となって発見される。現場へと向かう、風間と隼田。遺体は腐敗が進んでおり、死後4日ほど経過しているようだった。風間から所見を求められた隼田は、遺体の頭部にある傷が真横よりやや正面についていることから、向き合っているときに殴られたものと判断し、顔見知りの犯行だと返す。ほどなく、隣の家に住む小学生から、浦真家から女性が出てくるところを目撃したという証言が得られた。また、浦真にはラウラというイタリア人の婚約者がいた。浦真はラウラに、「ベビー用品を買いに行こう」というメールを送っていたが、彼女は妊娠していないらしい。 一方、事件の直前と思われる時間に、道路のNシステムに浦真の車が記録されていた。助手席に同乗していたのは、19歳の大学生・萱場千寿留（生見愛瑠）だった。隼田は、風間とともに千寿瑠のアパートを訪ねるが……。

県警本部捜査一課の刑事指導官・風間公親（木村拓哉）のもとへ、新人刑事の遠野章宏（北村匠海）がやってくる。子どものころから警察官になることを夢見ていた遠野は、警察学校を優秀な成績で卒業していた。風間道場で指導を受けることになったのも、警察学校の校長・四方田秀雄（小日向文世）からの強い推薦があったからだった。 ある日、遠野は、風間とともに変死体が見つかった現場に臨場する。死体で発見されたのは、大学教授で地理が専門の梨多真夫（野間口徹）。梨多は独身で、現場となった自宅でひとり暮らしをしていた。第一発見者は、梨多のゼミの教え子・戸守研策（水沢林太郎）で、午後8時頃、卒論のことで教授を訪ねてきた際に死体を見つけたのだという。 梨多は、自宅のテラスから転落し、岩に頭を打ち付けて死亡したものと思われた。死体の近くに一眼レフカメラが落ちていたことから、梨多は写真を撮ろうとして誤って転落した事故死ではないか、と恐る恐る風間に報告する捜査一課の刑事・谷本進一（濵田崇裕＜ジャニーズWEST＞）。一方、遠野は「教授の身になってみます」といって、テラスの柵から乗り出しカメラを構えた。すると遠野は、すぐに「殺人です」と言い出し…。

熊之背山の登山口近くで、頭部と両手首が切断された変死体が発見された。犬の散歩をしていた近隣の住民が、犬が吠えたために地面を掘り起こした際に発見したもので、死亡推定時刻は4日前の夜。切断された頭部と手首はまだ発見されていなかった。 現場に向かった県警本部捜査一課の刑事指導官・風間公親（木村拓哉）は、バディを組む新人刑事の遠野章宏（北村匠海）に死体の絵を描くよう指示する。そこで遠野は、右肩が左よりも下がっていることに気づくが、その理由まではわからなかった。風間はそんな遠野に、科捜研がDNA型を調べて行方不明者との照合を終えるまでに犯人を仕留めろ、と命じる。 風間の指導官室で事務員をしている伊上幸葉（堀田真由）が現場近くに住んでいることを知った遠野は、彼女にも協力を求め、現場に集まっていた野次馬の写真の中から、近隣住民とハイキング客を除外する。遠野は、そこで得られたデータから、ギャラリーを経営している画家の向坂善紀（筒井道隆）という男に注目した。向坂は2年前に妻と離婚しており、妻の再婚相手である歯科医の刈部達郎（浜田信也）が3日前から行方不明になっていて……。

風間公親（木村拓哉）と遠野章宏（北村匠海）は、強盗犯の張り込み要請を受けて雑居ビルの屋上で待機していた際に、男に襲われる。15年前に殺人事件を起こし、風間に逮捕された男だった。 遠野は意識不明の重体だった。風間も右目を刺されていたが、事件現場での実況見分に加わった。そこには隼田聖子（新垣結衣）の姿もあった。 別の日、風間たちは、舞台俳優の元木伊智朗（前原瑞樹）が死亡したというアパートへ臨場する。そこにやってきたのが、新たに風間の指導を受けることになった新人刑事の鐘羅路子（白石麻衣）だった。 この事件には2名の参考人がいた。元木が死亡した部屋の住人で、主演舞台を控えている同じ劇団の女優・筧麻由佳（瀧本美織）と、隣室に住む佐久田肇（大村わたる）だ。麻由佳の証言によれば、舞台の打ち合わせで麻由佳の部屋に来ていた元木は、彼女がお茶を入れている間に、突然首をつって自殺しようとしたのだという。麻由佳は、隣室の佐久田に助けを求めたが、元木はふたりの目の前で首を吊ったらしい。警察と消防に通報したのは佐久田だった。 風間とともに元木の遺体を調べた路子は、ロープが首にかかっていた時間が短いこと、そしてナイロン製ではなく古い麻のロープが使われていることに不審を抱く。風間から「君の見立ては？」と問われた路子は、自殺ではなく犯罪の疑いがある、麻由佳は仮面を被っていて本性を見せないタイプの女だと返し……。

風間公親（木村拓哉）は、新人刑事の鐘羅路子（白石麻衣）とともに、変死体が発見された古い木造一軒家に臨場する。死体となって発見されたのは27歳の女性・小田島澄香（ソニン）。澄香は2ヵ月前に母親を亡くしてこの家を相続していた。外傷がなかったことから、死因は毒物による中毒症状の可能性が高い。テーブルには大盛りの中華料理が残されており、二人分の箸と取り皿、カップ、点鼻薬があった。また、一方の食器だけ、指紋が拭き取られていた。それを見て、容疑者は男のような気がする、と言い出す路子。 澄香の家の仏壇からは、住所録が見つかっていた。そこには、名前と住所、電話番号が記されていたが、それを見ていた路子の手が止まる。そこには路子の同棲相手である西田徹（渋谷謙人）と徹の友人、実相寺実の名前があったからだった。路子は、徹から頼まれ、実相寺に警察の捜査が及んでいるかどうかを密かに調べていた。 そんな中、風間と路子は、澄香が死亡した日にメッセージのやり取りをしていた個人のネット販売業者・名越哲弥（小池徹平）の事務所を訪れる。澄香は名越に「あなたを自由にしてあげる」「うちで最後の食事は？」というメッセージを送っていた。

風間公親（木村拓哉）と遠野章宏（北村匠海）が刺された事件の専従捜査チームが集まっていた。やってきた風間に、被疑者の十崎波琉（森山未來）が事件後アパートに戻っていないこと、事件現場のビルに出入りしていた者のうち、鳥羽暢照（濱田岳）というバイク便ドライバーと連絡が取れていないことを報告する柳沢浩二（坂口憲二）。一方、隼田聖子（新垣結衣）は、自ら志願して専従捜査チームに入ったことを風間に伝えるが……。 そんな折、鉄道線の上を通る歩道橋で、加茂田亮（金井勇太）という男が刺殺される事件が起きる。死亡推定時刻は午前2時から4時の間、雨だったために被疑者の指紋や足跡は判別出来なかった。また、被害者は顔や指をライター用のオイルで焼かれていた。 するとそこに、新人刑事の中込兼児（染谷将太）がやってくる。中込は、被疑者に暴力を振るうなど素行の悪さが原因で、所轄署から風間道場への異動を命じられた男だった。風間から、「被害者はどうしてここで殺された？」と問われた中込は、3ヵ月前の深夜に起きた通り魔事件の犯人がまた動き出したのではないかと答えるが……。

県警捜査一課の風間公親（木村拓哉）と中込兼児（染谷将太）は、変死体が発見されたという現場に臨場する。死亡したのは、住宅街の一軒家に住む仁谷清香（竹下景子）。発見したのは22歳年下の夫でデザイナーの継秀（岡田義徳）だった。清香は電話機の近く倒れていた。調理中だったようで、レンジにはフライパンが置かれ、アルミホイルの上の鰆が焦げて炭化していた。清香は1年ほど前から認知症を患っていた。それを知り、妻の明子（大西礼芳）に任せっきりにしている認知症の母・ふき（余貴美子）のことを思い出す中込。物忘れが激しくなっていたためか、清香は電話を受ける度に録音していたようで、録音データには彼女の声がたくさん残っていた。 清香が死亡したと思われる時間、継秀は、印刷会社に勤める田瀬葵（中村ゆりか）と食事をとりながら打ち合わせをしていたという。葵に会いに行った風間たちは、継秀がいつもと違ってセット料理ではなくコース料理を頼んだこと、「妻が指輪をなくしてがっかりしている」という話を聞いたという証言を得る。「いつもと違う行動をしたということは、日常に異物が紛れ込んだということだ」と中込に告げる風間。 ほどなく、清香の死亡原因はフッ化水素ガスの吸引によるものと判明する。たが清香には苦しんだ様子もなかった。中込は、風間の言葉の意味を考えながら、継秀の証言や、現場を見たときに感じた違和感の正体を追うが……。

風間公親（木村拓哉）らを襲って逃亡中の被疑者・十崎波瑠（森山未來）による犯行と思われる殺人事件が発生した。事件が起きたのは、有機化学者で大学教授の清家総一郎（北大路欣也）の邸宅。被害者は、清家の娘・甘木紗季（森カンナ）の夫で、無職の甘木保則（馬場徹）だった。保則の背中には千枚通しが突き刺さっていた。 「義理の息子が殺されたようだ」と警察に通報したのは、第一発見者でもある清家だった。実は清家は、二年前に実験中の事故で劇薬を浴びて失明していたため、指輪を触ってリビングに倒れていたのが保則だと判断したという。風間とともに臨場した隼田聖子（新垣結衣）は、清家から詳しい話を聞く。清家は、無職の保則に毎月50万円の生活費を渡しており、保則は昨夜8時ごろそれを取りにやって来たのだという。ふたりは酒を飲み、清家は飲み続けている保則を残していつものように先に就寝したらしい。翌朝、目を覚ました清家は、リビングで倒れている保則に躓き、彼が殺されたと通報したのだという。一方、医師だという紗季は、犯人に心当たりがなく、十崎のことも知らないと証言する。隼田は、視覚障碍者である清家には殺人は無理だと判断し、十崎の行方を追おうとする……。