幼馴染でお互いを運命の相手だと確信していた相馬悠依(井上真央)と鳥野直木(佐藤健)。悠依にプロポーズしようと決めた矢先、直木は不可解な事件に巻き込まれてしまう。最愛の人が突然姿を消した悲しみに暮れながらも直木を懸命に探す中、悠依は刑事・魚住譲(松山ケンイチ)と出会う。後日、譲は街中で直木の姿を見つけて話しかけるが、なんと直木は幽霊の姿となっていたのだった…。直木は、自身の存在を唯一認識できる譲に、自分の言葉を悠依に伝えてほしいと頼むが…。

直木（佐藤健）の姿が目に見えなくても、そばにいてくれていることを感じ取れるだけでいいと悠依（井上真央）は少し前向きな気持ちになることができた。ある日、殺人事件現場の防犯カメラ映像を見ていた譲（松山ケンイチ）は、そこに映る直木の姿を発見する。死んでいる直木が事件に無関係ではないと考えるが、直木はまだ行方不明者扱いのまま。そんな中、悠依に呼び出された譲は、直木に何があったのかを捜査して欲しいという依頼を受ける。話をするうち、直木には失踪前後の記憶がないことが分かり…。

尾崎莉桜が事件に関わっているかもしれないと考えた直木（佐藤健）と譲（松山ケンイチ）は、莉桜に会おうとする悠依（井上真央）を心配し、急いで悠依のもとに駆けつける。その後、譲は悠依に直木が殺人事件に関与している可能性があると説明する。しかし悠依は、直木の全てを知ってはいないが決して人を傷つけるような人じゃないと確信しており、真相を突き止めたいと訴える。事件解決に向けて捜査が進む中、譲は田島宏一（少路勇介）と一緒に直木の父親・幸彦（相島一之）を訪ねる。そこで直木の過去を聞いた譲は、田島に直木のことを打ち明けようと決意。そんな中、直木の母親・佳織（長野里美）が悠依に会いたいと言い出し…。

悠依（井上真央）の独白とも言える直木（佐藤健）への思いを聞いた譲（松山ケンイチ）は、力になりたいと考えるも、今の自分に何ができるか思い悩んでいた。そんな中、河川から直木の携帯電話が発見される。依然、殺人事件の容疑者にされたままの直木は、自分の遺体が見つかっていないことを不審に思い、行方不明の自分の身体を捜し始める。一方、悠依の元に池澤英介（荒川良々）から、「こども食堂」に来ていた子の１人が行方不明だという電話が。直木も協力し、とある山間部に子どもを捜しに行くが、そこにはさらなる衝撃が待ち受けていて…！？

悠依（井上真央）が自分と莉桜（香里奈）、高原涼香（近藤千尋）が写る写真を手にする中、直木（佐藤健）は突然の胸の苦しみに襲われていた。直木が殺害された事件の真相が徐々に明らかとなる反面、身体がなくなったら直木は消えてしまうのではと不安に思う悠依。そんな中、悠依が襲われる事件が発生。幸い無事だったが、悠依はその時襲ってきた人物にかけられた言葉が気になっていた。一方、直木の葬儀が終わり落ち込んでいる悠依を励まそうと、直木は譲（松山ケンイチ）を通じてデートに誘う。譲も一緒にと、３人で広田家にあった写真の遊園地に行くが、悠依と直木はお互いの未来への考えの違いからケンカに。それがキッカケで悠依はあることを思い出し…。

莉桜（香里奈）が悠依（井上真央）からの手紙を受け取ったのと同じ頃、直木（佐藤健）は樋口昌通（板倉俊之）と共に、成仏する方法を知る自分たち以外の幽霊を探していた。直木と樋口のことが見えない人々が通り過ぎる中、２人を見つめる姿が…。そんな中、悠依の引っ越しを知った直木は急いで止めようと譲（松山ケンイチ）の元へ。悠依はソン・ハヨン（シム・ウンギョン）に引っ越しを手伝ってもらっていた。その後、直木は譲の姉・叶恵（平岩紙）に会いに行き、自分が成仏するためのヒントをもらう。それを悠依にも話したことがキッカケとなり、直木は譲が抱える“ある思い”に気づく。

莉桜（香里奈）を車に乗せた人物が直木（佐藤健）を殺した犯人なのではと、悠依（井上真央）は憤りをあらわにしていた。一方、突然倒れた譲（松山ケンイチ）は病院で受けた検査の結果、偽性脳腫瘍の可能性があると告げられていた。ただの頭痛だと楽観視していた譲だが、叶恵（平岩紙）から、幽霊である直木とこれ以上一緒にいるなと忠告される。そんな中、莉桜の行方を追っていた直木は、莉桜が連れ去られた場所やそこで見聞きしたことを譲に伝える。譲は直木の証言をもとに単独で捜査に乗り出し…。さらに、幽霊の原田弥生（菊地凛子）があらわれ、譲にある頼み事をするのだった。

悠依（井上真央）を襲った犯人が特定されたが、依然として莉桜（香里奈）の行方はわからないまま。直木（佐藤健）は、悠依のことを守ってあげられなかったことに落ち込んでいた。一方、譲（松山ケンイチ）は、直木の幽霊パワーを跳ね除けられる方法を見つけ、再び、悠依と直木と譲は３人で過ごせるようになった。そんな中、田中希也（永島敬三）と莉桜が発見されると同時に直木を殺した証拠も見つかり、事件は一気に解決するかと思われていたが…。

悠依（井上真央）は尋常じゃない英介（荒川良々）の様子に慄然としながらも、平静を装い会話を続けていた。そのとき、直木（佐藤健）が近くにいることに気づいた悠依は、緊張状態は変わらないながらも心強く思う。さらに、譲（松山ケンイチ）も近くで悠依を助ける機会を伺っているが、悠依に危険が及ぶ可能性があり動けずにいた。そんな中、英介は２０年前のこと、そして直木との間に何があったのかを語り始め…。

直木（佐藤健）が巻き込まれた一連の事件の全貌が明らかとなり、直木を殺害した英介（荒川良々）と多くの犯罪に関与した武藤千代（神野三鈴）が逮捕された。譲（松山ケンイチ）の計らいもあり、悠依（井上真央）と直木は最後の時間を過ごすことができたが、本当に伝えたいことは伝えられず、別れの時間がきてしまう…。そしてついに直木は悠依と譲の前から姿を消してしまったのだった。直木のいない世界を生きる覚悟を決めた悠依の元に、夢か幻か…姿を消した直木が現れる。一体どういうことかと混乱する悠依に、直木が告げたのは…。