＜シックス・シーズン＞最終話で起きた発砲事件の続きを描く、＜ファイナル・シーズン＞第１話。殺人課のメンバーたちは、なかなか捕まえられないアリス・サンズの行方を追う。リゾーリの命が危険にさらされる中、彼らはどんな手段を使ってでもアリスを捕まえ、法の裁きを受けさせようとする。

ボストン市警が総動員でアリスの居場所を捜し出そうと奔走する中、殺人課のメンバーたちは、ある自動車事故を捜査する。それはただの事故ではなく、裏には何かがありそうだった。そんな中、新たなロマンスが生まれようとしていた。

ゾンビのイベントで殺人事件が起きる。殺人課のメンバーたちは、“死人”となった被害者と、“半分死人”である会場のゾンビたちのために事件を解決しようと奔走する。そんな中、リゾーリは高校を卒業していなかったことを打ち明け、高卒認定試験を受けようと決意する。

郵便局員が殺害され、殺人課のメンバーたちは、押しが強く風変りな郵便監察局の調査員と共に捜査を行うことになる。その調査員は、事件が大きな陰謀に関係していると確信していた。一方アイルズは、けがの後遺症に今も悩まされている。アンジェラは、コーサックがキキにひどい誕生日プレゼントを用意したのを知り、口を出さずにはいられなくなる。

裕福な女性の遺体が自宅の階段下で発見され、それが足を滑らせて階段から転落した事故ではないことが明らかになる。そして、完全犯罪をもくろむ狡猾な殺人鬼と殺人課のメンバーたちとのイタチごっこが始まる。一方、手術を受ける決心をしたアイルズは、母のホープと再び交流を持ち始める。

ある病院で２件の殺人事件が起きる。捜査を進めるうちにリゾーリとアイルズはこの事件を解決するには、昔から言い伝えられている怪談を調べる必要があると考え始める。一方アンジェラは、ケントを避けるのをやめてコンサートへの招待を受けるようにフランキーを説得しようとする。

自転車に乗っていた男性が突然、炎に包まれるという事件が起きる。アイルズは、彼の奇妙な死が何者かの計画によって引き起こされたこと、犯人の殺人鬼は科学に精通していることを発見し、捜査に協力する。一方リゾーリは、クワンティコでＦＢＩの特別捜査官訓練生への講義を依頼され引き受ける。

シリーズ通算100話目のエピソード。残忍な殺人事件が発生し、２人が殺害される。リゾーリは、事件に何らかの形で関わったとされる女性が刑務所にいることを知り、彼女から情報を引き出すためのおとり捜査を行うことにする。そして、自身の安全も顧みず、郡の刑務所に潜入する。

リゾーリは、殺人事件の裁判で自分が証言台に立つ日の朝、重要な証拠が盗まれていることに気づく。ボストン市警は裁判官から３日の猶予を与えられるが、期限内に証拠を取り戻さなければ、容疑者は釈放されてしまう。一方フランキーは、ニーナがマジックが好きだと知り、いくつか手品を覚えて彼女を喜ばせようとする。

公園で法廷会計士が襲撃された事件の捜査を進めるうちに、リゾーリとアイルズは巧妙なネズミ講に引きずり込まれていく。そしてリゾーリは、第一容疑者がアイルズの過去に関係のある人物だと知り、衝撃を受ける。また、リゾーリは人生を変えるほど大きな仕事上の決断をする。

葬儀会社の社長の遺体が、他人の棺の中から発見される。殺人課のメンバーたちは防腐処置や埋葬といった葬儀の世界に入り込んで捜査を進める内に連続殺人事件に行き着く。一方、息子と一緒にリゾーリたちに会いに来たトミーは、ボストンに戻ってこようかと考える。またリゾーリのある知らせに、彼女を愛する人たちは様々な反応をする。

リゾーリとアイルズは、２件の殺人事件を捜査する。１件は過去の、もう１件は現在の事件だが、両方ともコーサックと個人的に深く関わりがあった。皆が人生の次のステージへ進もうとする中、リゾーリのもとを、ある人物が突然訪れる。一方アイルズは、自身の小説に対して落胆してしまうような感想を受け取る。

ある男性の遺体が自宅のベッドの支柱に手を縛られた状態で発見されるが、証拠のつじつまが合わない。リゾーリとアイルズの送別会が近づき、皆はお別れのメッセージビデオを作り、彼女たちとの別れを惜しむ。それぞれの新たな道について語り合う「リゾーリ＆アイルズ」シリーズ最終話。