時は20年前。ジーン・グレイは、プロフェッサーXに底知れない能力を見出され、それを操るべく「恵まれし者の学園」に彼女の居場所を与えた。
その10年後、とある大企業の社長ワージントンの息子が思春期を迎え、背中に翼が生え始めた。ワージントンは、息子を「普通の人間」に戻そうと、ミュータント治療薬「キュア（cure＝治療薬）」を作り上げる。
ミュータントであることは"病気"なのか。ミュータント達の蟠りと、マグニートーの作為が、人類とミュータントの戦争を起こそうとしていた。
前作でジーンが亡くなりスコットは変わった。
キュアは、ミュータントx抗体を抑え人間に戻るかミュータントのまま生きるか選択をせばまれる。
ジーンが生きていた？ジーンは二つの人格を併せ持っていた。ジーンのもう１つの人格はマグニートー側についた。
今回も人間とミュータントの対立がより深く描かれている。
