「断罪の塔」での激闘の後、リッケルトが待つゴドーの鍛冶屋に帰ったガッツとキャスカは、受肉し現世に復活したグリフィスと再会する。激怒するガッツに、グリフィスは「オレはオレの国を手に入れる。それは変わらない」と宣言する。ガッツは、使徒の脅威の及ばないエルフの国エルフヘルムに向かいキャスカとふたり旅を開始する。だが、キャスカはガッツに敵意剥き出しでなかなか上手く進まない。ファルネーゼは、「断罪の塔」でガッツと共闘した経験から、無明の世界を生きる希望がガッツにあることに気づき、ガッツに旅の同行を申し出る。旅を続けるガッツたちは、霊樹の森に住む魔女フローラに出会う。フローラが作成した護符と呪具と引き換えに、ガッツたちはフローラの一番弟子シールケとイーノック村を襲うトロールと対決する。
イーノック村でガッツたちがトロールと対決している間に、グリフィスが霊樹の森に送り込んだ戦魔兵がフローラを襲撃する。
トロールとの対決で満身創痍のガッツは、戦魔兵を従えるグルンベルトと戦うが危機一髪となる。フローラの指示でシールケは、ガッツに「狂戦士の甲冑」を着せる。ガッツは、驚異的なパワーでグルンベルトを退ける。ガッツたちは、エルフヘルムに向かう船を調達するためヴリタニスを訪れたが、なかなか船が見つからない。ヴリタニスで外の世界の残酷さに打ちひしがれるシールケは、鷹の巫女ソーニャと親しくなる。シールケは、戦火に包まれる街のビジョンを見る。
「ベルセルク」アニメシリーズ第3作では、孤高の戦いを続けるガッツにイシドロや魔女見習いのシールケやファルネーゼとセルピコが加わり、よりロールプレイングゲーム色が強くなった。
トロールや使徒との対決で、イシドロやファルネーゼやセルピコと共闘する中でかつて鷹の団で味わった仲間意識を感じ、「狂戦士の甲冑」を装着してパワーアップしたガッツ。
シールケから魔法を習ってキャスカを守る中で、次第に強くなっていくファルネーゼ。
トロールなどとの対決で、次第にチームとして強い絆を育むガッツたちの擬似家族感。
悲壮感が薄らいだ分、より多彩なバトルやガッツたちの強い絆と成長のドラマが楽しめるシーズン２。
ミッドランド王国を侵略するガシュニカ大帝とグリフィス、ガッツと海獣を率いるクシャーンのダイバとの対決、人間と使徒が住む世界ファルコニアの誕生、エルフヘルムにたどり着いたガッツたちが描かれるシーズン3が待ち遠しい。
