高校生探偵工藤新一がアポトキシンなる毒薬で小学生探偵コナンとなり事件を解決していく国民的ミステリーアニメのシーズン2。
西の名探偵服部、新一の両親、高木刑事（名前のないプロトタイプはいた）などが初登場し段々と人間関係が広がってきたことが実感できます。初登場といえば怪盗キッドを忘れてはなりません。元々別作品の主役ですが恐らくはコラボみたいなノリで登場…と思いきや後にも関わる重要登場人物となりました。
原作エピソードが三部作になったりと打ち切りがなくなったためか原作準拠ベースになったと思います。またオリジナル回も印象深いエピソードが多いです。個人的には『列車トリック殺人事件』が好きで気が向いた時につい見返してしまいます。
オープニング曲で名曲『謎』が始まったのもこのシーズンが印象的な理由の1つかもしれません（コナンの前口上も良い）。
