国外追放された僧侶たちが作った闇の組織により、完全無欠の暗殺者に仕立て上げられた「エージェント47」と呼ばれるスキンヘッドにバーコードが付けられた男。彼は組織No.1の腕前で自らのプライドと金のために世界を股にかけて殺しを重ねていった。
ニジェールでの仕事の次の標的はロシアのサンクトペテルブルクにいる共産主義の復興を目論むロシア大統領ミハイル・ベリコフだった。遊説中、いつものように寸分の狂いもなく狙撃する。しかし、確実に仕留めたはずのミハイルは生きていて、謎の娼婦ニカに現場を目撃されていた。インターポール捜査官ホイッティアとFSBのマクロフから追われることになった47は任務に疑問を抱く。
ニカに接触するが、ニカの孤独な瞳に何かを感じて殺害命令を中止して情報を得ようとする。しかし、サンクトペテルブルク駅で数人のスキンヘッドの殺し屋が立ち塞がり、味方に襲われる理由も分かぬまま、「堂々と戦って死のう」と銃を捨て、刀での死闘を繰り広げる。ホイッティアに追いつめられたが、ニカが頼んで助ける。一緒に過ごすうちに心を通い合わせたニカはベリコフに300ドルで買われ、奴隷のように虐待を受け、死さえ望んでいたと告白。ニカに次第に惹かれ、彼女を守ることが最大の目的となっていく。
モスクワに飛び、知り合いのCIAエージェントからベリコフに関して驚くべき真実を知らされる。イスタンブールで武器商人ベリコフの弟と接触し、ある決意を胸に再びロシアへ戻る。47はニカと別れ、弟の葬儀会場でベリコフを殺害しようと乗り込む。
