夏休み、路地を歩いていたハリーとダドリー・ダーズリーは、突如として現れた吸魂鬼に襲われる。ハリーは魔法を使って窮地を脱するが、魔法省は、未成年の魔法使いは、自衛以外の魔法の使用を禁じられているとして、ハリーをホグワーツ魔法魔術学校から退学させようとする。だが、魔法省とアルバス・ダンブルドアの話し合いの結果、退学処分の是非については後日、魔法省で行われる懲戒尋問によって決定されることとなった。
その後ハリーは、ハリーを迎えに来た不死鳥の騎士団のメンバーと共にダーズリー家を発つ。向かった先は騎士団の本部、ブラック邸であった。そこにはシリウス・ブラックやロン・ウィーズリーとその家族、ハーマイオニー・グレンジャーといった面々がいた。そして到着した夜、ハリーは騎士団のメンバーから、ヴォルデモートが「極秘にしか手に入らないもの」を探していることを聞かされる。
8月12日、ハリーの尋問が行われる。尋問官として、魔法大臣コーネリウス・ファッジ、魔法法執行部部長アメリア・ボーンズ、上級次官ドローレス・アンブリッジが、被告側の証人としてダンブルドアとアラベラ・フィッグが出席。尋問の結果、ハリーが自衛の為に魔法を使ったことが証明され、ハリーは無罪放免となる。
夏休み終盤、ロンとハーマイオニーがグリフィンドール寮の監督生に選ばれる。このため、ハリーはホグワーツ特急では2人と別のコンパートメントに座ることになるが、レイブンクロー生のルーナ・ラブグッドと出会うきっかけになった。ホグワーツに到着すると、そこにはルビウス・ハグリッドの姿はなく、更に「闇の魔術に対する防衛術」の教授にアンブリッジが就任していた。
アンブリッジの授業は「防衛術の理論」という本を読ませ、実技を全く扱わないというものだった。これについてハリー、ロン、ハーマイオニーは、シリウスから「魔法省は、ダンブルドアが学生を率いて私設軍団を組織するのを阻止する為、アンブリッジを派遣して学生に闘う訓練をさせないようにしている」という話を聞く。これを受けてハーマイオニーは、学生たちで「闇の魔術に対する防衛術」の実技を学ぶこと、その教師役をハリーが務めることを提案、ダンブルドア軍団（通称DA）が結成される。一方でアンブリッジはホグワーツ高等尋問官に就任し、シビル・トレローニーを停職にするなど、魔法省の力を背景に権力を振るう。
寮対抗クィディッチ試合では、3巻を最後にオリバー・ウッドがホグワーツを卒業した為、彼の後任としてロンがグリフィンドール代表チームのキーパーになる（キャプテンにはアンジェリーナ・ジョンソンが就任）。しかしグリフィンドール対スリザリン戦の終了後、ドラコ・マルフォイがウィーズリー一家やハリーの母親を侮辱、これに反応してドラコに殴りかかったハリーとフレッドとジョージ・ウィーズリーは、アンブリッジによって終身クィディッチ禁止令を出されてしまう。
そしてその日の午後、ハリー達3人はついにハグリッドが戻って来たことを知り、早速彼のもとを訪れる。しかし切り傷だらけのハグリッドの姿を見て、ハリー達は愕然とする。巨人への友好を求めに行っていたハグリッドはその理由を話した。途中で巨人の長が変わったため、はっきりとした良い成果が出たわけではないという。だがどうしてそこまで惨めな姿に…？半人間を憎むアンブリッジはハグリッドを首にしようと目論んでいるため、ハリーは心配する。
後日、アズカバンから死喰い人が10人脱獄したというニュースが入り、DAにも活が入る。その中にはネビル・ロングボトムの両親を廃人にしたとされるベラトリックス・レストレンジも含まれていた。そしてハリーは、先学期死んでしまったセドリック・ディゴリーの恋人、チョウ・チャンと付き合うこととなる。
O.W.Lの試験（通称ふくろう、普通レベル魔法試験）の途中、ハリーはシリウスが拷問される夢を見て、ハリー、ロン、ハーマイオニー、ネビル、ジニー・ウィーズリー、ルーナと共に夢に出てきた魔法省の神秘部へと向かう。12個の回る部屋、謎の石のアーチの部屋、時計の部屋などを巡り、ついにハリーは「武器」である「予言」を見つけるが、同じく予言を手に入れようとする死喰い人が突入してきた。多勢に無勢、六人の力では歯が立たない。しかし、そこに不死鳥の騎士団のメンバーが救援に駆けつける。激しい戦いの最中に予言は砕かれてしまった。そしてその直後、シリウスはベラトリックスの放った呪文に斃れ、「ベールの彼方に」姿を消す。怒りと悲しみで見境をなくしたハリーは、ベラトリックスを殺そうとする。その後、ダンブルドアが現れ、死喰い人を捕らえて神秘部の戦いは騎士団の勝利に終わった。だが、トンクス、シリウス、キングズリーを倒していたベラトリックスを逃がしてしまう。ハリーはベラトリックスを追い、魔法省のアトリウムで対峙するが、そこにヴォルデモート本人が現れる。ヴォルデモートはハリーの後を追ってきたダンブルドアと決闘を繰り広げるが敗北し、ベラトリックスと共に逃亡する。
酷く損傷したアトリウムにはコーネリウス・ファッジを初めとする魔法省の高官が駆けつけ、遂にファッジもヴォルデモートの復活を認める。ハリーはダンブルドアの手で校長室に移され、予言の内容を知らされるのだった。父親が捕えられたドラコはハリーへの憎しみを燃やし、アンブリッジはホグワーツを去る。ファッジはヴォルデモート復活を公言し、魔法界は再び暗雲に包まれようとする中、自らの使命を知ったハリーは友人たちに励まされ、邪悪との対決の決意を新たにダーズリー家へ戻っていく。
