1935年、上海。ナイトクラブ「オビ・ワン」では歌姫ウィリースコット（ケイト・キャプショー）が「エニシング・ゴーズ」を歌っていた。あるテーブルでは、考古学者で冒険家のインディ（ハリソン・フォード）が上海の犯罪王ラオ・チェー（ロイ・チャオ）と取引をしていた。インディがラオの先祖であるヌルハチ皇帝の位牌を入手し、ダイヤと交換したのだ。だがラオは彼に毒を飲ませ、ダイヤを取り返そうとする。解毒剤とダイヤをめぐっての乱闘、銃撃騒動の末、インディはウィリーと一緒に逃げ出し、中国人少年ショート・ラウンドことショーティ（キー・ホイ・クァン）を連れて上海空港へ急いだ。3人を乗せた飛行機は、実はラオのもので、操縦士2人は、インディらが眠ってるうちにバラシュートで脱出してしまう。危ういところで気がついたインディらは救命ボートに乗り込み、飛行機から脱出。ボートは雪の斜面をくだって川へ。3人はインドに不時着したのだ。それを1人の老人が見ていて、メイアブール村に案内する。
3人が神からつかわされた伝説の救い主だと信じる村人。村の畑は荒れ果てている。長老の話ではパンコット宮殿から来た者たちに、村の聖なる石を奪われ、子供たちを連れ去られたという。インディはその石サンカラ・ストーンを取り戻してくれと頼まれた。
翌朝、三人は象に乗り、パンコット宮殿へ向かう。森を抜け、壮大な宮殿に入った3人は、宰相チャター・ラル（ロシャン・セス）の出迎えを受ける。インディは幼いマハラジャの支配するこの宮殿に、邪悪な空気が満ちているのを感じる。宮殿で会ったイギリス軍のブランバート大佐は、「一世紀前、この地方を恐怖に陥れたカーリ教集団は絶滅したはずだ」と言う。
その夜、寝室にもどったインディを殺し屋が襲うが、逆にやっつけてしまう。壁の裏に秘密の通路を発見して、インディらは中へ入る。通路には無数の虫が蠢き、あやうく串刺しにされそうになったりした。
やがて、3人はカーリ神の宮殿を見つけた。司祭モラ・ラム（アムリッシュ・プリ）は、生け贄をカーリ神に捧げ、多くの信者たちが盲目的に祈っていた。
儀式が終わって皆がいなくなると、インディは祭壇に近づきそこから黄金色に輝く3つのサンカラ・ストーンを取り出し、袋に入れる。祭壇の裏では子供たちが採掘作業をやらされていた。衛兵に見つかってインディは捕われの身に。
モラ・ラムは「サンカラ・ストーンは全部で5つあり、100年前にイギリス軍によって鎮圧された時、2つは埋められた。
今、残る2つを子供たちに発掘させているのだ」と言う。
インディはカーリの血を飲まされ、ウィリーが生け贄にされようとしても、空ろな表情をしている。ショーティは松明でインディを刺激する。正気を取りもどしたインディは反撃に出る。
子供たちは逃げ出し、インディ、ウィリー、ショーティはトロッコで脱出をはかった。モラ・ラムが貯水タンクを破壊したので、奔流に襲われ、あやうく難を逃れる3人。
吊り橋で、インディとモラ・ラムは対決した。モラ・ラムは川に落ち、ワニの餌食になった。
インディら3人が無事にメイアプールの村に戻ると、村人は歓声をあげて出迎えてくれるのだった。
スティーブン・スピルバーグとジョージ・ルーカスが共同で手掛けたハリソン・フォード主演によるアクションアドベンチャー第2弾。
インディがナイトクラブの歌姫・ウィリーと案内役の少年・ショートと共にインド奥地の宮殿で繰り広げる大冒険を描く。
飛行機からの脱出やトロッコチェイスなどスリル満点のアクションの連続で、前作を越えるヒット作となりました。
インディジョーンズとショーティのユーモラスな掛け合い、グロい現地料理、不気味な魔教集団が良いアクセントになっています。
