ガメラとギャオスの戦いで両親を失った中学生の比良坂綾奈(前田愛)は、奈良の禁域の森のほこらで謎の生物を発見。イリスと名付けて可愛がる。ある日、渋谷上空にガメラと数頭のギャオスが出現。激しい戦いの末、ガメラはギャオスを倒すも、渋谷駅周辺は壊滅状態となる。テレビ中継でその模様を見ていた綾奈は、ガメラに対する憎しみを一層強くする。
怪獣同士の戦闘で直接的に被害者が出るのは当たり前だが、綾奈にも共感できない。暗い話で無駄な登場人物が多く、不要な設定もある。綾奈の同級生が持ち歩いていた十束剣は何だったのか。ラストの中途半端な幕切れにはがっかりした。
