ニューヨークにやって来たビリーとケイトは、不動産王ダニエル・クランプが支配する高層ビルのクランプ・センターで働いていた。チャイナタウンの再開発を計画するクランプは、ダウンタウンの破壊工事を始める。そこで研究所員が逃げ隠れていたギズモを発見し、センターに連れてゆく。
ギズモは研究材料にされかかっているところをビリーに助けられるが、ビリーの不在時に水を浴びてしまい、ギズモからグレムリンが生まれてしまう。そうして再び大量発生したグレムリンたちはクランプ・センターを占拠し、人々はパニックに陥るのだった。
