ニューヨーク。今やニューヨークのアイコンとして、市民に愛される存在となったスパイダーマン。その正体であるピーター・パーカーも学業の傍らで愛するメリー・ジェーン・ワトソン（MJ）との交際を続け、順風満帆な日々を過ごしていた。MJも女優としての活動を続けており、ついに念願のブロードウェイ・デビューを果たすまでに。ピーターはMJへのプロポーズを決意し、メイおばさんにその事を打ち明けた。「MJを幸せにする」と言うピーターに、おばさんは亡きベンおじさんがくれた婚約指輪をそっと託すのだった。
そしてメイおばさんの家から帰路についた途端、ピーターは最新鋭の装備に身を包んだ「ニュー・ゴブリン」こと親友ハリー・オズボーンの襲撃を受ける。ハリーはピーターが父ノーマンの仇だと信じ、密かに攻撃の機会を窺っていたのだ。執拗に攻撃を仕掛けるハリーと、おばさんのくれた指輪を守りながら攻撃をかわすピーター。しかし闘いの末、ハリーは頭部を強打する。病院に運ばれ意識を取り戻したハリーは、父が死ぬ以前から最近までの記憶と、ピーターへの憎悪を失っていた。
同じ頃、警察が郊外でひとりの男を追いかけていた。男はとっさに物理研究所の構内に逃げ込むが、そこで偶然行われていた分子分解の実験に巻き込まれてしまう。実験の結果、砂状の体を持つ「サンドマン」と化したフリント・マルコというその男は、ベンおじさんを殺した真犯人として警察に追われていたのだった。私怨にかられるピーター。すると謎の液状生命体「シンビオート」がピーターの体を黒く染め、気がつけばピーターは今まで以上のパワーを持った「ブラック・スパイダーマン」となっていた。
