このレビューはネタバレを含みます
「007」をコードネームに持つMI6のエージェント、ジェームズ・ボンドは新人女性エージェントのイヴとともにトルコでの作戦に参加していた。その最中、MI6の工作員たちが殺され、各国のテロ組織に潜入している全てのNATOの工作員の情報が収められたハードディスクが奪われた。ボンドはディスクを取り戻すべく、実行犯であるフランス人傭兵パトリスを追跡する。イヴはパトリスに照準を合わせようとするが、ボンドと列車の上で格闘しているため射撃できない。MI6部長・Mの指令により彼女が発砲すると、銃弾はボンドに当たってしまう。ボンドは峡谷に落下し行方不明となり、パトリスは逃亡を果たす。
数カ月後。ボンドは公式に死亡が認定され、Mは情報漏洩の責任を問われて、情報国防委員会の新委員長であるギャレス・マロリーから引退を勧められる。それは事実上の更迭勧告だった。その提案を拒絶するMだったが、その直後にMのコンピュータが何者かによってハックされる。さらにMI6本部も爆破され、6人の職員が死亡、他にも大勢の負傷者を生んだ。このニュースは僻地で秘かに過ごしていたボンドも目にするところとなり、ボンドはロンドンに戻る。古い地下壕を利用したMI6新本部に入り、00（ダブルオー）要員への復帰テストに臨むボンドだったが、成績は惨憺たるものであった。復帰に懐疑的なマロリーの意見を一蹴し、Mはボンドの職務復帰を承認する。ボンドは自身の肩に残っていた弾丸の破片からパトリスを特定し、新任の兵器開発課長・Qから装備を受け取ってパトリスの向かう上海へ赴く。
上海でボンドは格闘の末にパトリスを倒したものの、雇い主が誰なのかを聞き出す事に失敗。パトリスの所持品にあったカジノのチップを手掛かりにボンドはマカオへ向かう。
その頃、ハードディスクにあったNATO工作員のうち5名の氏名がインターネット上に公表され、毎週さらに5名ずつ公表していくという予告がなされる。
カジノでボンドはパトリスの仲間らしい謎の女性・セヴリンに接触。ボンドから情報を引き出そうとしつつも何かに脅える様子のセヴリンに、ボンドは雇い主を殺すつもりがあるなら手伝うと持ちかける。セヴリンを監視する男たちの襲撃を撃退したボンドは、セヴリンの船で共に雇い主のいる廃墟の島に向かうが、船上でセヴリンともども囚われの身となる。
島ではパトリスとセヴリンの雇い主、ラウル・シルヴァと対面する。シルヴァは自らとボンドを「共食いの果てに最後に残った2匹のラット（ラットは実験動物やペットとして使われるネズミの一種だがスパイや裏切り者を意味する隠語として使われる場合もある）」に例える。元MI6エージェントであったシルヴァは、中国への返還を控えた香港支局勤務時に、任務の枠を外れた形で中国の情報を得ようとしたため、当時の上司Mが中国当局へ通報。中国当局に捕らわれイギリス側に見捨てられたことで、Mを深く恨んでいた。そしてこの島にサイバー犯罪の拠点を作り上げ暗躍していたのだった。シルヴァはボンドが心身共に現場復帰に適さない状態にありながら、Mがそれを隠していたことを告げる。だがボンドは「私の趣味は『復活』だ」とそれを一笑に臥す。シルヴァはセヴリンを危険に晒した射撃ゲームでボンドを試そうとする。結果セブリンはシルヴァに殺されるが、ボンドは一瞬の隙を突きボディガードたちを倒し、シルヴァを捕らえることに成功する。
シルヴァはロンドンのMI6新本部に拘禁された。対面したMは、シルヴァがかつて彼女に見捨てられた際、敵による拷問のさなか毒物で自決を図ったが果たせず、崩壊した素顔を見せられるが冷たく突き放す。Mは彼女の責任を問う公聴会が開かれるウェストミンスターへと向かう。
一方、Qとボンドはシルヴァのコンピューター端末を解析しようとするが、端末に仕組まれていたプログラムがMI6のシステムに侵入してシルヴァの拘禁が解かれ、まんまと脱走されてしまう。シルヴァは部下に助けられながら地下鉄に逃げ込み、ボンドの追跡を振り切りM襲撃の態勢を整える。
公聴会ではMが糾弾の矢面に立たされ、ダブルオーセクションの解体まで取り沙汰されていた。マロリーは批判の言葉を並べる大臣を制すると、Mに発言を促す。Mは未だ世界には国でもなく地図にも載らない危険な勢力が存在し、その「影」と戦う組織が必要なのだと静かに説く。Mの亡夫がかつて親しんでいたアルフレッド・テニスンの「ユリシーズ」をMが引用し終えた刹那、シルヴァと手下たちが議場に躍り込んでくる。激しい銃撃戦になり、MI6の護衛員や議場警備の警察官が次々と倒れるが、間一髪のところで駆け付けたボンドがマロリーやイヴとともに、シルヴァとその配下の攻撃を退ける。
Mを護衛しつつ公用車（ジャガー・XJ）で連れ去ったボンドは、途中、公用車から自身のプライベートカーであるアストンマーティン・DB5に乗り換え、スコットランド・グレンコウの荒野にある今は住む者のない彼の生家「スカイフォール」へ向かう。ボンドはシルヴァを誘い込む為、Qに電子的に跡を残して置くよう指示する。幕僚主任のビル・タナーとともに手段を講じるQの前にマロリーが現れるが、彼はボンドの目論見を見抜いた上でそれを黙認、効果的なアドバイスまで与えるのだった。
「スカイフォール」でボンドとMは、ボンド家の猟場管理人であるキンケイドの協力のもと、ありあわせの材料で作ったいくつもの罠を家中に仕掛け、シルヴァの到来を待つ。3人はシルヴァの送り込んだ第一襲撃グループは撃退したが、その最中にMが重傷を負う。シルヴァ本人が第二襲撃グループを引き連れてヘリコプターで到来し、ボンドはMとキンケイドを「スカイフォール」から離れた礼拝堂へとつながるトンネルに逃がす。ボンドは生まれ育った家屋を爆破し第二襲撃グループの大半を撃退、だがトンネルの存在に気づいたシルヴァはMを追って礼拝堂に向かう。トンネルを抜け出たボンドはMとキンケイドの元に急ぐがシルヴァに阻まれ、抵抗するが凍った湖の下にシルヴァの手下とともに消える。
礼拝堂にたどり着いたシルヴァはMに銃を突きつけ、共に死ぬことを強要する。そこへボンドが到着、シルヴァにとどめを刺し「自分が最後のラットだ」と告げる。だがMの傷は深く、もう助かる見込みはなかった。「私は1つだけ正しかった」とつぶやき、Mは息を引き取る。
Mの葬儀後、イブはボンドにMI6本部勤務となったことを告げ、改めて自己紹介し、本名（マネーペニー）を明かす。新たなMとなったマロリーは、ボンドに次の任務を指示するのだった。
