アルバート・ウェスカーとの死闘を終え、アルカディア号に囚われていた生存者達を救出して甲板へ出てきたアリス・アバーナシーを、上空からアンブレラ社の戦闘部隊が急襲する。それを率いていたのは、かつてアリスと共に戦った仲間のジル・バレンタインだった。圧倒的な戦力差を前にそれでも一人戦うアリスは、多大な犠牲者を生んだ壮絶な銃撃戦の末に戦闘機の墜落に巻き込まれ、海へ転落する。体が深く沈みゆく中、アリスは絶望感と孤独感に打ちひしがれ、意識が遠のいていった。
意識を取り戻すと、目の前には平和な家庭があった。耳の不自由な娘と頼もしい夫に囲まれ、アリスは主婦として幸せな朝のひと時を過ごしていたが、そこへアンデッドが襲来したことで、周囲はたちまち地獄絵図へ変わる。娘を連れて逃げ出したアリスはとある民家へ落ち延びるが、そこで娘を隠してアンデッドを撃退した直後、新たなアンデッドに襲われる。それは、自宅で身を挺してアンデッドから逃がしてくれた夫の変わり果てた姿だった。
再び意識を取り戻すと、アリスは謎の実験施設の独房に囚われていた。そこでジルから執拗な拷問を受けるが、突然セキュリティシステムが停止し、独房の扉が開く。アリスは逃走の末に施設の制御室へ到着するが、そこでアンブレラ社の元工作員エイダ・ウォンに出会う。アリスがエイダを殺そうとした時、モニター越しにある人物が現れる。それは、死んだはずのウェスカーだった。ここがアリスだけでは脱出が困難な場所であり、エイダがウェスカーの命令で救出に来たことを知ったアリスは、やむなくエイダと行動を共にするが、すぐそこにジル率いるアンブレラの攻撃部隊や強力なアンデッド、そして生物兵器が迫っていた。
かつての仲間から攻撃され、かつての敵に助けられるアリスは、果たして実験施設から脱出することができるのか。
