江戸川コナン（声：高山みなみ）ら少年探偵団が高さ635mを誇る新名所ベルツリータワーのオープニングセレモニーに参加し、展望台からの眺めを楽しんでいたところ、男が銃撃される。銃弾はガラスを突き抜け男の胸に当たった模様だった。コナンはすぐさま犯人追跡メガネを使用し、銃弾の軌道の先に黒い影を見つけたが、犯人は信じられないほどの距離から狙撃していた。女子高生探偵の世良真純（声：日高のり子）とともに逃走する犯人を追うが、犯人はパトカーもろとも爆破しようとしてくる。FBIをも巻き込んで激しい逃走劇の果てに、犯人は海の中へ消えていく。警察とFBI、コナンと世良らは総力をあげ事件解決に向けて動くが、やがて捜査線上に元海軍特殊部隊ネイビー・シールズの狙撃手が浮かび上がってくる。しかしこの狙撃事件はまだ序章にすぎず、さらなる大混乱がコナンたちを待ち受けていた……。
今回は、狙撃事件の謎を追う。その中で、ネイビーシールズ内部の犯罪が浮かび上がるハリウッド映画顔負けの展開を、逃亡する狙撃犯と名探偵コナン＆世良のハイスピードチェイスとガンアクション、クライマックスの狙撃犯と赤木の狙撃戦とド派手なガンアクションとサスペンスを絡めて描いていて、最後までハラハラドキドキさせられる。
現場に残されたダイスの謎解きが難解だったりミステリー要素も濃く、劇場版名探偵コナンではベスト10に入る完成度。
