ゴルフをプレイしながら、英語で謎の密談を進める2人の老人がいた。彼らの会話では、ある男の名前が飛び交っていた。一方、警察の取調室では「運び屋のジョー」が刑事に対して「俺は何も知らない」と言い訳を始めていた。彼の言葉からある人物によって運び屋をやらされたこと、そして、その人物に裏切られたことが告げられる。
ある晴れた日、コナンは阿笠博士の家のお風呂が故障してしまい、蘭や灰原らと共に銭湯を訪れることになった。コナンはその脱衣場で、怪しい2人の男を目撃する。しかし、男湯に戻ったコナンは足を滑らせ転倒してしまい、気絶した全裸のコナンを車に乗せたのは、裏世界で「伝説の殺し屋」とされるコンドウと「アドリブのタツ」として知られる入れ墨の男・タツであった。とある任務を銭湯で遂行しようとしていたコンドウとタツは、不信を抱いたコナンを連れ去ったのだ。しかも、コナンは目を覚ますと記憶喪失になってしまっていた。アジトで「鍵屋のマル」と待機していると、拳銃を持った「詐欺師のナナ」が合流する。しかし、ナナは用済みとなったタツとマルを始末して、コナンとコンドウを真のアジトに連れて行く。このアジトは「天才ハッカーのM」の監視カメラで厳重に管理されていた。
その頃、毛利探偵事務所では水嶋香苗という美女が浮気調査の依頼に訪れていた。元便利屋だという夫の仕事場へ灰原と向かう小五郎が夫の写真を見ると、そこにはあのコンドウの姿があった。一方、灰原は車に乗り込もうとするナナを目撃したことで、小五郎らと別れ阿笠博士と合流し、博士のビートルで尾行を開始する。しかし、突然トレーラーが出現してビートルを潰そうと迫ってきた事により、灰原は崖下に転落して、阿笠博士も捕らえられてしまう。
次の日、コナンは赤レンガ倉庫で開放される手筈となったが、犯人グループには何やら思惑がある様子で、コナンも真相に辿り着き、パーキングエリアで善良な人物だと悟ったコンドウに、自分の記憶喪失は演技であること、黒幕の正体はタツであることを聞かせる。すべてを悟ったコンドウは、銃を携帯して犯人グループの屋敷に向かうが、ナナによって捕らえられてしまう。レインボーブリッジに着いたコンドウは、そこで、来日中のニホリカ国の女王と子息が乗った車に、爆弾が積まれたトレーラーごと自爆するように迫られる。そして、アジトへ助けに行ったコナン自身もまた、監視役のMに捕らえられてしまう。
一方、小五郎も蘭を引き連れて犯人のアジトに向かっていた。そして、銃を突きつけたMを一瞬で倒した蘭はコナンらを救出することに成功する。マンションの一室では、早苗を拘束したタツがコンドウに真相を語り始めていた。タツは、マンションの隠し部屋に侵入してニホリカ国の王女と子息を狙う依頼を、コンドウの代わりに引き受けたことを暴露する。タツが勝ち誇った瞬間、部屋に警察が突入してきた。驚愕するタツと話していた電話の主は、変声機でコンドウの声を借りたコナンだったのだ。
事件の解決後、コナンにお礼を言われて赤面する灰原の後ろで、阿笠博士は、お風呂が壊れていたことを忘れて入浴姿のまま立ち尽くしていた。
「金曜ロードshow」内で放映された「名探偵コナン」と「鍵泥棒のメソッド」のスペシャルコラボアニメ。
脚本が、「鍵泥棒のメソッド」の内田けんじだけに、時系列をシャッフルさせるなど予想を裏切る展開がスリリングで、最後までハラハラドキドキのサスペンスが楽しめる。名探偵コナンと伝説のコンドウのコラボが楽しめるほか、「鍵泥棒のメソッド」の後日談としても楽しめるスペシャルアニメ。
