中條信一（小泉博）のもとに小美人（大塚ちひろ、長澤まさみ）が現れる。彼女たちはゴジラの骨格でできているメカゴジラを海に返すように主張する。その代わりにモスラがゴジラを食い止めると言う。
リセットしまくったゴジラミレニアムシリーズだけど今作はちゃんと前作からの続きもの。前作の主役、家城茜（釈由美子）等も出演。五十嵐首相（中尾彬）もそのまま続投。メカゴジラのストーリーが主軸にちゃんとあって、モスラもうまく絡んでくる。
準主役の如月梓に吉岡美穂が出演。この時代癒し系女優という言葉が流行っていた印象。最初のセリフの「飲んでる？」が棒読みすぎて笑ってしまった。
小美人役で長澤まさみが出演。サッカー実況でお馴染みの倉敷保雄が出演。
