トーマス達は、WCKDに捕まったミンホを救うべく後を追っている。途中助け出した仲間から、ミンホがWCKDの都市"ラストシティ"に連れ去れる事を知る。多くの仲間を犠牲にしないためトーマスら数人で助けに向かう事に。"ラストシティ"に着いたトーマス達は、入り口を探していた所にWCKDの追っ手に襲われるが、その状況から救い出してくれたのは"意外な人物"だった……ザックリ言うとストーリーはこんな感じかな。この"意外な人物"には、ビックリ。だけどこの人物の活躍により前半面白味に欠けるストーリー展開が後半は、良くなったかな。2作目よりは、良かったが１作目は越えれなかったかな。ラストも在り来たりだったし。
