宇宙世紀００９３年。
ネオ・ジオンの総帥となったシャアは、地球に住む怠惰な人々を粛正するために隕石落とし作戦を開始した。
ロンド・ベルのブライトたちは作戦阻止に奮戦するが、シャアの作戦は一枚上手であった。闘いの中で連邦高官の娘クェス・パラヤはシャアにひかれてネオ・ジオンに入り、パイロットとしてニュータイプの素養を開花させていく。作戦は成功し、小惑星アクシズは地球落下に向かって前進を始めた。 シャアのライバルたるアムロはν（ニュー）ガンダムに乗って惨劇をくい止めようと出撃するが……。
様々な人間模様が交錯し、宇宙空間を高機動モビルスーツが駆けめぐる。
アムロとシャアの戦いを中心にしたファーストガンダム最終章。今回は地球人に愛想を尽かしたシャアが小惑星アクシズを地球に墜落させ地球を滅亡させる暴挙に、アムロが立ち向かう。
アムロとシャアのララアが絡んだ因縁を未だに引き摺っているライバル関係、ファザコンで傲慢なクェスとシャアとナナイとギュネイの四角関係など複雑な愛憎関係、サイコミュでファンネルを操るニューガンダムなど高性能なモビルスーツのハイスピードなモビルスーツバトル、アムロが小惑星アクシズの落下を止めようとする中でサイコフレームの共振に引き寄せられ敵味方関係なく落下を止めようとするクライマックスは希望を感じさせるし、最高なファーストガンダム最終章です。
