梅雨明けの頃。東京を中心に神奈川、静岡、長野で6件の殺人事件が発生。いずれも、被害者のそばに麻雀牌が残されていたことから、警察は同一犯人もしくは組織による広域連続殺人事件に指定。各県警合同で開催された捜査会議には目黒警部（茶風林）のほか探偵の小五郎（神谷明）も出席する。
会議では麻雀牌の他、犠牲者の残したダイイングメッセージなど、いくつかの謎が提示される。会議終了後、コナン（高山みなみ）は部屋から出てきた1人の刑事が黒のポルシェに乗り込む場面を目撃。
コナンは、その車に見覚えがあった。それは、コナンにとって因縁浅からぬ相手、ジンの車だった。
高校生探偵だった工藤新一（山口勝平）を罠に陥れ、毒薬を投与したのは黒ずくめの組織の一員、ジン。
毒薬の副作用で少年の姿に変わってしまった新一は、コナンとして活躍するようになったのだ。事件の裏に黒ずくめの組織の存在を感じるコナン。
やがて、7月7日、七夕の日に7人目の犠牲者が。そしてコナンの周囲にも組織の手が伸びつつあった。
工藤新一が生きていることを知れば、組織は新一だけでなく仲間たちも始末しようとするに違いない。
だが、まだそのことは組織には気付かれていない。組織を一網打尽にできるチャンスと見て取ったコナンは、危険を承知で独り、捜査に乗り出す……。
頻発する広域連続殺人事件、広域連続殺人事件の被害者の一人が持っていた黒の組織のメンバーのリストを記録したメモリーカードの争奪戦、あがさの森で発見された羽にテープを貼られたカブトムシ、関係ないかのように見えた３つの事件が次第に京都で起きたビル爆破事故と結びつき連続殺人事件の犯人と警察に潜入した黒の組織のメンバー・アイリッシュの正体に繋がるスリリングなサスペンスミステリー、黒の組織や犯人たちとの死闘、スリリングなサスペンスが楽しめる名探偵コナン映画版。
