新田新右衛門はカードキャピタルの自称店長。カードキャピタルを守るため奮闘する新右衛門の前に大型カードショップグループの社長、日比野エスカが立ちはだかる。

カードキャピタル経営権を巡るいざこざの中、自分のデッキを持ち去られてしまった新右衛門。デッキを取り返すため、新右衛門とマークはエスカ本店へと潜入を試みる。

カードキャピタルを弟子のタツヤに任せ、追試に臨む新右衛門。しかし、そこにエスカの刺客、ナナミとトノリが現れる。２人はミクルを連れ去ろうとするが……。

ミクルを呼び寄せたのはエスカだった。エスカはミクルにアイドルデビューを提案する。一方、マークとタツヤはミクルを取り戻すため、エスカ本店へと乗り込んでいく。

Sランク最強のファイター、ナナミとニンジャマスターのファイトが幕を開ける。２人のファイトが熾烈を極める中、新右衛門は店長代理に翻弄されていた……！？

エスカ本店へとたどり着いた新右衛門はナナミとのファイトに挑む。ナナミのファイトへの冷めた態度の秘密は、彼女とヴァンガード、そしてエスカとの出会いに隠されていた。

商店街のハロウィン祭に、１日だけ開店することになったカードキャピタル。かつての活気を取り戻そうと奮闘する新右衛門達だが、想定外のトラブルが発生してしまい……。

ハロウィン祭、当日。無事、大会を開催できたカードキャピタルだったが、新右衛門は店長としての仕事で大忙し。さらにライブが行方不明となってしまう。

無事、１日開店を終えたカードキャピタルに現れたのはエスカだった。エスカは新右衛門に、カードキャピタルの経営権を賭けたカードファイトを提案する。

エスカとのファイトに惨敗し、カードキャピタルを追い出された新右衛門は、ミサキがエスカと一緒にいるのを目撃し、失意のどん底へと追い込まれてしまう。

エスカへのリベンジ、そしてエスカップを戦い抜くため、変わろうとするが迷走する新右衛門。その頃、エスカは各地の強豪ファイターの元を訪れていた。

エスカとの再戦を賭けた大会、エスカップ！しかし、新右衛門達の前に立ちはだかったのは各地の強豪ファイター達が集ったチーム竜牙独尊の3人だった。

チームキャピタルとチーム竜牙独尊の決勝戦は先に3勝した方が優勝の勝ち抜き戦！初戦を任されたニンジャマスターは、大山の豪快なファイトに翻弄されてしまう。

ルウガは対戦相手にライブを指名する。2人はかつてコンビとして肩を並べ戦っていたこともあったが、ルウガはライブが自分とのファイトを恐れ、逃げたと罵る。

竜牙独尊の最後の砦、罪なる弱さに涙を流す神崎ユウイチロウに新右衛門は打ちのめされてしまう。幕を開ける決勝戦最終戦、果たして神崎を超えることはできるのか。

試練を超え、エスカとのリベンジ・マッチを実現した新右衛門。ファイトの中で、若く、未熟で、向こう見ずな新右衛門に、エスカは自らのこれまでの人生経験を語る。

エスカが新右衛門に迫ったのは、ファイターとして生きるか、店長として生きるかの二択。全てを知り、全てを理解したうえで、新右衛門が出す答えとは。

クリスマスにも関わらず、受験勉強に追われる新右衛門。だが、カードキャピタルは大人気アイドルの高蔵寺ヒトミがやってきて大盛況に！？勉強はどうなるのか！？

賑わう未来のカードキャピタル。有名な芸能人で経営者の日比野エスカと知り合いだという店長のシンは、常連達にエスカの知られざる本当の姿を語って聞かせ始める。

大学4年生となった新右衛門。仲間と共に日本代表決定戦に出場するが、大会本番でチームメイトのライブは見たこともないクランの新しいデッキを唐突に使い始める。

謎の研究所「リューズラボ」で新右衛門達を出迎えたのはタツヤだった。真実を知るため、所長の明神リューズに挑む新右衛門は、衝撃の実験を目の当たりにする。

そして、アジアサーキット決勝戦前日。「ユニット召喚実験」と「チームでの最後の世界挑戦」のどちらを取るかで揺れていた新右衛門を、エスカはディナーに誘う。

エスカと共に、ライブを連れ戻しにリューズラボへと乗り込む新右衛門。新右衛門達の帰りを信じ、独り決勝戦へと臨むマーク。新田新右衛門、最後の戦いが幕を開ける。

リューズは新右衛門をユニット召喚実験に巻き込もうとしていた。エスカはその目論見を阻止し、新右衛門達を大会へと送り届けるため、リューズとファイトする。

「ユニット召喚実験で新右衛門とファイトするのは、リューズではなく自分だ。」と妖しく笑むタツヤ。その真意とは？リューズとライブは、この研究の始まりを想起する。

「亡くなった両親の命を救う」という願望を叶えるため、実験の主導権を賭けてリューズにファイトを挑むタツヤ。彼はリューズすら気付いていない実験の真実を知っていた。

狂気の願望をマルクトメレクの翼にかけるタツヤ。人質にされたクロノを救い、独り戦うマークの元にライブと共に戻るため、新右衛門はタツヤとの最終決戦に臨む。

タツヤの目論見通り召喚されるタツヤと新右衛門のユニット達。護るべきは世界か、命か、それとも……。圧倒的な力を持つユニット達を前に、新右衛門が選ぶ“未来”とは！？

あの弓張月の夜の無念から10年もの月日が流れた。幼かったミサキも大学生になり、新右衛門はカードキャピタルの店長「シンさん」として親しまれていた。

予想外の再会から、10年の時を超えて「シンさん」は、「新右衛門」としてファイトすることに。新右衛門の新しい未来を導くための戦いが始まる。

2つの時代を跨ぐ新右衛門の物語……は完結したはずだが、並び映るのは新右衛門とシンの2人！？新右衛門とシンの2人は2つの時代の日常を、それぞれ振り返っていく。