大正が15年では終わらず、さらに10年の月日を重ねた日本。没落の一途を辿る華族・久世家の長女ツグミは家を救うため、望まない許婿との結婚を決意する。だがそれに猛反対した弟のヒタキは自室に閉じこもり、自殺を図ってしまう。まさかの行動に自分を責めるツグミ。だが彼女の前に「帝国図書情報資産管理局」を名乗る男2人が現れて、衝撃の事実を告げる。弟の自殺は本が原因であると……。

作者の強い情念が籠り、時には読んだ者を死に追いやる力を持つ本。それらは「稀モノ」と呼ばれ、「帝国図書情報資産管理局」通称・フクロウが収集・保護を行っていた。弟の事件をきっかけに、稀モノのアウラを見分ける力を持ったツグミは、フクロウで働くことを決める。だがそこに待ち受けていたのは、口が悪いが正義感の強い尾崎隼人、人との馴れ合いを嫌う鴻上 滉、オッドアイを持つ星川翡翠など、個性的なメンバーたちだった。

自分の力で多くの人を救うことができると実感したツグミは、フクロウのメンバーとも打ち解けはじめていた。だが仕事終わりに隼人たちと食事を楽しんでいると外から人の争う声が聞こえる。市民から本を略奪しその場で燃やす「カグツチ」と呼ばれる一団が現れたのだ。大切な本を燃やされた被害者の鷺澤累にこの騒動を解決してほしいと頼まれる。彼によると首相の息子が自殺未遂事件を起こしたことで奇妙な本の噂が広まっているという。

仕事も少しずつ慣れてきたツグミはある日、首相の息子である鵜飼昌吾と出会う。稀モノが原因で自殺未遂を起こした彼はその傷を癒すため、フクロウで共同生活をすることに。わがままし放題の昌吾に頭を悩ませるツグミ。そんな中、稀モノによる政治家の飛び降り自殺が発生。その陰には意図的に稀モノを作成し闇オークションを開催する「カラス」の存在があった。その取引が行われるパーティーへ昌吾と潜入することになったツグミは……。

ウエノ公園の雑木林で女性の変死体が発見される。被害者の口にはライラックの花が詰め込まれており、傍らには紫鶴の本「ライラック恋夜」が無造作に置かれていた。ツグミはその手口が、自殺した作家・森恒犀鳥の小説「煉獄島殺人事件」に酷似していることを知る。ツグミの前に現れた笹乞は、かつて師弟関係だった森恒と紫鶴の過去を語り出し、とある憶測を伝える。「森恒先生は本当は汀に殺されたんじゃないか」と……。

ツグミと翡翠はヨコハマの遊女が書いた本の存在を掴むものの、すでに誰かの手に渡ってしまっていた。行方不明である母親について書かれているのではないかと考える翡翠は、本が気になり浮かない表情をみせる。翡翠の出生の秘密を知ったツグミは、何とかして本を読ませたいと考える。本は「ナハティガル」のオーナーの妻・四木沼薔子が手にしたと知り、彼女の元を訪ねることになるが……。

滉と映画を観ることになったツグミ。滉の新たな一面が垣間見られ、楽しいひとときを過ごす。そんな中、軍縮に反対する一派による貴族院議員の殺害が横行。稀モノを利用して、自殺に見せかけていたのだ。ツグミはカラスの首謀者と思われる四木沼 喬から、仲間にならないかと誘われる。さらに四木沼はフクロウしか知らない機密情報を掴んでいることを明かして、フクロウに裏切り者がいることを示唆する。

カラスのスパイであることを告白した滉はそのままフクロウを去ってしまう。信頼していた滉の突然の裏切りにメンバーたちは動揺を隠せない。フクロウを抜け出した滉は四木沼のもとへ向かい、ツグミを脅迫したことに対して怒りを露わにする。一方、ツグミは研究部の隠 由鷹から稀モノについての新たな情報を耳にする。実は本だけではなく、原稿や手紙も稀モノになる可能性があるというのだ……。

隼人の学生時代の先輩であり、新聞記者として働く葦切拓真は稀モノである手紙を読んでしまったことにより自殺未遂を起こす。カラスや稀モノについて調査を進めていた彼は何者かに狙われてしまったようだ。フクロウは葦切が残した手帳により、ナハティガルの地下で人為的に稀モノを作成していることや、その中心に笹乞が関係していることを知る。笹乞は過去に本を出版しており昌吾も読んだことがあるという。

アパートへ帰る道中、暴漢に合いナハティガルへ連れていかれたツグミ。四木沼に自分の血を継ぐ子供を産んでもらうと告げられ襲われそうになるが、そこにある人物が現れる。一方、偽の稀モノを作成していることを突きとめた累は、カグツチの仲間と共にナハティガルの中へ突入する。そのカグツチに紛れ隼人と翡翠もツグミの捜索を行っていた。そんな中、翡翠は人体実験を行う大学教授の百舌山と対峙する。

自分を認めてほしいと思うあまり、稀モノを作り続けていた笹乞は昌吾の言葉に動かされ泣き崩れる。滉はある事件をきっかけに異母兄弟である四木沼の言いなりとなっていた。しかし、自分には守りたいものがあると気付いた滉は四木沼を捕らえ、自身の枷も解き放つことができた。次々とカラスの追い詰めるフクロウだったが、卑劣な人体実験を行う百舌山の前に累が立ちはだかる。累の両親について話し出した百舌山は、彼に衝撃の事実を告げる。

無事にカラスの一派を捕らえることができたフクロウ。これから平穏な日がはじまると思ったのもつかの間、隠が稀モノを作成していたことが発覚する。それを知らないツグミは隠とヒタキの退院を祝いに久世家へ行くことに。まだ稀モノがあるかもしれないとツグミとヒタキを書庫に誘った隠は、そこで自分の過去、そして稀モノの影響を受けた朱鷺宮の夫、隼人の妹、そしてヒタキの事件について語り始める……。