転校先の高校で浮いた存在になってしまった穂村すず子は、人気のカードゲーム・WIXOSS（ウィクロス）をクラスメイトがプレイしている光景を眺めていた。ゲームを覚えれば友達ができるかもしれないと、彼女はすがるような思いでカードデッキを購入する。だが、購入したカードの１枚を手にした瞬間、描かれた少女が突然、声を発して動きはじめた。少女はすず子を“セレクター”と呼び、記憶を金色のコインに変えてしまう――。

セレクターとして選ばれた森川千夏は自身のルリグであるメルとともに、WIXOSSの戦略を研究しながらバトルを続けていた。だが、頑なに人の心を操る“コインベット”を使わず敗北を繰り返す中、残りコインはとうとう１枚にまで減ってしまう。少しづつ消えていく親友との大切な記憶、迫りくる理不尽な日常……そんな千夏のもとに、ひとりのセレクターが勝負を挑んできた。『消える』か、奪うか。運命を決する戦いが幕を開ける！

カードショップで声をかけてきたセレクターの青年と戦うことになったすず子だが、彼の圧倒的な強さに翻弄され、みるみる窮地に追いこまれていく。だが、戦いのなかで傷ついていく少女の姿を自身の妹と重ねてしまった青年・鳴海は心を乱し、大きくプレイングを狂わせる。かつてセレクターだった鳴海の妹・あやが辿った戦いの運命、“消える”という言葉の意味……そして、敗者が迎えた最悪の結末とは。今、真実の扉が開いていく。

コインをすべて失った者は人格を消され、ルリグに乗っ取られてしまう。真実を知ったすず子は後輩のセレクター・御影はんなとともに、バトルをブッキングする謎の男“ブックメーカー”こと里見と接触した。だが、3人の前にセレクター・墨田が現れ、里見にバトルをブッキングするよう詰め寄ってくる。「できるだけ弱そうな相手を」というリクエストに応じて選ばれた対戦相手は、すず子の親友・森川千夏だった。

夢にまで見た親友との再会は最悪の形で果たされた。千夏の願いは、セレクターバトルの勝利者に与えられる「自らの記憶を操作する権利」によって、幼いころの記憶を消し去ってしまうこと……すなわち、親友との決別だった。非情な友の言葉に打ちのめされるすず子だが、そんな彼女に追い討ちをかけるかのように、新たなバトルが通知される。戦いをためらうすず子に、はんなは問う。「あなたは何のために戦うの？」と――。

言葉巧みにセレクターと接触し、ときには力づくでブックメーカーと契約させる“バイト”に手を染めた千夏は、大人だけでなく、幼い子どもまでターゲットにしていた。勧誘のやり方に嫌悪感をあらわにしながらも、順調に任務をこなす彼女に里見は報酬として、ある情報を伝える。すず子のコインは残り1枚だ、と――。「親友を自らの手で葬る唯一無二のチャンス」とささやかれた少女は、カードを手にかつての友のもとへと向かう。

戦いを勝ち抜いて、親友との思い出を守り抜くと誓ったすず子に戦術を教えるはんな。そんな彼女たちの前に現れた男・白井翔平は“誰も傷つけずに戦いを終わらせる方法”を提案し、自分と組むよう誘いかけた。しかし、2人は「バトルをしなければならない理由がある」と彼の提案を突っぱねる。失意のなか、街をさまよう白井のもとに、中学の同級生である千夏が姿を見せた。彼女は「勝たせてあげる」とバトルに誘うが……。

実力をつけていくすず子、千夏の計略によって戦いを強いられることになった白井、そして“目的”のために積極的なバトルを行うはんな――セレクターたちの戦いは混迷を極めていく。そんななか、対戦相手を明かされないままブックメーカーに召集された鳴海。彼の前に立ちはだかったのはなんと、里見紅自身だった！突然の戦いに困惑するものの、妹が消えてしまった原因が里見にあると知った鳴海は怒りを燃やし、戦いへと挑む！

ブックメーカー・里見のもとで戦いの連鎖を広げていく千夏は、ひとりの少女と戦うことになった。戦いのなかで少女は語る。かつて、願いを抱いた少女たちの戦いがあったこと、数多くのセレクターたちが絶望に飲みこまれていったこと。そして、少女――水嶋清衣もまた、願いを叶えるべく“夢限少女”という存在を目指していたことを。

5枚のコインを手にして戦いから脱却したはんな。だが、同時に失われた記憶を取り戻したことで、弟の死の原因は自分にあったという事実を思い出してしまう。そのころ、千夏に思いを寄せる白井は、彼女を利用する里見と対峙していた。千夏をブックメーカーの“バイト”から解放するために、白井は里見とのセレクターバトルに挑むが……。

願いを叶え絶望した者、志半ばで敗北し“消えて”しまった者、そして数々の悲劇を弄んだ者……願いと想いは交錯し、セレクターたちは決戦の場へと歩みを進める。自らの記憶を守るため、あるいは自分を縛る記憶を捨てるため、すず子と千夏はカードに自らの想いを託し、お互いの力をぶつけあう。戦いの果てに待つものは希望か、絶望か。そして、勝利を手にするのは、はたして――。

戦いを経て、千夏との友情を取り戻したすず子。しかし彼女の前にブックメーカー・里見紅が最後の敵として立ちふさがった。コインベットによって発動する最凶の能力「ジョーカー」が猛威を振るい、すず子は次第に窮地へと追い込まれていく。戦いのなか、里見はリルに囁く……「人間になって、永遠にバトルを楽しもう」と。歪んだ笑みを浮かべる男の誘いにリルが示した答えとは？　セレクターたちの戦いは、ついに決着の時を迎える――！