ロゼたち「セキレイの羽」の一行と共に新たな地、ローランスへと向かっていたスレイたち。道中でハーブの取り引きをした際、盗品を売りつけられそうになり、犯人から脅しをかけられるものの、難なく相手を返り討ちにするロゼ。スレイは商人としての仕事をきっちりとこなすロゼに感心しつつ、夜になると穢れのありようを自分なりに認識し、受け止めることができるようになるためライラたちと鍛錬を続けていた。穢れの塊であり、強大な力を持つ「災禍の顕主」に立ち向かう力を得るために――。そしてスレイたちは商業都市ラストンベルに辿り着き、そこで“語り部”メーヴィンと出会う。

ラストンベルの街で、隠し財産を蓄え、口封じに人々を殺めていた司教を暗殺した、ロゼ率いる暗殺ギルド「風の骨」。スレイがロゼの態度に違和感を覚えながらも彼女と朝食を共にしていると、そこに昨晩スレイを訪ね、なりゆきから酔いつぶれてしまったローランス帝国白皇騎士団・団長のセルゲイが失態の詫びに現れる。そんな中、街の聖堂近くで爆発が発生し、地面が陥没するという事件が起こる。聖堂へ向かったスレイたちは、その陥没の原因が穢れだと確信し、浄化をするべく内部へと向かっていく。

商売仲間だったグレンが、司教等の手に掛かり、もうこの世にはいないと悟り、怒りを覚えたロゼ。その思いに応えるように、天族のデゼルはラストンベルの街にある聖堂を破壊しようとする。ライラたちがデゼルを止めにいく一方、スレイはロゼの元へと向かう。姿は見えないが、聖堂近くで巻き起こる事象をデゼルが引き起こしていると知ったロゼは、強い口調で制止、その声に応え、デゼルはそれに従った。スレイに「どうして聖堂を壊そうとしたのか」と問われたデゼルは、自身の過去、そしてロゼとの出会いを語り始める。

かつて「風の傭兵団」の仲間たちと、育ての親であるブラドを死に追いやったローランスの皇子・コナン。その居場所を突き止めたとの報告を受けたロゼは、コナン皇子に復讐するために旅立つ準備を始める。セルゲイより雨が降り続いたままだと聞き、その理由を探るため、ローランスの首都・ペンドラゴへ向かうと決めたスレイ。デゼルを気に掛ける中、ロゼにペンドラゴへの同行を申し出るもそっけなく断られてしまう。自身がペンドラゴへと向かう中、ミクリオにロゼと彼女に同行するデゼルを追うように頼む。ミクリオはそれを快諾し、エドナと共にロゼの旅の様子をうかがうのだった。

ようやく復讐の相手であるコナン皇子を見つけ出したロゼだが、コナンはすでに憑魔と化していた。ロゼの攻撃をものともせず、人間離れした力でロゼに襲いかかるコナン。二人の戦いにデゼルが加勢すると、ロゼたちがいた塔が一気に崩れ落ちてしまう。スレイによって助けられたものの、コナンを見失ったことで「完全な決着」がつけられなかったとつぶやくロゼ。スレイはロゼが暗殺者であることを「嫌だ」と告げるが、ロゼは「世の中には殺されなきゃいけない奴がいっぱいいる」と語る。そんなロゼに、スレイは「穢れ」について説いていく。

白皇騎士団の誘導で、ローランス皇帝・ドランの屋敷を訪れることとなったスレイたち。ドランはスレイに対し、ローランス皇家に伝わる、世界の穢れと“災厄のはじまり”についての伝承を語り始める。さらにドランは、ハイランドのアリーシャが拘束されたらしいとスレイに伝える。驚くスレイだったが、穢れを一刻も早く止めたいからとペンドラゴへと向かうことを決意。一方、この世の災いの原因が穢れにあるとスレイから教えられたロゼは、穢れを見る方法をデゼルに問い、その後ある商談をスレイに持ちかける。

ロゼと従士契約を結び、ペンドラゴにて、ドラゴンが死してなお残す膨大な穢れを協力して浄化したスレイ。その耳に、レディレイクにいるアリーシャの声が届いた。アリーシャは、レディレイクに現れた竜巻を鎮めるべく、スレイの力を借りたいと呼びかけたのだ。スレイとの交信は途絶えてしまったが、アリーシャは民の救助を第一に、竜巻の進行方向であるシトレへと向かう。無事シトレに到着したアリーシャたちだったが、そこでも憑魔が襲い掛かる。次第に追い込まれる中、泥のような憑魔に飲み込まれそうになった時、天族ザビーダが現れるのだった。

師であるマルトランがバルトロに囚われ、磔にされたとの知らせを受けたアリーシャは、部下を引き連れてレディレイクの街へと侵入する。「誰も死ぬことは許さない」という強い決意を持って、街を疾走するアリーシャ。バルトロの兵に行く手を阻まれても、ひるむことなく進んでいく。一方、レディレイクの方角へと向かう竜巻を追っていたスレイだったが、竜巻は速度を上げ、追いつくことができずにいた。そしてその頃、磔にされたマルトランは声をかけてきたルナールに、「アリーシャはここには来ない」と微笑みながら告げる。

レディレイクへと向かっていた竜巻の中に存在したドラゴンを、仲間たちの力を借りて浄化したスレイ。スレイが受けた穢れの一部を引き受け、そのダメージから長く眠ったままだったアリーシャとロゼも無事に目覚め、この先もスレイの従士として穢れを受けることを決意する。一方その頃、デゼルはサイモンとの戦いを繰り広げていた。サイモンは主である災禍の顕主はもう止められないと語り、世界が終わるとスレイに告げる。サイモンから災禍の顕主の幻影を見せられたスレイは、その圧倒的な力に衝撃を受けても尚、災禍の顕主がいる北の地を目指す決意をする。

災禍の顕主がいるという北を目指すスレイ一行。アリーシャとロゼは、従士としてスレイを支えたいとの思いから、それぞれエドナ、デゼルと共に神依化の練習を続けていた。一方のスレイは、ライラから渡されたもう1冊の「天遺見聞録」を読み進め、北に関する記述を見つける。北の地には世界を構築する力の源泉があり、そこから地脈を通じて世界がつながっているというのだ。しかし、北の地は穢れをまき散らすのに効果的とは言えない。災禍の顕主がなぜそこへ向かったのか、スレイはその考えを読み解こうとする。しかし、目指す北の地から溢れ出した穢れがスレイたちを襲う。

数多くのドラゴンや穢れに道を阻まれながらも、災禍の顕主の元へと辿り着いたスレイたち。しかし、災禍の顕主は世界の中心へ行くとだけ言い残して、スレイたちの前から姿を消してしまう。災禍の顕主を追って北の果ての街・メイルシオにやってきたスレイたちは、そこでノルミン天族のグリモワールに出会う。その街で、スレイは穢れの発祥、そして天族と災禍の顕主について考えることになる。一時の休息後、ここまで同行してくれた仲間たちと別れ、スレイはアリーシャ、ロゼ、そして5人の天族と最後の戦いへと向かっていく。

災禍の顕主を追う途中、ドラゴンの大群に行く手を阻まれたスレイたちに道を作ったのはデゼルだった。デゼルが自らの命を賭してドラゴンたちを蹴散らしたのだ。デゼルの死を無駄にしないために、前に進んでいくスレイは、洞窟内で大量の穢れの流れを目の当たりにし、洞窟の底に災禍の顕主がいることを確信する。一方その頃災禍の顕主は、地下の大空洞で五大神のひとりであるマオテラスと対峙していた。

スレイと災禍の顕主・ヘルダルフとの、最後の戦いが始まった。ヘルダルフの圧倒的な力を感じたスレイは、ミクリオ、ライラ、エドナ、ザビーダの力をまとい、災禍の顕主に挑もうとする。そんなスレイに対し、ヘルダルフは異形の姿へと変貌していく。アリーシャとロゼが協力して穢れに立ち向かい、スレイは地水火風の力を一つに集め、ヘルダルフに全力をぶつける。そして戦いは終わったかに思われたが……。