夢川ゆいは楽しいことやゆめ可愛いものを想像したり夢見ることが大好きな、パパラ宿に住む小学6年生。女の子の憧れであるアイドルテーマパーク「プリパラ」へ行くことを夢見ていたが、パパラ宿にはプリパラがなく、周りの友だちも女の子アイドルには興味がない様子。そんなある日、ゆいはパラ宿のプリパラで大人気のアイドル・真中らぁらと出会う。

開店したてのパパラ宿のプリパラでアイドルデビューの夢をを叶えたゆい。プリパラをもっと活気づけようと意気込むゆいとらぁらだったが、ひょんなことからゆいはプリパラに行けなくなってしまう。悲しむゆいを救うため、らぁらは破天荒な作戦を思い付く。

6月に行われるプリパラの大会に向けて、メイキングドラマを考えるゆい。豊かな想像力のおかげでたくさんの案が思い浮かぶが、どれも決定打とならない。先輩アイドルとしてらぁらも様々なアドバイスをするが、ゆいは自分の世界に入り込んでしまいらぁらは振り回されっぱなし。何とか作り上げたゆいのメイキングドラマとは一体・・・！？

パパラ宿のプリパラはオープンしたてでアイドルやお店も少なく、寂しい雰囲気に包まれていた。ゆいとらぁらが先頭に立ち、盛り上げようと努力するが道は険しい。そんな中、オオサカ・プのプリパラに所属している神アイドルのみれぃがパパラ宿に遊びに来ることになった。2人は慌てて活気あるプリパラに見せようと、あの手この手を使うが・・・。

プリパラを盛り上げるためレッスンに励もうとするゆいとらぁら。早速レッスン室の予約をプニコンに頼むが、プニコンは何もわからない様子。困った二人はパラ宿からやって来たクマに、マネージャーの先輩としてプニコンの指導をお願いする事に。張り切るクマだがプニコンのマネージャー修行は一筋縄ではいかなくて・・・。

プリパラに来てくれる女の子は少しずつ増えてきたものの、まだまだパパラ宿では男プリの方が大人気。どうやったら女の子の心をつかめるのか？そのヒントをつかむために男プリ潜入を決意したゆいとらぁらは、男プリァンクラブのヒツジ隊と一緒に地下トンネルを通って男プリへ。そこで初めてWITHのライブを目の当たりにしたゆいは・・・。

ゆいとらぁらがプリパラの紹介番組を持たせてもらえることになった。プリパラの良い宣伝になると喜ぶ2人にさらに心強い仲間が加わった。それはなんとそふぃ！みれぃに続く神アイドルの来訪をプリパラの集客に繋げるべく、様々な番組企画を用意し待つ2人。ところが当日、2人の前に現れたのはハシビロコウで・・・！？

パパラ宿プリパラの大会の参加資格は、新人のみ与えられることを知ったゆいとらぁら。このままアイドルが増えず、大会が開かれないとなるとパパラ宿のプリパラは閉鎖、同時にらぁらの神アイドル資格も剥奪されてしまうというのだ。アイドルのスカウトにいっそう力を入れる2人は、前から目をつけていた女の子に早速声をかける。

プリパラの噴水広場は未だお店が増えず閑散としていた。そこでアイドルにとって大切な要素である「メイク」にまつわるお店をオープンさせようと、ゆいとらぁらはチアガールのちあこをメイクアップアーティストとしてプリパラに勧誘する。最初は乗り気でなかったちあこだったが、メイクを教えることに少しずつ楽しさを見出していた。ところが気付かぬうちにチアガールのメンバーとは溝ができていて・・・。

ゆいとらぁらは、あと一押しすればにのがアイドルデビューしてくれるのではないかと、今日もスカウトに向かう。一方にのは、2人があらゆる手段を使ってプリパラに自分を勧誘する熱意を尊敬しつつも、アイドルデビューには興味がない様子。そんな時、意外な人物がにのの心を揺さぶって・・・。

にのが出場するソフトボールの試合とアイドルタイムグランプリが重なり、いよいよプリパラの存続が危ぶまれる。なんとかしてにのを出場させたいゆいとらぁらはにのに試合で早く勝ってもらい、大会へ向かってもらおうと手を尽くす。始めは有利に試合を進めるにのだったが、だんだん雲行きが怪しくなる。

にのをアイドルタイムグランプリに出場させるべく、ついにらぁらもソフトボールの試合に参加する。相手チームにペースを崩され、点差が縮まらず焦るにのだが、何とか仲間の救援で逆転のチャンスを迎える。次の打者はにの。にのは試合とアイドルタイムグランプリ、2つの勝利を手にするのか！？

パラ宿のプリパラに遊びに来たゆいとらぁら。ゆいは憧れのパラ宿のみんなと会い大感激。らぁらも久々にみんなと再会し喜び合っていたが、突如メカ姉ぇが現れ、自爆装置のカウントダウンがスタートした！自爆を止めるにはライブでメカ姉ぇを感動させることが必要だが、メカ姉ぇの心の琴線に触れるライブは出来るのだろうか！？

パラ宿を追放され、パパラ宿にやってきたガァルマゲドン。らぁら達が喜んだのも束の間、自由奔放なあろまとみかんのイタズラにアボカド学園は大騒ぎ。パパラ宿の支配を目論むあろまは、肩こりに悩まされる気弱な少女、みちるに手下として小悪魔になるよう契約を持ちかけるが・・・。

みちるを手中におさめたと調子づくあろまにらぁら達は呆れ顔。さらにあろまはみちるをプリパラデビューさせようとあれこれ計画を練っていた。みちるはあろまに逆らえず言いなりになってばかりだが、プリパラには行かないとあろまに伝える決意をする。

プリパラが人気を集めることに焦りを抱き、プリパラに関わる生徒への取り締まりを強化し反感を買うミミ子。ミミ子が唯一信用していたババリアもプリパラを支持するようになってしまったのが取り締まりにさらに拍車をかけたようだ。そんなババリアは孤立を深めるミミ子を心配し、ゆいとらぁらにミミ子救済の相談を持ちかける。

第2回アイドルタイムグランプリを有利に進めることができるグッズをかけ、借り物競争大会がプリパラで開催されることになった。ゆい達はそれぞれ強力な助っ人をつけレースに臨む。しかし各チームに課せられたお題はなかなかハードルの高いもので・・・！？

ゆい達の地道なプリパラの宣伝活動が実を結び、賑わうプリパラタウン。そのおかげで第2回アイドルグランプリも無事に迎えることができ、ゆいは興奮していた。この勢いのままグランプリも制覇したいと意気込むゆいだが、にのやみちるもグランプリに対する思いは熱い。ゆいは無事に二連覇を飾ることができるのか。

第2回アイドルタイムグランプリを大成功におさめたゆい達。ほっと一息つく間もなく、ゆい達はめが姉ぇに旅に出るよう命じられてしまう。話を聞くとどうやらパパラ宿のプリパラの宣伝大使として全国各地に赴き、宣伝活動をして欲しいということらしい。快く引き受け旅立つゆい達だが、最初に到着したプリパラはある問題を抱えていて・・・。

最初の巡業を終え、次に向かった先はポッカイドウ・プラノのプリパラ。らぁら達はアイドルタイムも貯めるべく、プラノのプリパラカフェでお手伝いをすることになった。食の宝庫の名の通り、プラノはご飯がおいしくカフェも大盛況。ユメプリカのおにぎりもあっという間に完売してしまった。ゆいは追加のユメプリカを調達しようとおつかいに向かうが、その途中ショウゴと出くわす。

北の大地に別れを告げたらぁら達。続いて向かうはうどんで有名のパカ松にあるプリパラ、通称『麺パラ』。麺パラでは夏休みの企画として納涼イベントを開催していた。期待に胸を膨らまし麺パラに足を運ぶらぁら達だが、目の前には誰一人いない異様な光景が広がっていた。さらに麺パラはある人物の手中にあり制御不可能なようで・・・

アイドルタイムシステム宣伝の旅の最後の地としてらぁら達に用意されたのはプリの都・プリパリだった！トリコロールと久々の再会を喜び合うゆいとらぁら。らぁら達は憧れのプリパリにもアイドルタイムシステムを導入しようとひびきを勧誘するが、ひびきは条件としてある勝負をらぁら達に持ちかける。

全国の旅からパパラ宿に帰ってきたらぁら達。それと同時にパパラ宿に帰ってきたもう一人の人物がいた――その名は地獄ミミ子。ミミ子は長い長い自分探しの旅で得た多くの経験を生かし、幼少期からの夢を叶えようとする。

プリパラと男プリに憧れる未来のアイドルたちは空き地でプリパラごっこをするのが大好き。ところが男女それぞれが場所を独占しようとして、いつしかケンカの絶えない場所になってしまった。何とか子供たちをなだめ問題を解決しようとするゆい達だが、逆に火に油を注いでしまうことに。この争いをそばから見ていたもう一人の人物がケンカに終止符を打とうとするが・・・。

見たい夢の内容を絵に描き、それを枕の下に入れて寝るとその夢を見ることができるというおまじないを信じ、寝る前にせっせと絵を描くゆい。夢を見ることが大好きなゆいは何枚もの絵を枕の下に入れ、眠りにつく。気が付くと自分の夢の中にいたゆいは、夢の旅の中で不思議な体験をする。

あろまに逆らえず、都合よく利用されているみちる。そんな自分に嫌気がさし、みちるはあろまの言いなりにならないと心に決めるが、勇気が出ずなかなか自分の気持ちを伝えられない。見かねたゆいは、みちるにミーチルとの交換日記を勧め、みちるは日記でミーチルに悩みを打ち明ける。返ってきたミーチルのアドバイスとは一体・・・

突如現れた謎のセレブアイドル、華園しゅうか。しゅうかは自分の印象を上げるための労力を惜しまない努力家。しかし一方で、時間もお金も無駄にしない超現実主義者でもあった。特に、お金への執着は人一倍強く、らぁらとゆいも彼女の言動と驚きの行動に圧倒され気味。さらにしゅうかはパパラ宿のナンバーワンアイドルになることを公言する。

ファララにチーム結成を勧められたゆいは第3回グランプリにチームで出場することを目標に、にのとみちるとのチーム結成への準備を進めていた。そんな中、パパラ宿のプリパラはビッグスターが訪れるという話で賑わっていた。みんなビッグスターに早く会いたいと興奮気味。一方で、みんなと同じようにビッグスターの来訪を心待ちにしていたもう一人のアイドルがいて・・・

迎えた第3回アイドルタイムグランプリ当日。パパラ宿のナンバーワンアイドルになると高らかに宣言したしゅうかはミミ子を味方につけ、地獄のレッスンを積み重ねていた。実力で優位に立つしゅうかに負けじとゆい・にの・ミーチルも精一杯練習する。果たしてゆい達はしゅうかに勝って優勝することができるのだろうか。

プリパラ恒例のハロウィンイベントがパパラ宿でも開催されることになった。アイドル達が大勢集まるのをいいことに、このイベントに目をつけたガァララはパックにアイドル達の夢を食べさせようと計画する。パックはガァララに従い、みんなの夢を次から次へと食べていく。そしてゆい達もガァララとパックの標的にされてしまい・・・

突然ファララがステージに降臨し、歌う――ゆい達はあまりに急な出来事に事態を飲み込めずにいた。それでも初めて見るファララのライブに感動せずにはいられないゆい達。興奮から冷め切らないゆい達に、ファララは誰にも話さなかったガァララとの関係を話し始める。

男プリとの合同ライブが決定し、ゆい達は意気込んでいた。ファララを目覚めさせるためにはライブの力が必要不可欠だからだ。合同ライブではライブの他に出店もすることができるため、ゆい達は出店に来るお客さんたちに精一杯おもてなしをしようとするが、またガァララとパックの標的にされ、お店はトラブルだらけ。ライブへの集客も危ぶまれたその時、ゆいはあることを思いつく。

にのとミーチルとのチーム結成を夢見て、チームへの勧誘を続けるゆいだが、なかなか結成にこぎつけずにいた。相変わらずミーチルはチームへの加入を頑なに拒み続け、みちるからの説得にも耳を貸そうとしない。そんな思わしくない状況にさらに拍車をかけるように、にのからもチーム加入を断られてしまう。どうやらにのはチームに加入出来ない理由があるようで・・・

パックに食べられた夢が集められている場所を突き止めたにの。みんなの夢を取り戻そうと謎の時計塔をめざし、ゆい達は薄暗い不気味な森の中へ入っていく。しかしガァララとパックはゆい達を侵入させまいと、あれこれ邪魔をし行く手を阻む。

ファララを目覚めさせるもう一つの重要な要素、夢。しかし、みちるは夢を思い出せずにいた。このままだとゆいとのチームに加入できないうえに、ファララを助ける力にもなれないとみちるは落ち込む。一方、ミーチルはみちるの夢のヒントを握っているようで・・・

チーム結成を果たしたのもつかの間、時のコーデが揃う第4回グランプリの開催はもう目の前に迫っていた。チームの結束を強くさせようと、プリパラ内で特訓合宿を行うことにしたゆい達。「やることリスト」を作成し特訓に励むゆい達だが、個性が強すぎるために衝突とすれ違いが絶えない。ゆいの想像力も爆発し、ますます収拾がつかない事態に――！？

優勝者に与えられる最後の時のコーデの獲得をかけて第4回グランプリが開催となった。しゅうかは改めてゆい達に実力の差を示そうと気迫のライブを披露し、前回王者の格を見せつける。一方ゆい達は特訓合宿の成果を糧に、打倒しゅうかに燃える。しかし、ゆい達はグランプリになぜかエントリーできない事態に陥っていた。

グランプリ開催のおかげで、アイドル達の夢の力がさらに強まった。ファララも夢の力で長時間起きていられるようになり、みんなとの時間を楽しんでいた。そしてゆい達は改めてファララとガァララの問題に向き合い、二人が幸せになれる方法を考える。一体、解決の鍵を握るものとは・・・

一年の締めくくりに、アボカド学園では大掃除が行われていた。掃除なら私に任せて、と大神田ファミリーも大集合し生徒たちにハッパをかける。ゆい達も掃除に励んでいたが、その最中古いサングラスを見つける。どうやらこのサングラスがファララとガァララの問題解決の重要なアイテムのようだが・・・

崩壊したパラ宿のプリパラが元の姿に戻ったと聞き、ゆい達は再びパラ宿に遊びに行くことに。早速ライブをしようとするが、今日に限り「アイドルプルトラクイズ大会」で優勝しないとライブはできないシステムになっていた。パラ宿でのライブデビューを夢にゆい達はクイズ大会に臨むが、パラ宿のアイドル達との賑やかなクイズ大会はハチャメチャな展開に・・・！

しゅうかとガァララ。二人はいつしかお互いが大切な存在になっていた。そして迎えたガァララデビューの日。しゅうかは感謝の気持ちを込めガァララにステージ衣装をプレゼントする。しかしポワンは不安な面持ちでガァララのライブを見つめていた。

すれ違ってしまったしゅうかとガァララを心配するゆい達。ゆい達はなんとか仲直りして欲しいと説得するが、どれもしゅうかには響かない様子。ガァララも現実を受け入れようとする一方で寂しさもあり、自分の気持ちが分からず戸惑う。二人とも不器用なので、お互いなかなか歩み寄れない。そこに思いもよらぬ救世主が現れ――！？

自分にとっての試練を乗り越えることが、ファララとガァララ救出のヒントに繋がると分かったゆい達。にのは最大の目標であるシオンの元へ一目散に向かう。今回こそはと打倒シオンに燃えるがシオンはにのの勢いを物ともしない。一方チュッペもにのに負けじと最大の壁・ネコ姐さんに勝負を持ちかける。

あろまが学校のテストで赤点を取ってしまった。追試で合格点を取らないとパパラ宿追放の危機にさらされるという。そんなニュースを聞いたみちるは、自分があろま達より年上である利点を生かし勉強を教えてあげようとする。しかし、あろまは意地を張ってみちるの言うことを一向に聞かないが、それでもみちるはあろまを超えるためにあろまに向き合う。

アイドルタイムシステムを解除するために必要な昼のコーデをかけて、ゆいとしゅうかはライブ対決をすることに。親友のガァララを救いたい気持ちが強いしゅうかは一心不乱にレッスンに励むが、一方のゆいは相変わらずでお気楽な様子。見かねたショウゴがゆいの目を覚まそうとゆいに喝を入れるが・・・

時をさかのぼれるコーデを手に入れたゆい達は、その力を使い古代プリパラへと向かう。古代プリパラは荒れ地と化していたが、ゆい達はファララとガァララの問題を解決する力を持つジュエルを懸命に探し始める。一方で、パックは眠ってしまったガァララを救えるのは自分一人しかいないと、ガァララの元へ向かっており・・・

みんなと仲良くするガァララの様子が気に食わず、孤独感を強めるパック。自分の大好きなガァララがみんなに取られてしまうのではないかと不安が大きくなり、ついに不満が爆発してしまう。寂しさと憎しみで巨大化し制御不能に陥ってしまったパックがプリパラタウンを襲う。

巨大化したパックからプリパラタウンを守ろうと、先頭に立ってパックと向き合うらぁら。しかし、相討ちに終わってしまう。ゆい達もらぁらの姿に刺激を受け、負けじとライブの力でプリパラタウンを救おうとする。他のアイドル達も次々と駆け付け、ゆい達に協力するがパックの悲しみは想像以上に深く・・・

パックの大きな悲しみをなかなか取り除くことが出来ないゆい達。良い方法が見つからず困惑する一同の前に、ジュリィとジャニスが空から舞い降りてきた！ジュリィとジャニスはパックの悲しみに迫るための強力なヒントをゆい達に告げるが、実行するには非常にハードルが高い手段だった。しかし、果敢に挑戦しようとするアイドルがいて・・・

パックの中に突入するゆい達。しかしパックの中はアイドル達の負の感情で埋め尽くされていた。一方、眠り続けるらぁらは夢の中でパックとアイドル達の悲しみを溶かすために闘っていた。アイドル達の本来の夢を取り戻し、パックの悲しみを溶かすべく、ゆい達はライブの力を信じてもう一度マイクを握る。

神アイドルとしてパパラ宿のプリパラに派遣されていたらぁらは、その使命を終えてパパラ宿を離れることに。しかし、ゆいはらぁらとの別れがつらく、どうにかしてらぁらを引き留めようとして・・・