毎日繰り返される日常生活のどこかに、不可思議な世界への入り口がある。これは「Y」の始まりの物語。ある日、寺刃ジンペイのクラスに転校生がやってきた。彼の名は小間サン太夫。二人は好きなアニメの話をきっかけにすぐに意気投合。すっかり打ち解けたジンペイは、コマに恋の悩みを相談する。なんでも、駅のホームで見かける女子高生に、なぜかドキドキしてしまうのだという。コマに協力してもらい、彼女に告白することを決意したジンペイ。次の日の放課後、声をかけるために彼女の後を追うが、何やら怪しい男が後をつけていることに気づき…

憧れの「Y学園」に入学し、中学生になった玉田マタロウは、「YSPクラブ」に所属するジンペイたちと出会い、ドタバタながらも楽しい毎日を送っていた。ところがある日、突如巨大なサラリーマンが学園内に出現！彼は学園七不思議に認定されている“巨大サラリーマン宮沢さん”で、女子更衣室を巨大な顔で覗く変態…というウワサもあるらしい。さっそく不思議解明ミッションを開始しようとするジンペイたちだが、その様子を姫川フブキのクラスメイト・アカネが部室の外からうかがっていた。

姫川フブキは、YSPクラブの紅一点。クラブのマドンナとして今日も可憐にステキな朝を迎えるが、宿舎の玄関で犬のウンチを踏んでしまった！？…と思ったら、フブキはベッドで目を覚ます。「さっきのは夢か！」と安心するが、さっきの夢と同じ体験をまた繰り返してしまう。「予知夢だった？」と考えたフブキは、今度はウンチを回避したものの、忘れものをしたマタロウにぶつかり、別のウンチを踏んでしまう。すると次の瞬間またベッドで目覚める。ウンチを踏むと、同じ朝に戻ってしまう…。フブキはこのままウンチを踏み続ける運命なのか！？

普段紳士的なサッカー部のエース・坂田ハヤトが突然ゲスいプレーを始めたり、史上最年少でプロ棋士となった謙虚な桂馬アユムが「得意な攻め方」を取材で聞かれ、「（男の）金をつぶすこと！」とゲスい行動をして周りをドン引きさせたり…明らかに変。マタロウは、学園七不思議案件のひとつ「ゲスノート」のせいではないかと疑う。ゲスノートに名前を書かれた人間は“ゲス”い行動をとるようになるらしい。そうとなれば、YSPクラブの出番！ジンペイたちは、ゲスノートが最初に出現したといわれている図書館へ行ってみることに。

学園長の娘・大王路エマのために、学園七不思議案件のひとつ「未来を予知するチョコレート」こと、「フォーチュンビターブラック」を手に入れることになったジンペイたち。学園内にあるチャ・リイの「チョコレートファクトリー」から続く大行列に並び、やっとの思いでフォーチュンビターブラックをゲットしたのだが、「予約していた」という先輩の九尾リュウスケに取られてしまう。九尾がひとつ味見してみると、中から「汝、麗しき桃の果実にドビューン！風に頬をなでられチーン！」という紙が。すると突然九尾が浮き、ものすごい勢いでどこかへ飛ばされていってしまった！？

ある日偶然知り合った映画部の監督・留科巣ジョージを訪ねて、ジンぺイたちが映画部へやってきたところ、部室がなんだか慌ただしい。どうやら、森で撮影した映像に、やたらと見知らぬゾンビが写り込んでいたという。そのゾンビを見て留科巣は学園七不思議案件のひとつ「映りたがりの友道くん」を思い出す。友道くんが写り込んだ映画は呪われるという噂があり、今回の映画も、主役俳優がつぎつぎと辞めてしまうという事態が起こっていた。そこで突如マタロウが主役に抜擢され、撮影を続行するが、そこに友道くんが現れて…。

次々と学園七不思議を解明してきたジンペイたち。最後のひとつは、「トイレの花子さん」だ。早速、居場所を調べていたところ、ひとりでトイレに行ったマタロウの悲鳴が響き渡る！ジンペイたちが男子トイレに駆けつけると、マタロウが便器の中から出てきた竜巻に吸い込まれてしまった？！花子さんの仕業だと考えたジンペイたちは、花子さんがいるという古い校舎へ続く道を進んでいく。すると、大きな門が出現し、「ようこそ、モラシタ・ラ・ダメリアへ」という声が聞こえてきて…。

ジンペイたちYSPクラブが、近頃の活躍でクラブ支持率第1位にランクアップ！それを聞いた生徒会長・霧隠ラントは、目障りだと思う一方で、ジンペイたちがヒーローに変身して怨霊を撃退していると知り、興味を抱く。その頃、ジンペイたちは、Y学園最大級の謎「Yサークル」に挑もうとしていた。それは学園の建設中に突如出現した、謎の建物。取り壊そうとしても頑丈すぎて壊せなかったらしい。Yサークルについて1年以上前から調べ続けてきたラントは、ジンペイたちの動きを知り、後を追うが…。ラントの目的とは一体？

中間テストで赤点を取ったジンペイとコマとマタロウ。3人は脱出不可能と言われる再教育施設「アカテントラズ収容所」に入れられることに！収容所で出会った田町トオルの話によると、最近すごく厳しいスパルタ教師たちがやってきて、生徒がみんな補習から帰ってこないらしい。早速、補習を受けさせられるジンペイたちだったが、肝心の補習は、なぜかすべて体を鍛えるトレーニングだった。不信感を抱いた3人は、以前から脱走計画を練っていた先輩の久留瀬イクトと一緒に脱出作戦を目論むが、一筋縄ではいかないようで…！？

Yタイムズ編集部の徳田ネナが、学園の敷地で乱暴をはたらく謎の人物「透明ヤンキー黒沢」について、YSPクラブへ相談にやってきた。するとコマが、透明ヤンキーが横転させたというトラックが写った写真の中に、女の子と一緒に人気タピオカ店に並んでいるメラを発見。まさか彼女!?さっそく現場に向かうが、メラは大慌てで子分の怨霊・獅子黒カズマとその場を去ってしまう。もしかして事件は獅子黒の仕業…？とはいえ、メラ達が悪いことをするとは信じられないジンペイは、話を聞きに行くことに。そこでメラは、獅子黒との出会いを語りだす。

メテオ騒動でダメージを負った巨大ロボ「超校合体・ガッコウガーY」の修理がやっと完了。その試験運転を、学園長はジンペイたちYSPクラブの５人に任せるという。ガッコウガーYは学園の最重要機密事項で、秘密裏に試験運転を行うため、早朝の５時から開始されることになった。そんな秘密の話を盗み聞きしていた巨大ロボ研究クラブの部長・清田テツは、ガッコウガーYへの愛を訴え、操縦士の座を譲ってほしいと学園長に詰め寄るが、断られてしまう。試験運転の日の朝、どうしても諦めきれないテツは・・・。

未来科学クラブがパワードスーツ「PD700Rカスタム」を開発したと知り、メカ好きのフブキをはじめYSPクラブの面々は早速見に行くことに！部長・阿波戸タツヒトが試運転をする話になっていたが、突如パワードスーツが勝手に動き出す！しかもオートパイロットプログラムが暴走し、部室の壁を壊し外へ飛び出してしまった！暴走を止めるため、タツヒトはPD700Rカスタムを破壊しようとするが、フブキは「この子には罪はない！」と、スーツを連れて逃げてしまう。ジンペイたちは、部室にあった別のパワードスーツを着てフブキたちを追いかけるのだが・・・。

娘のエマに見つかることを恐れ、学園長はアイドルのお色気写真集を捨てることにする。しかし、どんなに遠くに捨ててもなぜか手元に戻ってきてしまい…大王路キンヤ史上・最大のピンチ！？困った学園長は、YSPクラブの男性陣に相談して、様々な場所に捨ててきてもらうのだが、やっぱり写真集は戻って来る。困り果てたジンペイたちは、「焼却炉マウンテン」の頂上にある、どんなものでも絶対に消滅させるという「絶対焼却炉ゴッドホールYGH99」に捨てに行くことを試みるが…。男と男の絆が試されるミッションが今、始まる！

新入生のクラブ勧誘イベント「YYセレクションフェスティバル」が開催。いろんなクラブを見て回るジンペイたちは、新作VRゲームのテストプレイができるゲーム研究会の部室にやってきた。部長のホリコシUGに出迎えられ、ジンペイたちは早速ゲームの中にログイン！すっかりテストプレイを楽しんだジンペイたちが外へ出ると、突如警報が鳴り響く。なんと、先ほどのゲームに出てきた強敵キャラ「ダークアサシン」がリアルな世界に出現して、生徒を襲い始めてしまった！？

「YYセレクションフェスティバル」を見て回るジンペイたちのもとに大きな歓声が聞こえてきた。どうやらクイズ研究クラブ主催の「Y学園に関するクイズ大会」が開催されるらしい。賞金100万円と聞いたYSPクラブの面々は、賞金の使い道を妄想しながら、大会に参加することに！クイズに正解し、どんどん次のステージへ進んでいくジンペイたちだったが、同じく生徒会長・霧隠ラントも勝ち進んでいた。クイズ大会も終盤に差し掛かり盛り上がる中、発表されたクイズのテーマは…なんとYSPウォッチ！YSPウォッチの秘密が、今明かされてしまう！？

トワイライト７のメダルを全て揃えたジンペイたちは、えんら先生の指示で、次なるYサークルを目指すことに。その頃、Y研には風紀委員が突然やってきて、学校に許可なく危険な実験を行った罪「校内危険行為法違反」により、雲池クマ子をはじめとするY研のメンバー全員を隔離謹慎処分にすると言い出していた。窮地に立たされたクマ子は…。

最近コマの様子が何かおかしい。ジンペイたちが図書館へ向かうコマの後をつけてみると、コマの隣に美少女が！どうやら、偶然図書館で出会った大空サオリに一目惚れしたらしい。ジンペイたちは、コマの告白作戦を成功させるため、ちょうどYSPクラブに相談に来た生徒をマタロウに押し付け、告白の達人・九尾のもとに向かう。一方、取り残されたマタロウは、仕方なく生徒の相談に乗ることに…。話によると、最近学園内で生徒失踪事件が起こっているらしく、親友も姿を消してしまったという。マタロウは事件解決のため、ひとり調査に乗り出す！

商品の取り合いをし、店内をめちゃくちゃにしてしまったジンペイたちは、罰としてYマートでアルバイトをすることに。働いていると、次から次へと変なお客さんばかりがやってきて、何かおかしい！店長の黒田鬼一に事情を聞いてみると、先代の店長であった父親が亡くなって以降、こんな状態が続いているという。ジンペイたちが調査に乗り出すと、なぜか監視カメラからの映像が動画サイトにアップされているのを発見。あやしんだフブキが、いろいろな道具を使って監視カメラを取り外そうとするが、不思議な力ではじかれてしまい…！？

ジンペイたちは、ESPクラブの外楽ユウリがカード透視のショーをしているところに出くわす。名前が似ているということで、ESPとYSPを混同するジンペイ。ユウリも「クラブ名が似すぎているのが気持ち悪い」と思っていたようで、なんと超能力バトルで負けたほうがクラブ名を変更するという勝負を挑んできた！その勝負を受けてたったジンペイだが、超能力が使えるはずもなく、YSPクラブにとってかなり不利な勝負に…。しかし、フブキのアイディア で、ユウリには見えないバケーラたちを使って対抗することに。勝負の行方は…！？

ある日、えんら先生に呼び出されたジンペイたち。なにやら見てほしい映像があるらしく、その映像を見てみると、今まで戦ってきた怨霊たちの映像の中に、なぜかいつも国語教師の臼見沢が映り込んでいることに気づく。怨霊を狂暴化させていたのは、まさか臼見沢先生！？ジンペイたちは、さっそく臼見沢の尾行を始めるが、人助けばかりしていて怪しい様子はなさそうだ。しかしある日、ラントが誰もいない美術室へ入っていく怪しげな臼見沢を目撃。しばらく美術室のほうを見張っていると、なんと、ある人物が美術室から出てきて…！？

最近毎日変な夢を見るというエマが、ジンペイたちYSPクラブへ相談しにやってきた。その夢には毎回、赤い服を着た金髪のツンツンヘアの男性が現れて、「目覚めよ…時が満ちようとしている」と語りかけてくるという。同じ人が何度も夢に出てくるのは、前世でつながりがあったから？…ということで、エマとジンペイたちは、前世的中率100％で話題となっている新設クラブ「ゼンゼン前世解明部」を訪ねてみることに。「ゼンゼン前世シアター」という装置で、まずはマタロウの前世を映画のように観賞することになったが、そこに映ったのは…？

Yチューバーデビューをすることにしたジンペイ。どうすれば人気動画が撮れるようになるのかを教えてもらうため、YSPクラブのメンバーは、人気Yチューバーのヨコキンを訪ねた。さっそくヨコキンは、動画に撮りながら人気Yチューバーになる方法をジンペイに教える。そこでネタにされ面白くないジンペイだが、動画の再生数は数万超え！ そんな中、ヨコキンがY学園のHPリニューアル記念に動画を作ってほしいとえんら先生から直接頼まれたと知り、自分もやる！と言い出すジンペイ。 昼寝以外は寝ずに考えた、人気動画を撮る秘策とは？！

不正をこじつけて特定の部を廃部させる風紀委員会。彼らは学園ポリスを使って半ば強制的にターゲットの部を廃部に追い込み、生徒会以上の地位を確立しつつある。そんな風紀委員会と均衡を保てる力を手にするため、霧隠ラントは学園を裏で牛耳る学園マフィアを味方につけることに！組織のボス「ノーズ」と接触するため、以前学園マフィアに付き従っていたメラを訪れる。ノーズは誰かの味方に付くような奴ではないとメラは言うが…。ラントとYSPクラブのメンバーは、学園マフィアの根城「体育倉庫ソシアルクラブ」へ向かう！

バイパーコネクターを使った変身で現れた「スカイスネーカー」が、ジンペイたちに襲いかかる。ギターのような武器を構え、弦をヘビーに弾くと、その波動でジンペイは吹き飛ばされてしまった！「ブルームーン」に変身しても、思うように近づけず、変身を解かれてしまったジンペイは生身でスカイスネーカーを相手することに。 戦いの末に話を聞くことになった蛇山チアキは、ラントが学園マフィアを味方にしたい理由は「宇宙からの侵略者たちと戦うため」と言うと、ハッとして胸倉につかみかかる。チアキの過去には一体何が…？

ナユが異星人に憑依されている確固たる証拠がほしいラントとジンペイたちは、ナユの動向を徹底的に偵察することに。しかし、ナユはまったくおかしな様子を見せない。それどころか、服屋でワンピースを試着したり、草原で四葉のクローバーを探したり…と、乙女すぎるほど乙女だ。異星人に体を乗っ取られていたら、別人のように変わった時期があるに違いない…そう考えたラントたちは、全生徒のデータを管理する学園のサーバーをハッキングしてもらうため、「正義のハッカー研究会」を訪ねる。だが、部室にはギャルしかいなくて…？！

Y学園に美少女の転校生がやってきた！彼女の名前は七雲クウカ。2年生のラントのクラスに転入してきたのだった。その美貌は瞬く間に学園中で話題となり、クウカを見ようと大勢の生徒が教室をのぞきに殺到するほど。登校中の突然の出会いからクウカにメロメロのマタロウが、ジンペイの後押しで学校案内役をしようとするものの、結果あっけなく撃沈。そしてなぜかクウカは、ラントに学校案内を頼むのだった。どういうわけかラントに興味がある様子のクウカ…はたして彼女の正体とは？そしてクウカに目を付けている風紀委員会の考えは一体？

部長の雲池クマ子の退学処分以降、Y研は風紀委員会によって廃部に追い込まれてしまった。そんなY研の部員だった博野ハルキが、マタロウの特撮ヒーロー同好会に入部することに。お互いに好きなヒーローが同じで、さっそく意気投合する二人。するとマタロウは、YSP基準を満たしていない自分のような生徒でもヒーローになれる変身ウォッチを作ろうと提案するが、ハルキは頑なに拒否する。そこへクウカがやってきて、マタロウが憧れる「シャイニングボーイ」に変身できるウォッチが作れると言い出すのだが…。

Y学園は明日から夏休み！寮に残っているのはジンペイ、コマ、マタロウの3人だけだったが、ジンペイはキャンプに行こう！と言い出す。それを偶然聞いていたクウカも、キャンプ場で未確認飛行物体が確認されたと聞いたラントも参加し、5人は学内のわいわいキャンプエリアへ向かうことにする。YSPクラブの面々を目障りに思っているナユはそれを知り、キャンプ場内の危険な場所でジンペイたちに「うっかり」命を落としてもらおうと企む。まずは風紀委員のシノブに、料理に激辛スパイスを混ぜて来いと命じるのだが…。

ジンペイたちは今日もキャンプの真っ最中！だが世間は、Y学園の動物園から、人気のゴリラ「モヒカン五郎」が脱走したというニュースで朝から大騒ぎだった。わいわいキャンプエリア方面に逃走したとの情報がある中、そんなことはつゆ知らず、ジンペイたちは牛肉ステーキの旨みを超える、伝説の巨大キノコを探していた。キノコ捜索班と調理用の薪を調達する班と、二手に分かれて行動することになり、クウカはラントと一緒に薪探しへ。ラントに自分の正体を伝えたいクウカにとっては、せっかくのチャンスだったのだが…？

夏休みに入り、九尾は実家へ帰省することに。雑誌のモデルとして活躍しながらも文武両道で、財閥の御曹司だという噂もある九尾を待っていたのは、家柄を重んじてプレッシャーをかけてくる父、教育と託つけて子どもを束縛する母、ケンカ腰で嫌味を言ってくる兄・・・。相変わらずの家族と接して違和感を覚えた九尾だったが、かわいがっているオウムのステファニーに出迎えられて、その違和感は確信に変わる。そして、どんどん家族の態度がおかしくなって・・・？！

夏休み最終日。みんなで夏休みの宿題を片付けていると、帰省しないコマを心配したコマの母ちゃんがY学園を訪ねてきた。やさしそうなコマ母ちゃんをもてなすため、ジンペイたちは学園を案内しようとするが、ゴミをポイ捨てした生徒を見た母ちゃんは鬼の形相で大激怒！　コマ母ちゃんを怒らせないよう注意することにしたジンペイたちだが、コマが落語の稽古をしていないことを知った母ちゃんは、いますぐコマを退学させて家に帰らせようとする。コマはY学園での生活を死守できるのか？

新学期。学園の各所で銀色の宇宙人らしき者の目撃情報が相次ぎ、ジンペイたちYSPクラブは捜査を開始。ジンペイたちが情報のあったYマートに聞き込みに行くと、なぜか雑誌だけがすべて盗まれたとの証言が。さらに九尾はえんら先生の秘蔵写真集を、学園長は本棚の本を盗られたという。そのころ、生徒会も学園内の監視カメラを分析。宇宙人が本格的に動き出したことを悟ったラントたちは、学園マフィアと共に行動を開始するのだった。銀色の小さな宇宙人の正体とは！？

ナユの体は何者かに遠隔操作されているという仮説を立てたクウカ。その説が当たっていれば、電波を辿って真の敵の正体を突き止められるかもしれない！　そのためには、Y研の再結成が不可欠だという。一方、乾タカヒコという生徒から「夜中に部屋を荒らされた」という相談を受けたジンペイたち。「満月だったので狼男のしわざかも？」と話をしていると、モグモグ月見バーガーを片手にフブキがやってくる。バーガーに挟まったまんまるの目玉焼きを見たタカヒコは、様子がおかしくなって・・・。

パワーアップできる新兵器を作ってもらおうと、Y研に相談しに来たジンペイたち。するとクウカが新型のYSPウォッチ「URウォッチ」の存在を明かすが、まだ開発中だという。代わりに、学園内に潜む宇宙人を見つけ出せる装置「Nビーコン」を試してみてほしいと、クウカはジンペイとラントたちにそれを託す。さっそく全生徒が通過する校門前と本校舎前にNビーコンを設置し、様子を見るシンペイたち。ところが、数日経ってもまったく反応がない。そんななか、マタロウがひらめいて・・・？！　はたして、ナユを操る宇宙人をあぶり出すことはできるのか？

天見エルナこと侵略魔少女エルゼメキアが、新たな風紀委員長に就任してしまった。一方、エルゼメキア、宇宙傭兵ドーベルの異次元の強さを目の当たりにしたジンペイたちは、それに対抗し得る新たな戦力を求めて、砂漠エリアにある第3のYサークルを目指す。しかし、ジンペイたちは水も持たずに出てきてしまい、生徒会に応援物資を持ってきてほしいとお願いするのだった。ラントに頼まれて砂漠への出発準備を進める生徒会メンバーたちだったが・・・。

穏やかな日常を過ごすジンペイたち。でも、何か大切なことを忘れている気がして、胸がモヤモヤする。そんななかジンペイが、「思い出して・・・あなたたちのやるべきことを・・・」と夢の中で謎の少女が呼びかけてきた話をすると、コマも同じ少女が夢に出てきたという。そのころバケーラたちは、エルゼメキアが作った結界の牢獄に幽閉されていた。狭い中に押し込められたストレスで、バケーラとゴロミ、ブルポンの間でケンカが勃発！　次第にエスカレートし、3匹からピリピリと電気のようなものが放たれて・・・？！

妖魔界・最悪最凶、極悪ランキング100年連続1位の座を誇る妖怪「ミケッティオ」が姿を現した！　ミケッティオは、自分の体と魂を不安定にしている人間・・・すなわちジンペイを始末しようと、突如襲いかかってくる！　ミケッティオの姿が見えないジンペイは、ただならぬ恐ろしい殺気だけを感じとってとにかく学園中を逃げまくる！　このままではジンペイが危ない！　そんななか、首輪のようなものを手にしたクウカがジンペイのもとにかけつける。

ラントが生きていたという嬉しい衝撃により、これまでの記憶を取り戻したジンペイたち。完成した「URウォッチ」を使ってジンペイはミケッティオを無理やり憑依し、新妖怪ＨＥＲＯ・アースウォーカーへと変身を遂げた。　アースウォーカーはさっそく、新たに派遣されてきたピットブルと対峙するが、あっという間に倒してしまう。するとエルゼメキアが現れ、ラントを卑劣なやり口で亡き者にしようとするが・・・。そんな絶体絶命のピンチを救ったのは、なんとあの男だった・・・！？

ついに明らかになる、本当に本当の来星ナユの正体！　ナユはN星人を倒すという、ジンペイたちと同じ目的を持っていることがわかった。その志を胸に、ラントはここに「地球血盟生徒会」の結成を宣言する。地球血盟生徒会初のミッションは、現在風紀委員会側についている学園ポリスを懐柔すること。元風紀委員長であるナユの手腕によって容易に学園ポリスを味方につけ、ラントは風紀委員会の解散を命じてエルナにプレッシャーをかける。エルナは意外に素直に命令に従うが、数日後、日本から独立して国を作ると宣言する。　その真の目的とは？

エマが「キラボシ共和国」に連れ去られてしまった！　エルナいわく、エマの中には大きな力が秘められており、それをエルナの“ボス”が懸念しているらしい。エマが風紀タワーに連行されたという目撃情報を得たラントは、さっそく特殊諜報チームを編成。エマの救出、そして一般の生徒たちを操る電波を発する「エルナチャーミングマッシーン」を破壊するため、特殊諜報チームに任命されたジンペイたちは風紀タワーへの潜入を試みる。ジンペイたちはこのハードなミッションを無事遂行できるのか？！

UFOから無数のエイリアンが降下し、宇宙からの本格攻撃が始まった！　さらには犬のような見た目の５人組「イヌー特命隊」がY学園に上陸する。とてつもない戦闘力を誇るイヌー特命隊だが、チアキは彼女たちに見覚えがあるような気がして・・・？　各々が変身し戦い始めようとするそんななか、エマはジンペイが落とした召喚メダルを発見し、ジンペイにそのメダルを届けるため、危険をかえりみず駆け出してしまう。すると、つまずいたエマが変身しようとしているジンペイにぶつかってしまい・・・！　果たしてジンペイたちは、この戦いに勝利することができるのか！？

マゼラの母船から放たれたビーム攻撃により破壊されるY学園。しかし、マタロウが目を覚ますと、学園はひっそり静まり返っていた。どうやら学園はまるっと砂漠の真ん中に転移してしまったようだ！！　Y学園をもとに戻す手がかりを探すため学園内をくまなく調べるジンペイたちだが、生徒たちが突然パンで殴り合いを始めたり、おかしな暗いダンスを踊りだしたり・・・と、どこへ行っても変な現象が起こる。そんな異常現象が起こる現場には必ずある人物がいることに、マタロウは気づくが・・・？！　一方、Y学園がどこに飛ばされたのかが気になるチアキと九尾は、ふたりで調査を始めるのだった。

エルナ率いるキラボシ共和国は地球を征服し、Y学園もキラボシ共和国の領土となってしまった。「そんなことは断じて認められない！」と、ラント率いる地球血盟生徒会はキラボシ共和国軍隊に対抗しようとするが、キラボシキャッスル内の「TJG（トランス・ジャミング・ジェネレータ）」によってウォッチが無効化されてしまい、変身できなくなってしまう。そこでラントは、学園ポリスと学園マフィアで連合軍を結成してエルナに挑むことにする。しかしその矢先、ラントはエルナに拉致され、見せしめのために処刑されることに。何としてもラントを助けたいクウカが、ついに動き出す！

ラントの処刑が7日後に決定した。「そんなことは絶対にさせない！」と息巻くジンペイたちだが依然として変身することができず、現時点では為す術がない状態だ。そんななか、ナユがラントを救うための提案をする。それは、マタロウをヒーローとして目覚めさせ、まずはTJGを破壊すること。ナユの話では、マタロウの中には本人さえも気づいていない、とてつもなく大きな力が眠っており、その力を解放できれば、この状況下でもヒーローに変身できるというのだ。果たしてマタロウは、最強のニューヒーローとなりえるのか？！　そして、宇宙を脅かしてきた真の敵の存在も明らかになる！！

ラントの処刑が5時間後に迫るなか、マタロウの活躍によってTJGの破壊に成功し、ジンペイたち妖怪ヒーローがようやく変身できるようになる。クウカがモモに託したキラボシキャッスルの見取り図を頼りに、参歩の指揮のもと、生徒会はラント救出のためにキャッスル攻略の作戦を立案。それは、YSP能力者や戦力になりうる者で総攻撃を仕掛ける・・・というものだ。ただ、キャッスル内には約4000人もの戦力がいるらしい。ジンペイたちはそれぞれ小隊を組み、あらゆる場所からキャッスルへと侵入を試みる。無事にラントを救出し、処刑を阻止することができるのか？！

つかの間の平穏が訪れたY学園。ジンペイたちは屋上で集まって今後の戦いについて話し合い、マタロウはクウカにこれまでの変身データをもとにして「URウォッチGAI」のパワー調整をしてもらっていた。そんななか図書室では、臼見沢がひとり、ある本を開こうとしていた。なぜ、この本がY学園の図書室にあるのか・・・。物語の舞台は、宇宙に浮かぶ、氷に覆われた白く美しい星「コーリー」。赤き魔星に脅かされた、遠い星の悲しき物語が今、そのベールを脱ぐ・・・！

ラントの処刑が失敗に終わり、地球血盟生徒会の面々の活躍によってキラボシキャッスルまでも破壊されたエルゼメキアは、地球侵略の最終フェーズを宣言。どんなことをしてでも故郷を守りたい――そんな揺るぎない想いを胸に秘め、エルゼメキアはゾディアライアへと変身を遂げ、天見エルナの体を解放する。ジンペイはミケッティオを憑依しアースウォーカーに、ラントはDS（ディープシャドウ）ギャラクシーに変身し、ゾディアライアに挑む。しかし、マゼラの力によりパワーアップしたゾディアライアは、エルゼシャドウマンを生み出し…!?

ゾディアライアとの決戦から1ヶ月。Y学園にも穏やかな日常が戻りつつあり、ジンペイたちは平和な毎日を過ごしていた。そんななか、学園長が突如、学園の復興を願うイベント「負けないY！立つんだY！YY復興フェスティバル」の開催を決定。その一方でラントは、来たるべき異星人襲来に備えて生徒会組織の再編成を行う。新生生徒会の初任務は、全クラブを巻き込んで復興フェスティバルを成功させ、その裏で異星人への反撃の準備を進めること。YSPクラブは、フェスティバルで学園長がスピーチをするためのお立ち台の設営を任される。ジンペイはメンバーとしてミケッティオを呼び出すが、ミケッティオは何かを作ったことなど一度もなく…。

ついに、異星人との最終決戦の幕が開く！思念体としてY学園に現れたマゼラは、地球を“食す”…つまり、地球を10分で焼き尽くすと宣言する。すべての元凶であるマゼラの言葉を聞き、衝撃を受ける生徒会一同とYSPクラブの面々。フブキはメラと九尾の力を借り、なんとか時間を稼ぐ。時間の猶予ができたものの、異星人の戦力に対して妖怪HEROの戦力は圧倒的に足りない…。最終決戦を前に大幅なパワーアップが必要なジンペイたちの前に、ある人物が現れる。それは、ジンペイとコマが秘密でお世話になったあの“師匠”で…!?

「地球を10分で焼き尽くし、滅ぼす」と宣言したマゼラは、地球各所の火山にメテオゴンを配置。地球が火の海となるまで、残された時間はごくわずかとなっていた。「私が合図した途端、この星は終わりだ」――そう豪語するマゼラを前に絶体絶命かと思われたが、ぬらり師匠との特訓を終えてパワーアップした妖怪HEROたちは、ティーダインの「超速サークル」を使って、すべてのメテオゴンとブラックデイモンを10分以内に一掃するため、立ち上がる！ 各地に散らばるメテオゴンをものすごいスピードで倒していくアースウォーカーNOA。だが疲労で変身が解け、ジンペイはなんと爆睡してしまって…？！

マゼラの真の姿である「マゼラボルト」は最終兵器ロボ「ガッコウガーENMA」をあっさりと倒し、メイン校舎のほうへと向かう。ほかの生徒たちに危害が及ぶのを阻止するため、ジンペイとコマは最強フォーム「アースウォーカーNOAアーマード」へと変身・合体し、マゼラボルトの後を追うのだった。満身創痍で戦う妖怪HEROたちを見てマタロウも一緒に戦おうと闘志を燃やすが、「今は敵の手の内を見るときだ」とティーダスに止められる。劣勢の妖怪HEROたちの姿を前に必死に耐えるマタロウは、「僕は僕が信じるヒーローでいたい…」と決意を確かなものにして…？！

ティーダイン、DSギャラクシーも進化を遂げ、妖怪HEROたちは力を合わせてマゼラボルトと死闘を繰り広げる。そして、その体内に再生した「新生妖魔界」によって、強大な力の根源を得たアースウォーカーNOAアーマードは真の最終形態である「ブラックキャット」へと進化し、マゼラボルト渾身の一撃を跳ね除けるのだった。ブラックキャットたちはパワーを結集し、ついにマゼラボルトを殲滅する！　いよいよ惑星破壊ミサイル「ハカイヤーDX」でマゼラ本体であるブラックホールを破壊しようとしたそのとき、マゼラボルトによってハカイヤーDXのメインエンジンが壊されていたことが発覚。このままではマゼラを倒すことができない…そのとき、マタロウがある提案をする。

すっかり日常を取り戻したY学園。登校途中、ジンペイにそっくりな人を見た！…と、朝からハイテンションのマタロウ。その背後には、猫妖怪らしきものもついていたという。そっくりさんはジンペイのドッペルゲンガーかもしれないとマタロウが部室で大騒ぎするなか、お腹が空いたジンペイは購買へと向かう。するとさっそく、出会ったら死ぬと言われているドッペルゲンガーに出会ってしまい…！？　明かされるY学園高等部の存在、さらに校庭には、倒したはずのマゼラが新たな脅威として姿を現した！

高等部生徒会長・豪万蛇（ごうまんだ）スグルから、「総退学」を要求されてしまったジンペイたち中等部。不可解な事件が多発し、ここ数年で学力・評判を低下させている下品な中等部は、全員学園を去れと言う…。学園長から高等部にガツンと言ってほしいと頼むジンペイたちだが、大王路にはどうにもできない事情があるらしい。翌日、高等部生徒会は何か攻撃をしかけてくる様子もなく、ジンペイたちは一安心。しかし授業中に、トイレに行きたくなったジンペイが先生に申し出ると、突然警告音が響き渡って？！　高等部による“お上品”な退学誘導作戦とは？！

中等部の生徒たちに一週間以内に学園を去ることを命じ、応じない者には催涙ガスでの総攻撃を加えると宣言した、高等部の豪万蛇会長。そんな彼に総退学を取り消すよう直談判するため、ラントとジンペイたちは高等部へと向かう。修学旅行気分のジンペイたちが到着した高等部エリアには、大正ロマン風の独特な情緒が漂っていた。そして、至るところにコワそうなおばさんのポスターが貼られており、お土産のパッケージやゲームのキャラ、「プリコラ」の美人加工モードまで、すべてそのおばさんばかり…。彼女はいったい何者なのか？　そして、中等部の総退学を要求している真の人物とは？！

高等部の治安を守る自警団「須ン選組」の局長・須佐野（すさの）オウジロウの助けで、豪万蛇会長のいる高等部本校舎へとやってきたジンペイたち。最上階にある生徒会室にたどり着くためには、さまざまなトラップが仕掛けられた「からくり回廊」を突破するしかないという。からくり回廊の説明を須佐野から聞こうとした矢先、豪万蛇会長に従属する豪忍隊によって須佐野がさらわれてしまった！　ジンペイたちは、謎多き高等部の女子生徒・阿万手（あまて）ラナの導きにより、からくり回廊へと足を踏み入れていくが…。果たして、ジンペイたちは無事に生徒会室にたどり着き、豪万蛇会長に直談判することができるのか？！

高等部で行われる格闘型競技大会「IKUSA」に出場することになったジンペイたち。その戦いに勝つため、ヒーローの戦力をアップしておきたい一同の元にあの人が現れる…！ ぬらり師匠が提示したパワーアップの方法は、アースウォーカーの中の新生妖魔界から古典妖怪たちを引き出し、「イニシエ合体」をすることだ。クウカから魔神ウォッチを渡され、古典妖怪に認められるための特訓をするジンペイたち。周りが次々にイニシエ妖怪ＨＥＲＯになっていく中、なぜかフブキだけがにんぎょから力を借りられずにいた。

ついに中等部と高等部による「IKUSA」が開会！　互いの陣地を攻め合い、相手の陣地の旗を先に倒したほうが勝者だ。中等部はマタロウ、高等部はラナを大将にして戦いが始まる。須佐野は必要以上に中等部を敵視する豪万蛇に違和感を抱くが、当の豪万蛇は本気で中等部を追い出すために戦うつもりだ。そして、関ヶ原グラウンドにて決戦の時がやってきた…！　ジンペイたち中等部は勝利を得て、学園追放の危機を免れることができるのか！？

負傷者が続出する壮絶な戦いとなった「IKUSA」だが、ついに中等部と高等部の対立に終止符が打たれた。そして豪万蛇は、中等部をつぶそうとした真の理由をジンペイたちに告白するのだった。それは今から1ヶ月前のこと。Y学園の支援者を自称する学校経営コンサルタント・知帝来人が、豪万蛇を訪ねてきたのだという。知帝は、中等部の一部の生徒がYSPウォッチという不可解なものを使用して謎の力を操り、学園の品位を低下させているとアツく訴えかけてきたらしい。そして彼から魔神ウォッチを得た豪万蛇は、中等部との抗争を企てたのだった。つまり、今回の騒動の首謀者は知帝…。須佐野の話では知帝はあのUGカンパニーの者だというが、彼らの本当の狙いとは？

ワームホールからジンペイたちがワープしてきた先は、なんと、はるか昔に栄えたとされる伝説の超古代文明の世界「アトランティス」！　古代とは思えないほどの未来的な街や人々に驚く一同。そして今まで隠されてきた、ラナの正体が明らかになる。指導者であるアマーナ・エトラムスは、アトランティスを救う力を手に入れたいと言うが、無限のエネルギーを生み出し、未来永劫の繁栄を約束されたはずのアトランティスに、いったい何が起こっているのか……？　時代をまたにかけた、ジンペイたちの新たな戦いが今、始まる！！

アトランティスの超科学によって生み出されてしまったモンスター「オズマ」……。オズマはアトランティスの都市をつぎつぎに破壊し、自らの身体と融合して巨大化を続けており、このままではあと48時間でアトランティスは消滅してしまう。アトランティスを救うべく誕生した超文明ＨＥＲＯ「テラノーグ」は、オズマとの最終決戦を明日行うと宣言する。テラノーグに協力することにしたジンペイたちは、それぞれの思いを胸に最後の戦いに臨もうとしていた。そんななか、テラノーグことライムは、自らの出生について思いを馳せる。自分はオズマを止めるために生まれた救世主……アトランティスの地に生まれたときからそう悟っていたライムは、独りでオズマに挑む決意を固めるが……。

突如激変したライムの言動によって、一同の間に不穏な空気が流れる。ライム自身も忘れていた、冗談としか思えないようなこの展開……。自分の正体、そして本当にやるべきことをはっきりと思い出したライムは、母なる星の意思を継いで動き出そうとする！　命は繋いで、繋がれていかなければいけない――そう強く思っているジンペイは、なんとかしてライムを救おうとするが……。アトランティス、そしてライムの運命はいかに！？

すっかり日常を取り戻したY学園。いつものように過ごすジンペイたちだが、マタロウだけはなぜか元気がないようだ。ジンペイたちが問いただしてみると、マタロウは親の引っ越しでアメリカへ渡ることになったと告白する。しかも、もう日本に戻ってこられないというのだ。淋しさを顕にするジンペイたちだが、凹んでるヒマはない！　ジンペイたちはマタロウのために送別会を企画。みんなでお菓子やジュースを囲みながら、怪談を語り合う遊び・百物語をやることに。送別会に百物語……？　マタロウはツッコミを入れるが、Y学園での思い出は、妖怪との思い出でもあった。さあ、語りつくそう！！