ミカドと大激闘を繰り広げ、目覚ましい成果を上げたライト。ありえない結果だと呆然と立ち尽くすミカドに、ライトは手を差し出し健闘を称え合おうとするが、ミカドは敗北を認めようとせず……。いよいよ大詰めのワールドランキング。4日間にわたる死闘もついに決着を迎えようとしていた。強敵を前にしてなお決してひるまず、気迫に満ちたバトルを繰り広げるセブンスフレイムのメンバーたち。大波乱の末に待ち受けているものとは……!?

セブンシャドウズとのバトルのために、ついにジェネシスカンパニーへとやってきたセブンスフレイム。そこへミカドとリョウガが到着し、いよいよセブンシャドウズの待つ場所へ向かうのだが……。ヘリコプターで連れていかれた場所は、「シャドウエリア」。ジェネシスカンパニーが作り出した8つの実験施設からなる巨大な浮島だった。ゲートの前ではセブンシャドウズが待ち構え、竜ケ崎ヒイロが「試練」を与えるというのだが……。

セブンシャドウズを全員倒すと豪語するミカドは、ヒイロにバトルを挑む。ヒイロはドラゴンクラスの使い手であり、その特性を熟知していると自信満々のミカド。しかし、ヒイロがプレイしたカードは意外なものだった……。それこそがワールドランキングの特別な賞品であり、そのクラスがアークへ繋がるカギになるというヒイロ。ミカドはカードの能力に感心しつつも、アークには興味を示さず、ヒイロを「名もなきプレイヤー」とあざ笑いながら優位に立とうとする。予想を超えないヒイロの戦い方にやがてうんざりするミカドだが……。ヒイロもまたミカドの戦い方、そしてその“心”を見透かしたかのような戦いぶりを見せる。

次のシャドウエリアに向かうセブンスフレイムとリョウガ。楽しそうなレンやツバサとは対照的に、ライトはスマホを握りしめながらどこか浮かない表情をしていた。スバルに指摘され、ミカドを気に掛けていることに気づくライト。ドラグニルとスバルが元気づけようとしてくれるのだが……。一方、ミカドはヒイロに「弱さ」を突かれたものの、彼のフォロワーを一掃して圧倒的優位に立っていた。ヒイロはフォロワーを失い、1枚のカードを得たのみ。それでもその可能性を信じて体勢を整えようとするが、ミカドは怒濤の攻勢で追い込み、意趣返しとばかりにその弱さと脆さを嘲笑する。そして、ヒイロの信じる「人の可能性」を打ち砕こうとして――。

ヒイロとの戦いを終え、青ざめながら去っていったミカド。見送るしかできなかったライトは、彼を心配するデジフレ・ガルエルに促され、スバルたちのもとへは戻らずミカドを追いかけることに。一方、スバルたちはライト抜きで新たなエリアの前にやってくる。おどろおどろしい空気が漂うものの、セブンスフレイムはいつものように賑やか。リョウガに呆れられながらもドームの中へ足を踏み入れると、そこに対戦相手のセブンシャドウズが現れる。驚きの相手を前に、「私がやります」と言いだしたのは……ツバサだった！

ツバサとアンドレアのバトルは後攻5ターン目を迎えていた。強力なカードでツバサをじわじわと追い詰めていくアンドレア。圧倒的な強さを誇り、自らその強さを自覚しているにもかかわらず、それでも冷ややかな態度を崩さない。その諦念は根深く、セブンシャドウズであることも、先生であることも、このバトルもどうでもいいと、吐露するのだった。その言葉にショックを受けるかと思いきや、不敵な笑みを浮かべ、怒りをあらわにするツバサ。そして怒濤のコンボでアンドレアの体力を一気に削っていき、すべてを失っても絶望の先に希望があると、自身が見た光を胸に全力でぶつかろうとする。その輝きでアンドレアの闇を照らせるのか……!?

ミカドとヒイロ、ツバサとアンドレアの二戦が終わり、セブンシャドウズが二連勝を果たした。その様子をジェネシスカンパニーの社長室から眺めるマルグリットとアイン。セブンシャドウズの思惑は掴めず、アークの行方は不明なまま。今はただアークが共鳴するのを願うばかり。だが挑戦者側は連敗し、ライトは先へと進まずミカドの元へと戻ってしまう。ままならない状況の中、自身が社長に就いた3年前の出来事を思い出すマルグリット。アインと手を取り合った日を思い返していると、突然マウラがやってくる。一方、ウルフラムの待つエリアへ辿り着いたリョウガ。その“セッション”の行方は……!?

リョウガと対峙するウルフラムが問いかける――「なんのためにバトルするか」。ウルフラムのプレッシャーに気圧されながらも、その問いをノイズだと切り捨てるリョウガ。だが、なおもウルフラムはリョウガにプレッシャーを与え続けるのだった。シャドバに必要なのは信念であり、信念なきシャドバは無意味だと。リョウガはじわじわと追い詰められながらもウルフラムに食らいつき、一気に攻勢に出ようとするのだが……強力なスペルカードに阻まれ、さらにはレジェンドカードによって場を一掃されてしまう。風前の灯火となったリョウガ。ウルフラムに突きつけられた彼が見落としているもの、見て見ぬ振りをしているものとは一体なんなのか……？

ヒナ・シンクレア――。恵まれた環境で育ちながらも、「間違うこと」を許されなかった少女。窮屈な幼少期を生き『バトルフェンサー』のヴィランに惹かれたヒナは、そこで“悪の美学”を学び、セブンシャドウズの一人として挑戦者を待ち受けていた。そんなヒナに一度は勝利し、再度のバトルを挑むレン。ヒーローであるバトルフェンサーへの思い、ヴィランであるクイーンインセクトへの思い……その熱い気持ちを素直に発揮できるシャドウバース。自分らしさのために全力を尽くそうとするレンと己を貫こうとするヒナの、信念を懸けたバトルが幕を開ける！

ヒナがプレイした新たなアミュレットカード「猛毒の湿地」。このカードの恩恵を受けるフォロワーたちの猛攻は凄まじく、レンは最大のピンチに陥ってしまう！　ピンチをチャンスに変えるのがレンのシャドバの真骨頂。しかし、逆転のきっかけを掴み切れないまま、レンはあっという間に危険水域まで体力を減らされてしまう。だがレンは、最高のバトルだと笑顔を見せ、ヒナを理解しようとまっすぐな眼差しを向ける。その姿にたじろいでしまうヒナ。反発する二人のバトルの決着は、近い。

ヒイロに敗れたショックから立ち直れず、よろめきながら通路を進んでいくミカド。ライトはそんなミカドを心配し、ずっと後をつけていた。足がもつれて倒れるミカドに手を差し伸べるライト。だが、その行動はミカドのプライドを刺激し、“憐れみ”であり“見下し”だと拒絶されてしまう。ミカドは未だライトにもヒイロにも敗北を認めていなかった。苦しそうに強がり、さらにはガルエルにまで敵意を向けようとするが、ドラグニルから厳しいひと言を突きつけられてしまう。ライトはそんなミカドに再び手を差し伸べようとするのだが……。一方、次のシャドウエリアに辿り着いたイツキたち。覚悟を決めたスバルが力強く足を踏み出そうとする。

シャドバの才能に恵まれなかったスバルが真壁家を離れ、取り残されてしまったカグヤ。孤独に苦しみながら生きてきたにもかかわらず、“逃亡”した兄は仲間に支えられながらぬくぬくとシャドバを続け、あまつさえ今さら兄貴面をして現れた。燃え上がるカグヤの憎悪。スバルはそれでも「一人じゃない」と寄り添おうとするが、スバルの知らないカグヤの深い闇がじわじわとフィールドを支配していく。スバルは一気に劣勢となったものの、弟の怒りを真っ正面から受け止め、本気で向き合おうとしていた。仲間のおかげで変われたスバル、孤独の中で変わってしまったカグヤ――。シャドバを通して、二人は本心をぶつけ合うことができるのか!?

スバルとカグヤのバトルが決着し、ライトのもとにスバルから連絡が入る。カグヤからドラグニルの記憶データが入ったデータボックスを受け取ったという。スバルと合流することになり、気を引き締めるドラグニル。その記憶には一体何が隠されているのか……!?　一方、セブンシャドウズに勝利した者も敗北した者も、激しいバトルを経てそれぞれの思いを新たにしていた。勝利まであとわずかだと大きな手応えを感じるツバサとレン。機嫌よく歌うデモニアに苛立ちながらも、何かを伝えようとするリョウガ。だが、ヒイロに敗北したミカドは悩みが晴れずにいた……。

シオンとヴォーデンのバトルが幕を開ける。人の心を見透かしたかのようなヴォーデンの態度に、開始早々から苛立ちを募らせていくシオン。だが、ヴォーデンの研究を重ねてきた彼女は、すでにその切り札を見抜いていた。それはテンペストソーサラーによるコストダウン。13種類のスペルカードをプレイされる前に決着をつけようとしていた。しかし、ヴォーデンは切り札を見抜かれてなお態度を崩さないどころか、少女の“迷い”を的確に突いてくる。シオンは迷いを乗り越えようと、新たなデッキを披露する。一方、最近ずっと様子が変だったシオンを心配しながらも、声を掛けられずにいたツバサ。レンに背中を押され、シオンの戦うエリアへ向かうのだが……。

シオンとヴォーデンのバトルは後攻8ターン目を迎えていた。シオンはヴォーデンの問いに答えられないまま、じわじわと追い詰められていく。バトルを見守るレンは、シオンのために、仲間のためにその背中を力強く押そうとするが、シオンはますます答えがわからなくなってしまう。一人でいるべきか、仲間とともにあるべきか――。シオンの心を乱す“友達”への憧れと恐怖。自分は明るくて眩しいツバサとレンとは決定的に違う。そう自覚したシオンは、二人を拒絶するかのようなひと言を放ってしまう。迷える少女を前に、ヴォーデンはバトルを通して孤高の境地へといざなおうとする。果たしてシオンは何を選択し、何を決断するのか……。

バトルを終えたシオンたちと合流したライト。お互いに状況を報告し合いながら、今まさにバトルが始まろうとしているイツキに期待を寄せる。対戦相手は、夜那月ルシア。イツキは新たに入手したカードを早速披露し、ルシアが褒めるほどのコンボを決めていく。だがルシアは常に余裕の笑みを浮かべ、バトルは緩やかに推移。イツキは手を抜かれているのではないかと疑問を持ち始める。手加減しているわけではないという弁明と共に、明かされるルシアの過去とセブンシャドウズ結成の理由。ルシアの瞳には昔も、そして今も、たった一人しか映っていない。果たして、イツキはルシアの本気を引き出すことができるのか!?

蜜田川イツキの“全部”でルシアに挑むと宣言したイツキ。期待を上回る戦いぶりにルシアも嬉しそうな表情を見せ、その攻防にはミカドもまた大きく心を揺さぶられていた。だがイツキが場も体力も有利に進めているはずなのに、ルシアの不気味な圧は増すばかり。イツキはなおもコンボを決め、いよいよ次のターンで体力を削りきれると確信したその時――。ルシアの怒濤のコンボによって、イツキの体力が一気に削られてしまう。これがルシアの本気なのか!?　だが、これはまだ本気ではなく、本気を出すにはイツキのシャドバが必要だという。ルシアはどうしてそこまでイツキに期待するのか。それはアークにも関係があり……!?

ライトたちに促され、ルシアにバトルを挑むことになったミカド。一方、申し出を受けたルシアはミカドという男にはまるで興味を示していなかった。ルシアのあふれ出る余裕に気圧されながら、先攻のミカドはニュートラルクラスのアミュレットカードをプレイ。だが、たった一手でルシアに“弱さ”を見抜かれてしまう。痛いところを突かれ、苦悶の表情を見せるミカド。もはやバトルに入り切れていない状態だった。さらにルシアからその未熟さ、幼さを厳しく指摘され、このバトルフィールドに立つ理由を問い詰められる。それでもライトは「ミカドは大丈夫だ」と信じるが……。何も言い返せず、うつむいてしまったミカドに勝ち筋はあるのか!?

ミカドとルシアのバトルが佳境を迎える頃、フワリはシノブのもとを訪れ、シックスマジックの活況ぶりを目にする。セブンスフレイムがワールドランキングで大活躍した影響を受け、生徒たちはかつてないほどシャドバに燃えていた。活況の理由はもう一つある。大きな禍根を残したハルマが表立って行動することがなくなり、生徒たちも絡まれることがなくなったからだ。そんな中、タツミがファーストリーパーの部室に赴き、ハルマとこの部の今後について話し合おうとする。一方のハルマは気のない様子で……。

シャドバをする理由、この場所に立つ理由、そして自分に必要なもの――。ミカドは極限まで追い詰められたことですべてを見つけ出し、自分の弱さを強さへと変えようとする。可能性を求めてドローしたカードは……バハムート！　対するルシアは覚悟を決めたミカドを受け入れ、その強さが本物かどうかを見極めようとする。プレイしたのはヴァンパイアクラスのレジェンドフォロワー。ルシアとミカドの体力は逆転し、ミカドが劣勢に立たされてしまう。それでもミカドは諦めず、コンボを重ね、フォロワーを展開しながら畳みかけていく。その姿には花のような美しさはないが……手折れぬ確かな強さがあった。

ミカドとのバトルでネメシスクラスを使っていたヒイロ。その彼が最初にプレイしたのはドラゴンクラスのカードだった。それはヒイロが本気であることを示し、ライトもドラゴンクラスには負けられないと気合いを入れる。そんな中、ライトはある疑問を口にする。なぜヒイロは人類のために存在するはずのアークを破壊しようとするのか。アークの正体とは一体なんなのか。ヒイロは過去の因縁とともにこの世界に訪れる危機、そしてセブンシャドウズの本当の目的について語り出すのだった。あまりにスケールの大きい話に理解が追いつかないライトだが、だからこそシャドバに懸けようとする。ヒイロにまっすぐぶつかり、その思いを理解するために。

幼少から感情表現が苦手で言葉足らずだったライト。なかなかまわりに溶け込めずにいたが、本当の気持ちに気づいてくれる人はちゃんといた。大事なのは、「自分らしくあること」。そうしてたくさんの仲間ができた。だからどんなに不利な状況でも、その瞳は輝きを失わなかった！　ライトは、ヒイロの鉄壁の守りを突破しようと怒濤のコンボを決めていく。対するヒイロはその迫力に武者震いしながらも、熱いものがこみ上げてくるのを実感。すさまじい反撃を繰り出してライトの体力を一気に奪っていく。吹き飛ばされ、崩れ落ちるライト。ライトは自分らしさを貫き、ヒイロを打ち破れるのか……!?

ライトとヒイロの全身全霊のバトルは、シャドウエリアにいるすべてのプレイヤーの心を惹きつけていた。そのフィールドに立てないことを寂しく思う者、そのバトルに憧れる者、そして固唾を呑んで見守る者。アークルーラーも注視するそのバトルは、先攻11ターン目を迎える。ヒイロは拳を高らかに突き上げ、ついにその切り札――イグニスドラゴン・ノヴァを解放！　その能力によってライトは圧倒的不利の状態に。すでに切り札もなく、過去最大のピンチが訪れる。誰もが諦めそうになる中、それでもライトは堂々と立っていた。響き渡る仲間たちの大声援。その気持ちを受け止めたライトが、ありったけの想いをヒイロにぶつけようとする！

「現代の審判者」を名乗り、世界を作り変えると宣言したアークルーラー。その力のよってデジフレたちが暴走し、人々に危害を加えるようになってしまった。なかでも猫目町では大規模な戦闘が発生。ライトたちは防衛にあたるセブンシャドウズに協力するため、急いで猫目町に戻ろうとする。一方、シャドバカレッジも混乱を極め、各部の部長たちが暴走したデジフレ――「シェイド」の対応に追われていた。生徒を救出するタツミ、籠城して情報収集するシノブ、そして避難誘導するフワリと、部長を中心に各部が連携。校庭にいた生徒の避難も無事に完了するが、その瞬間フワリたちの前にシェイドが出現する。フワリが絶体絶命のピンチに陥り……!?

ライトたちに託されたのは、世界を滅亡へと導く3つの“タワー”の破壊。最終目標であるワールドタワーへの道筋を開くために、まずはシェイドを撃破しながらガイアタワーとスカイタワーを無力化しなければならない。だが、ジェネシスカンパニーの立案した作戦に、シオンが真っ向から反対する。彼女が提案した、世界を、人類を、猫目町を救うための作戦――それは複数チームによるタワーの各個撃破とシャドバカレッジの防衛だった。そして、それぞれのデバイスに対シェイド用のシステムがインストールされ、いよいよ作戦が動き出す。そんな中、スバルは「セブンシャドウズに裏切り者がいる」というカグヤの忠告を明かし、一同に大きな衝撃が走る。