『ラディアン』の謎を解くため、セトは新たな冒険へと旅立った。目指すは魔法使い騎士団の都、カスラーン・マーリン。セトはアルマの飛行船に乗って、アルマとアルマの助手となったボスマン、ジジと共に、シファンディール大陸へ向かう。一方、異端審問官隊長・ドラグノフは、トルク将軍からの命令で異端審問所の聖地を訪れていた。極刑を覚悟していたドラグノフであったが…。

アルマたちと別れ、セトは１人、シファンディール大陸に降り立つ。そこで、大陸の資源を求めて訪れたという商人男爵の一団と不意に接触し、魔法使いのセトは敵と見なされてしまう。セトは商人男爵たちの猛攻に追い詰められるが、グリムの助けでからくも逃れる。ようやく街にたどり着いたセトは、魔法使いもそうでない人も共存し魔法騎士たちが人々にたたえられていることに驚く。

セトはメリ、ドクと再会を果たした。しかしメリの態度は冷たく、すげなく立ち去ってしまう。ラディアンの手がかりを求めて城に向かうセトであったが、門前払いを受けてしまう。困ったセトの前にミルと名乗る怪しい老人が現れ、魔法使い騎士団の厩舎（きゅうしゃ）に案内する。そこでは魔法騎士志願者の少女・オコホがネメシス退治のために出撃しようとしていた。セトは新入りと勘違いされたまま連れられてしまい…。

戦いで荒らされる田畑でセトは作物を守ろうとする。そんな姿に感心したオコホは協力し防御魔法で土地を守るも、命令違反だととがめられてしまう。しかし、女王クイーン・ブーディカは、伝説の魔法使い・マーリンのようにオコホは大地を守ったのだと褒めるのであった。農民たちによると、スペクトル・ネメシスが現れるようになった頃から、夜には首をぶら下げた妖精・デュラハンがさまようというが…。

メリは宿を訪ねてきたセトを冷たく拒絶する。自身のコントロールできない力で仲間を傷つけまいと１人旅立ったセト、仲間として信頼を得たかったメリ、それぞれの思いは相反するものだった。行き場をなくし途方にくれていたセトに、オコホは鍛錬への協力を求める。それと引き換えに、オコホは城でラディアンについて調べると申し出る。セトは仲間ができることにためらうが…。

オコホのラディアン調査は難航していた。セトはみずから城の書庫に忍び込むことを決める。しかし、セトは初めて来たはずの城内をなぜか夢で知っていた。夢と同様に隠し通路を進み、奥にたどり着く。そこにはネメシスと謎の青年がいた。青年はセトの角を見ておののき、バリアの中に閉じ込めてしまう。捕らえられたセトの所作が地上を襲うスペクトル・ネメシスと同期してしまい…。

地上にセトの姿をしたネメシスが出現した。それは城の地下に潜んでいた謎の男の仕業だった。彼こそがスペクトル・ネメシスを出現させていたのである。城の地下に潜入したセトは、ネメシスの攻撃で意識を失い、不思議な世界に閉じ込められてしまう。そこはセトの意識の世界だった。自分の記憶と向き合うセト。しかし、そのことによって、セトは暴走状態のまま目を覚ましてしまう。

ピオドンを知るという謎の男は、暴走したセトを恐れ、城の外へ吹き飛ばしてしまう。メリたちは消息を絶ったセトを探すためにファンタジアの痕跡を追い、二度と出られないというカイルトの森へ入った。不思議な森を抜け、メリたちはセトをかくまっていたミルとその妻ジルと出会う。意識の世界『シド』から戻れなくなっていたセトは、自分の力を恐れ、帰還を拒否するが…。

オコホとメリは、先の戦いでの行動を命令違反であったと糾弾される。しかし、モルドレッドはブランゴワール卿の過失であると女王に進言し、オコホたちを救う。一方、セトは自分の力を制御できるようになるため、カイルトの森に残って修行を続けていた。ミルとジルの助けで、セトはファンタジアとの調和を覚えていく。自分の中の闇を制御しようと試みるセトだったが…。

魔法使い騎士団はブランゴワール卿とギュリス卿の指揮で、農地に新たに出現したネメシスを討伐する。しかし、オコホだけはそれがネメシスの集合体、エコー・ネメシスであったことに気づく。エコー・ネメシスは無数に分離して暴れ出した。助けを呼ぶオコホの声は騎士団に届かず、追い詰められたオコホはまたも命令違反を決意する。強力なジゾニによってブランゴワール卿から指揮権を奪ったオコホは…。

セトは、いまだ暴走化の制御ができずにいた。力ずくで抑えようとするが、逆に飲み込まれ危機に陥るセト。だが、今日まで出会ってきた仲間とのつながりに気づいたことで、セトは開眼し、力を破壊ではなく、創造のために使えるようになった。命を育む力を正しく使っていけば、妖精があふれていたころの世界がよみがえるかもしれないことを学んだセト。そんなセトに、ミルはある希望を託す。

叙任式の日を前に街がにぎわうなか、オコホは人に悟られないように出かける。彼女の振る舞いを怪しんでいたブランゴワール卿はオコホを襲う。メリがブランゴワール卿を止めるが、信じがたいことにオコホはスペクトル・ネメシスを発生させようとしていた。　正気を失ったように襲ってくるオコホをセトが止めるが、オコホは正気に戻ると何も覚えておらず、何者かに操られていたことが明らかになる。果たして、その犯人は…。

オコホを操っていたのはモルドレッドだった。モルドレッドは女王ブーディカこそが怪しい組織『世捨て人の信者』とつながっている反逆者であると語る。何を信じたらよいのかわからなくなったオコホであったが、セトの言葉で決意をする。叙任式の日、オコホは皆の前で女王を問いただし真実を暴く。ある一部の騎士たちこそが反逆者だったのだと。

叙任式は中断された。女王ブーディカは降伏勧告を受け入れず、徹底抗戦が始まった。魔法使い騎士団は戦いに臨むも、突如魔法が使えなくなり危機に陥る。それは商人男爵たちが用意した不気味な装置による仕業であった。一方、城に潜入したセトはディアバルと再会する。ディアバルは自分たちは兄弟のようなものだと語る。そしてドクは城の書庫で真実の書を見つけ、ラディアンについて手がかりを得ようとするが…。

ディアバルはピオドンの追跡を逃れ、隠れ場所を守るために『世捨て人の信者』に協力していた。セトは意識の空間『シド』を通じて、地上では戦争状態になっていることを知る。急ぎ地上へ戻るもメリをおとりにされ、ドラグノフに捕らえられてしまう。一方、オコホは戦場を離れるモルドレッドたちを追う。モルドレッドたちはあろうことか商人男爵の船に降り立つ。モルドレッドは追って来たオコホに、ある事実を告げるのだった。

モルドレッドに感情はなかった。彼は来たるべき時に混乱を引き起こすために、父の指示で幼少の頃からカスラーン・マーリンに潜入していたのだった。彼の父ドゥーサン男爵は、感染者を奴隷とすることこそが目的であると明かす。地上では激情した女王ブーディカがファンタジア無効化装置を壊そうとするも、サントーリの攻撃で力尽きてしまう。オコホは捕らえられ、サグラモールは幼なじみのモルドレッドと刃を交わす。

ドラグノフはトルク将軍から、セトを捕らえることこそが目的であり軍事介入は本意ではないと聞かされていた。しかし、セトを捕らえたと伝えてなお、軍艦はカスラーン・マーリンを攻撃する。ドラグノフは命令に背き、駆け付けた部下たちとともに戦争を止めるための行動を開始する。セトは立ちはだかるサントーリに挑む。しかし、その強大な力に圧倒されてしまう。その時、戦場に謎の戦士が舞い降りた。

謎の戦士は『記憶の石』とともによろいに取り込まれたドクであった。戦士は女王を救うため駆け付けようとするが、石化能力を持つヴェローヌに阻まれる。セトはサントーリとの決戦に臨む。戦闘を楽しもうとするサントーリはセトを追い詰め暴走させようとする。しかし、人間を道具扱いするサントーリの言葉にセトの怒りが爆発する。オコホはドゥーサンに、メリはリゼロッテに、３人はそれぞれ憤りを爆発させる。

オコホに追い詰められ商人男爵たちは本性を現した。これで戦いは終わるかと思われたが、異端審問官ウルミナがサントーリを失った報復に、さらなるハーモニジウムを森に投下した。失われていくファンタジア。さらにウルミナの強力な奇跡によって操られた兵士たちが城壁へと迫る。ミルとジルの身を案じたセトは森へ急行する。ミルは絶望していた。大切なものを失った悲しみはやがて激しい怒りに変わり…。

絶望したミルは何もかもを破壊するために暴れる。そしてセトまでもがミルの怒りに反応して暴走し、ウルミナに捕らえられてしまった。最大の危機的状況の中、オコホは絶望するクイーン・ブーディカにその資質を問いただす。オコホの言葉で奮い立った女王はハーモニジウムを破壊しようと立ち上がる。メリ、そしてドラグノフとグリムが協力してセトを奪還。正気を取り戻したセトは暴走するミルを止めるために立ち向かう。

暴走するミルを止めたのは、セトが見つけたジルの忘れ形見であった。新しい命を前にしたミルは希望を取り戻す。この戦いで異端審問所のあり方に疑問を持ったドラグノフは、トルク将軍に問うため本国ボームへの帰還を決める。長い戦いは終わった。カスラーン・マーリン中の人々が集まるなか、クイーン・ブーディカは古いしきたりへのこだわりを捨てるべきと宣言し、新たな女王を任命する。