アシㇼパを連れ去ったキロランケたちを追い、樺太にたどり着いた杉元ら先遣隊一行。荷物に隠れていたチカパシとアイヌ犬のリュウが一行に加わる想定外の出来事に驚きつつ、周辺での聞き込みを開始する。幸先よくアシㇼパらしき女の子の情報を得た一行は、少女が向かったという森へ。だが、そこにいたのはアシㇼパではなく樺太アイヌの女の子だった。そんな中、杉元らの前にイタチ科最大級の猛獣・クズリが出現し、襲いかかるッ！ 俊敏なクズリに苦戦する杉元たちだが、そこに少女のヘンケ（祖父）が犬ぞりで駆けつける。一行は犬ぞりに乗り込んで難を逃れ、そのまま彼らの村で世話になることに。エノノカと名乗った少女の話では、アシㇼパたちはロシア人の村へ向かったという。 翌日、エノノカたちに犬ぞりで目的地まで運んでもらった一行は、到着早々厄介事に巻き込まれる。犬を盗まれた挙げ句、取り戻すためにロシアの伝統競技・スチェンカに出なくてはならなくなったのだ。その試合会場には、キロランケたちが探していた刺青の脱獄囚もやって来るかもしれないという。強者としか戦わないという脱獄囚を引きずり出すべく、杉元たちは試合で見事な勝利を収めるが……。

スチェンカに勝利後、会場で見かけた大柄な日本人に声をかける杉元。岩息舞治と名乗った男と杉元は握手を交わし、その瞬間に互いの強さを本能的に感じ取るのだった。 後日、杉元たちは再び試合に出ることになり、対戦相手として姿を現した岩息が刺青の脱獄囚だと知る。岩息の強さは凄まじく、杉元たちが4人がかりで殴りかかっても倒れない。そのうち殴られすぎた杉元が正気を失ってしまい、試合は混迷の様相を呈していくッ！ 杉元たちの狙いが刺青だと知った岩息は、もはやスチェンカの体をなしていない試合を放棄して逃亡。正気を失った杉元を置き去りにして月島らが後を追うが、クズリの襲撃を受け、岩息と共にロシア式蒸し風呂・バーニャの小屋に閉じ込められてしまう。 その頃、犬の奪還に成功したチカパシとエノノカは、狂乱状態の杉元に追われていた。犬の鳴き声に反応して小屋を離れたクズリと杉元の戦いが始まり、そのスキに月島たちもバーニャを脱出。谷垣とチカパシが銃でクズリを仕留め、再び相まみえた杉元と岩息が拳を交える。だが、極寒の湖に落ちた杉元が正気を取り戻し、一行は岩息を殺さずに刺青の写しだけを入手して見逃すことにするのだった。

キロランケたちがかつてウイルクの生まれた村があった場所を訪れていた頃、杉元らと岩息を見送った月島は、ふとしたきっかけから鶴見中尉の部下になった経緯を思い出す。それは、佐渡の島で疎まれながら育った少年時代と、いご草のような髪の娘との記憶と強く結びついたものだった。その娘と、日清戦争が終わったら駆け落ちをする約束をしていた月島。だが、彼の人生に暗い影を落としてきた父の存在によって願いは打ち砕かれる……。 帰郷した月島は、父が息子は戦死したとデマを流したせいで娘が自殺したことを知る。激昂して父を殺害し、死刑囚となった月島。そんな彼に面会を求めてきた鶴見少尉は、娘が実はまだ生きていると伝え、月島に生への執着を芽生えさせる。そして、ロシア語を習得して自分の部下になるよう促すのだった。 9年後、鶴見中尉の下で日露戦争に出征した月島は、奉天の戦場で同郷の兵士から娘の遺体が発見されていたことを知らされる。鶴見中尉に怒りをぶつける月島だが、そこにロシア軍が放った砲弾が飛来。重傷を負った鶴見中尉から娘の遺体発見が自分を救うための演出だったと聞かされた月島は、残りの命を鶴見中尉のために捧げることを誓うのだった。

樺太における政治・経済・文化の中心地である豊原にやって来た杉元たちは、いきなり置き引きの被害に遭う。鯉登の追跡により、犯人は樺太公演を控える曲馬団・ヤマダ一座の団員と判明。非礼を詫びる座長の山田が見せた手品をきっかけに、杉元は公演を利用してアシㇼパに自分の存在を伝えることを思いつく。さっそく出演者に加えるよう頼み込み、他の面々も巻き込んで練習を開始。そんな中、鯉登が驚くべき軽業の才能を発揮する。 そして公演当日。一行からまずは鯉登が登場し、アクシデントさえも味方につけて見事な軽業を披露する。谷垣と月島も役目をこなし、ついに大トリ・杉元のハラキリショーが始まった。鯉登に手品用の刀を真剣へすり替えられたせいで芸どころではなくなるが、アシㇼパを見つけるにはやり遂げるしかない。杉元が意を決して刀に力を入れたそのとき、舞台に数名のロシア人が乱入。銃を向けた相手を杉元が斬り倒し、ショーと勘違いした観客から喝采が巻き起こる中、公演は幕を閉じた。 その後、ロシア人の標的が座長だったことが判明。彼にはスパイという裏の顔があったのだ。座長からの情報で、杉元らはキロランケたちの目的地が亜港の監獄だと突き止める。

キロランケたちはすでに国境近くの町・敷香まで北上していた。ロシアへの入国を目指すキロランケたちだが、スネに傷を持つ身では正規の手続きは望めない。そこで一行は遊牧民族であるウイルタに接触し、彼らになりすまして密入国することを計画。だが、キロランケがロシア皇帝を暗殺した実行犯だと知る鶴見中尉が、すでに彼の動向をロシアに流していた。その情報を得た国境守備隊の狙撃手・ヴァシリがキロランケたちを狙い撃つッ！ ヴァシリの狙撃によって行動を共にしていたウイルタの男が重傷を負い、キロランケたちはその場から動けなくなってしまう。遠距離からの正確な射撃を目にした尾形は、国境守備隊に手練の狙撃手がいると確信。尾形の一撃が守備隊のひとりに命中したスキに、一行は森の中へと逃げ込む。これによりヴァシリもまたキロランケの仲間に狙撃手がいることを察知し、仲間の負傷にも感情を乱すことなく標的の追跡を開始する。凄腕の狙撃者同士による一騎打ちでは、仕留め損なえば次のチャンスはない。必殺の一撃を成功させるべく、己の感覚を研ぎ澄ませる尾形とヴァシリ。そんな中、木の陰に尾形らしき人影を捉えたヴァシリは慎重に狙いを定める……。

長い膠着状態に陥っていた尾形とヴァシリの一騎打ちは、夜が明けてついに決着の時を迎える。ウイルタ民族が天葬のため樹上に置いた棺桶に尾形が潜んでいると考え、先に引き金を引くヴァシリだが、それは尾形の罠だった。相手の居場所を確認し、ヴァシリを一撃で仕留めた尾形。しかし気配を消すための無理がたたり、尾形は高熱を出して倒れてしまう。朦朧とする意識の中、腹違いの弟・勇作にまつわる過去が尾形の脳裏に蘇る……。 軍で勇作と再会した尾形は、聯隊旗手に選ばれた品行方正な弟をたらし込もうとしていた。しかし勇作は女遊びを拒絶しただけでなく、父・花沢中将の教えに従って不殺を貫こうとする。人を殺して罪悪感を持たない人間などいないという勇作の考えを理解できない尾形は、彼の存在自体を否定するかのように、戦場で突撃する弟を背後から撃ち殺す。 その頃、白石から一緒に逃げようと持ちかけられたアシㇼパは、このままキロランケらと旅を続ける道を選択。父の足跡をたどることで、金塊をどうすべきか見極めようとする。尾形の回復後、一度は袂を分かった白石も、杉元からアシㇼパを託されたときのことを思い出し、再び彼女のそばへと戻るのだった。

激しい風雪の中、2台の犬ぞりに分かれて移動する杉元一行。だが、そりを引いていたリュウが列を外れたせいで、杉元のグループがはぐれてしまう。その場で待つのは危険だと判断した月島らは、近くの建物へ避難。住人の老人に事情を説明し、燈台に灯りをつけてもらうことにする。一方、杉元たちは谷垣のマタギの知恵で寒さをしのごうとするが、それも限界に近づきつつあった。そのとき、杉元は吹雪の先に灯りを見つける……。 燈台の灯りを頼りに、月島らがいる建物までたどり着いた杉元たち。翌朝、老夫妻に温かな食事をふるまわれた一行は、その席で彼らの娘が消息不明になっていることを知る。杉元らは旅先で娘を探す約束をして老夫妻の家をあとにすると、さらに北を目指す。 杉元一行が国境から140キロほど離れた樺太アイヌの集落に滞在している頃、キロランケたちはすでに亜港付近に到達していた。道中、キロランケから亜港監獄に収監中の反体制組織のリーダー・ソフィアについて聞かされ、興味を示すアシㇼパ。時を同じくして、そのソフィアのもとに一通の手紙が届き、手紙に隠されていたメッセージから、ソフィアはキロランケが樺太に戻ってきたことを知る。

杉元一行がキロランケらを追って亜港監獄を目指している頃、北海道では土方の一味が新たな刺青人皮の手がかりを追っていた。標的は、幕末に「人斬り用一郎」と呼ばれた元殺し屋・土井新蔵。網走監獄の隠し部屋で見つけた新蔵の所有物がエトゥピリカのくちばしだと突き止めた土方たちは、その鳥が生息するという根室へ。同地で接触したアイヌコタンの村長から、脱獄後に病床の妻を看取った新蔵が漁場で働いているとの情報を得る。 高齢の新蔵はすでにもうろくしており、漁場では働き手と見なされていなかった。そんな彼の前に刺客が現れ、暗殺された要人の仇を討つために刃物を突きつける。するとその瞬間、新蔵は暗殺者として恐れられていた頃の彼に豹変。そこに土方の一味も介入し、共に刺客らを一掃する。「人斬り用一郎」となった彼にとって、ここは京の町であり、対峙するのは若き日の新撰組「鬼の副長」・土方歳三。だが、勤皇派の道具として使い捨てられた用一郎と違い、土方はいまなお日本を守るための戦いに身を投じている。そのことに気づき再び老いた本当の自分に戻った新蔵は、土方の一太刀を浴び、奪った多くの命を感じながら死んでいく道を選ぶのだった。

ソフィアを脱獄させるための条件が整う時を待つキロランケたち。そんな中、キロランケはアシㇼパに、ウイルクと共に日本に渡る前に起こったある出来事について聞かせる。皇帝暗殺の罪で指名手配犯となったソフィア、キロランケ、ウイルクの3人。彼らはウラジオストクで写真館を営む長谷川に接触し、日本語の指導を依頼する。長い逃亡生活を続けてきた3人にとって、長谷川から日本語を学ぶ日々は束の間の穏やかな時間だった……。 そんなある日、いつものように写真館を訪ねた3人は、長谷川から突然もうここには来ないようにと告げられる。直後に写真館が秘密警察に包囲され、その標的が長谷川であることが判明。長谷川は日本軍から送り込まれたスパイだったのだ。なんとか警察の一掃には成功したものの、流れ弾によって長谷川の妻と赤ん坊が命を落とす結果となった。その後、長谷川と別れた3人は、海峡を覆った流氷の上を歩いて大陸から樺太へ渡ることに。だが自分を責めるソフィアは、ウイルクを愛するがゆえに革命家としてこの地に残る決断をするのだった。 一方その頃、ソフィアはキロランケからの手紙を通じ、ウイルクの死を知ることとなる。

亜港の岸辺に流氷が押し寄せ、ソフィアを脱獄させるための条件は整った。キロランケたちが監獄の塀に仕掛けた爆薬が爆発するのと同時に、中にいるソフィアたちも行動を開始する。ところが、爆薬の不発で脱出に使う穴の完成に手間取ったことに加え、外には獰猛なアムールトラが出現するという想定外の事態が発生。仲間と協力してトラを撃退後、ようやく外に出たソフィアは、そこでアイヌの服を着たアシㇼパの姿に気づく……。 アシㇼパの瞳を見た瞬間、彼女とウイルクの繋がりを確信して感極まるソフィア。計画通りソフィアと合流したキロランケたちは、流氷の上を移動して逃亡を図る。道中、白石と離れ離れとなるアクシデントがありながらも先を急ぐ一行。そんな中、ソフィアに父のことをたずねたアシㇼパは、ウイルクという名がオオカミの意味だと聞かされる。同時にアシㇼパの脳裏にアイヌ語の父の名前が蘇り、それは刺青の暗号を解く鍵だと気づく。 一方、キロランケたちの逃亡から程なくして、杉元たちも亜港監獄にたどり着いていた。周囲を捜索するうちにひとりはぐれてしまった杉元だが、そこで氷点下の海に落ちかけていた白石と予期せぬ再会を果たす。

刺青の暗号を解く鍵に気づいたアシㇼパの変化を、尾形は見逃さなかった。彼女を連れ出し、思い出したことを教えるよう促す尾形。だが、離れた場所で聞き出そうとする態度に、アシㇼパは疑念を抱く。その頃、月島と手分けして杉元を探していた谷垣と鯉登は亜港監獄の脱獄囚の襲撃を受けていた。脱獄囚の放った銃撃の音がキロランケたちのもとまで届き、尾形の手にした双眼鏡が、白石と共に近づいてくる杉元の姿を捉えるッ！ 鯉登と共に亜港監獄の脱獄囚を倒した谷垣は、銃声を調べに来たキロランケと遭遇。その姿を見るや、鬼の形相で襲いかかる谷垣。死闘の末、谷垣はインカㇻマッの仇であるキロランケに、彼女を刺したマキリ（小刀）で深手を追わせる。 一方、アシㇼパを連れ出した尾形は、杉元に追いつかれる前に暗号の鍵を聞き出そうとしていた。網走監獄で杉元と交わした会話をでっち上げるも、アシㇼパの記憶と齟齬が生じたことで企ては失敗。本性を見せた尾形は、アシㇼパに不殺の誓いを破らせようと挑発する。抗うアシㇼパだが、そこに現れた杉元の怒声に驚いて放った矢が尾形に命中してしまう。杉元の応急処置で尾形は死を免れ、アシㇼパは杉元と再会の喜びにひたるのだった。

負傷した谷垣に変わってキロランケを追う月島と鯉登だが、キロランケの仕掛けた爆弾によって月島が重傷を負う。戦いは鯉登とキロランケによる一騎打ちの様相を呈し、致命傷を負わされながらも鯉登を追い詰めていくキロランケ。だが、谷垣と月島の援護で鯉登は窮地を脱し、キロランケの自爆攻撃も間一髪で阻止することに成功。谷垣が一気にとどめを刺そうとしたとき、杉元たちと共に駆けつけたアシㇼパがそれを止めに入る……。 瀕死のキロランケに寄り添いながら、アシㇼパは刺青の暗号を解く鍵を思い出したことを伝える。それを聞き、これまでの旅が無駄ではなかったと悟ったキロランケは、アシㇼパに少数民族独立への想いを託して息絶えた。 北海道へ戻ることにした杉元たちは、その前に尾形の治療が必要だと判断。亜港の町で接触した医者に尾形を診てもらうが、手術の甲斐もなく快復は絶望的と思われた。ところが尾形は奇跡的に意識を取り戻し、杉元たちのスキを突いて病院から逃亡してしまう。 再び相棒として金塊争奪戦に関わることになった杉元とアシㇼパ。アシㇼパを、金塊をめぐる争いから解放するーー今の杉元には、それこそが一攫千金よりも重要な目的となっていた。