ミュウアクアの力で東京の街を汚染から救ったミュウミュウ5人。 さらに、いちごは青山くんと心が通じ合い、ついに念願の両想いに！　みんとたちやみわ＆もえ、そしてお父さんとお母さんからも祝福され、幸せいっぱいのいちごは、週末に青山くんと一緒に水族館の子ども向けイベントの手伝いをすることに。 イベント当日、ボランティアをしながらデート気分を満喫するいちごだったが、そこにキッシュが現れて……？

ミュウイチゴのピンチに現れた謎のイケメン、蒼の騎士。彼はいったい何者なのか……？ いちごが思いを巡らせていると、突然みんとが家を訪ねてきた。 どうやらみんとは、家族から子ども扱いされたことに怒って家出中みたい!? 自分はもう子どもではないと誓司たちに見せつけるため、風力発電の事業プランを考えようと一生懸命のみんと。いちごたちは力を合わせてみんとの実験をサポートする！

誕生日を迎えた弟妹と一緒に、TOKIOドームで行われるサーカスを観にいくことになった歩鈴。 そのサーカスは、歩鈴のお父さんと天国へ行ってしまったお母さんにとっての大切な場所。家族が大好きな歩鈴は公演を観られることが楽しみで、いつも以上に元気いっぱい！ だがその頃、エイリアンたちは「TOKYO大陸復古＜トーキョー ゴンドワナ・ルネッサンス＞」作戦第2の皿を始動しようとしていた。その標的となるのは、なんとTOKIOドームで……⁉

船上パーティーで白金に励まされて以来、れたすは少しずつ表情が明るくなってきた。 そんな中、海洋博物館にミュウアクアらしきものがあるという情報が入り、れたすは白金と二人でその真偽を確かめにいくことに。ドキドキを隠しながら、古代のイヤリングを調査するれたす。 だがそのとき、二人の前にキッシュが出現！　攻撃を受けたれたすは海に落ち、波に流されてしまった……。 やがてれたすが目を覚ますと、そこは──？

セルフプロデュースで新曲のMVを作ることになったざくろ。いちごたちも一緒に出演することに！ 監督を務めるのは、ざくろの同級生で天才映像作家と呼ばれる皆川理香。どうやら二人には過去に因縁があるみたい？ 撮影が始まると理香は無茶ぶりを連発。ざくろはどんなオーダーにも完璧に応えていくが理香は納得がいかないようで、二人は激しく火花を散らし合う。 だが、いちごたちの出番が来たとき、二人の表情に変化が生まれて……？

アルトの正体は、なんと白金だった⁉ 衝撃の事実に大ショックのいちご。そんな彼女に、赤坂は白金の過去を語り始める。それは「μ（ミュー）」プロジェクトの発端にも関わる、悲しく切ない物語だった……。 一方、みんとは誓司の会社の新製品を見学しに、東京湾を訪れていた。海中のゴミを全自動で掃除するという画期的なマシンに感激するみんとだったが、そこにパイの魔の手が迫る――！

順調にミュウアクアを集めていくミュウミュウ5人。しかしエイリアンたちも攻撃の手を緩めず、戦いはより激しさを増していく。 そんな中、最近青山くんとデートできていなかったいちごは、ランチデートを計画！　お母さんからアドバイスをもらいながら、愛情を込めたお弁当を手作りする。 青山くんは喜びながら食べてくれて、久しぶりに幸せな時間を満喫する二人。 だが、そんないちごたちに大きな試練が訪れようとしていた……。

ミュウイチゴであることを青山くんに明かしたいちごは、隠し事がなくなり幸せいっぱい。でも青山くんはいちごが心配で思い詰めているみたい？ 一方、蒼の騎士との戦いの中で何かに気づいたキッシュは、パイ、タルトと共に一気に行動を開始する。 エイリアンたちの急襲に翻弄されるミュウミュウたち。 いちごはキッシュにさらわれ大ピンチに！　キッシュがいちごにあふれ出す思いをぶつけていたとき、二人のもとにある人物が駆けつける。

カフェミュウミュウを襲うキメラアニマを倒したいちごたちは、東京上空を覆う雲を浄化するためにミュウアクアを探すことに。ざくろの感覚を頼りに、地下水道を捜索する。だがその行く手を阻むエイリアンたちは何かを企てているようで……？一方、藍沢家に閉じ込められていたみんとは、誓司を説得し、パイが暴走させた大気浄化システムを止めに行こうとしていた。そして、キッシュの言葉に心乱されていた蒼の騎士＝青山くんは――？

いちごが目の前で傷つけられたショックで、エイリアンの救世主・ディープブルーとして覚醒した蒼の騎士＝青山くん。その様子を目の当たりにしたいちごは、あまりの衝撃に目の前が真っ暗に……。みんとたち4人は地球の未来を守るためエイリアンと戦うことを決断するが、青山くんを守りたいという強い想いに駆られたいちごはその力を仲間に向けてしまい――？今、ミュウミュウの絆が試される！

ついにミュウミュウとエイリアンの最終決戦が幕を開ける！パイとタルトとの戦いをみんと、れたす、歩鈴、ざくろに託し、一人ディープブルーのもとへ急ぐいちご。それはミュウアクアを見つけ出し地球の未来を守るため、そして青山くんともう一度話をするため--。しかしディープブルーは、そんないちごを冷たく突き放つ。だがそのとき、二人の間にキッシュが乱入！　彼もまた“大切なもの”を守ろうとしていた…

最後のミュウアクアは、なんと青山くんの身体の中にあった！ ミュウアクアの力で母星から住人を地球へ呼び、人類を滅ぼそうと企むディープブルーに、人類とエイリアンが共に生きる未来を考えようと必死に訴えかけるいちご。 すると、ディープブルーの中にある青山くんの心に変化が生じて……？ ミュウミュウとエイリアンの長く激しい戦いはいよいよ決着へ！　はたして地球の未来の行方は――⁉