隠岐の島での戦いから８ヶ月が経った。北米軍は自律思考型ＡＩ搭載機を実戦投入、その支配領域を拡大させ、治安維持の名のもと日本人への弾圧を強めていた。ガシン達は戦っていた。「知らない誰かを守るために」と。

突如現われた未確認のＡＭＡＩＭ、それに乗っていたのはアモウとガイだった。再会を喜ぶシオンや熊井たち。しかしアモウは、どこかよそよそしく多くを語ろうとしなかった。そんな彼らに部隊を補充した北米軍が迫る。

ユーラシア圏と北米圏が接触する境界線の一角、そこで北米軍を押し返しているユーラシア軍部隊があった。アレクセイ・ゼレノイ率いる部隊だ。味方の窮地を救うため出撃していくブラッドたち。開発中の新型機を携えて。

ガシン達に問われ、彼らの気持ちを察して８ヶ月間の出来事を話し始めるアモウ。アモウはミスズが代表を務めるＡＩ開発機関の予備施設にいた。束の間、平和な時を過ごすアモウ。しかし、そんな彼らに悲劇が襲いかかる。

ユウセイからの救援要請を受けて東北の地を訪れたアモウたち。そこには親日家のユーラシア軍人が作った日本人保護区があった。だが、北米圏拡大によって前線と接触。アモウたちは保護区を守るため北米軍を迎え撃つ。

『八咫烏』一同に新たな任務が下りる。だがそれはガイ、ケイ、ナユタに決して知られてはいけない特別な任務だった。アモウたちの様子に気づいたガイたちは、様々な手段を駆使して、その秘密を暴こうと奔走するが――。

勢いを増す北米軍に対抗するため、大ユーラシア連邦、アジア自由貿易協商、オセアニア連合が協力体制を築いた。彼らは北陸地区を解放し、「日本の中に新しい日本を作る」という提案を元に『八咫烏』へ参加を打診する。

新日本協力機構の最初の仕事は北米同盟との交渉だった。その予備会談のゲストとして東京に足を踏み入れるアモウ。しかし会談が行われる直前、北米同盟側の代表である政治家が何者かによって狙撃されてしまう。

軟禁されていたアモウとアレクセイはブラッドの手引きによって脱出を果たした。２人はきな臭さを感じつつも、一路、北陸を目指す。宇堂達は２人を救出するため、北米軍は捕縛するため、それぞれに部隊を差し向ける。

新日本協力機構軍との交戦を経て、北米軍は北陸への大攻勢作戦へと舵を切った。極東方面軍総司令官も日本に到着する。アモウたち新日本協力機構は馬﨑を失った傷を癒やす間もなく、次なる戦いへの準備を急ぐ。

ついに新日本協力機構軍と北米軍の戦闘が開始される。戦力はわずかに北米軍の方が上。その不利を覆すように各所で善戦を繰り広げるガシンたち。だがアモウの乗るケンブ斬の前にブラッド操るゴースト搭載機が現われる。

機体損傷が酷く、ガイもダメージを負ったケンブ斬。戦況も新日本協力機構軍劣勢に大きく傾いている。しかし絶体絶命のアモウの周りに３体のＩ‐ＬｅＳが集まり、いま全員の力をケンブ斬に宿らせ、強大な敵に立ち向かう。