忍者の末裔が噛むと、潜在能力を強力に引き出すことができる「ニンジャガム」。その開発を極秘でおこなう研究員のバートン、ベレッカ、ロンの３人は、実験を始めて丸３年、失敗記録を更新し続けていた。そんなある日、いつものように失敗に思われた実験だったが…

ニンジャガムによって子供の姿になってしまったバートンとベレッカ。２人はそれまでWNA（世界忍者協会）で「ニンジャガム」の開発をしていたが、その研究所も封鎖されてしまった。為す術なく、それぞれの自宅へと帰っていくが、彼らの家はすでに何者かによって解約され、スマホも使えない状態になっていた…

運動神経バツグンな少年バーンは、大好きなバスケットボールで今日も大活躍。 ある日、離れて暮らす父親の夢を見るが、夢の中で父は何者かに襲われてしまう。胸騒ぎをおぼえたバーンは意を決し、父の家へ。そこでバーンは、父と忍者が戦う場面に遭遇し…

明るい性格で友達思いの少女ルーシーは仲良しのサツキ、サリーと一緒に、アイスを食べながら歩いていた。すると、サツキが誤って、２人組の不良の１人にアイスをつけてしまい、トラブルに。友達を助けようと「やめろ！」と叫ぶルーシー。その時、ルーシーの右眼は赤い閃光を発し…

倉庫街では、マフィアたちによる闇取引が行われていた。そこへ颯爽と現れる、天才ダンス少女のエマ。彼女は踊るようなアクションでマフィアを撃退。その様子を目撃者がスマホで撮影し、ニュースとして拡散した。これを見たWNAの職員ウォーレンは、エマに接触を試みることに…

子供の姿になったバートンとベレッカは、入学式が行われるWNAアカデミーへ行き、新入生としてまぎれこもうとする。そこには、バーン、カッペイ、ルーシー、エマらの姿もあった。そして校長が、ニンジャとしての素質があるかどうかを見極めるため、バートンとベレッカの瞳を覗き込む…

ついに始まったアカデミーでの生活。バートンら６人の担当になったのはマッチョなブルースと、セクシーなエイミー。各々がアカデミーでのルールなどについてブルースに質問をする中、ルーシーは「ここ、やめたくなったら、やめてもいい？」と、みんなが驚くようなことを言い出す…

WNA本部にあるサーバー室への潜入を企てたバートンとベレッカ。どうにかこうにか本部の屋上へとたどり着き、通風ダクトからの侵入を試みる。点検作業の10秒間だけ回転が止まる排気ファンの隙間を通って先へ行こうとするのだが、バートンはリュックが挟まり、身動きが取れなくってしまう…

WNAアカデミーが休みの日。街の一角でストリートダンスをしていたエマの耳に、犯罪を企てる男たちの声が聞こえてくる。一方その頃、ビルの屋上から町を見下ろしていたルーシーは、まさに今、トラックを盗もうとしている２人の男の姿を目撃する。正義感の強いエマと好奇心旺盛なルーシー、それぞれの奇妙な尾行が始まる！

ある日アカデミーに途中入学してきた２人の子供は、ロンとジェーンと名乗る。かつて、ニンジャガムの開発を共にしていたロンなのか？と驚きを隠せないバートンとベレッカ。アカデミーのデータを改ざんして入学したロンとジェーンには何か企みがあるようで、２人は時折、不穏な空気を放ちながら言葉を交わす…

初めての屋外訓練に挑戦することになったアカデミーの生徒たち。バートン、ベレッカ、ロン、エマはヘリから密林に降下し、バーン、カッペイ、ルーシー、ジェーンは砂漠に降り立つ。それぞれのチームは、ニンジャガムに頼らずに、自力でアカデミーを目指すことになった…

バートンたちがやって来たのは、寂れた建物が並ぶゴーストタウン。そこでニンジャの基本中の基本、隠れることを学ぶため「かくれんぼ」をすることに。すると、ルーシーが、このゴーストタウンでは得体の知れない怪物が出ると言い出す。町を囲む森の茂みでは何者かの眼が光っていた…

野外訓練でジャングルにやってきたバートンたちは、ポリスとギャングに分かれて、ニンジャガムを使った追いかけっこバトルをすることに。エマとカッペイがポリスチームとなり、その他の生徒は２人に捕まらないよう、散り散りになっていく。そうした訓練が行われる中、ガサガサと揺れる藪の中から、何者かが生徒たちを見ていた…

バートンは、有名な物理学者の講演会へ一緒に行こうと、ベレッカと約束をしていた。しかし当日、バートンの姿はどこにも無く、ベレッカは他の生徒たちに聞いて回るが、誰も彼の行方を知らない。ロンの姿も無かったことから、ベレッカはよからぬ想像を巡らす…

ＷＮＡ本部のラボでは未確認生命体がカプセルの中に囚われていた。深夜、その未確認生命体が眠りから目を覚まし、カプセルを破壊して脱走しようとしていると、何者かがやって来る。その侵入者が機材のスイッチを触ると、未確認生命体がいるカプセルのふたは開かれてしまうのだった…

地球外生命体の出現により、ＷＮＡでは討伐隊が結成された。そして、生徒たちは初忍務を任される。それは、謎の浮遊する光が目撃された洞窟に討伐隊よりも先に行き、その正体を確かめるというもの。洞窟の入り口に一同が到着すると、今回の忍務のために臨時で配属されたクリス先生が待っていた…

スペースニンジャの偵察忍務を行うため、バートンたちはジャングルへ向かうことに。ただ、そこにロンとジェーンの姿はなかった。仮病を使って授業を欠席した２人は、WNAで起きている不審な動きを突き止めるため、本部への侵入を試みようとしていた。そしてジャングルでは…

倒しても倒しても一向に減らないスペースニンジャに頭を悩ませるWNAの幹部たち。その生態を把握するため、バートンたちにある忍務がくだされた。それは、スペースニンジャを尾行してすみかを突き止めるというものだった。順調に１体のスペースニンジャの尾行を始めたバートンたちだったが…

とある岬で未確認生物が目撃された報告を受け、バートンたちは調査を行うことに。現地へ向かうバスの中には見知らぬ女性が１人。バカンス中のエイミー先生の代わりに来た、デイジー先生だった。やがて一行は、不穏な雰囲気を放つ海辺の村に到着する…

ベレッカが幼い頃、研究者であった父は調査活動中の事故で命を落としたのだという。その父の同僚であり親友だったレナードと遭遇するベレッカ。何者かに命を狙われているというレナードは、再会場所のメモを渡すとすぐに立ち去ってしまった。源柳斎に相談したベレッカたちは、追っ手から彼を守りながらアジトまで連れてくることに…

父・ショーンが命を落としたのはシャドーニンジャに襲われてのことだったと知ったベレッカ。その場所を自分の目で確かめるため、ベレッカはジェーン、カッペイとともにオエドへ向かう。オエドに到着するとカッペイの祖父・源雲斎と、バートンから忍者便で送られてきたゴローが待っていて、ともにシャドーニンジャの動きを探ることに…

忍務を終えたバートン、ロン、バーン、ルーシー、エマはWNAアカデミーへと歩いていた。背後に気配を感じたエマが振り返ると、そこに１体のスペースニンジャの姿が！　優しそうな顔で何かを訴えるスペースニンジャに、いきなり攻撃するルーシー。あっけなく気絶してしまったスペースニンジャを見たバートンは、ある考えを話し出す…

とあるビルの巨大看板の前に集まったスペースニンジャたちは、何かを企む表情を浮かべていた。一方WNAでは諜報部長官であるアレンが、大量のニンジャガムを使ってスペースニンジャをおびき出し、一気にせん滅するという作戦を提案。作戦には討伐隊だけでなくアカデミーの生徒も参加することに…

スペースニンジャを倒したことを祝って、WNA本部ではアレンが演説をしていた。その様子を苦々しく見ていたロン。バートンはそんなロンをイーグルシティで開催中のカーニバルに誘い出す。一方、演説を終えたアレンは執務室でツキカゲに、ある命令を下す…

オエドの採掘場に潜入しようと様子をうかがうベレッカたち。この大規模な採掘場では、シャドーニンジャが周囲を監視していた。資材を搬入するトラックに隠れて採掘場の中に入ることに成功するが、目的の場所へ行くエレベーターの前にはさらに見張りが立っていた…

シャドーニンジャの施設である隕石の採掘場に突入したＷＮＡアカデミーの生徒たち。橋の爆発によってルーシーとエマは水路へ流され、バートン、ベレッカ、ロンは奈落の底へ落下した。難を逃れたジェーンたちはマキフォンでルーシーに連絡をすると、「エマが全然起きない」という返事が…

ＷＮＡアカデミー・ナンバーワンを決めるニンジャラチャンピオンシップの開催が発表された。やる気をみなぎらせる生徒たち。ベレッカは「どうしても優勝したい」とバートンに強い決意を伝えるのだった。そんな様子を二つの人影が見ていた…

ニンジャラチャンピオンシップで優勝するため、源柳斎に特訓を申し込むベレッカ。源柳斎の助言で、ベレッカは自分の能力を最も引き出せるガムウェポンをイメージすることに。その時、ネコのゴローがすり寄るとベレッカの両手に、ネコのような素早いフットワークができるガムウェポンが出現する！

ニンジャラチャンピオンシップが開幕し、予選を勝ち進んだバートンをたたえる仲間たち。別の教室ではダンがクラスメイトに、バートンたちの忍者らしからぬ行動の数々を嘆いていた。そんな中、キースはカモ料理を食べに行こうと教室を出ると、行く手を遮るバーンとカッペイから大食い対決を申し込まれる…

ニンジャラチャンピオンシップの予選を前にしたタイラーに、熱い言葉を掛けるダン。タイラーはダンに微笑を向けると、スマホの待ち受けの写真を見て、過去を懐かしむ。そこには、つり橋の前でポーズをとる幼い頃のダンとタイラーたちの姿があった…

予選突破に向けて特訓中のカッペイは、トレーニングをするメイを目撃する。一見、鈍い動きに見えたメイだが、体に着けていた重りを外すと、たちまち丸太を木っ端みじんにしてしまうのだった。 そしてカッペイの成長を一目見ようと、源雲斎がオエドからやって来る。双子の弟・源柳斎の大好物を手土産に持参するが、目を離したすきにゴローに持ち逃げされてしまう…。

ニンジャラチャンピオンシップに出場するバーンを応援するためにバーンの母親がＷＮＡアカデミーを訪れる。母から、ケガを負った父が順調に回復してると聞かされ、やる気をみなぎらせるバーンだったが、いったい父はあの時誰に襲われたのか、その真相を解き明かそうと仲間とともに調べ始める。

ルーシーはＷＮＡアカデミーの寮へ戻ってくると、自分の部屋に手紙が挟まっていることに気付く。差出人はルーシーの両親からだった。両親が試合を見に来ることをルーシーがエマたちに話していると、封筒から一枚の写真が落ちる。写真にはＷＮＡアカデミーに来る前の、眼帯をせず、今とは雰囲気の違うルーシーの姿があった…

ニンジャラチャンピオンシップ予選が終わり、決勝へ進出する10名が決まった。バートンは、決勝進出者それぞれの予選での戦いを思い返しながら、決勝戦での作戦を練っていた。バートンはあることを思いつく。 そのころダンはＷＮＡアカデミーに入ってからのことを思い出していた…。 そして、ニンジャラチャンピオンシップ決勝戦が始まる！

ニンジャラチャンピオンシップ決勝戦は４人に絞られた。競技場ではロンとタイラー、ルーシーとメイがそれぞれ激戦を繰り広げている。ルーシーとメイは互いに激しい打ち合いをしながら勝負を楽しんでいた。一方、間合いを詰めながら、隙を探り合って戦うロンとタイラー。その時ロンは、タイラーの構えを見て、あることを思い出す…

ＷＮＡアカデミー所有のプライベートビーチにビーチキャンプにやって来た生徒たち。早速バーンとカッペイは海へ駆け込み、猛スピードで泳ぎを競っていると、同じく海に来ていたキースとタイラーに遭遇する。さらに、ダンの声も聞こえ、バーンとカッペイが振り向くと、そこには浮き輪にシュノーケル、水中ゴーグルなど、フル装備のダンがいた…

寮内で「今日ハ休日デス」と知らせて回る黒子。その横を、大量のリンゴを持った食堂のおばちゃんが通ると、リンゴが一つ、黒子の頭に落下。すると黒子は倒れ、手をバタバタさせて回りだす。そこへナオミが現れ、黒子をバシっと叩いて直してしまう。助けてもらった黒子は恩返しをしようと、ナオミに困っていることが無いか尋ねる…

夜のＷＮＡアカデミーの寮。生徒たちは見回りをサボって参加したブルース先生も交えて怪談話に興じていた。そしてルーシーの番。最近アカデミー内でもちきりになっている、生徒たちの身に起きた身の毛もよだつ“噂”があると言う…。バートンたちはその真相を確かめようと、夜のアカデミーに足を踏み入れる。

河原で、捨てられていた竹刀を拾ったカッペイ。足音がして振り返ると、そこには困った顔の少年ジミーが立っていた。カッペイが竹刀を捨てた理由を聞くと、ジミーは、道場に何年も通っているが上達せず、今度の進級試験で１勝もできなければ道場をやめなくてはいけないと打ち明ける。すると、カッペイが指導を買って出る…

アカデミーの食堂では、エイミー先生が畑で育てたカボチャを使った特製パイが振る舞われた。するとバーンが、幼い頃に好きだった絵本について話し出す。それは、カボチャを食い荒らすデビルアントを、ヒーローのカボチャ大魔王が退治する「カボチャ大魔王」という絵本。バーンたちがその絵本について話すのを、ブルース先生は寂しそうに聞いていた…

いつものようにダジャレを連発して生徒たちを困惑させているブルース。そのダジャレの一つに、ロンは既視感を覚える。だが、それをいつ、どこで聞いたのかまでは思い出せなかった。休み時間、宿直室のカギをなくして焦るブルースの前にロンが現れる。ブルースを落ち着かせようと、その両肩をロンが両手でガシッと押さえた瞬間、二人は同じことを思い出す…

エントランスに座る、やる気なく、たるんだ態度のアカデミーの生徒たち。そこへあくびをしながら現れたバートンにダンは、生徒がたるんでいる元凶はお前だと、難癖をつける。生徒たちの態度にニンジャの未来を案じ、教師には呆れ返るダン。ため息を漏らすと、ふと、あることを思いつく。そこでダンは、校長に「生徒会を作りたい」と申し出る…

ＷＮＡ本部では幹部たちが集まり、会議が開かれていた。その時、突然室内の明かりが消えると警告音が鳴り、緊急用の赤い非常灯がつく。ＷＮＡのシステムが外部からのハッキングを受けたことが分かり、ざわつく幹部たち。一方、ジェーンは街のバーガーショップで会計をしようとＷＮＡカードを店員に出すのだが、そのカードは使えなくなっていた…

バートンたち８人は訓練場に集まり、自主練でサバイバルバトルをすることに。それぞれガムウェポンを出す中、バーンとカッペイが競い合うようにニンジャガムを大きく膨らませると超巨大ガムウェポンが出現。そして２人の超巨大ガムウェポンの攻撃がぶつかりあう時、突然光に包まれ、全員がうんちの姿に！

アジトにこもって、とある発明のために作業をしているバートン。しかしその傍ではダンスをしているエマや、スケボーで競り合うバーンとカッペイの姿。発明の完成を急ぐバートンだが、ゴローやガムッチまで現れ、さらにベレッカに声を掛けられ、集中できない。そこへ来たルーシーが実験中のフラスコを割ってしまうと液体が爆発し、とうとうバートンの堪忍袋の緒が切れる…

バーン、カッペイ、ルーシーとモノレールに乗るエマの耳に、突然、どこからか「怪我人は出さない。我が輩はヒーローであるが故に」という声が聞こえる。程なくして、ガガっと車内に衝撃が！　なんと、レールが切れ、高架から飛び出したモノレールは今にも落ちそうな状態で停車していた。その時、黒いマントに身を包んだニンジャのような大男が現れた…

バートンとエマは、謎の大男ニンジャマンと激しい戦いを繰り広げていた。その時、ニンジャマンの右手から猛烈な火炎が噴き出され、バートンたちは行く手を阻まれて絶体絶命に！　そこへバーンとカッペイ、ルーシーがやって来て、バートンたちを助け出す。ニンジャマンと戦えることに興奮したルーシーは攻撃を仕掛けるが返り討ちにされて、眼帯を外す。その瞳が怪しく輝くと…

オエドの採掘場で隕石の掘り出しが完了し、ＷＮＡの研究者は隕石のコアを取り出す作業を開始する。その時、辺り一帯を埋め尽くすほどのスペースニンジャがうごめいていた。ＷＮＡ本部にも掘り出し完了の報告が入り、アレンは隕石のコアをＷＮＡ本部に急ぎ持ち帰るよう指示を出す。そんな動きに不審を抱く源柳斎はバートンたちに内密でオエドに向かう指示を与える…

スペースニンジャとシャドーニンジャから狙われた隕石を守るため、バートン、ベレッカ、エマ、バーンはレナードと一緒に、隕石のある採掘場を目指していた。前夜に戦ったシャドーニンジャのヘビマルの話になるとレナードは、「ヘビマルは必ず戻ってくる」と一同に告げる。その頃、ヘビマルは殺気を帯びた表情を浮かべ、他のシャドーニンジャとは離れて単独行動を開始する…

シャドーニンジャとスペースニンジャを撃退して隕石を守ったバートン、ベレッカ、バーン、エマたちだったが、なぜか御庭番衆たちに取り囲まれてしまう。「隕石は預かろう」と御庭番衆はバートンたちに提案するが、その言葉を信用できないバートンは自分たちが持ち帰ると断るのだった。そして隕石の到着を待つＷＮＡ本部では、アレンが幹部たちを前に…

オエドからシノビの力が秘められた隕石を持ち帰ったバートンたち。しかし、ＷＮＡ本部内では、シャドーニンジャが大統領を誘拐して、その身柄と引き替えに隕石を要求してきたため、大騒動となっていた。ジェーンが大統領の居場所を突き止め、御庭番衆が救出に向かうことを知ったバートンは源柳斎に、自分たちも大統領の救出に行かせて欲しいと頼み込む…

シャドーニンジャにとらわれたハロルド大統領の身柄と隕石の取引にオペラ座へやって来るアレン。しかしアレンは隕石の引き渡しを拒みシャドーニンジャとの大乱戦に突入する。そこへスペースニンジャも現れて、大統領と隕石を守りながら戦うバートンたちは大パニックに！大統領を安全な場所へ逃がそうと誘導するアレンだったが…

解放されたルーシーの力により崩れていくオペラ座で、ロンとアレンは互いの武器をぶつけ合う。多くの犠牲を生み出してきたアレンの野望を終わらせるため戦うロン。徐々にアレンの力が弱まっていき、ついにロンの一撃でアレンは倒される。ハロルドは保護され、事件は無事収束するが、バートンはあることに気付く。隕石が無くなっていたのだ！　また、そこからルーシーの姿も消えていた…

ある夜、車を走らせていた2人組の女性たちは、道に佇む少女に声を掛けた。すると少女は眼帯を外し、不敵に笑う。そして瞳が光ると、女性たちが乗る車はガタガタと揺れ始めた！　一方エマは、忽然と姿を消したルーシーを見つけようと、戦いの爪痕が残るオペラ座の前で、行き交う人に写真を見せて手がかりを探していた。しかし、なかなか手がかりは得られず…

エマは、ルーシーがアカデミーに戻る意思が無いことをバートンたちに告げると、話題を変えるかのようにカボチャ畑の手入れをしようと提案。その頃、ＷＮＡ本部の会議室にいたブルースは、呼び出されたのにほったらかしにされたことに怒り、部屋を飛び出す。すると御庭番衆に遭遇するが、本来こんなところに御庭番衆がいることはないはずとブルースが考えていると…

ＷＮＡ本部はシャドーニンジャに占拠され、幹部や大勢の職員たちは監禁される。マスターシャドーはＷＮＡが手中に収まったことに満足し、ダンはそんな彼の考えに心酔していた。一方、アカデミーでは源柳斎の号令のもと、本部から逃れて来た御庭番衆や生徒らが集められる。するとそこへ、忍者装束を着た男が！　マスクを外した男はなんと、バーンの父・マックスであった…

ＷＮＡアカデミーでは、シャドーニンジャの襲撃を防ぐため生徒たちがバリケードを作っていた。一方、イーグルシティの一角、古い工場街にある廃ビルの屋上にロンとジェーンの姿があった。ジェーンはＰＣでＷＮＡ本部の様子をうかがい、ロンは街並みを眺めている。すると、ロンの目に何かが留まる。それは、周囲に気を配るように移動するチョコミン…

服部ハンゾウの血を引くバートンは、無意識のうちに鬼のハンゾウの力を使いダンに攻撃を仕掛けたことに思い悩んでいた。そんなバートンに源柳斎は、自分の運命を受け入れ、その力を今回起きている騒動を治めるために生かすべきだと声を掛ける。その時、エマがやって来てタブレットを見せると、そこにはイーグルシティ各地で暴れるスペースニンジャたちの姿が映っていた…

シャドーニンジャの警備をかいくぐり、市議会議事堂に忍び込んだマックス。市長と市議たちが集まり、マスターシャドーによるイーグルシティ統治を受け入れようとしている。その報告を受けた源柳斎の前で、カッペイは「マスターシャドーを倒せばいい」と言うが、バートンは「ちゃんと話し合った方がいい」と訴える。しかし源柳斎もバートンの意見に懐疑的な反応を示し…

隕石保管室に隕石を奪いに来た２体のスペースニンジャが外からその扉を開けようとしていた。そこへ、スクラップサーベルを振りかぶったルーシーが現れ、２体は隕石保管室の中へと吹っ飛ばされる。その時、スペースニンジャの１体が誤って、隕石保管室にいたヘビマルを丸のみすると彼らは光に包まれ、謎の生命体ダークニンジャが誕生する…

イーグルシティの市長に新しいリーダーとして紹介されるマスターシャドー。着々と支配を進めるマスターシャドーは、ニンジャによる統治でイーグルシティを理想の都市にしようと、さらなる計画を実行する。そして彼の理念に賛同するボトルコレクターズの面々は、それぞれの思いを胸に再びＷＮＡアカデミー生徒たちと対峙するのだった。

コメリカ大統領ハロルドは、イーグルシティにミサイル攻撃をすると発表する。その発表を受け、バートンたちが動揺する中、源柳斎はあることに気付く。それは、コメリカ大統領はマスターシャドーによる傀儡の術で操られているというものだった。マスターシャドーは大統領を悪者にして民衆を味方に引き込もうとしていたのだ…

ＷＮＡ本部でシャドーニンジャやスペースニンジャと戦うバーン、カッペイ、エマ、ナオミ。そこへロンとジェーンも駆けつけるが、次々と現れる敵に悪戦苦闘する。更に、一体のスペースニンジャがシャドーニンジャを呑み込み、ダークニンジャに！　すると、疾風のごとく現れた源柳斎が、ダークニンジャたちを弾き飛ばした。そのころ地下倉庫で目を覚ましたバートンとベレッカは…

ある夜、イーグルシティ上空に現れた一筋の流れ星をＷＮＡアカデミーの生徒たちは目撃する。翌日、バートンとベレッカがブルース先生と街で備品の買い出しをしていると、前を通り過ぎる謎の人影が。その人物は自動販売機のことを知らず、お金を入れずにいじっていると、警官にとがめられる。が、次の瞬間、その姿は消えていた…

火事現場でバートンたちを助けたエゼットを見て、ニンジャの子孫に違いないと思ったブルースはＷＮＡアカデミーにスカウトしようとする。ブルースはあれこれと誘い文句を繰り出すが、そのどれにもエゼットは冷めた反応を示す。しかし、「ニンジャガムも食べ放題！」とブルースが言った瞬間、エゼットは内心で動揺する…

ＷＮＡアカデミーでは、「ニンジャラバトルフェスティバル」が開催されることに。その前日、エゼットは、バートンとベレッカが話しているのを目撃する。その内容が自分に関する良からぬことだと悟ったエゼットは、アカデミーから逃げ出すことを考える。しかし、ある使命のため、ニンジャラバトルフェスティバルへの参加を決意するのだった。そして翌日、生徒らは予選のおこなわれるゴーストタウンに集められた…

ニンジャラバトルフェスティバルに優勝してニンジャガムを手に入れようとしていたエゼットだが、盗んだ方が早いと思い直す。そんなエゼットのことをベレッカは怪しいと、バートンたちに訴える。バートンたちはブルースと食事をするエゼットを見つけ聞き耳をたてると、エゼットはブルースからニンジャガムの在りかを聞き出そうとしていた…

バトルフェスティバルに参加できて張り切るガムッチはエゼットを朝練に誘いに来る。だが、ガムッチがスペースニンジャに違いないと考えるエゼットは逃げ出してしまう。そのエゼットのことをシャドーニンジャの一味だと疑うベレッカは、このまま彼を放っておいていいのかと、バートンに詰め寄る。その頃、火球の目撃された地点では、御庭番衆が調査をしていた…

ＷＮＡアカデミーの道場で、いつものように小競り合いをしているバーンとカッペイ。2人が競って放ったクナイは、近くで練習をしていたエゼットの横をかすめていく。周りを見回し、クナイを放ったのはロンが自分の正体を知り襲ってきたのだと勘違いするエゼット。「ヤられる前にヤらなければ」と、エゼットは自分を狙ったロンを、倒す決意をする…

エゼットが朝早くどこに出かけるのか探る約束をバートンにすっぽかされ、ベレッカは不機嫌になっていた。そんなベレッカがニンジャラバトルフェスティバルで次に対戦するのはバートンのチーム。闘志をむき出しにトレーニングに打ち込むのだが、同じチームのナオミとうまく連携が取れない。そこでナオミと仲良くなろうとベレッカはビリーを巻き込み…

ニンジャラバトルフェスティバルの勝利に向けて、同じチームの勝利に向けて、同じチームメイトのダミアン、シーラとコミュニケーションを取る努力をするバーン。一方、バーンチームの対戦相手であるロンもチームワークを高めるため、同じチームのメイに、一緒に練習をやらないかと話を持ち掛けるが断られてしまう。その頃、宇宙船に乗る謎の二人組が、宇宙から地球へと近づいていた…

バトルフェスティバル準決勝を控えたある日。エゼットに不信感を抱くベレッカはカッペイを引き連れ、エゼットの尾行をしていが、エゼットは突然姿を消してしまう…

バートンとベレッカに宇宙船が見つかったエゼットは姿を消してしまう。バートンは最初にエゼットと会った場所に、ベレッカはWNA本部へ探しにいくが…

ベレッカがマレットとバケットに連れ去られたと連絡を受けるバートンたち。宇宙船のもとへ向かうマレットとバケットだったが、宇宙船は壊され、燃料が抜かれていた…

燃料が抜き取られていた、エゼットたちの宇宙船。メルウス星を一刻も早く救いたいと思うエゼットたちは、メルウス星へ帰ることすらできなくなったことにひどく落胆する。宇宙船の燃料は、メルウス星にある鉱石と知ったバートンたちは、なんとか宇宙船を動かす方法を考えることに、その間マレットとバケットをWNAアカデミーで匿うことになったのだが…

バートンたちは、宇宙船の燃料である隕石を奪ったスペースニンジャを探すことに。ベレッカは隕石を手に入れるため、オエドの採掘場に、小型飛行機で飛び立った…

なんとか確保した燃料で、宇宙船はエゼットたちの住むメルウス星まで飛べることが判明。しかし宇宙船には定員があり、バートンらは誰が乗り込むか釣り対決で決めることに…

ジェーンが誤って発射ボタンを押してしまったせいで、乗船予定のなかったブルースを乗せて出発した宇宙船。そんな中エマが自分たち以外の何者かの気配を感じ取る…

メルウス星から地球に帰還したベレッカたちは、５０代になったダンに迎えられ、メルウス星に行っている間に地球では４０年の月日が流れていたことを知る。そして源柳斎は…

バートンたちを乗せ、エゼットたちの故郷メルウス星を目指して宇宙空間を進む宇宙船。その船内で授業をおこなおうとするブルースだが、宇宙に来てまで受けたくないルーシーたちは思い思いの宇宙旅行を満喫する。そしていよいよメルウス星へ向けて、サクットチケットドライブ（ワープ）を起動！しかしワープを抜けた先はメルウス星ではなく、なぜか小惑星帯で…

バートンたちを乗せた宇宙船は、ついにエゼット達の故郷、メルウス星へたどり着く！そこは一面に砂漠が広がる星だった。メルウス星唯一の都市へ向かうため、砂嵐の中を突き進むフンドルケットル。砂嵐を抜け到着した都市は、なんと何者かに破壊されていた。破壊された都市を見て、唖然とするバートンたちの前に現れたのは…

バーンとカッペイはメルウス軍の精鋭であるロビットと戦うことに。圧倒的な強さを見せるロビット。そんなロビットを倒すためバーンとカッペイは作戦を考える。

スペースニンジャの数と配置を掴むための偵察をバーン、カッペイと一緒に成功させたロビット。その結果を受け、スペースニンジャの殲滅作戦が行われることになった。そこでエゼットはバートンたちの協力を提言し、ガボット将軍はバートンたちの作戦への同行を許可する。作戦はオデット隊、ジャーケット隊、ロビット隊、ジベット隊の４チームに分かれて行うことに…

スペースニンジャ殲滅作戦のため部隊を４チームに分け、それぞれシティ周辺の拠点へと向かうこととなった。バートン、ベレッカ、エゼット、ガムッチはジベット部隊に同行することに。スペースニンジャに注意しながら目的地へ向かう途中、バートンたちは何者かの視線を感じる。さらに怪しい行動をとるジベットを目撃して…

スペースニンジャに占領されたシティを取り戻すため、四つの部隊に分かれた、バートンたちとメルウス軍。ジェーンとロンはオデット部隊に同行することに。ジェーンが場を和ませようと話しかけても無視をするオデット。さらに部下であるキャロットが話しかけても冷たい態度を取る。不満を募らせるジェーンだったが、実はオデットには秘密があって…

次々とスペースニンジャを倒していくメルウス軍。しかし、大聖堂に閉じ込められたスペースニンジャのボスがついに動き出して…

エマたちが地下の水源を解放したことでスペースニンジャは街の外に追い出され、街には水が行き渡った。皆はその美しい光景が広がる街の姿に感動をし、スペースニンジャの脅威から街を取り戻したかに思えたが、水中から突然、ガムゴゼンが襲撃してくる。そしてメルウス星を取り戻す最後の戦いが始まる…

メルウス星に平和を取り戻し地球に向かうバートンたち。一方、アカデミーではダンを筆頭に、再び生徒会選挙が行われようとしていた。どうしても生徒会長になりたいダンは、バートンたちが地球に帰ってくる前に選挙を終わらせようと画策するが、予想外に早くバートンたちが帰還することを知りあの手この手でバートンたちを足止めする。さらにダンには秘策があり…

源柳斎の計らいで、生徒たちとエイミー、デイジーは無人島でのんびりすることに。無人島へ到着し、それぞれが砂浜で思い思いに楽しむ。岩場で釣りを楽しんでいたバーンとカッペイのもとに古びた宝の地図が飛んできた。それはなんと宝の地図！かつての大海賊、キャプテン・ウイローのお宝をめぐるトレジャーハントが開幕する！

ＷＮＡ諜報部に所属するロジャーに連れられ、ＷＮＡアカデミーに転入してきた息子のアレク。ロジャーはバーンの父マックスの幼馴染でありライバルであった。そのことから、アレクはバーンを意識していた。授業の一環でアレクとバーンはニンジャラバトルで戦うことに。初めてのニンジャラバトルなのに、余裕の表情を見せるアレクに、バーンは闘争心を燃やす…

ある日カッペイは、オエドに住む祖父の源雲斎が覆面ニンジャたちに攫われ、カッペイに助けを求めるという夢を見た。それは本当に源雲斎の身に何かが起きているのかもしれないとエゼットに言われ、源雲斎に電話を掛けるも繋がらない。心配になったカッペイはフンドルケットルでオエドに向かうが、そこに源雲斎の姿はなく、謎の書置きだけが残っていた…

とある会社ではエドモンドという男が社長からクビを言い渡された。意気消沈のエドモンドがハンバーガーショップに立ち寄ると、手に可愛いテディベアを持った３人のギャングが現れた！偶然そこに立ち寄ったルーシー。楽しそうなスポーツをしていると勘違いしたルーシーは、なんとギャング団に加入してしまう！？さらにエドモンドもギャング団に加入することになってしまい…

街中でジェーンに声をかけてきた男、その男は「昔、よく組んで仕事をしたハリー」だと名乗る。なんとかその場を切り抜けたジェーンは、バートン、ロン、ベレッカに、「正体がバレてしまった、ハリーが自分に復讐をしに来たのかもしれない」と相談する。ジェーンの代わりにハリーの目的を探るため、ハリーがいるホテルへ潜入しようとするが…

釣りをするために、エゼットの宇宙船で湖にやってきたバーン、カッペイ、エゼット。一緒に楽しんでいたガムッチとゴローだったが、釣りを終えたエゼットが宇宙船を発進しようとした拍子にハッチから外へ放り出されてしまった！見知らぬ土地に投げ出されてしまったガムッチとゴロー。果たしてガムッチとゴローは無事ＷＮＡアカデミーに帰ることができるのか…

ＷＮＡの総務本部長であるウォーレンはさまざまな業務こなし、忙しい日々を送っていた。しかし、ウォーレンは同じくＷＮＡ幹部のマックスとレナードと比べると自分が役に立てていないのではないかと悩みを抱えていた。さらに幹部会議では、マックスとレナードどちらの意見を採用すべきかウォーレンに決定権を託される始末。そんな状況を悟ったエマは、ウォーレンを街に連れ出すことに…

バートンの発明品で迷惑を被ったとベレッカ・ジェーン・ロンが怒ってバートンのもとへ、しかしバートンは苦情を言われても「どんな失敗も、新たな一歩」と意に介さない。そんななか、バートンのもとに新たなカラクリロボ発明依頼が入る。その内容は「狙った獲物は逃さず捕え、身体はどんな攻撃にも耐え、その場の状況に応じて臨機応変に行動できる」という怪しいものだった…

食堂で、他のクラスの生徒が「バーンとカッペイはどちらが強いか」と話していた。それを聞いていたバーンとカッペイは互いに対抗意識を燃やす。そんな中、ブルース考案の「風林火山」にちなんだ大運動会が開かれることに。２チームに分かれて対決することになり、バーンとカッペイはそれぞれ大将に就く。しかし大将になった２人の対応はあまりにひどく…

ミステリー小説を読み、謎解きに目覚めたベレッカ。そんなベレッカとバートン、エゼットが歩いていると、仰向けで倒れているカッペイが！それを見るや「事件ね」とベレッカはワクワクし始め、捜査を開始。そこにエマとジェーンもやって来て、みんなで盛り上がり始める。倒れているカッペイの傍には、はんぺんとニンニクが落ちていた…そしてベレッカの名推理が始まる！？

食堂から漏れ聞こえてきたブルース、エイミー、食堂のおばちゃんの会話を聞き、デイジー先生が辞めると思ったバーンとカッペイは、すぐさまバートンたちと、デイジーが受け持つクラスのボトルコレクターズに報告。メイやキースには思い当たる節があった。生徒らの不安や心配を解消するためにベレッカとバートンはデイジー先生を尾行することに、そこで目撃したものは…

夜、アカデミーの食糧庫でカッペイは恐ろしい目と鋭い牙を持つ“何か”に遭遇。食堂のおばちゃんに聞いた話によれば、最近、食材が無くなっているという。食糧庫に現れる“怪物”退治をすることにしたカッペイ達。悪戦苦闘の末に“怪物”を捕まえようとすると、なんとその正体は子供のワニだった。カッペイとバーンはワニをもとの飼い主のもとへ送り届けることになるが…

お忍びでコメリカへやってきたドコナ王国のダレデス国王とその家族。彼らはなんと、秘密結社ドコドコ団に命を狙われていたのだ。そのため、ロンとジェーンはウォーレン、マレット、バケットと彼らの護衛の任務に就くことに。国王たちを守るため、さらに娘のダレダ王女の希望を叶えるため、ロンとジェーンは奔走するが、ダレダ王女の希望はなかなか一筋縄ではいかず…

ブルースの提案により、生徒たちは変装術を身につけるべく他の誰かに変装をし、その人になりきって一日を過ごすという特別授業を受けることに。ロンに変装したエマは、メイからニンジャラバトルを申し込まれたり、ベレッカになったバートンと、バートンになったベレッカが出会って大混乱！さらにはルーシーが三つ子になったりと授業はしっちゃかめっちゃかに！

早朝、バーンは浮かない表情でバスケの練習をしていた。ダンに言われた「ニンジャの修行一本に絞れば、もっと強くなれるんじゃないか」という言葉が引っ掛かっていたのだ。そんな時、ランニングをしていた少女パティと出会う。2人が会話をしていると、どこからか神秘的な歌声が聞こえてきた。2人が声の主を探しに川辺を歩いていると、なんと人魚のような影を見つけて…

ウォーレンが作った、渾身の「ＷＮＡ」ＰＲ動画。動画の試写をするバートンたちであったが、あまりにもインパクトが薄い動画に、生徒たちはあくびを連発。そんな生徒らの様子を見てショックを受けるウォーレン。そこで校長は、「生徒たちにＰＲ動画を作らせてみては？」と提案し、アカデミーでの動画バズらせ対決が始まったが、次第に動画の内容はＷＮＡと関係ないものになっていき…

バートンたちにおもちゃを与えられ、大喜びのゴローとガムッチだったが、そのおもちゃが引き金で二人の仲に亀裂が入ってしまう。そんな様子を心配するエゼット。そのころアカデミーの畑が荒らされる事件が発生。そこに猫の足跡があったことからゴローがその犯人でないかと疑われていた。一方、ガムッチは自分が悪かったことに気づき仲直りをするためにゴローを探すが…

連休にルーシーの地元へ帰ることになったルーシーとエマ。二人が駅に到着すると、そこでルーシーは友達のクロエの姿を見かける。母親からクロエがピアノのコンクールに出場することを知ったルーシーは、影ながらクロエを応援することに。しかし聞こえてきたクロエのピアノの演奏には元気がなかった。ルーシーとエマはその原因を探ることに…

密輸団の犯行現場に現れたスカルニンジャと名乗る怪しい男。ニュースでスカルニンジャを見たロンは何か思い当たる節があるようで、授業を欠席し、行方をくらます。心配になったバートンたちは、御庭番衆時代のロンの情報をハッキングして調べることに。一方ロンは情報屋でスカルニンジャの情報を仕入れ、彼と接触を試みるが…

ランチメニューに特製ビーフシチューが出ると大はしゃぎのバーンとカッペイ。興奮してそのことをキースに話すも、反応はイマイチ。その様子をみんなに話すと、ベレッカたちもここ数日のキースのおかしな様子を目撃していて、その様子から何か事件に巻き込まれているのではないかと推察したバートンたちは、キースの尾行を決行する！しかしキースの行先は意外な場所で…

ベレッカが街を歩いていると、大人の姿のバートンを目撃する。大人のバートンはベレッカに気付くと驚いた表情を見せ、その場から一目散に逃げてしまった。バートンが大人の姿に戻るためのスムージーを完成させたのではないかと考えたベレッカたちは、バートンを探しにアジトへ向かうが、バートンの姿は無く、飲みかけのスムージーだけがあり、残りをベレッカが飲んでみるが…

アカデミーに野菜畑を作るため、土づくりのスペシャリストとして呼ばれた農家のベン。源柳斎がベンがかつてＷＮＡに所属していた優秀な元・御庭番衆だと明かすと、生徒たちは色めき立つ。さらにベンはタイラーの父親でもあった。「ニンジャは冷徹であれ、忍務のためなら仲間も見捨てろ」という父の教えを受け入れられないタイラーは複雑な思いを抱えていて…

大人の姿に戻るための睡眠マシンを完成させたバートン。バートンが目を離しているすきに、ガムッチがそのマシンで遊んでいると、次第にマシンはガタガタと振動しはじめ、ついにはスパークして止まってしまう。慌ててその場から離れるガムッチ。その後、校長先生の孫を預かり、ベビーシッターをしていたブルースと他の生徒たちが屋上にやってきて、睡眠マシンを発見するが…

オエドのシノビの里で開かれる世界忍者サミットに向かう源柳斎に同行することになったバートンとベレッカ。オエドに着き、ニンジャ資料館へ訪れた2人は昔のニンジャが妖怪と戦ったことや、５００年前に落雷で折れた千年杉と妖怪を封印した祠のことを知る。実際の千年杉と祠を見に行った２人がその場所を訪れると、突然風が吹き荒れ、さらに千年杉に雷が落ちて…

千年杉の落雷で５００年前のシノビの里にやって来てしまったバートンとベレッカ。そこにはなんと、カッペイそっくりな吉平の他に、バーン、ルーシー、エマ、ジェーン、ロンにそっくりなニンジャたちもいた。彼らはそれぞれ伊賀、甲賀、戸隠、鉢屋、雑賀、風魔の代表として、頻発する妖怪の対処を話し合うため集まっていた。そんな中、以前バートンとベレッカを襲った大蝦蟇が再び現れて…

皆の力を合わせ、なんとか大蝦蟇の退治に成功したが、妖怪の強さを目の当たりにした甲賀、鉢屋、戸隠、風魔、雑賀のニンジャたちは伊賀の里を離れてしまう。妖怪退治で活躍した、伴二、お絵馬、おる卯、論三郎、慈艶も、複雑な思いを抱えながら、それぞれの里へ戻っていった。バートンは大蝦蟇が消えた後に残された石像を調べ、ある考えに思い至る。その頃、近くの谷底では新たな妖怪が誕生しようとしていた…

アヤカシ山で雑木を拾い集めていた青年が、木々の間を移動する巨大な黒い影に襲われた話を知ったバートンたちは、妖怪と思しき黒い影を退治すべく、アヤカシ山へと出向く。一行は翌日からの妖怪の捜索に備え、山小屋に泊まることに。そこで持ってきたお皿を伴二に馬鹿にされたお絵馬は怒ってそれを割ってしまう。後悔したお絵馬が拾いに戻るが、お皿は跡形もなく無くなっていた…

科学の説明をするため“飛行機”のことを話したバートン。それを信じられないおる卯は見せてみなよと挑発。バートンはハングライダーを作って、科学の力を証明しようとするが失敗してしまう。そんな中、妖怪の被害があった村を訪れた一行の前に天狗が現れる。論三郎の忍術によりなんとか撃退に成功。彼の強さを目の当たりにしたおる卯は論三郎に戦いを挑むが…

バートンたちが夜の山道を歩いていると、林の中から武器を持った男たちが現れ、襲い掛かって来た。彼らの誤解を解き話を聞くと、村は夜ごと提灯の妖怪に襲われていて、バートンが持っていた提灯を妖怪と勘違いしてしまったらしい。彼らはバートンたちに妖怪退治をお願いするが、その中のひとり、治作は断固反対する。どうやら彼にはおなつという許嫁がいたらしいのだが…