オーメンの襲撃(しゅうげき)後、こわれた宇宙船を安全な所に移すのに苦労するアジャとクレール。その行く手に賞金かせぎのマグマ・トロンがせまる。

月にある賞金かせぎの基地に拘束(こうそく)されたかつての仲間を探すアジャとクレール。仲間の救出のため、スチュアートの助けを借りることに。

地球侵略(しんりゃく)をもくろむモランドの艦隊(かんたい)が接近。攻撃(こうげき)を止めるため、ゲームを通して町の人たちの力を借りることに。

宇宙船マザーを操るAIが、人間と家族のあり方を考察。モランドとの戦いにそなえる今、対立やいかりをこえて家族を結びつけるつながりの大切さを学ぶ。

夏休みの補習クラスに出席することになったアジャとクレール。そこにクブリッツ大佐(たいさ)が現れ、ニセの病原体を口実に学校を封鎖(ふうさ)する。

スチュアートの元カノがとつぜん現れる。同じ頃、映画コンテストに向けて短編作りを開始したトビーとイーライは、クレールに出演を依頼(いらい)する。

小わく星が地球に急接近。地球を救うため、クブリッツ大佐(たいさ)はクレールたちに協力を求め、最新の宇宙技術を有するエリア49Bに招く。

アキリディオン5へもどるためのワームホールを発生させるデバイスをクレールが作成。でもその大切な試作品をルーグが丸ごと飲みこんでしまい...。

タロン一族最後の守り手たちが、モランド率いるオーメン軍団を相手に立ち上がる。クレールとアジャは、生き残りをかけて決死のバトルにいどむ。

ゲイレンのコアを探すモランドに先回りしようと、両親の意識下に入るアジャとクレール。2人はコアのかくし場所を求めて、両親の記憶(きおく)をたどる。

ゲイレンのコアの守り手の場所をつき止めるため、トビーはトロールハンターのジムに相談。そこで、スースクライヤーに聞くようアドバイスを受ける。

「クレブ・オア・アライブ」の上映会にアルカディアの住人が集まるなか、アジャとクレールをつかまえようと、クブリッツ率いるオーメン軍団が現れる。

アジャとクレールは、エイリアンや地球軍と力を合わせて、宿敵モランドに立ち向かう。全宇宙の命運をかけた究極の最終決戦がくり広げられる。